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Articles : Génomique Open Source

Posté par Joc M (). Modéré le 23 juillet 2006.

Voici un nouveau domaine ou les logiques de partage et d'ouverture des connaissances pourraient porter leurs fruits (sans mauvais jeux de mots). La génomique pourrait connaître une révolution semblable à celle qu'a connu l'informatique ? C'est en tout cas ce que laisse entendre Jeremy Rifkin, économiste et président de la Foundation on Economic Trends à Washington DC dans un article sur Libération.

A travers ce papier, M. Rifkin nous présente une méthode de manipulation génétique relativement nouvelle qui évite de toucher directement à l'ADN de la plante. Ce qui est plus intéressant pour nous (en tout cas pour moi) c'est qu'il présente aussi un nouveau mouvement dans le domaine de la génétique : le partage de connaissances sur des parties du « code » de certaines plantes qui produisent des marqueurs identifiables. Nous assistons déjà à des problèmes liés à l'utilisation des OGM. En effet, comment savoir si un OGM est néfaste pour l'environnement ou pour notre santé si son « code » est cadenassé par un brevet ?

Il semble que l'ouverture des connaissances sur le génome pourrait présenter des avantages de transparence certains...

Allons-nous bientôt voir sur des emballages d'aliments la mention « produits issus de l'agriculture libre » ?
Devra-t-on créer une licence « Genomic Public Licence » ?

En tout cas, l'idée est bonne.

Rebond sur Libé (306 hits)

> Lire les commentaires (22 commentaires, moyenne: 3,1).

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[+] réaction a chaud...

Posté par aurel (page perso, ) le 23/07/2006 à 11:51. (lien). Évalué à -1.

Les SAM ne me semble pas du tout aller contre les OGM, mais etre complémentaire de ces derniers. L'ensemble du texte me donne l'impression d'avoir été écrit par quelqu'un qui n'y connait pas grand chose et je ne trouve pas ca rassurant :/

Concernant le coté opensource des marqueurs, je crois qu'il ne faut pas réver: certains sont publics car publiés dans les journaux scientifiques, d'autre ne le sont pas et vu l'impact financier qu'ils peuvent avoir, ils ne le seront pas avant un long moment. Sans vouloir faire l'avocat du diable, la génomique demande de gros efforts de R&D, et lorsque ces efforts sont faits par le secteur privé, il ne me semble pas choquant que ce dernier essaie d'amortir ces couts R&D en cherchant a garder une certaine exclusivité. C'est d'ailleurs pareil pour les médicaments génériques: ils permettent au systeme de santé de couter moins cher, ce qui veut dire également que le retour sur investissement des big pharma est moins stable, donc qu'ils doivent faire des économies ailleurs, et c'est rarement le département marketing qui est touché par ces dernieres. Le secteur de la recherche, par contre...

wala mes 2 c d'euro...

La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....

Posté par Nikoo () le 23/07/2006 à 15:37. (lien). Évalué à 3.

Il suffit "juste" d'acheter des séquenceurs, de préparer de l'ADN, de séquencer, et d'annoter.

Je ne vois pas où se trouve le R&D dans tout ça....

La génomique requiert essentiellement de l'argent, et du temps.
L'utilisation des données, et la vérification expérimentale de l'annotation, ça, ça c'est du boulot.

Mon centime d'euros....

;-)

--
http://nikoolinux.zeblog.com/

[^]Re: La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....

Posté par aurel (page perso, ) le 23/07/2006 à 16:12. (lien). Évalué à 8.

La génomique requiert essentiellement de l'argent, et du temps.

Ce n'est pas de la recherche fondamentale, mais ca reste de la R&D car c'est une étape qui prends place dans une démarche industrielle mais vient en amont de la production. Quant à l'argent pour les séquenceurs et le temps humain (qui coute également très cher), il faut bien qu'il vienne de quelque part et qu'il soit possible de l'amortir: il me semble bien qu'une entreprise ne peut pas se permettre d'investir à perte.
- [^]Re: La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....
  
  Posté par Nikoo () le 23/07/2006 à 23:16. (lien). Évalué à 3.
  Tout ce que tu dis est vrai, mais cela ne permet tout de même pas de faire rentrer tout ceci dans le domaine R&D.
  
  L'investissement n'est pas de la R&D. R&D, c'est Recherche et Développement.
  
  --
  http://nikoolinux.zeblog.com/
  - [^]Re: La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....
    
    Posté par Jiba (page perso, ) le 24/07/2006 à 20:57. (lien). Évalué à 3.
    C'est de la recherche à partir du moment où personne ne l'a encore fait.
    
    Ici, la difficulté ne porte pas sur la technique (on sait séquencer de l'ADN depuis un moment), mais sur son utilisation à grande échelle (parce qu'un génôme, c'est long !).
    - [^]Re: La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....
      
      Posté par Nikoo () le 24/07/2006 à 23:11. (lien). Évalué à 4.
      Non, ce n'est pas parce que personne ne l'a fait que c'est de la recherche.
      
      Une utilisation à grande échelle constitue un process "d'industrialisation".
      
      C'est du développement en terme de mise au point (genre combien de séquenceurs je peux mettre dans cette pièce de 5 mètres sur 10 ;) ).
      
      Mais ce n'est pas de la recherche.
      L'utilisation et la compréhension des données obtenues supposera des efforts de recherche, mais le séquençage en lui-même relève plus de l'ingénieurie que de la recherche. C'est d'ailleurs pour ça que l'on met des ingénieurs et des techniciens aux postes de gestion de ces appareils/centres ; un chercheur se ferait ch..r ;)
      
      Velà.
      
      --
      http://nikoolinux.zeblog.com/

...

Posté par Matthieu C () le 23/07/2006 à 20:29. (lien). Évalué à 9.

En effet, comment savoir si un OGM est néfaste pour l'environnement ou pour notre santé si son « code » est cadenassé par un brevet ?

Pourtant je croyais que les brevets pour etre valide devait rendre publique le secret à tout le monde...

De plus il ne me semble pas que les brevets n'empechent pas la recherche (IRRC c'est/etait d'ailleur utilisé par certains logiciel libre pour contourner les brevets...)

[^]Re: ...

Posté par aurel (page perso, ) le 24/07/2006 à 04:26. (lien). Évalué à 4.

En effet, comment savoir si un OGM est néfaste pour l'environnement ou pour notre santé si son « code » est cadenassé par un brevet ?

En plus, le "code" d'un OGM, breveté ou pas, s'obtient facilement avec un séquenceur. L'exploitation commerciale peut peut-être être breveté, mais le code génétique de l'OGM reste nécessaire publiquement accessible, puisque distribué dans chacune des cellules de l'OGM, et il est dès lors relativement trivial d'identifier les modifs qui ont été faites, et de là déduire ce qu'elles impliquent sur le plan métabolique, puis d'imaginer les conséquence sur le plan de la santé publique.
Cet article a décidément été écrit à la va-vite !
- [^]Re: ...
  
  Posté par Beretta_Vexee () le 24/07/2006 à 10:19. (lien). Évalué à 5.
  A quand l'offuscation et le tatouage génétique, finalement les informaticiens auront peut être un nouveau domaine dans le quel se recycler.
  
  --
  Il relève de la responsabilité du lecteur de contrôler, par tous moyens, l'adéquation du message à ses besoins et de s'assurer qu'il ne causera pas de dommages aux personnes et aux biens.
- [^]Re: ...
  
  Posté par Nicolas Deveaud () le 24/07/2006 à 12:49. (lien). Évalué à 4.
  
  s'obtient facilement avec un séquenceur
  
  Je m'interroge sur la facilité de la chose tout de même....
  
  le code génétique de l'OGM reste nécessaire publiquement accessible, puisque distribué dans chacune des cellules de l'OGM
  
  Certe le code génétique final est disponible plus ou moins librement. Mais cela ne permet absolument pas de savoir comment les modifications/évolutions on étés obtenues.
  Or, suivant le prossédé utilisé, je suppose que les concequences sur divers parties du génome peuvent varier.
  
  il est dès lors relativement trivial d'identifier les modifs qui ont été faites, et de là déduire ce qu'elles impliquent sur le plan métabolique, puis d'imaginer les conséquence sur le plan de la santé publique.
  
  S'il était si trivial de trouver des déformations génétiques depuis un echantillon d'ADN, je pense que la génétique serait nettement plus évoluée et omniprésente dans nos vies de tous les jours.
  
  Il me semble au contraire qu'il est plutôt complexe de trouver exactement les modifications apportées à une chaine ADN. Il ne faut tout de même pas oublié que l'ADN contient beaucoup d'infos, et qu'il est donc complexe de tout analyser et de tout comparer (surtout que chaque être est différent. Comment savoir sur tel changement est dû à une modif génétique ou à un particularité naturelle de la plante d'origine ?)
  
  Et vu la complexité des organismes vivants, retrouver toutes les concequences éventuelles d'une simple modification sur un gène relève il me semble de la prouesses technologique. Je doute que nos capacités scientifique actuelle le permettent vraiment (comment savoir qu'en changeant tel géne qui à un rôle dans la génération de tel substance, cela ne va pas aussi jouer sur tel autre subtance et dérègler tout le système imunitaire par exemple ?).
  
  Pour faire une allusion à l'informatique, on pourrait dire par exemple qu'il est trivial de faire des tests sur un driver propriétaire, et donc d'en analyser le fonctionnement. On se demande bien pourquoi nous n'avons pas encore des équivalant libre aussi bon, voir meilleur car débarassé d'éventuels bugs.....
  Un non informaticien pourrait se dire que effectivement, c'est incompréhensible. Mais en tant qu'informaticiens, nous savons bien ici que c'est très complexe à faire.
  - [^]Re: ...
    
    Posté par aurel (page perso, ) le 24/07/2006 à 15:28. (lien). Évalué à 4.
    
    Je m'interroge sur la facilité de la chose tout de même....
    
    C'est très simple, je t'assure :)
    
    Certe le code génétique final est disponible plus ou moins librement. Mais cela ne permet absolument pas de savoir comment les modifications/évolutions on étés obtenues.
    Or, suivant le prossédé utilisé, je suppose que les concequences sur divers parties du génome peuvent varier.
    
    Chaque procédé peut avoir des artefacts, mais les modifications étant faites sur les semences, ces artefacts sont visibles dans le génome : il n'y a pas d'information ailleurs que dans le génome, pas de mémoire biologique en dehors de l'ADN. L'analyse de l'ADN permet donc de savoir l'intégralité des différences qu'il y a entre deux souches différentes, l'une wildtype, l'autre OGM. Ensuite, ces différences ce manifestes différemment suivant le contexte, ce qui peut donner des phénotypes différents. Mais même cette information sur les phénotypes est visible dans l'ADN, pour peu qu'elle soit connue.
    
    S'il était si trivial de trouver des déformations génétiques depuis un echantillon d'ADN, je pense que la génétique serait nettement plus évoluée et omniprésente dans nos vies de tous les jours.
    
    Par exemple:
    1. tu séquences
    2. tu fais un alignement multiple avec les souches wildtype de la même espèce
    3. tu repères les blocks divergents dans les régions codantes (génomique comparative)
    4. parmis ceux-ci, tu cherches ceux qui sont particulièrements différents entre les souches wildtype et la souche OGM
    5. tu recherches dans les banques de données les annotations concernées
    6. tu en déduit les modifications au niveau du transcriptome puis du protéome
    7. tu en déduit les modifications au niveau de la fonction.
    
    La dernière étape qui est particulièrement difficile, voire impossible sans nécessiter de couteux tests. C'est le point que tu soulèves et tu as raison de le faire. Ce que je dis, et c'est un domaine que je connais assez bien, c'est que les autres étapes le sont beaucoup moins, et sont même faites en routine dans quasi tous les labos du monde qui font de la biologie moĺeculaire croisée et de la bioinformatique :)
    
    Quant à l'analogie avec l'info et le code source... hum hum.... la biologie est très nettement plus complexe et fourmille d'exception, c'est ce qui rends sa compréhension si interessante :)
    - [^]Re: ...
      
      Posté par sobek () le 24/07/2006 à 16:39. (lien). Évalué à 5.
      
      C'est très simple, je t'assure :)
      
      Oui, le séquensage c'est quelque chose de somme toute assez courant.
      
      Ce qui l'est beaucoup moins, c'est faire un assemblage, mais c'est heureusement moins fréquent... ;)
      
      2. tu fais un alignement multiple avec les souches wildtype de la même espèce
      
      5. tu recherches dans les banques de données les annotations concernées
      
      Oui et c'est à ce niveau là que l'on pourrait parlé d'un "partage de connaissances sur des parties du « code » de certaines plantes qui produisent des marqueurs identifiables" comme le voulait l'auteur du journal... Et ces banques sont publiques depuis un certain temps déjà [1].
      
      C'est pour cela que j'ai moi aussi l'impression que l'article de Libé a été écrit par quelqu'un qui ne connait pas forcemment le domaine. Pourtant consulter ces banques pour quelqu'un du domaine est aussi sinon plus naturel qu'aller faire le tour de la CPAN pour les habitués de DLFP...
      
      [1] pour ce faire une petite idée de ce qui est librement accessible :
      banques : http://bioweb.pasteur.fr/docs/gendocdb/banquesdetail.html
      - [^]Re: ...
        
        Posté par aurel (page perso, ) le 24/07/2006 à 16:42. (lien). Évalué à 3.
        Un autre lien, monstrueux: http://www.expasy.org/links.html :)
        
        [^]Re: ...
        
        Posté par sobek () le 24/07/2006 à 17:10. (lien). Évalué à 2.
        Oui,, je me suis honteusement limité aux banques maintenues ici ;)
        
        [^]Re: ...
        
        Posté par aurel (page perso, ) le 24/07/2006 à 17:12. (lien). Évalué à 3.
        et moi je suis borné à l'annuaire de l'institut auquel je suis rattaché ;)
    - [+] [^]Re: ...
      
      Posté par Vivi (page perso, ) le 24/07/2006 à 19:18. (lien). Évalué à -5.
      1. tu séquences
      
      Non mais tu séquences quoi ?
      
      Enfin bref, ce que tu racontes est complètement irréaliste.
      - [^]Re: ...
        
        Posté par aurel (page perso, ) le 24/07/2006 à 19:21. (lien). Évalué à 1.
        cf. les commentaires + bas.
  - [^]Re: ...
    
    Posté par sobek () le 24/07/2006 à 17:05. (lien). Évalué à 4.
    
    Mais cela ne permet absolument pas de savoir comment les modifications/évolutions on étés obtenues.
    
    Certe non, les vecteurs sont un domaine en soit. Encore que le type de modification peut laisser supposer la manière dont elle a été faite...
    
    S'il était si trivial de trouver des déformations génétiques depuis un echantillon d'ADN, je pense que la génétique serait nettement plus évoluée et omniprésente dans nos vies de tous les jours.
    
    Tout dépend ce que tu recherche en fait. Ce qui est compliqué c'est de dire que telle modification précise produit tel effet.
    Maintenant, un OGM comprent souvant un nombre très limité de modifications, et qui la plupart du temps ont déjà été identifiées ailleurs, ce qui en simplifie l'identification.
    
    Il me semble au contraire qu'il est plutôt complexe de trouver exactement les modifications apportées à une chaine ADN
    
    Comparer deux chaines est relativement simple en fait. Ce qui est (très) compliqué, c'est de "faire" la première chaine qui servira de référence (l'assemblage).
    
    modif génétique ou à un particularité naturelle de la plante d'origine
    
    Cela se fait par des méthodes de scoring sur les comparaisons. C'est toute la dextérité des utilisateurs que de paramétrer correctement les différentes pondérations en fonction de ce qui est recherché.
    
    Et vu la complexité des organismes vivants, retrouver toutes les concequences éventuelles d'une simple modification sur un gène
    
    Toutafé, mais c'est une question d'un autre ordre. Un peu comme si on essaye de deviner les conséquences d'une modification du code source en n'ayant que des connaissances très parcellaires du fonctionnement du compilateur et du langage en lui-même.
    
    Et puis on peut se dire que Montsanto à fait les tests nécessaires avant la mise sur le marché, ils doivent donc connaitre les concéquences... ;)
    
    Pour faire une allusion à l'informatique...
    
    Non, du tout.
    C'est plutot comme si tu avais le code source de la version originale et de la version modifiée (les récupérer n'a pas un cout nul, mais reste faisable), et que l'on te demandait d'inventer une fonction de patch floue (sauf que en bio, c'est beaucoup beaucoup plus complexe parce que cela dépend du morceau à modifier, de la modification à faire et de plein d'autres choses encore)
    
    PS : j'ai fait des comparaisons à l'info pour avoir une toute petite idée, mais c'est à peut près aussi approximatif que de comparer la vente lié Ordi/OS à la vente d'une voiture avec des roues (ou une assurance, c'est suivant)
    - [+] [^]Re: ...
      
      Posté par liatogo (Jabber id, ) le 30/07/2006 à 15:29. (lien). Évalué à -1.
      Ne serait ce pas plutot comme avoir le binaire de la version original et celui de la version modifie ? Car un code source est "normalement" comprehensible par un humain et le binaire par la machine . Et pour l'instant je ne conait personne capable de lire de l'ADN.
      
      ;-)
      Un jour viendra peut etre ou GCC compilera le code ADN
      ;-)
      - [^]Re: ...
        
        Posté par Nikoo () le 01/08/2006 à 21:42. (lien). Évalué à 1.
        "Et pour l'instant je ne conait personne capable de lire de l'ADN. "
        
        Et pourtant, yen a un paquet....de gens....
        
        ;-)
        
        --
        http://nikoolinux.zeblog.com/

genomique

Posté par Ludovic Legrand () le 24/07/2006 à 18:37. (lien). Évalué à 6.

De toute facon l'ensemble de la procedure, des methodes et de ce qui a ete insere est connu par la commission d'evaluation (dont j'ai oublier le nom precis). Les conditions de validation d'un OGM sont relativement lourdes et ils veulent absolument tout savoir au moins au niveau moleculaire.

Autre remarque, le "suffit de sequencer" et on fait un peu de bioinfo c'est utopique sur du vegetal. Les genomes des vegetaux sont generalement de gros genomes proche d'un genome comme celui de l'humain et parfois beaucoup plus gros ce qui implique de premierement identifier la region d'insertion avec un resolution pas trop mauvaise pour pas perdre de temps a sequencer des choses inutiles.

Maintenant les techniques d'insertion il n'y en a pas 50 generalements on peut retrouver les cicatrices d'insertion ou d'eventuels genes rapporteurs (je suis pas sur que se soitt autorisé par la commission de laisser un rapporteur mais je suis plus sure)

Pétition : Libérons les semences

Posté par Séverin Tagliante-Saracino () le 28/07/2006 à 08:45. (lien). Évalué à 3.

Je ne comprends pas comment on a pu en arriver là...

Texte de la pétition : Libérons les semences
http://www.kokopelli.asso.fr/actu/new_aff_rub.cgi?code_rubri(...)

En finir avec la gratuité ! par Jean-Pierre Berlan
http://www.kokopelli.asso.fr/actu/new_news.cgi?id_news=68%3C(...)

"Les êtres vivants commettent un crime impardonnable: ils se reproduisent et se multiplient gratuitement. Certains en éprouvent même du plaisir. Depuis plus de deux siècles, notre société livre à cette gratuité une guerre longtemps secrète dont la dernière bataille est en cours."

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La génomique, un gros effort de R&D ? Mouais....

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genomique

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