Réattribuer les droits : chown
... dans /home/user/ : chown /home/user/
... aux fichiers et aux répertoires (récursivement) : chown -R /home/user/
... même ceux qui sont cachés : chown -Ra /home/user/

De plus, tu attribues les droits à un utilisateur et à un groupe, donc :
chown user:group -Ra /home/user/

A noter que dans l'usage courant, on prend pour groupe le groupe associé par défaut à l'utilisateur, à savoir un groupe qui porte le même nom que l'utilisateur, ce qui donne :
chown user:user -Ra /home/user/