Journal logiciel de biologie

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20
déc.
2006
Bonjour cher journal !
Je cherche pour une amie un logiciel d'analyse de séquences brutes ADN en format "fasta" qui fonctionne à la base avec le logiciel (gratuit) "bioedit"...
Ce serait peut-être l'occasion de passer sous linux, suite aux nombreux problèmes rencontrés sous Microsoft Windows...
HELP !

  • # Bioinfo

    Posté par  . Évalué à 4.

    Ceci te donnera peut être des pistes : http://bioinformatics.org/softwaremap/?form_cat=2

  • # .

    Posté par  . Évalué à 8.

    Le format FASTA tire son nom du logiciel qui l'a introduit et est devenu relativement commun lorsque l'on enregistre une ou plusieurs sequence d'acides nucleiques (ADN et ARN) ou d'acides amines (proteines) dans un fichier. Ce format n'a donc rien de specifique a BioEdit.

    Si par analyse de sequences, ton amie parle d'alignement de sequence (pour les non inities, un diff + analyse statistique entre deux sequences prenant en compte certaines homologies entre les differents type d'acides amines ou acides nucleiques composant ces sequences), elle devrait apprendre a utiliser BLAST: sous unix ou sous windows c'est de la ligne de commande et ca devient indispensable des que l'on veut quelquechose de plus fin que les parametres par defaut.

    Pour ce qui est d'une interface graphique je ne sais pas. Freshmeat donne Geneious comme reponse ( http://freshmeat.net/projects/geneious/ ) ca n'est pas libre, mais c'est gratuit pour un usage non commercial.

    Si elle recherche juste un interface a BLAST, il existe un bon nombre de serveurs qui proposent ce service via une interface web. Le premier qui me vient a l'esprit est celui du NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ), mais ton amie devrait deja le connaitre.

    • [^] # Re: .

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

      Si elle parle effectivement d'alignement de séquences dont elle dispose, alors blast n'est pas une bonne solution. C'est un logiciel qui a été conçu pour aligner une séquence face à une base de données (par exemple celles du ncbi) en un temps raisonnable. L'algorithme utilise une heuristique très forte pour cela. S'il s'agit de réaliser une alignement multiple de séquences, il faut utiliser plutôt des outils tels que clustalW ou muscle. Le premier commence à dater et on fait mieux aujourd'hui, mais il reste le plus connu dans le monde de la biologie. Il me semble qu'il intègre une interface pour visualiser l'alignement.

      Après, la requète à la base n'est pas très explicite... l'analyse de séquence c'est vaste !

  • # Perl

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

    Il y a pas mal de modules Perl (miam Perl !) qui peuvent aider a gerer des fichiers FASTA :
    http://search.cpan.org/search?query=fasta&mode=all

    l'avantage c'est que ton script est multi-platformes (comme Java mais ca fait moins e-cool / e-buzz )

  • # Live CD

    Posté par  . Évalué à 3.

    il existe plusieurs live cd pour la biologie. Je ne suis pas biologiste mais j'avais essayé la Bioknoppix [1] pour une copine et il y avait des logiciels en rapport avec l'ADN je crois.

    et là une recherche google indique qu'un gars a fait un live cd à partir de l'ubuntu [2].

    [1] http://distrowatch.com/bioknoppix (le site a l'air HS)
    [2] http://www.biologeek.com/journal/index.php/2005/01/25/32-bio(...)

  • # paquets existants

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

    tu peux parcourir http://cookerspot.tuxfamily.org/wikka.php?wakka=ProgramsScie(...)
    qui te donnera pas mal de liens pour des logiciels scientifiques (au sens large).

    Notamment,
    http://www.biolinux.org/soft.html des paquets RPM existants

    D'ailleurs ceux intéressés pour identifier d'autres liens pour trouver des forges / paquets existants ou simplement des logiciels scientifiques intéressants peuvent s'inscrire sur le wiki et le modifier. S'il y en a qui ont le coeur de simplement tester ces logiciels voire d'aller jusqu'à faire des paquets pour leur distribution préférée (deb, rpm, ebuild, ...) ils sont les bienvenus http://cookerspot.tuxfamily.org/wikka.php?wakka=Presentation(...)

  • # Un logiciel basé sur Eclipse RCP ...

    Posté par  . Évalué à 1.

    Je sais pas du tout si ça correspond à ses besoins, mais je suis tombé là-dessus l'autre jour :
    http://www.bioclipse.net/

  • # Bioedit et wine

    Posté par  . Évalué à 1.

    Bonjour,

    J'utilise Bioedit avec wine et il est fonctionnel. Ca peut toujours dépanner...

    GdB

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