L’Open source dans les biosciences

Posté par  . Modéré par Benoît Sibaud.
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jan.
2003
Technologie
La bioinformatique et l’utilisation de l’open source dans les biosciences sont encore toutes deux en phase de décollage. Cependant, une forte croissance est prévue pour l’avenir. Voici donc quelques-uns des développements de logiciels techniques qui compteront le plus en matière de bioinformatique au cours de la prochaine année.

Aller plus loin

  • # Re: L’Open source dans les biosciences

    Posté par  . Évalué à 10.

    J'avais un projet il y a un an de clone de "DNA strider", un logiciel pour manipuler des séquences d'ADN/ARN/Protéines (on en fait un usage quotidien dans les labos de bio). Il aurait en plus une interface web pour rapatrier des séquences des banques de données et éventuellement la biblio associée. J'avais déposé le projet sur Savannah, et deux développeurs avaient commencé, mais ils ont abandonné sans doute par manque de temps (les études...) Au début on avait une interface GTK et on voulait tout écrire "from scratch". Mais je me suis rendu compte qu'il y avait tout une bibliothèque fantastique pour la bio : BIO-perl. http://www.bioperl.org Comme la manipulation de séquence est surtout une manipe de chaînes de caractères (et recherche de motifs et alignements) perl est bien adapté. Je voulais donc reprendre le projet en le basculant vers du GTK/Perl, les bibliothèques pour manipuler/rapatrier/aligner les séquences étant déjà prêtes. En gros, c'est surtout une interface graphique et le linkage des bibliothèques qui serait à faire. De plus, GTK existe sur plusieurs plateformes, donc le potage serait assez simple. J'ai écrit tout une doc complète sur Savannah. Je vais bientôt reprendre ce projet. Si des développeurs sont intéressés, qu'ils me fassent signe en m'envoyant un mail. Sur Savannah, le projet s'appelle DNArchitect.

  • # Re: L’Open source dans les biosciences

    Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 1.

    Voilà certes de bonnes nouvelles, j'en profite pour indiquer une branche moins connue mais qui (de mon point de vue) rentre dans la catégorie "bioinformatique" : il s'agit des problèmes de modélisation (notamment multi-agents, puisque nécessitant de la programmation à plein).
    Tiens, voilà un lien (on-the-rock) pour du multi-agent : http://www.swarm.org/index.html(...)
    Il y a pleins de projets sur le web dans le domaine de la bio (les plus médiatisés étant sans doute la représentation des volées d'oiseaux/bancs de poissons).
    Bref, c'est peut être pas le plus connu mais ça existe et c'est intéressant...

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