Nous allons parler ici des examens par imageries médicales de type scanner ou IRM. Un scanner est une série d’images faites aux rayons X et pour une IRM c’est de la résonance magnétique. Pour une IRM, vous passez dans un énorme aimant extrêmement puissant (attention aux objets métalliques). Quand vous passez l’un de ces examens, vous repartez avec un CD ou DVD que vous donnez à votre médecin ou bien vous avez un code pour aller chercher vos images sur internet. Vous pouvez aussi parfois y accéder avec votre smartphone. Il s’agit le plus souvent d’une série d’images en noir et blanc de type jpeg. Elles sont difficiles à interpréter par des non-spécialistes. C’est là qu’intervient un logiciel dédié. Vous pouvez parfois obtenir la série d’images sous un format dédié, c’est le serveur qui fait la conversion sur demande, par exemple le format DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d’images médicales, ou NIFTI. Gimp peut lire le format DICOM, mais ce n’est pas très pratique.
Dans le package Debian med-imaging des tas de logiciels sont fournis, comme des logiciels de traitement du signal (du cœur par exemple). Pour lire le format DICOM, nous avons ITK-SNAP, mais nous nous attarderons aujourd’hui sur Invesalius. Il a été nommé ainsi en honneur d’un docteur belge Andreas Vesalius (1514-1564) considéré comme le père de l’anatomie moderne. InVesalius a été développé depuis 2001 par le Centre de Technologie de l’Information Renato Archer (CTI), une unité du Ministère des Sciences et de la Technologie (MCT), du Brésil. Il est disponible pour Windows, GNU/Linux et Mac OS X. La licence est la GNU GPL (General Public License) version 2 et cerise sur le gâteau, il est disponible en français.
Une fois les données converties en DICOM et téléchargées, nous les importons dans Invesalius. C’est un peu long et il faut une bonne machine, car les données font 3 Go. Nous choisissons les données à visualiser. Puis nous pouvons choisir un intervalle de nuance de gris et générer la surface 3D correspondante. On peut ainsi sélectionner les os, cartilagineux ou pas, les organes, les muscles ou la peau. On peut aussi avoir les vaisseaux puisqu’ils injectent de l’iode, un produit de contraste. Les vaisseaux apparaissent alors comme les os. Pour finir, on peut affecter des couleurs à chaque surface créée. On peut alors exporter le tout sous les formats STL, OBJ ou PLY. C’est donc alors bien entendu lisible sous FreeCAD ou Blender.
Aller plus loin
- site officiel Invesalius (149 clics)
- code Invesalius (37 clics)
- Page Wikipedia Invesalius (56 clics)
# Séparer l'homme de l'artiste ?
Posté par Pol' uX (site web personnel) . Évalué à -3 (+6/-11).
Est-ce qu'on a besoin de recharger de 50 points le karma d'un troll notoire au bord du ban sur la simple présentation d'une petite dépêche, toute intéressante soit elle ?
Adhérer à l'April, ça vous tente ?
[^] # Re: Séparer l'homme de l'artiste ?
Posté par mrlem (site web personnel) . Évalué à 10 (+14/-0).
En même temps le but du système de karma n'est-il pas précisément d'encourager les publications pertinentes et de qualité ? En l'occurrence, cela ne me paraît pas être un dévoiement du système de karma, vu ce post (très intéressant d'ailleurs). Si la crainte sous-jacente est que le dit karma soit utilisé à des fins de trolls futurs, je crois que c'est à ces éventuels futurs trolls de déclencher une sanction et pas à ce post-ci qui me semble parfaitement pertinent sur linuxfr.
Ce n'est que mon avis, bonne journée :)
[^] # Re: Séparer l'homme de l'artiste ?
Posté par Pol' uX (site web personnel) . Évalué à 1 (+3/-4).
C'est un avis raisonnable mais j'ai l'impression que dans les débats cités (qui ne sont pas les premiers à émerger ces dernières années concernant l'artiste) le karma est désigné comme le carburant du troll, et semble justifier de ne pas agir puisque la régulation par le karma aura lieu (cf par exemple ce commentaire)…
Adhérer à l'April, ça vous tente ?
[^] # Re: Séparer l'homme de l'artiste ?
Posté par passant·e . Évalué à 5 (+4/-1).
Plutôt win-win : cela le force à produire des dépêches de qualitai pour pouvoir s'adonner à sa passion dans les journaux et commentaires.
Je trolle dès quand ça parle business, sécurité et sciences sociales
# DICOM pas com(pliant)
Posté par philm (site web personnel) . Évalué à 4 (+3/-0).
J'utilisais Aeskulap jusqu'à ce jour mais je vais essayer Invesalius.
Le pb est toujours que la norme DICOM est floue, interprétée différemment par chaque fabriquant, avec des variantes, & que j'ouvre très bien les images en provenance de certaines machines mais pas d'autres.
De plus n'oubliez pas que les images présentes sur le CD qu'on vous remet sont dégradées (il faudrait quelques DVD pour une IRM en définition max) & seront toujours moins bonnes que celles que vous pouvez voir sur la console surtout après retraitement. Mais sortir de belles images en 3D pour mes cours & topo ça peut m’intéresser.
[^] # Re: DICOM pas com(pliant)
Posté par papap . Évalué à 1 (+5/-1).
Effectivement, sur un IRM, j'ai un défaut avec Invesalius, sans doute un problème de format ou de norme alors qu'Aeskulap le lit bien. Il a l'air rapide. Il ne permet pas la 3D, c'est tout.
[^] # Re: DICOM pas com(pliant)
Posté par Rémi Hérilier . Évalué à 2 (+2/-0).
Tu peux aussi regarder du côté de Weasis ou 3D Slicer pour le côté visualisation 3D et belles images.
J'avais pas mal aussi utilisé le premier pour aller fouiller/analyser les données embarquées dans le format DICOM.
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