Nous allons parler ici des examens par imageries médicales de type scanner ou IRM. Un scanner est une série d’images faites aux rayons X et pour une IRM c’est de la résonance magnétique. Pour une IRM, vous passez dans un énorme aimant extrêmement puissant (attention aux objets métalliques). Quand vous passez l’un de ces examens, vous repartez avec un CD ou DVD que vous donnez à votre médecin ou bien vous avez un code pour aller chercher vos images sur internet. Vous pouvez aussi parfois y accéder avec votre smartphone. Il s’agit le plus souvent d’une série d’images en noir et blanc de type jpeg. Elles sont difficiles à interpréter par des non-spécialistes. C’est là qu’intervient un logiciel dédié. Vous pouvez parfois obtenir la série d’images sous un format dédié, c’est le serveur qui fait la conversion sur demande, par exemple le format DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d’images médicales, ou NIFTI. Gimp peut lire le format DICOM, mais ce n’est pas très pratique.

GIMP continue à consolider ses fondations avec cette nouvelle version 2.10.32, qui apporte un grand nombre de correctifs et améliore la prise en charge de nombreux formats de fichiers image.

Cette dépêche présente les changements les plus notables et les plus visibles. En particulier, nous ne faisons pas une liste exhaustive des correctifs. Pour une liste plus complète des changements, nous vous invitons à consulter le fichier NEWS ou à examiner l'historique des commits.

Le recalage d’images est utilisé dans la communauté de l’analyse d’images médicales depuis très longtemps (Barnea & Silverman, 1972, Ledbetter et al. 1979), on peut même remonter plus loin dans le temps avec les travaux de Sidney Bertram, 1963 en fournissant tous les outils via des descriptions de circuits analogiques (vraiment impressionnant pour l’époque).
En commençant à travailler sur des images issues d’IRM, j’ai été amené à faire une bibliographie sur les outils utilisés dans l’analyse d’images médicales. J’ai constaté que leurs techniques de recalage d’images étaient très similaires à celles utilisées dans les différents domaines de la mécanique. Après beaucoup de bibliographie, je suis parvenu à situer ce qui est fait en mécanique dans les cadres proposés en analyse d’images médicales.

Cette dépêche est l’occasion pour moi de présenter ces techniques dans le détail.

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La prochaine dépêche présentera les logiciels utilisés dans les différentes communautés scientifiques.

En juillet 2012, le Centre Hospitalier Universitaire de Liège (Belgique) a publié la première version de son projet libre Orthanc. Orthanc est un serveur DICOM qui permet d'améliorer les flux d'imagerie médicale. La version 0.7.1 de ce projet utile aux hôpitaux est disponible depuis aujourd'hui.

OsiriX est un logiciel d'imagerie médicale disponible sous licence GPL. Il permet de traiter les données acquises par l'intermédiaire d'appareils médicaux tels que l'IRM ou le scanner.

En 2003 Antoine Rosset, médecin radiologue aux hôpitaux de Genève et passionné d'informatique, part pour UCLA (Université de Californie) ; son objectif : développer un logiciel libre pour l'imagerie médicale afin de s'affranchir des solutions commerciales, très onéreuses. Pari gagné. Aujourd'hui OsiriX, qui en est à sa version 1.6.2, a fédéré une équipe de médecins-développeurs du monde entier et peut sans rougir se placer en concurrent sérieux des solutions propriétaires. OsiriX est d'ailleurs déjà utilisé dans de plusieurs hôpitaux, universités et instituts de recherche.

OsiriX est disponible sous MacOX X (plateforme largement répandue dans le monde médical). Une version Windows et MacOS 9 existe également.