OsiriX : l'imagerie médicale libre

Posté par (page perso) . Modéré par Christophe Guilloux.
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7
avr.
2005
Technologie
OsiriX est un logiciel d'imagerie médicale disponible sous licence GPL. Il permet de traiter les données acquises par l'intermédiaire d'appareils médicaux tels que l'IRM ou le scanner.

En 2003 Antoine Rosset, médecin radiologue aux hôpitaux de Genève et passionné d'informatique, part pour UCLA (Université de Californie) ; son objectif : développer un logiciel libre pour l'imagerie médicale afin de s'affranchir des solutions commerciales, très onéreuses. Pari gagné. Aujourd'hui OsiriX, qui en est à sa version 1.6.2, a fédéré une équipe de médecins-développeurs du monde entier et peut sans rougir se placer en concurrent sérieux des solutions propriétaires. OsiriX est d'ailleurs déjà utilisé dans de plusieurs hôpitaux, universités et instituts de recherche.

OsiriX est disponible sous MacOX X (plateforme largement répandue dans le monde médical). Une version Windows et MacOS 9 existe également.

Aller plus loin

  • # Version Linux?

    Posté par . Évalué à 3.

    D'après le site ça fonctionne uniquement sous Mac.
    Et le site "autres versions" parle de Win et Mac.
    Y'a pas une version Linux qq part?
    • [^] # Re: Version Linux?

      Posté par . Évalué à 1.

      Auto réponse : la version Windows se lance avec Wine, mais aucune image n'apparaît :(
    • [^] # Re: Version Linux?

      Posté par (page perso) . Évalué à 1.

      Euh je ne suis pas un maceux, mauis vu l'environnement de dev, je ne pense pas, enfin j'aimerais réellement me tromper :)
    • [^] # Re: Version Linux?

      Posté par . Évalué à 4.

      Le truc c'est que le lien vers "autres versions" mène vers le site d'osiriS (avec un S), alors qu'osiriX (avec un X comme OS X) semble être la nouvelle version du logiciel.

      Et vu les technologies utilisées (Quicktime, X-Grid et Quartz Extreme notament), il y a peu de chances que ce logiciel soit portable facilement sur une autre plateforme qu'OS X.
      Voir : http://homepage.mac.com/rossetantoine/osirix/PICTS/OsirisPreview.jp(...)
      • [^] # Re: Version Linux?

        Posté par (page perso) . Évalué à 4.

        Attention : l'avocat cupide des éditions Albert-René va rappliquer avec un nom pareil ! Il avait déjà intimidé ou menacé Mobilix, il est capable de récidiver.
    • [^] # Re: Version Linux?

      Posté par (page perso) . Évalué à 3.

      Je n'ai pas compris pourquoi il met le logo "Open Source" et le logiciel sous GPL. C'est peut-être parce qu'il manque un logo pour la licence GPL ?

      Le portage est donc possible à condition de recréer un gros tas de bibliothèques. On peut juste espérer qu'elles deviennent libres à leur tour comme ce fut le cas pour KDE.

      En tout cas, le résultat est vraiment impressionnant et ce logiciel est l'illustration de la progression du logiciel libre dans les niches que constituent les logiciels métiers. Les marchands de logiciels vont devoir se reconvertir en prestataires de services. Ceux qui ne l'auront pas compris à temps disparaitront.
  • # Portage

    Posté par (page perso) . Évalué à 6.

    La plateforme pour effectuer un portage serait certainement GNUstep.

    Malheuresement il y a

    1) Utilisation intessive de QuickTime
    2) Utilisation du framework DiscBurn ( sous linux c'est nettement plus fouilli pour faire ca ! wrapper a libburn ? )
    3) Ou sont les sources de DotMacKit ( sont-elles libres ? )
    4) Utilisation d'AppleScript
    5) Utilisation (mineur ?) de CoreFoundation
    6) des petites choses comme :
    NSString *appSupport = @"Library/Application Support/OsiriX
    NSString *logPath = @"~/Library/Logs/osirix.log"

    Alors qu'en utilisant NSPathUtilities cela aurait poser aucun
    problème.

    7) utilisation des framework Omni* qui sont un peu flou au niveau licence



    Bref... il aurait fallu y penser peut-être un peu avant :)


    • [^] # Re: Portage

      Posté par (page perso) . Évalué à 2.

      ca montre que les APIs d'apple sont mures ? ;-)

      dommages qu'elles ne soient pas libres, ca serait du tonnerre dans linux...
      • [^] # Re: Portage

        Posté par (page perso) . Évalué à 1.

        > ca montre que les APIs d'apple sont mures ? ;-)

        Quelles API ?
        Celles dont je parle OmniFoudation & Co ne sont pas d'Apple.
        Pour le reste des API ne sont pas d'Apple mais de NeXT / Sun et date
        de 20 ans ( le NS dans le nom de classes :).

        Et celles-ci existent en LGPL depuis 4 ans au moins ...


        Qu'en a leurs ajouts c'est pas très glorieux :

        - APIs un peu merdique ( XML / Messagerie ... )

        - "Cocoa binding" qui ressemble a un gros hack du runtime avec pas mal d'effets de bord

        - Reprise de l'OpenSource sans volonté d'aider la communauté ( WebKit/Konqueror , gcc .... ) ...
        voir de l'entraver ( patcher leur gcc pour éviter que le runtime objective-C de GNU fonctionne correctement sur leur plateforme )

        - Différent toolkit utilisé ( aussi différent que QT/gtk ) a tel point que les images n'ont pas le meme rendu suivant leurs applications

        - Ajout de composants propriétaires ( Quicktime/ Applescript ) qui font un peu tache dans l'API OpenStep / Cocoa


        mais bon c'est Apple.... ca reste une bonne machine à lobotomiser ;-)
      • [^] # Re: Portage

        Posté par . Évalué à 2.

        > ca montre que les APIs d'apple sont mures ? ;-)

        N'y aurait-il pas plutôt quelque chose de pourri dans cette pomme d'apis ? ;-)
  • # GPLfr, ou linuxfr ?

    Posté par . Évalué à -2.

    On sait plus trop sur quel site on se trouve en ce moment ...
    Entre OsiriX qui ne tourne que sur mac ( et un peu windows ), World Wind qui ne tourne pas non plus sous linux, j'en viens à me dire que je suis sur le site de la FSF ou assimilé ...
    Non franchement, cette news aurait plus sa place dans en seconde page, et dans la rubrique gpl.
    En lisant le titre, on se dit chouette, un nouveau prog sous linux, mais il n'en est rien !

    En attendant, toutes ces depeches me crient: " regarde tous les logiciels qu'on trouve sous windows et macOS, vient utiliser le libre sur d'autre plateformes ..."
    Alors oui, c'est p'tet pour inciter les devs à s'impliquer dans le portage de tous ces prog vers notre plateforme favorite.
    Quoi qu'il en soit, je trouve cette news plutot demoralisante !
    • [^] # Re: GPLfr, ou linuxfr ?

      Posté par (page perso) . Évalué à 7.

      Moi je trouve au contraire la nouvelle vraiment importante, non pas pour la plate-forme, mais pour le fait que nous avons là un exemple d'une application métier complexe, d'un très haut niveau, développée sous licence GPL pour un domaine qui normalement n'héberge pas une multitude de développeurs.

      Cela fait partie des étapes importantes. Aujourd'hui le gros des troupes dans le LL est autour de projets qui concernent les développeurs dans leur vie de tous les jours, voir que cela s'étend est encore une preuve de la maturité du "modèle" et que cela est possible de voir des LL dans tous les domaines.

      Chapeau !
      • [^] # Re: GPLfr, ou linuxfr ?

        Posté par (page perso) . Évalué à 7.

        Les développeurs ont maintenant presque tous les outils dont ils pouvaient rêver. Comme le logiciel libre évite à chacun de passer 90% de son temps à refaire des choses qui existent déjà, c'est vers les logiciels métiers qu'ils seront de plus en plus attirés. Par ailleurs, les radiologistes qui ont une culture scientifique peuvent se consacrer à la réalisation des logiciels qui les intéressent en s'appuyant sur l'imposant thésaurus de logiciels libres maintenant disponible pour tous.

        Osirix n'a été possible que grâce à la double compétence de son auteur. Sans elle, il aurait fallu financer une équipe beaucoup plus importante pour un résultat moindre. En effet, il est difficile à un radiologue d'imaginer ce qu'un informaticien pourrait faire pour lui et à un informaticien d'imaginer ce qui pourrait combler un radiologue. J'ai ainsi vu des informaticiens passer à côté de solutions très élégantes parce que le demandeur n'avait pas même pas osé y rêver.
    • [^] # Re: GPLfr, ou linuxfr ?

      Posté par (page perso) . Évalué à 3.

      << On sait plus trop sur quel site on se trouve en ce moment ... >>

      Pour qu'un soft soit porté sur autre chose que Mac/Windows, il faut qu'il se fasse connaitre. Une news sur Linuxfr.org permet de recruter des développeurs ;-)

      << je trouve cette news plutot demoralisante ! >>

      Pas moi. Je trouve ça bien que de plus en plus de monde développe sous licence libre, même si ce n'est pas sur mon OS chéri.

      @+ Haypo
    • [^] # Re: GPLfr, ou linuxfr ?

      Posté par (page perso) . Évalué à 6.

      Voyons voir...
      Tiens, un lien au bas de la page d'accueil. Cliquons ( http://linuxfr.org/association/(...) ).
      Lisons :

      L'association LinuxFr

      LinuxFr est une association régie par la loi de 1901, créée fin octobre 1998. Elle a pour objectif de promouvoir les Logiciels Libres, en particulier Linux.


      Et le site Linuxfr.org est gèré par l'association en question, il est donc logique qu'on y trouve des news sur les Logiciels Libres, même si ceux ci ne tournent pas sous Linux...
  • # Impressionnant

    Posté par . Évalué à 7.

    En tant que manipulateur en radiologie, je trouve que ce logiciel est impressionnant au vu des caractéristiques annoncés sur leur site. Etre capable de réaliser de vraies reconstructions en rendu de volume directement dans OsiriX, c'est bluffant. Jamais vu ca ailleurs sur d'autres systèmes de visualisation Dicom/PACS. Maintenant je n'ai pas une vision exhaustive du marché.

    Par contre je vois deux obstacles majeurs à la diffusion, en France du moins.

    1. Pas de société capable de vrai support technique permanent. C'est capital ça en imagerie médicale. Les hopitaux ne veulent pas investir sans avoir la certitude d'avoir quelqu'un qui puisse intervenir immédiatement en cas de problème. C'est ce qui cause la quasi inexistance des scanners et IRM Hitachi et Toshiba qui sont disposent pourtant d'excellentes machines.

    2. MacOS X seulement. Vu les politiques de réduction des coûts dans les hôpitaux, je ne les vois pas se mettre à équiper chaque service d'un Powermac BiG5. Ce que j'ai vu mis en place en pratique c'est une grosse machine genre Bi-Xeon dans le service d'imagerie médicale, et l'installation du logiciel sur des machines standard préexistantes dans les services de soins (genre PIII).
    • [^] # Re: Impressionnant

      Posté par . Évalué à 5.

      Pour info, Advantage Workstation (AW) de General Electric Healthcare, qui est une station de revue d'images medicales (scanner, IRM, mammo, xray...) et de post traitement ( imagerie fonctionnelle, imagerie 3D) tourne sur des gros PC sous Linux (apres avoir tourne sur Sun jusqu'a il y a quelques annees). Mais c'est une application proprietaire. Les produits du meme genre chez Philips, Siemens, Vital images tourne eux aussi sur des gros PC mais sous Windows . Quant aux systemes PACS (plutot oriente vers l'archivage) et HIS-RIS (plutot oriente gestion administrative des patients) la plupart de ceux que je connais tournent sous Windows.
      A savoir, Linux prend de plus en plus d'importance dans le monde medical. Beaucoup d'applis medicale (plutot oriente aide au diagnostic ou gestion d'equipement, voire meme monitoring) tournent sous Linux ou RT-Linux.
    • [^] # Re: Impressionnant

      Posté par . Évalué à 9.

      Il y a pas mal d'obstacles majeurs a la diffusion dans beaucoup de pays.

      L'argument du prix du materiel est assez 'mineur'. Un BiG5 + MacOSX ne doit pas couter beaucoup plus cher qu'un gros PC (la plupart des configs actuelles sont en bi Xeon ou Opteron, avec minimum 1 ou 2 Go de RAM ECC, avec des disques tres rapides (SCSI ou SATA 10k rpm, le tout en raid), avec des ecrans d'assez bonne qualite et de grande taille. Dans le cas de certaines stations/utilisation, on trouve en plus des ecrans specifiques BW de plus de 5 millions de pixels, et des cartes graphiques dédiées. (Terrarecon par exemple fournit des cartes speciales et cheres).
      De toute facon, les fabricant vendent des solutions : materiel + logiciel + options + support + maintenance. Et le prix du materiel la dedans est presque une goutte d'eau.

      Je vois des obstacles bien plus grands :
      1 les assurances des hopitaux/medecins exigent de ceux-ci l'utilisation de materiel/logiciel soumis a certaines normes/certification
      De plus dans beaucoup de pays, le materiel medical (surtout quand il est critique comme les equipement d'acquisition et de traitement de données) est soumis a des autorisations de mise sur le marche et donc aussi a des normes/certifications.
      En France, c'est le Gmed (entite du LNE, laboratoire national d'essais) qui assure principalement la conduite des ces certifications (essais du materiel/soft, conduite d'audits...).
      Ces certifications coutent cher : pas seulement la certification elle meme, mais aussi le travail preliminaire (mise en place de processus de developpement, mise en place d'une poilitique qualite...).
      -> je ne suis pas sur que ces certifications aient ete engagees sur Osirix, et si elles l'ont etes, comment leur continuite sera assuree au long de la vie de ce projet (obsolescence materielle, evolution du soft...). Ceci est un argument determinant pour les radiologues/hopitaux.

      2 les stations de ce genre coutent cher (cf plus haut) mais ne servent a rien sans equipement d'acquisition (j'y reviendrai plus bas). Generalement, les constructeurs (Siemens, Philips, Toshiba, GE...) couplent la vente de ces stations avec l'acquisition des equipements d'acquisition (scanners, IRM, appareil de mammographie, salle de radiographie) qui sont encore beaucoup plus onereux (au moins 10 fois plus), et n'aiment pas beaucoup (au moins les tres gros fabricants pre-cites) vendre les stations seules.
      (ben oui, quand tu viens de te faire souffler le marche d'une salle IRM, t'es pas forcement pret a lacher du lest sur tes stations...)
      -> beaucoup de ventes sont couplées a celles des equipement d'acquisition et donc Osirix aura du mal a toucher un gros marche sans etre associe a un fournisseur de ces equipements.

      3 desole, mais d'apres ce que je vois quotidiennement sur les equipement d'imagerie medicale, Osirix a encore quelques annees de retard sur le marche. Le travail fourni est formidable, et les resultats montres sont tres tres encourageants, mais :
      les stations de revue et Pacs sont proposes dans une optique de productivite autour des equipement d'acquisition.
      Explication : vu le prix des monstres (scan, irm...) et le cout de leur maintenance (jusqu'a plusieurs jours par mois a l'arret pour resserrer les boulons de ces machines tres evoluees mais capricieuses et soumises a de fortes contraintes), le but du jeu est de faire defiler le maximum de patients dessus (c'est aussi pour cela que souvent le circuit d'attente est composé de plusieurs petites cabines mises en parallele ou les patients se (des)(r)(habillent)).
      Donc le processus ressemble en gros a ca : circuit d'attente de plusieurs patients en parallele, acquisition sur la machine faite par un operateur (pas un radiologue, j'y reviendrai), et dispatch des acquisitions via le reseau sur les stations de revue ou pacs ou imprimantes (tres cheres, elles aussi tant que j'y pense)(et je ne parle meme pas du prix des consommables) DES radiologues.
      Tout cela parce qu'un examen ne dure pas tres longtemps : de qques minutes a quelques dizaines de minutes, tandis que l'analyse des données et la consultation avec le patient prend bien plus de temps et qu'il est hors de question de ne pas se servir du scan pendant ce temps.
      La logique de la productivite va meme encore plus loin : le marche offre depuis quelques annees des outils CAD (computer assisted diagnosis) qui effectuent un premier traitement de certaines acquisition et fournissent des donnees plus rapidement assimilables par les radiologues (detection automatique de nodules, polypes ou calcifications, segmentation automatique du tissus vasculaire ou osseux, mesures automatiques de longueurs, volumes...). Tout cela pour que le radiologue soit encore plus productif. Et on assiste depuis quelques temps a l'arrivee de la realite augmentee et autres softs encore plus evolues.
      Et c'est là que le bat blesse : Osirix presente des outils formidables mais ne semble pas encore proposer certains de ces fonctionnalites presentes chez les gros acteurs.

      Quand quelqu'un a une idee innovante dans le domaine de l'imagerie medicale, en general, il monte sa petite boite, developpe un peu sa fonctionnalite, essaie de publier un peu, monte son petit stand lors de quelques congres majeurs (rsna, ecr...) pour augmenter un peu sa visibilite et tente de faire racheter sa petite structure par un des gros acteurs (et ensuite s'achete qques chemises a fleurs, bobs, bouee canard et autres shorts et tongs, et file depenser tropicalement son fric).

      4 Comme le dit Julien : le support.
      Le support et la maintenance, c'est deja s'assurer que le materiel est certifie, gerer les obsolescences materielles (pour continuer d'assurer la production et etre capable de reparer changer un element deffectueux chez le client).
      C'est aussi assurer la maintenance du code et fournir des mises a jour.
      Et egalement, s'assurer d'un processus de reparation (souris, clavier, disque dur, lecteur de CD, ecran...)
      Et donc faire du suivi client : pas leur demander de s'abonner a une mailing-list . Les administrateurs d'hopitaux, chefs de service et radiologues ont l'habitude et aiment être chouchoutes (et ils entendent bien le rester). En cas de pepin, ils veulent (exigent) une reponse et une solution rapide et personnalisee.



      Bref a mon avis, il y a plusieurs options de deploiement :
      - les radiologues qui aiment geeker un peu ou qui ont envie de tester ou de s'impliquer un peu, ou qui n'ont pas les moyens (pays en voie de developpement, petites cliniques), les chercheurs (qui vont apprecier d'avoir un environnement libre et ouvert, leur permettant d'implanter les fonctionnalites sur lesquelles ils travaillent plus facilement) peuvent installer cette solution, mais en connaissance de cause : pas forcement de support, il faudra mettre les mains dans le cambouis et surtout (cf assurances...) faire attention a l'utilisation de produit. Je ne dis pas que le produit n'est pas fiable ou bon, je me demande quelle est la chaine de responsabilite en cas d'erreur lors de l'utilisation de ce produit.
      Les consequences peuvent ne pas etre negligeables : erreur de diagnostic (rare!) ou images corrompus (nouvel examen, et dans le cadre de produits de radiographie, nouvelle exposition aux X), donnees non exploitables, confidentialite des donnees patients non preservee...
      - si une boite accepte de se mouiller, prendre des risques et decide de fournir (moyennant finances evidemment) les certifications necessaires, une distribution, un support et un service.
      Ca peut devenir tres interessant : association du libre et du commercial, en plein dans la philosophie.
      Pour info le gros du marche est aux US d'abord, puis Asie et Europe, et enfin le reste du monde.

      Desole d'avoir ete long (et en plus j'ai du oublier pas mal de choses)


      Matiphas

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