Le protocole des liens des flux atom servis en HTTPS (par exemple https://linuxfr.org/news.atom ou https://linuxfr.org/journaux.atom) sont en HTTP. Ça serait chouette qu'ils soient en HTTPS.
Je n'ai pas regardé le code qui génère les flux, mais utiliser des protocol relative URLs (// à la place de http://) dans les liens devrait corriger le problème.