glyg a écrit 16 commentaires

Salut,

Je n'ai pas regardé mayavi depuis longtemps, mais pour la 3D j'utilise ipyvolume qui fournis une couche python pour appeler threejs, sous forme de widget jupyter. Toujours sur les aspects 3D, ITK/VTK étaient super à la traîne mais depuis peu (quelques mois?) sont passés en python 3 et il existe une interface pour les carnets jupyter.

Merci lejocelyn pour la dépêche!

Pour votre super boulot!

j'ai tout ré-ouvert sans problème personnellement.

Je ne sais plus pour quel saut de version il y avait une rupture dans le sens nouvelle -> ancienne. Je n'ai pas essayé d'ouvrir des notebooks créés en 2.0 en 1.x ceci dit.

Ctrl+M devrais néanmoins avoir le même effet que esc, même si non documenté.

Oui c'est le cas et c'est documenté, en fait.

Oui j'ai eu très envie de faire ça l'autre jour (pour du texte répétitif avec seulement quelques variables qui changeaient) et j'ai trouvé que faire du formatage de string en markdown puis du rendu html avec IPython.disp.HTML était un peu tortueux…

Je ne dirai pas que le notebook ipython a changé ma vie, mais très certainement ma manière de bosser, en beaucoup mieux.

Merci encore aux devs.

Je trouve vraiment génial de pouvoir 'montrer du code' sans faire peur à monsieur tout le monde. La 'programmation lettrée' a enfin tout son sens.

Enfin j'applaudis le prof de math, j'essaie de convaincre mes potes qui font ce noble métier d'adopter le notebook, mais c'est pas facile.

L'excellente revue Le Tigre utilise scribus pour sa version papier. C'est un mensuel, donc je ne sais pas si on peut parler d'utilisation quotidienne, mais vu la qualité graphique de la revue, et le niveau d'exigence des rédacteurs, ça vaut la peine d'être souligné.

Bien sûr, je parlais de la classe DataFrame de pandas par rapport à une ndarray numpy, pas du format de stockage. Dans les premiers temps où j'utilisais le stack scipy, la seule solution était les structured array pour nommer des colonnes, mais la facilité d'utilisation est bien moindre, et il n'y avait pas les fonctionnalité de MultiIndex si pratique dans pandas pour manipuler des structures de données compliquées (sans déclarer une classe spécifique à chaque fois, et de manière beaucoup moins bien optimisée).

À propos de VTK, pandas est en python, et VTK fournit des bindings python (apt-get install python-vtk).

hors sujet
C'est aussi une dépendance de mayavi, qui est un logiciel / bibliothèque qui permet de manipuler des données 3D dans python, et qui repose largement sur VTK. J'ai un peu joué avec mayavi, mais je trouve que l'intégration au reste du stack python scientifique n'est pas géniale, par exemple parce que mayavi repose sur wx pour tout ce qui est graphique, et que ce n'est pas le toolkit de choix pour le reste du stack, donc c'est moins bien maintenu, et pas du tout stable en interaction avec matplotlib la dernière fois que j'ai regardé…

J'imagine que ça ne prendrai pas trop de temps d'écrire un wrapper VTK/pandas en passant par des ndarrays numpy, mais j'ai rien trouvé.

Un bout de code qui lit du vtk dans python:
https://github.com/vahidR/facy/blob/master/wind.py

hors sujet
Finalement, pour tout ce qui est représentation 3D complexe, je me repose du plus en plus sur Blender (en gros je code la glue entre mon code dans un script exécuté dans Blender). Comme tout est compatible python 3, ça se passe assez bien, et blender est vraiment puissant…

J'utilise pandas avec python 2.7 et python 3.3 de manière transparente (et sans problèmes de dépendance, sauf des soucis d'interopérabilité pour certains fichiers sauvés au format HDF5, des problèmes de pickling et d'encodage je pense). Ceci étant dit, je suis vraiment très content de cette bibliothèque, qui m'a vraiment simplifié la vie (ah le bonheur de ne plus se demander si la colonne 'z' était la troisième ou la quatrième) …

C'est un petit détail, mais l'affichage des tableaux en html dans ipython notebook est agréable.

Par contre - malheureusement - tu ne peux pas faire de truc genre:

from blender import bpy
my_sphere = bpy.Sphere()

dans un interpréteur python à l'extérieur de blender.

il y a plein de gens dont l'activité n'est pas de fournir du logiciel, mais de fournir des résultats (analyses, rapports, n'importe quoi en fait). Dans le cadre d'une telle activité, il est tout à fait possible de développer ou de contribuer à des logiciels libres, puisque l'activité de développement elle même n'est pas monétisable (il n'y a pas de business model sur le développement en tant que tel).

C'est exactement mon cas, je ne vend pas aux chercheurs avec qui je bosse des logiciels mais plutôt des analyses de données, déjà 'mâchées' (je suis preneur pour une traduction de data crunching). Surtout que finalement, quand je leur passe un notebook IPython, c'est plus un rapport dynamique et exécutable qu'un programme…

Enfin je suis bien heureux de vivre dans l'écosystème libre…

D'abord un gros big up pour les dev de ipython
J'utilise le notebook pour mon développement, pour tester quelques lignes de codes avant de les inclure dans mes modules. Je trouve ça particulièrement utile pour la production de graphes (avec matplotlib)

Ensuite, je teste en ce moment l'utilisation du notebook pour faire exécuter du code à des utilisateurs qui ne connaissent pas la programation (des biologistes). Pour moi c'est une alternative au dev d'une interface graphique, qui permet vraiment de faire du 'litterate programing', je peux expliciter le fonctionnement du code, et les utilisateurs peuvent modifier facilement les paramètres en éditant les cellules. C'est beaucoup plus rapide à mettre en place, plus flexible et moins ch***t à programmer ;-).

Je recommanderai plutôt d'installer texlive pour windows aussi, c'est une distribution plus complète et plus à jour que MikTex. Comme en plus c'est la distribution par défaut pour les linuxiens, ça facilite l'interopérabilité (puisque les paquets par défaut sont les mêmes).

D’où ma question, est-il possible avec tes outils magiques de produire des figures complètement vectorielles qui s’adapteront au style et à la police du document LaTeX dans lequel elles seront incluses ? Ou alors retraces-tu tes figures chaque fois que veux les réutiliser dans un autre contexte ?

Généralement, je crée un petit script qui trace la figure, pour que la génération soit plus simple. Idéalement, les données sont rangées dans une classe, et les calculs et les diverses représentations sont des attributs de cette classe. Après, comme je bosse avec des biologistes, les graphes sont généralement inclus dans des figures plus vastes. Donc j'exporte le graphique en pdf puis j'importe dans inkscape (l'export en svg direct depuis une figure pylab ne marchais pas bien du tout la dernière fois que j'ai essayé). Donc l'étape inkscape viens surtout du fait que je rajoute des zigouigouis à mes figures... Mais l'export en pdf et un \includegraphics marchent très bien si tu as la chance de faire du 'pur' (pdf)latex.

Pareil, merci pour la suite Numpy/Scipy/Matplotlib... Pour moi associé à du LaTeX/Beamer et Inkscape... Ça coule tout seul!