Journal OpenFovea - Le libre à la pointe de la recherche biophysique

Posté par (page perso) .
31
6
mar.
2012

Introduction

La biophysique s'occupe de caractériser le vivant avec des méthodes issues de la physique.

Un des champs de la biophysique est la biomécanique qui consiste à caractériser les propriétés mécaniques du monde vivant. Diverses méthodes existent pour étudier ces phénomènes à diverses échelles.

Le microscope à force atomique (ou AFM est un instrument permettant de sonder les propriétés mécaniques à une échelle sub-cellulaire. De l'ordre du nanomètre en condition idéale, elle permet d'obtenir une définition d'une vingtaine de nanomètres (...)

Journal Linux échoue

Posté par (page perso) .
Tags : aucun
7
21
sept.
2010
Il y a neuf ans, le canton de Soleure (Suisse) passait à Linux.

Aujourd'hui, il fait un retour "surprenant" en arrière et prévois revenir à l'OS prédominant dès l'année prochaine.

[http://www.rsr.ch/#/info/l-actu-en-audio/2478488-l-actu-en-a(...)]

Voilà, triste nouvelle. Je n'ai par contre aucune précision du pourquoi de l'échec. Après 9 ans, c'est triste.

Ce choix est considéré comme arbitraire par l'association suisse "Open Source User" qui demande des éclaircissent sur le choix et un appel d'offre digne de ce nom.

NB. je (...)

Journal Envoyé de mon ****

Posté par (page perso) .
Tags : aucun
40
27
juil.
2010
Avez vous remarqué que depuis l'arrivée de la tablette révolutionnaire de la coopérative fruitière, les messages envoyés depuis leurs caisse est systématiquement signé "Envoyé de mon ***".

Ce petit message, qui a pour effet de m'énerver (c'est pas que j'aime pas les pommes...), donne une bonne visibilité à leurs produit.

Je vous propose donc que nous aussi on signe nos messages "Envoyé de notre Linux".

Soulignons l'usage de "notre" signifiant qu'ils nous appartient à tous.

Bon, vous pouvez copieusement moinsser (...)

Journal Kresko - suivre la croissance de votre bébé

Posté par (page perso) .
Tags : aucun
8
25
jan.
2010
Bonjour,

papa depuis peu, je cherchais une façon de suivre l'évolution de mon enfant (poids, taille, périmètre crânien). Vous vous souvenez surement des carnets de santé avec ces courbes montrant la taille/poids/périmètre crânien en fonction de l'âge. Malheureusement, les carnets actuels de mon pays n'ont plus ces courbes.

Ne trouvant aucun soft (à part faire une feuille de calcul) me permettant de faire ça, j'ai donc commencé à écrire un petit soft.

Je vous présente donc Kresko (croissance en espéranto), (...)

pyLSM, un module python pour microscope LSM 510

Posté par (page perso) . Modéré par Bruno Michel.
Tags :
18
7
nov.
2008
Python
Dans le cadre de mon travail, je dois faire de l'imagerie avec un microscope confocal (LSM 510 live pour les connaisseurs). Malheureusement, les fichiers générés ne sont pas lisibles nativement, c'est du tiff modifié. La bonne nouvelle, c'est qu'il existe déjà des modules libres (via imageJ) ou gratuits (via Matlab) pouvant charger ces images. La mauvaise nouvelle, c'est que je n'avais pas envie de me mettre à imageJ, et j'avais envie de me défaire de Matlab.

C'est donc pour tout ça que j'ai décidé d'écrire un module pour Python qui me permette de charger ces images. Ça n'a pas été très simple, car ces fichiers sont constitués de plusieurs images, une par canal et par tranche. En effet, en imagerie confocale, on peut exciter spécifiquement des fluorofores (c'est à dire des donneurs de fluorescence) et ainsi avoir un canal par marqueur. Une seconde spécificité de ces microscopes, c'est de pouvoir faire des tranches optiques, donc avoir une série d'images qui peuvent reconstituer nos objets en 3D (c'est de la chance en biologie de travailler avec des matériaux relativement transparents, ce qui permet ces tranches optiques). Tout ça pour dire qu'il y a des foules d'informations dans ces fichiers.

Avec ce petit module Python, il est donc possible de visualiser les différents canaux et tranches.

Parce que je suis très original et que je ne le cache pas, j'ai baptisé ce module pyLSM, py pour python et LSM pour... LSM (c'est l'extension des fichiers). Cette dépêche est un appel à tests et suggestions d'améliorations pour ceux intéressés.

Journal Le SVG peut-il remplacer le flash ??

Posté par (page perso) .
Tags : aucun
0
19
oct.
2007
La question que l'on se pose souvent, peut-on remplacer le flash par du svg.

Quelle ne fut pas ma surprise quand je me suis trouvé sur le site de la télévision Suisse Romande avec en haut de la page le message suivant :

L'interface des cartes se base sur une technologie de visualisation dynamique (appelée Scalable Vector Graphic, SVG). Prière d'installer le module correspondant à votre système d'exploitation si la carte ne s'affiche pas (téléchargement gratuit).


et en dessous une (...)