Je n'ai rien d'automatique, l'astuce est plutôt au niveau de l'utilisation de GhostScript.
Je scanne l'ensemble des feuillets, avec Gimp, en sauvegardant chaque page dans un fichier .eps (PostScript encapsulé). Ces pages peuvent être de taille différentes (d'où l'intérêt de l'eps). Gimp permet de redresser, modifier les niveaux pour le lisibilité, corriger les couleurs, enlever les défauts...
Pour générer un fichier PDF :
gs -dNOPAUSE (…)