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general.general : fichier PDB
Posté par Mathieu () le 21 mars 2007Dans le cadre de mes études, je dois développer un outil permettant de modéliser dans un environnement 3D des molécules issues de la chimie organique.
J'utilise C/openGL mais là n'est pas le soucis :)
Suite à diverses recherches, j'ai découvert l'existence d'une banque de donnée pour les protéines (Protein Data Bank). Elle répertorie un grand nombre de molécules et leurs caractéristiques dans des fichiers avec l'extension *.PDB (simplement des fichiers textes).
Malgré la documentation concernant ces fichiers, la plus part que j'ai pu trouver ne sont pas conçus de la même manière.
Je m'explique :
Le fichier nous donne toute une liste d'atomes avec leur coordonnées cartésiennes (pour une représentation spatiale).
Mais le petit soucis est que certain fichier indique les liaisons qui relient les atomes entre eux, d'autres non.
Si quelqu'un pourrait m'expliquer comment faire pour trouver ces liaisons lorsqu'elles ne sont pas données, je lui en serais très reconnaissant.
Merci :)
> Lire le message (6 commentaires, moyenne: 1,7).
peut-etre simplement...
que certains PDB modelise la molecule en vue "eclatée" et donc affiche les liaisons
alors que les autres modelise la molecule en vue "compacte" et donc avec les atomes en contact (on ne voit donc plus les liaisons)
Apprendre par les autres, c'est bien.
Apprendre par soi-meme (RTFM, man, et notre ami google) c'est mieux
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[^]Re: peut-etre simplement...
Posté par Mathieu () le 21/03/2007 à 20:02. (lien). Évalué à 1.tu es sûr de toi? :s
Car j'ai chargé des fichiers .pdb dans différents logiciels de modélisation (Rasmol et Jmol). Et pourtant les liaisons sont bien là.-
[^]Re: peut-etre simplement...
Posté par NeoX () le 21/03/2007 à 20:56. (lien). Évalué à 1.le peut-etre est justement là pour signifier que c'est une hypothese.
Apres il peut y avoir des logiciels "intelligents" qui savent combien de liaison pour quel atome et qui du coup n'ont pas besoin de specification sur les liaisons de la molecule.--
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Apprendre par soi-meme (RTFM, man, et notre ami google) c'est mieux
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t'as des exemples de logiciels ?
dans cette liste http://cookerspot.tuxfamily.org/wikka.php?wakka=ProgramsScie(...) j'ai recensé quelques logiciels libres, de mémoire en perl et en python il y en a qui traitent des molécules.
Si tu as trouvé d'autres logiciels libres ou des sites les recensant, ça m'intéresse ;-)
ps : tu peux chercher biology dans la page
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[^]Re: t'as des exemples de logiciels ?
Posté par Ellendhel () le 22/03/2007 à 07:49. (lien). Évalué à 3.Je suis un néophyte complet dans le domaine mais il y a deux sites qui peuvent t'intéresser pour des listes de logiciels de chimie :
- http://fsffrance.org/science/chimie.fr.html
- http://www.alchem.org/
La solution est ailleurs
Le fait que le format PDB n'incorpore pas la connectivité de la molécule par défaut (mais en option) est un problème classique. Le format pdb classique est approprié pour représenter la configureation dune molécule dont on connait déjà la topologie.
En pratique les logiciels utilisant ce format détectent automatiquement les liaisons chimiques en connectant les atomes qui se trouvent assez près les uns des autres. Pour te donner une idée du critère à appliquer pour connecter deux atomes ou non tu peux regarder dans une base de donnée reprenant les longueurs des liaisons atomiques.
A vue de nez, je dirais qu'il faut connecter des atomes situés à moins de 0.3 nanomètres. (Attention je crois que les les coordonnées sont données en Angströms dans les fichiers pdb.)
Adrien.
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