Médecine Sortie de libHprim 3.3.0 et appel aux bonnes volontés

Posté par . Édité par Benoît Sibaud et Xavier Claude. Modéré par Xavier Claude. Licence CC by-sa
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19
26
mai
2013
Médecine

Comme déjà indiqué précédemment, libHprim est une bibliothèque de lecture de fichiers Hprim santé.

Une nouvelle version vient de sortir. Les nouveautés de cette version par rapport à la version 2.0 concernée par la dernière dépêche sont les suivantes :

  • Prise en charge de tous les messages Hprim Santé (exceptés les messages ERR).
  • Utilisation d'un ContentHandler Sax pour utiliser une interface normalisée
  • Le ContentHandler livré avec libHprim crée un XML plus proche de ce que fait Mirth
  • Inclusion dans un dépôt Maven
  • Développement d'un analyseur sale permettant de lire même les Hprim mal formés

J'aimerais que la principale étape prochaine soit la fiabilisation par la création d'une bibliothèque de fichiers Hprim bien ou mal formés.

Pour cela, j'ai besoin de vous tous qui travaillez dans le milieu de la santé. Si vous pouviez m'envoyer des fichiers HPRIM (anonymisés bien sûr) provenant de diverses horizons, ça m'aiderait à tester la bibliothèque dans un maximum de situations. En les intégrant dans des tests automatiques, le risque de régressions serait faible.

Pour la suite, 3 projets sont en cours :

  1. La création d'un plug-in pour MIRTH permettant la prise en charge dans cet EAI du format Hprim (fonctionnel dans la version cvs de MIRTH)
  2. La libération d'une application web java permettant d'intégrer et de visualiser les résultats de laboratoire (déjà fonctionnel en interne)
  3. L'inclusion comme format de données dans Apache Camel (en réflexion)
  • # Pas ouvert

    Posté par (page perso) . Évalué à  1 .

    Bonjour,

    Très intéressant votre travail. J'ai bien des difficultés à lire le code mais je ne suis pas un pro du java ;)
    Le problème c'est que HPRIM n'est pas un format ouvert. Donc les contributions sont difficiles à obtenir.

    http://www.freemedforms.com

    • [^] # Re: Pas ouvert

      Posté par . Évalué à  3 .

      Le format HPRIM est effectivement fermé, et c'est aussi pourquoi une librairie de lecture (et de validation) libre peut être utile aux projets libres.

      En ce qui concerne les contributions, rien que me fournir des fichiers hprim de test serait déjà très important (le parseur étant finalisé sauf pour les messages ERR), mais c'est vrai que ce domaine est un domaine de niche très spécifique.

      Pour ce qui est de l'adaptation au projet freemedforms, j'y ai pensé, mais trois choses le limitent :
      - L'implémentation en java (quoique en fait le parseur est généré à partir d'un grammaire ANTLR qui peut générer également un parseur en C)
      - Le côté strict du parseur (quoique la dernière grammaire écrite permet d'accepter à peu près n'importe quoi).
      - Le temps…

      • [^] # Re: Pas ouvert

        Posté par (page perso) . Évalué à  3 .

        Je peux fournir qq fichiers tests mais ce ne sont que des biologies. Donc que TEX| RES|.
        Le plus simple serait de demander à l'association qui gère HPRIM de vous fournir un "kit de test" et de faire certifier votre lib par la même occasion. Ca ne sera pas gratuit.
        Au passage, HL7 vient d' "ouvrir sa norme", ça vaut peut-être le coup d'y regarder de plus prêt. Si vous voulez nous pouvons créer un projet commun open source. Malheureusement, je ne code pas en Java.
        Votre lib permet-elle la gestion de la compression/décompression & encryptage/décryptage à la sauce HPRIM ?

        http://www.freemedforms.com

        • [^] # Re: Pas ouvert

          Posté par . Évalué à  3 .

          Dans Hprim il y a :
          - Hprim médecin (avec TEX|RES…) => ce hprim n'est pas géré par libhprim, en premier lieu parceque je n'ai jamais trouvé la norme. Par contre, avec un peu d'exemples, créer un parseur est assez simple à faire. Ce format est cependant de moins en moins utilisé parceque peu formaté et peu informatif.
          - Hprim santé (ressemble à HL7 avec pipes) => ce hprim est bien plus structuré, et la norme existe. C'est ce hprim que libHprim vise à implémenter. Il est couramment employé dans les échanges, mais devrait dans le futur être supplanté par hprimxml et surtout HL7.
          - Hprim net => c'est un protocole d'échange dont je n'ai plus le format sous la main. Dans le fond ce n'est pas plus qu'une messagerie smtp sécurisée. Mais les laboratoires peuvent transmettre de n'importe quelle manière (par sftp par exemple)

          En ce qui concerne le protocole de transmission/décryptage de hprim, je pense qu'il vaut mieux utiliser un outil spécialisé dans ce domaine, c'est là qu'un plug-in de hprim net mirth ou apache servicemix sera utile.

          Pour ce qui est de coder, je ne pense pas que ce soit le plus difficile, par contre il serait intéressant de pouvoir trouver des convergences avec les différents projets.

  • # extension

    Posté par . Évalué à  1 .

    Les fichiers HPRIM portent quelles extensions ? .hprim ?

    • [^] # Re: extension

      Posté par . Évalué à  3 .

      Une "extension" n'est qu'une convention de nommage, elle ne change pas la nature du fichier. C'est un vieux reliquat de DOS qui ne devrait même pas exister. Cela n'existait d'ailleurs pas dans MACOS (pré X) et les fichiers s'ouvraient très bien dans la bonne application.
      Le meilleur moyen d'identifier la nature d'un fichier était la base "magic" utilisé par la commande file. Et le meilleur moyen de le codifier est d’utiliser les types MIME.

      • [^] # Re: extension

        Posté par . Évalué à  4 .

        Oui je sais ça mais les extensions c'est pratique pour organiser ses données.
        Donc toi sur ton PC, tes photos JPEG, tes documents LibreOffice, tes fichiers de configuration, tes MP3 et tout le reste n'ont pas d’extensions ? Tu dois bien t'amuser au quotidien…

        Et puis pour faire une recherche sur mon serveur de fichiers, je préfère largement faire un truc tout con du genre :
        $ find -iname "*.hprim"
        plutôt qu'un truc foireux dans le genre :
        $ foreach ls /* | file |grep HPRIM
        (cette commande ne marche pas, j'ai tellement la flemme de chercher une commande qui marche plutôt que faire un find).

      • [^] # Re: extension

        Posté par (page perso) . Évalué à  3 .

        Dans MacOS (pré X), chaque fichier avait un tag application (identifiant l'application qui avait créé le fichier) et un tag type, tous deux composés de 4 caractères (32 bits). Ça aide à éviter le côté 'magique' de l'heuristique, pas toujours infaillible.

    • [^] # Re: extension

      Posté par . Évalué à  2 .

      Effectivement, la nature du fichier est au mieux défine par son type mime.
      Cependant, la norme hprimnet a défini les types de fichiers par son extension…
      Pour les fichiers hprim santé, c'est '.hpr'. Ils peuvent cependant contenir des données de santé confidentielles, et doivent etre soigneusement anonymisés avant toute diffusion

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