Forum Linux.debian/ubuntu debian orientée bioinformatique

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nov.
2005
Bonjour.. voilà je cherche à customiser une distrib debian vers la bioinformatique. J'ai cherché sur internet mais rien de bien pour débuter, que des exemples de distrib orienté. Si quelqu'un peut me renseigner la-dessus sur la conception de package à partie des sources et la customisation d'un debian en générale, cela m'aiderai beaucoup :)

  • # Re: debian orientée bioinformatique

    Posté par  . Évalué à 2.

    Si quelqu'un peut me renseigner la-dessus sur la conception de package à partie des sources


    http://www.debian.org/doc/maint-guide/

    Peut-être que le projet Debian-Med (distribution Debian adaptée aux exigences de la pratique médicale et de la recherche) pourrait vous interesser, plus d'informations sur http://www.debian.org/devel/debian-med/

    Bonne chance !

  • # Ceci est une question :)

    Posté par  . Évalué à 0.

    Bonjour,

    Quel est l'intérêt de customiser une distribution ?
    Quel est l'avantage par rapport à une installation simple + les logiciels dont on a besoin pour une discipline X ?

    Merci d'avance.

    • [^] # Re: Ceci est une question :)

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

      surtout qu'à partir d'une debian, on peut tout faire (la base faisant moins de 50Mo). Aussi, pour info, le célèbre package bioperl est dans la debian.

      Tout homme qui dirige, qui fait quelque chose, a contre lui ceux qui voudraient faire la même chose, ceux qui font précisément le contraire, et surtout la grande armée des gens d'autant plus sévères qu'ils ne font rien du tout. -- Jules Claretie

    • [^] # Re: Ceci est une question :)

      Posté par  . Évalué à -1.

      Les gens qui moinssent (j'ai un score de 0 pour le message précédent) pourraient-ils avoir la délicatesse de m'expliquer en quoi cette question gentiment posée est inutile ?

      C'est joli de cliquer sur "Inutile", encore faut-il expliquer pourquoi, dans le cas où le message n'est pas une pollution évidente bien sûr.

      Merci d'avance.

  • # un peu HS : live cd bioknoppix

    Posté par  . Évalué à 2.

    Il y a eu un moment ça : http://bioknoppix.hpcf.upr.edu/
    ça n'a pas trop l'air maintenu

  • # liveDVD

    Posté par  . Évalué à 1.

    Hello!

    Si tu cherches qq chose "sequence-oriented", tu dois avoir des tonnes de dépendances vers des bases de données. Pour cela, EMBnet a fait un LiveDVD il y a quelque temps, tu dois pouvoir le trouver ds google avec les mots clés appropriés. Il contient en principe des DB (SwissProt entre autre, ainsi que des softs "classiques"), probablemnet EMBOSS/JEMBOSS. Si tu veux des infos, je suis en connexion avec "le milieu" et je peux aller à la pêche (aux moules).

    Si tu cherche qqchose "stat-oriented" (analyse de chip par ex), je ne sais pas.

    Mais si tu cherches qq chose "structure-oriented" (tinker ou gromacs en back-end, CHARMM et Amber n'etant pas distribuables), avec VMD/Molmol/Chimera/Pymol et tout le toutime ca m'interesse bien de suivre ton projet. -> MP.

    A.

  • # Custom Debian Distribution

    Posté par  . Évalué à 1.

    Bonjour à tous,

    Je vous remercie pour les indics.
    En surfant un peu plus, je suis tombé sur CDD, et vu que la docs est en anglais, je mets un peu plus de temps pour comprendre, par conséquent de voir son intérêts dans la conception d'une debian orienté bio-info. CDD à l'air d'être intéressant pour ce que je veux faire, mais je peux me tromper.
    Donc voila, si vous pouvez me dire si je fais fausse route, ou si vous connaisser l'existense d'une doc sur CDD en francais.

    Merci, @ +

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