Site bioinformatique Biolinux

Posté par Anonyme le 09 février 2003 à 13:24. Modéré par Benoît Sibaud.

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fév.

2003

Pour ceux qui ne l'auraient pas encore découvert voici un site qui regroupe des RPM sur divers packages bioinformatiques dont EMBOSS, ClustalW....
L'incontournable pour les accros de bioinfo.
Par ailleurs je souhaiterai suggérer la création d'une rubrique bioinformatique. En effet la communauté bioinformatique est trés impliqué dans le domaine de l'open source depuis trés longtemps. Parmi un des plus grands projets, celui developpé à l'EBI (European Bioinformatics Institute) qui met à la disposition de la communauté scientifique un outil permettant de regrouper des informations sur divers génomes et en particulier le génome humain.

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# Re: Site bioinformatique Biolinux

Posté par unsigned (site web personnel) le 09 février 2003 à 13:34. Évalué à 10.

c'est bien comme projet, plus il y a d'utilisateurs de linux et de developpeurs, mieux linux se porte (enfin theoriquement).
mais ce qui a ete decouvert du genome humain jusqu'a present n'est t'il pas protegé par des brevets ( pas tout mais certaines parties)?
# Re: Site bioinformatique Biolinux

Posté par zgub le 09 février 2003 à 14:01. Évalué à 10.

Dans le même registre il existe le projet Debian-Med :

http://www.debian.org/devel/debian-med/(...)

et le méta-paquetage med-bio...
- [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
  
  Posté par Guillaume Rousse (site web personnel) le 10 février 2003 à 12:38. Évalué à 0.
  
  J'ai balancé tout ce que j'ai pu dans les contribs Mandake également: EMBOSS, simseq, sim4, rxp, nciblast. Les autres posent des problème de licences obscures, ce qui est malheureusement récurrent dans le milieu scientifique.
# Re: Site bioinformatique Biolinux

Posté par Yusei (Mastodon) le 09 février 2003 à 14:22. Évalué à 8.

«Par ailleurs je souhaiterai suggérer la création d'une rubrique bioinformatique.»

Ou plus généralement une rubrique Science, non ? Même si la bioinformatique est le domaine en plein développement pour lequel la philosophie du libre est la plus importante, je ne pense pas qu'il y ait suffisamment à dire pour lui dédier carrément une rubrique... On doit en être à trois ou quatre dépêches sur le sujet depuis 2002 :-)
- [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
  
  Posté par Benoît Sibaud (site web personnel) le 09 février 2003 à 14:33. Évalué à 3.
  
  Il suffit de fournir une icone à Fabien.
  - [^] # Commentaire supprimé
    
    Posté par Anonyme le 09 février 2003 à 18:09. Évalué à 3.
    
    Ce commentaire a été supprimé par l’équipe de modération.
    - [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
      
      Posté par free2.org le 10 février 2003 à 08:14. Évalué à 0.
      
      quelques idées:
      e=mc²
      un brin d'ADN
      portraits de scientifiques célèbres comme Archimède, Descartes, Einstein, ...
      
      P.S. Je choisis Descartes car un vrai scientifique doute de tout, toutes les théories étant imparfaites et améliorables
      - [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
        
        Posté par Benjamin le 10 février 2003 à 13:18. Évalué à 2.
        
        On peut aussi voler les logos de sciencesnat.org ;)
# Re: Site bioinformatique Biolinux

Posté par flap flap le 09 février 2003 à 18:47. Évalué à -2.

Bioinformatique??? C'est vraiment le terme fourre tout qui ne represente pas vraiment quelque chose de neuf. Qu'on m'explique ce qu'est la bioinfo par rapport a l'info...
- [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
  
  Posté par linuxml le 09 février 2003 à 20:30. Évalué à 0.
  
  Ben la bioinfo par rapport à l'info, ça touche au vivant. Pour schématiser, l'info c'est + le silicium et la bioinfo c'est les cellules... En très simplifié.
  - [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
    
    Posté par Johann Pelfrene le 10 février 2003 à 09:16. Évalué à 4.
    
    la bioinfo, ca regroupe des scientifiques dont le domaine de compétence est un gradient qui va du biologiste qui utilise une base de données avec une interface web pour comparer des séquences bio à l'informaticien théorique qui va développer de nouveaux outils de recherche des plus longs facteurs répétés sur des séquences qui font des millions de caractères (des génomes quoi) ... et la je ne parle pas des statisticiens qui jouent aussi un grand rôle, car vu la quantité de données est tellement imposante qu'il est souvent beaucoup trop compliqué de faire une étude exhaustive de chaque séquence (mais les stat ca fait toujours peur, je pense que c'est pour ca que ca n'apparait pas dans bioinfo ;-)
    
    la principale contrainte en bio-info par rapport a l'info "classique", c'est la quantité de données à traiter : quand j'ai commencé sur mon sujet, il y avait 10 millions de séquences (celles qui intéressent mon labo) dans la banque, aujourd'hui, 4 ans après, il y en a le double; on a donc des problèmes d'organisation des données, et puis aussi des problèmes pour les traitements (c'est déjà long de parcourir 20 millions de séquences de longueur 500, si en plus il faut en extraire des infos ...)
    
    Sinon pour un informaticien théorique, ca ne change pas grand chose, par exemple en algorithmique du texte, au lieu de prendre des exemples du type ababababbabb, on prend des exemples du type AGTGCTTA (avec les quatres lettres de l'ADN).
    On peut très bien faire aussi du php/mysql (au lieu de faire une base "mes DVD perso", on fait une base "mes sequences").
    Mais pour la plupart des problèmes, il faut quand même une double compétence, ne serait-ce que pour comprendre le problème bio à traiter.
    
    bref, c'est un gradient, donc on peut dire que la bioinfo par rapport a l'info, ca change tout et rien :)
    - [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
      
      Posté par Guillaume Rousse (site web personnel) le 10 février 2003 à 12:37. Évalué à 1.
      
      >la bioinfo, ca regroupe des scientifiques dont le domaine de compétence est un gradient qui va du biologiste qui utilise une base de données avec une interface web pour comparer des séquences bio à l'informaticien théorique qui va développer de nouveaux outils de recherche des plus longs facteurs répétés sur des séquences qui font des millions de caractères (des génomes quoi) ..
      
      Non. La bioinfo, ca regroupe des gens qui appliquent l'informatique à la biologie. Et la biologie, ce n'est pas seulement la biologie moléculaire. Il y a aussi d'autres disciplines qui utilisent largement l'outil informatique, même si elles sont moins omniprésentes/subventionnées. Les systématiciens par exemple font de l'identification assistée par ordinateur, utilisent des bases de données pour inventorier la biodiversité. Les écologistes font des modèles de développement de population. Etc...
      - [^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
        
        Posté par Johann Pelfrene le 10 février 2003 à 14:52. Évalué à 1.
        
        >Et la biologie, ce n'est pas seulement la biologie moléculaire.
        Je suis bien d'accord avec toi, je ne parle que du petit aspect de la bio que j'effleure.
        Mais de la même manière, l'informatique ne se réduit pas au couple php/mysql, ou à toute autre technique / logiciel
        Tout comme on peut trouver à la fois des profils type bac+2, et des chercheurs (débutants ou non) ...
        
        >des gens qui appliquent l'informatique à la biologie.
        >'autres disciplines qui utilisent largement l'outil informatique
        Non plus. je ne suis pas du tout d'accord avec toi sur le terme application : la bioinfo n'est pas simplement une application de l'informatique.
        Bien sur il y a des techniques connues que l'on peut simplement appliquer, mais pour beaucoup de problèmes, il faut que la recherche en informatique progresse, et la on ne peut plus simplement parler de "l'outil informatique", ni "d'application à".
        En gros, si la bioinfo se réduisait à une histoire d'outils ou d'applications (pas au sens logiciel bien sur), il n'y aurait ni crédits pour la recherche bioinfo coté "info", ni de chercheurs informaticiens dans le domaine, car cela reviendrait à un travail d'ingénierie tout au plus (je ne dénigre absolument pas ce travail bien entendu).

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