Le génome humain libéré

Posté par  . Modéré par Benoît Sibaud.
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avr.
2003
Rien à voir
Le Consortium International pour le Séquençage du Génome Humain a annoncé lundi l’aboutissement de ses travaux sur le séquençage complet du génome humain, et ce avec 2 ans d'avance sur la date prévue... Mais deux ans après Celera Genomics.

Cependant, à la différence de son concurrent privé qui refusait de partager le fruit de son travail et qui envisageait de déposer des brevets sur le résultat de ses recherches, le consortium public a mis, gratuitement et librement, ses résultats à la disposition des chercheurs du monde entier.

L'ensemble a en effet été placé dans une banque de données librement accessible par Internet. 10 ans d'effort n'ont pas été de trop pour venir à bout des 34.000 gènes de l'ADN humain (contre plus de 100 milliards de bases pour le muguet, cette plante qu'on offre le 1er mai).

Il faut tout de même saluer la performance scientifique, mais aussi la libération du patrimoine génétique de l'humanité, sans laquelle de nombreux pays ne pourraient pas profiter des progrès de la recherche...

La philosophie du Libre appliquée à la science en quelque sorte !

Aller plus loin

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  . Évalué à 10.

    C'est pas plutot du muguet le 1er mai ?

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

      Bah certains hibernent et trouvent le gui en se reveillant le 1er mai :-)

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à -2.

      Bien vu ! Le gui, c'est le 1er janvier !

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à -1.

      Vi, je voulait effectivement parler du muguet, qui est à ce jour l'organisme ayant le plus grand nombre de bases (estimations : plus de 100 milliards contre environ 3 milliards pour le génome humain). Disons que j'ai posté la news vers 5h du mat, et que je n'ai malheureusement pas vu cette erreur avant de valider :/ Si le modéro pouvait corriger ce serait parfait ! :)

      • [^] # Re: Le génome humain libéré

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

        muguet, qui est à ce jour l'organisme ayant le plus grand nombre de bases

        hum, non il y a une amibe dont le génome fait environ 670 Gb.

        • [^] # Re: Le génome humain libéré mais pas trop ...

          Posté par  . Évalué à 9.

          Je me la joue grosse larve (à défaut d'amibe), pour être sur que le texte reste (contrairement à la validité d'un lien).

          ---------------


          Axel Kahn regrette le brevetage d'un certain nombre de gènes

          PARIS (AP) - Le généticien français Axel Kahn a regretté mardi que le séquençage du génome humain, dont la réalisation à 99,9% a été annoncée lundi, ne puisse être accessible à tous "dans la pratique", à cause de la multiplication des brevets sur un certain nombre de gènes.

          "Ce séquençage doit être accessible à tous, mais dans la pratique, cela ne sera pas aussi simple", a-t-il remarqué sur France-Info. "Il y a un petit problème, c'est que bien d'autres entrepreneurs, et notamment des entrepreneurs privés mais aussi des universités, ont breveté ces gènes".

          "A l'heure actuelle, dans le monde, il y a environ un million de gènes qui font partie des demandes de brevet" et "il y a de fortes chances que l'immense majorité des gènes humains (y) soient déjà intégrés", a ajouté le Pr Kahn.

          Pour le généticien, "cela veut dire qu'on aura certes accès" à ces gènes, "mais si on veut (les) utiliser, pour faire de la biologie et notamment pour essayer de réaliser un médicament, (...) il faudra malheureusement payer des royalties au détenteur du premier brevet".

          "La liberté d'utilisation est tout de même limitée et je le regrette très profondément", a conclu Axel Kahn. AP

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  . Évalué à 10.

    Ouaip, je suis bien content de ne pas être la propriété d'une boite privé qui aurait déposé un brevet sur mon codage génétique...
    J'espère que cela aidera la recherche génétique pour ses objectifs de santé publique (et non d'amélioration de l'espèce, style 'Bienvenue à Gattaca', excellent film soit dit en passant)

    Sinon, moi, j'embrasse sous le gui les soirs de nouvel an et je cueille du muguet le 1er mai...

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

      Sinon, moi, j'embrasse sous le gui les soirs de nouvel an

      T'en a bien de la chance :-)

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 10.

      tu suspend un écran au plafond pour embrasser sous le GUI ?

      ça c'est geek !

      La gent féminine, pas la "gente", pas de "e" ! La gent féminine ! Et ça se prononce comme "gens". Pas "jante".

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 1.

      style 'Bienvenue à Gattaca', excellent film soit dit en passant)

      Comme référence je préfére le livre 'Le meilleur des mondes', d'Aldous Heuxley -merde l'orthographe du nom, je l'ai oublié-, cela à la préséance dût à son âge.

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 5.

      Qu'est-ce qu'un "objectif de santé publique" ? Supprimer les embryons/foetus contenant des tares ou des prédispositions à certaines maladies grâce à des tests de dépistages génétiques ? Ou bien guérir et prévenir la venue de ces maladies ?

      • [^] # Question d'ethique

        Posté par  . Évalué à 4.

        Ouhlà... vaste débat. L'eugénisme, c'est justement la grande question posée par le film dans j'ai fait référence... C'est pas simple de bien concilier eugénisme et étique... Il faut lutter contre les maladies génétiques, c'est certain, mais à quel moment ? A la conception en rejetant les embryons 'mal'sains ou bien en soignant par aprés par thérapie génique ? C'est un trés trés grand débat à mon sens. Mais où en est-on déjà à l'heure actuelle ? Il existe déjà en France ce que l'on appelle le diagnostic préimplantatoire. Il s'agit de détecter 'in vitro' les embryons sains de certaines maladies génétiques trés ciblées et pour des couples à risque avant implantation. C'est trés règlementé et il faut bien noter que les tests ne portent que sur certaines maladies décidées par un comité d'étique national... hors de question de tester le daltonisme, les cheveux roux ou la couleur des yeux... Sur le sujet du diagnostic préimplantatoire ( http://www.senat.fr/lc/lc75/lc750.html ) le débat est encore trés frais et l'europe n'est pas encore au diapason sur ce sujet (encore un ;-) En France, donc, c'est autorisé. Le premier bébé ayant bénéficié de cette technologie se prénomme Valentin et il est né en novembre 2000 ( http://marco.garnier.free.fr/valentin.htm ) ... Depuis http://fr.wikipedia.org/wiki/Eug%E9nisme L'eugénisme (du grec eu, bien et gennân, naissance) signifie littéralement bien-naître. L'eugénisme est une idéologie fondée sur le darwinisme et la génétique ; elle cherche à appliquer à la société humaine la théorie de la sélection naturelle.

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  . Évalué à 10.

    On ne peut que se rejouir du libre acces au genome humain, mais c'est en fait la moindre des choses !
    Ca aurait vraiment été du n'importe quoi qu'une boite (americaine au hasard) depose des brevets la-dessus .....
    Merci au Consortium Internaional !

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

      D'autant plus que cela va faciliter l'accès pour la recherche sur le génome. Ce sont les chercheurs qui vont pouvoir s'en donner à coeur joie.

      Une très bonne initiative !

      (et du coup, les éventuels brevets que certaines boutiques deviennent caduques...)

      • [^] # Re: Le génome humain libéré

        Posté par  . Évalué à 7.

        Je suis pas sur que ce soit vrai dans tous le pays et notamment aux USA (pour les brevets caduques) . Je pense que les brevets y seront toujours valables.

        Je vois mal, en efet, un ministre expliquer à ses copains qu'il va supprimer les brevets qu'ils ont si chèrement acquis parce que des laboratoires étranger (mais également américains) ont mis le génome dans le domaine public sur internet) et c'est pas parce qu'il est dans le domaine public dans certain pays qu'il le sera aux Etat Unis. Et si on arriver a faire un medicament sur ces recherches pour l"exporter aux USA il faudra toujours s'aquitter des droits de brevet.

        Mais les chercheurs pourront toujours venir faire leur recherche dans des pays qui n'ont pas ces brevets

        • [^] # Re: Le génome humain libéré

          Posté par  . Évalué à 2.

          Il me semblait qu'un brevet ne pouvait être déposé s'il y avait un précédent avéré avant le dépot du brevet...

          M'enfin ça c'est en France, aux Etats-Unis je ne peux pas me prononcer (ne connaissant pas les lois de là-bas) mais la logique voudrait que ce soit la même chose (c'est le principe même du brevet).

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  (site web personnel) . Évalué à 5.

            Le brevet va aux premiers inventeurs au USA pas au premier déposant. C'est comment ça que RMS détiendrait un brevet sur l'autocomplétion :)

            Un petit vendeur de traitement de texte avait des problèmes avec un autre à cause d'un brevet sur l'autocomplétion. Ce petit vendeur a été voir RMS qui avait utilisé cette fonctionnalité depuis les années 70 dans emacs. Dans les faits, RMS a donc les droits de ce brevets déposé par d'autre.

            "La première sécurité est la liberté"

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel) . Évalué à 5.

              Mais pour le déchiffrage du génome humain, peut-on parler d'invention?
              Est-ce que Champollion a breveté son savoir pour déchiffrer les hieroglyphe?

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  . Évalué à 4.

                Ben en fait il semblerait que certaines universités / chercheurs / boites privées aients breveté des gènes (source le "Some News" récolté sur la page d'accueil). Et cela pour un total d'environ 1 million de gènes brevetés.

                A mon humble avis ils auraient mieux fait de breveter le gène de la connerie.

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  . Évalué à 1.

            Aux USA, la logique, c'est le profit...

            • [^] # Le profit, en vu de profiter.

              Posté par  . Évalué à -1.

              Ba comme partout ailleurs. Par contre ils ont de vache de moyens pour la recherche. C'est un probléme car les expert prévoit que les biotech pourrait représenter 18% de l'économie dans qq années ( et enterrer l'informatique...). Ce qu'il faudrai, c'est suivre leurs exemple de colaboration public/privé. Un financement égale de 50% à beaucoups d'avantage. Le principal étant que le privé sait ce qui se vendra, raportera, créra des emploi, bref il sait créer une demande, alors que le public n'en à cure. Le deuxiéme et que si le privé fait des profits, une partie retourne au public par le biais des impôts. (De toute façon l'argent du public est toujours d'origine privé). C'est donc un systéme qui s'auto entretiens. Il y a urgence à copier ce modéle américains qui est si performant avant que nous soyons définitivement distancé. (Et je rappel que notre CNRS fut inspiré par le model de la recherche Soviétique, tout comme les NatLab des USA d'ailleurs)

              • [^] # Re: Le profit, en vu de profiter.

                Posté par  (site web personnel) . Évalué à 7.

                <i>> Ba comme partout ailleurs.
                Non. Le tout-pognon ne représente pas encore 100% du monde.

                <i>> Ce qu'il faudrai, c'est suivre leurs exemple de colaboration public/privé.
                Les entreprises sont relativement impliquées dans l'effort de R&D en France. Contrairement à certaines idées reçues, le gouvernement fédéral américain investit des fortunes dans la recherche. Même si celle-ci n'est pas toujours réalisée par des organismes publics, la recherche est belle et bien financée par l'Etat, et c'est donc aussi lui qui décide de ce qui est intéressant ou pas - en l'occurence la R&D dans le secteur militaire est franchement plus que bien développée 8-/

                Voici un lien qui donne qq chiffres:
                http://cisad.adc.education.fr/reperes/telechar/res/res97/res97c2.pd(...)

                <i>> De toute façon l'argent du public est toujours d'origine privé
                Non. L'argent circule du privé vers le public et du public vers le privé, et n'est jamais ni tout blanc ni tout noir. Le privé ne créé pas 100% des richesses d'un pays. Les profs de l'éducation nationale par exemple créent de la richesse autant que les formateurs (*) de chez Oracle, Sun ou Microsoft, et ils payent leurs impôts avec de l'argent qui rémunère cette activité - l'enseignement - et je ne vois pas en quoi cet argent serait plus d'origine privée que publique. Le public ne fait pas que "consommer" de la richesse. Pas plus que le privé ne fait qu'en "produire"...

                (*) catégorie de personne extrèmement valorisée, qui se fait bien payer, sait se rendre indispensable, *est* particulièrement utile, et fait partie intégrante du modèle d'économie de marché et du paysage informatique moderne.

                • [^] # Re: Le profit, en vu de profiter.

                  Posté par  . Évalué à 1.

                  "la R&D dans le secteur militaire est franchement plus que bien développée"

                  On pourrait même le leur reprocher. Ou en tout cas les millions de gens vivant au USA qui se situent sous le seuil de pauvreté le pourraient. Cette recherche là ne bénéficie pas à tous.

        • [^] # Re: Le génome humain libéré

          Posté par  . Évalué à 5.

          De toute façon c'est Dieu qui à crée les êtres vivants c lui qui a les droits d'auteur dessus ;-) Ca me rappel une nouvelle de SF, où des scientifiques étaient en train de finir le déchiffrage de l'ensemble du gênome -grande fête internationalle et tout et tout- et le dernier disait "Copyright Dieu"

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  . Évalué à 7.

            De toute façon c'est Dieu qui à crée les êtres vivants c lui qui a les droits d'auteur dessus ;-)

            Mouaif, admettons que dieu existe (!), il a vraiment code le monde comme un gros grouik. Ptet qu'on est qu'une version .001 alpha... reste a esperer des changements incrementaux plutot qu'un:

            "fait chier je re-code tout en partant de 0"
            rm -rf ~/hello-world/

            Bon... heureusement qu'il existe pas hein :)

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

              Etre Humain : Existe pour détecter les erreurs dans le système. Bernard Werber, in "L'arbre des possibles" mouarf :)

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  . Évalué à 0.

              reste a esperer des changements incrementaux ah bah vi, c'est le principe meme de l'évolution, ca, les changements incrémentaux.. l'être humain est une suite de patch condamnée à ne jamais changer de numéro de version majeur ...

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  . Évalué à 10.

              > Ptet qu'on est qu'une version .001 alpha... Je suis pas vraiment d'accord... Un mamifère doté d'un système de gestion centralisé, capable de modéliser son environnement à l'aide de cinq types de capteurs différents. Des membres inférieurs munis d'une large surface en contact avec le sol, adaptés à la marche bipède, et des membres supérieurs articulés et terminés par des mains dotés de pouces opposables. Un système interne de synthétisation de toutes sortes de substances nécessaires à son bon fonctionnement, et ce, à partir de nombreuses matières organiques présentes en abondance dans son environnement, ainsi qu'un système d'évacuation des déchets, liquides et solides. Un système immunitaire capable de détecter toute intrusion de corps étranger, même similaire, et une procédure d'auto-régénération pouvant inverser les effets de certaines blessures intérieures et extérieures, dans la limite du raisonnable. BIen entendu, le système immunitaire est doté d'une mémoire pouvant reconnaitre les corps étrangers déjà rencontrés, afin de les combattre plus efficacement, et d'une manière générale, les cinq types de stimulus captés par les cinq sensors sont tous emmagasinés, à vie, dans la mémoire centrale, qui est capable de s'auto-réguler en plaçant certains évènements dans des zones mémoires différentes, à l'accès plus ou moins prioritaire, et la gestion des stimulus possède également un réseau de raccourcis capables de commander d'autres parties du système sans passer par la gestion centrale, en cas d'urgence ou de danger. Et, cerise sur le gâteau, la bébète possède un synthétiseur vocal. Je ne peux pas affirmer que Dieu existe, mais je crois par contre qu'on peut affirmer qu'on est bien loin d'une version .001 alpha ;-)

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  . Évalué à 0.

                Bien d'accord. On est les meilleurs et on va gagner ! Au passage, il y a encore des gens qui estiment "simpletement" que si les extraterrestres existent et sont venus jusqu'a nous, ils nous observent et nous considerent de la meme facon que nous considerons un banc de harengs ou un troupeau de zebus. Je ne suis pas d'accord. D'une part pour les raisons que tu viens de citer, mais egalement parce-qu'un banc de harengs n'a jamais envoye des sondes autour de Jupiter ni créé des ordinateurs capables de realiser des films en images de synthese ou meme, comble de la technologie, du Xbill. Donc je le repete, on est les meilleurs et on va conquir le monde (et l'univers).

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  . Évalué à 3.

                On est pas si évolué que ça. Une machine aussi bien faite qui coupe la branche sur laquelle elle est assise, en détruisant son environnement comme elle le fait ne peut être qu'une beta bien buggué :) .

                • [^] # Re: Le génome humain libéré

                  Posté par  . Évalué à 1.

                  Dan-eel fut bien mieux programmé que nos pauvres cervelets concernant la survie de notre espèce. Ils nous manque les trois lois fondamentales je crois, plus l'interprétation correcte de ces lois (les connaisseurs apprécieront).

                  De plus, il n'est pas sûr que la bipédie soit un avantage. C'est pas quand on a quitté les arbres que les ennuis ont commencés (encore une référence que les amateurs apprécieront)? Puis ca s'est pas empiré quand on a pu tenir sur nos pattes arrières?

                  On est des gros bêtas! Ouais!

                • [^] # Re: Le génome humain libéré

                  Posté par  . Évalué à 1.

                  "La première erreur de l'homme fut l'invention de la roue."

                  Je sais plus qui a dit ça mais c'est pas con comme raisonnement ....

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  . Évalué à 2.

                [...] d'une manière générale, les cinq types de stimulus captés par les cinq sensors sont tous emmagasinés, à vie, dans la mémoire centrale [...] Objection, votre honneur. Je ne suis pas persuadé que la mémorisation soit à ce niveau et à vie. Au contraire, j'aurais tendance à penser que la mémoire s'organise pour virer ce qui lui sert le moins, genre algorithme MRU. Je ne peux pas affirmer que Dieu existe, mais je crois par contre qu'on peut affirmer qu'on est bien loin d'une version .001 alpha ;-) Ça dépend largement de l'état de l'art au début du projet ainsi que du cahier des charges de la V1. :) Albert, qui sans croire à Dieu une seconde, se demande souvent si l'évolution tend statistiquement vers une forme prédictible -- ce qui ne prouve pas que nous soyons cette forme.

              • [^] # Le génome humain libéré : bémol

                Posté par  . Évalué à 4.

                on peut affirmer qu'on est bien loin d'une version .001 alpha D'un point de vue strictement biologique sans doute... et encore... Pour ne citer que quelques points : - compétitivité de reproduction : pas terrible - adaptation à l'environnement naturel : pas très résistant ni très diversifié - durée de vie : trop longue / possibilités d'évolution - résistance du squelette - ... De plus, le système immunitaire, le mode d'alimentation/entretien ou d'excrétion, comme la diversité des sens que tu cites ne sont pas propres aux mammifères D'un point de vue social/ethnologique, c'est encore moins certain.... Dans énormément de domaines d'autres espèces nous surpassent et/ou nous avons encore une marge de progression fantastique : - éducation (des "jeunes" au sens biologique du terme) - "vie" en société / coopération de l'espèce - préservation du milieu - communication Pour donner quelques exemples, les insectes sont beaucoup plus polyvalents dans la reproduction, la vie en communauté ou la diversité des biotopes colonisés. Il leur manque sans aucun doute ce pour quoi nous nous glorifions : l'intelligence avec laquelle nous pallions à nos défauts. Mais pour voir ce que nous faisons parfois de cette intelligence... Doit-elle être un élément si discriminant sur l'échelle de l'évolution ? Alors oui... probablement pas .001alpha... mais pas encore près pour la mise en production ;o))

                • [^] # Re: Le génome humain libéré : bémol

                  Posté par  . Évalué à -1.

                  Heu ? tout de même ! "- compétitivité de reproduction : pas terrible" Nous ne faisont pas de la quantité, mais de la qualité, d'ou la duré de l'enfance et de l'apprentisage. Sinon, une femmes peut bien faire 10 gosses dans sa vie, hein... "- adaptation à l'environnement naturel : pas très résistant ni très diversifié" Tsss, nous avons conqui toute les régions du globe comme aucune autre espéces. "- durée de vie : trop longue / possibilités d'évolution" 25 ans ? trop long ? Bof bof... "De plus, le système immunitaire, le mode d'alimentation/entretien ou d'excrétion, comme la diversité des sens que tu cites ne sont pas propres aux mammifères" Rien n'est propre aux humains, que ce soit le langage, la culture, le calcule etc... Mais chez nous ca marche plus mieux. "- éducation (des "jeunes" au sens biologique du terme)" Tu dois penser au bordel des banlieux ? "- "vie" en société / coopération de l'espèce" Nous sommes au contraire trés sociable. La preuve en est que les foules suivent aveuglément certains.... "- préservation du milieu" ??????????????? Ca n'a jamais été notre but ca, au contraire même. "- communication" Tout de même, les femmes ca comunique ! D'ailleurs elles peuvent suivre et participer à 3 conversation en même temps, contrairement aux hommes. Bref, tout va bien. Quand à l'intelligence, 1 personne /10 millions par siecle, il n'y en a pas tant que ca.....

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

                Bof ... bloatware tout ca ... C'est bourré de fonctionnalités mais hyper complexe. Va demander ca aux fourmis qui vivent depuis plus longtemps et sont plus nombreuses que nous. La légerté du code a toujours été la réussite ;)

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  . Évalué à 2.

              Bon... heureusement qu'il existe pas hein :)

              Lu dans un vieux Mad Magazine:

              « Maman, est-ce que Dieu sait que l'on ne croit pas en lui ? » :-)

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

              Est-ce que Dieu aurait pu faire un meilleur code ? C'est ce que pensait Enzo Ferrari :

              Enzo Ferrari arrive au Paradis et Dieu le félicite d'avoir fait la plus parfaite des automobiles avec des formes plus que séduisantes, mais qu'il regrette que la suspension soit aussi dure. Enzo lui répond que c'est lui, Dieu qui a fait la création la plus séduisante de toutes : la femme, mais qu'il regrette seulement que l'admission soit aussi proche de l'échappement.

              Dieu vient juste de libérer le code (sous Genome Public License bien entendu). C'est maintenant à nous de l'aider à en faire la maintenance.

              • [^] # Re: Le génome humain libéré

                Posté par  . Évalué à 1.

                Dieu vient juste de libérer le code (sous Genome Public License bien entendu). C'est maintenant à nous de l'aider à en faire la maintenance.

                oula... vas y doucement la... moi je touche pas a ce code-la, ou si je touche au code, c'est toi qui forke avec le code modifie... ;-)

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 9.

      On ne peut que se rejouir du libre acces au genome humain, mais c'est en fait la moindre des choses !
      ouai ben c'est pas dit que le génome du chat ou de la langouste des alpages soit libre de droit ... ce qui est fort triste.

      Une langouste.

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 8.

      Sauf qu'il y a malheuresement déjà énormément de gènes brevetés aux Etat-Unis où des chercheurs ont du mal à travailler à cause de ceux-ci. Et si le génome est dans le domaine public ce n'est pas dans son ensemble ( je ne sais pas si il existe de tels brevets en France).

      Il ne faut pas oublier que c'est en partie grace aux francais que le génome puisse être en partie libre et notamment au travail accompli par les laboratoires soutenus par le Téléthon.

      Le génome est à présent patrimoine de l'humanité, un grand bravo et merci à tous ces chercheurs qui travaillent pour le bien de tous.

      • [^] # Re: Le génome humain libéré

        Posté par  . Évalué à 10.

        Enfin, c'est abusif de parler de "gènes brevetés". Même si les problèmes de brevetabilité (moche ce mot) du vivant ne sont pas tous résolus loin de là, on ne peut pas breveter une séquence d'ADN en tant que telle. En revanche, ce qui est brevetable (au moins aux US mais aussi en Europe je crois) c'est l'utilisation qu'on peut faire de cette séquence du genre diagnostic génétique de maladies en tout genre. Et ce sont ces outils de diagnostic que les boites pharmaceutiques vont vendre ... Pour finir en répondant à un commentaire au dessus, c'est cette appplication qui peut nous conduire si on y fait pas attention à un monde à la Gattaca et le fait que le génome humain soit publié et accessible publiquement n'y change rien.

        • [^] # Re: Le génome humain libéré

          Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 8.

          je connais un peu le sujet, et je confirme que c'est le monde qui nous attends, évidemment en moins glauque et moins visible. les test de prédisposition aux maladies (cancer, cardiovasculaire, désordres métaboliques) pourraient tenir ds un stylo et se satisfaire d'une gouttes de sang pour faire un diagnistique tres interessant pour les compagnies d'assurances ou l'armée...

          c'est un peu à la bio ce que le 'DRM+TCPA' est a l'info...

          reste plus qu'a espérer que ces stylos soient sous linux :)

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  . Évalué à 3.

            c'est un peu à la bio ce que le 'DRM+TCPA' est a l'info...

            J'allais le dire :)
            Et comme pour TCPA / PAlladium, c'est aux "utilisateurs" de faire un choix : même si on peut savoir si son enfant a des risques plus élevé que la moyenne (humph....) d'avoir un cancer, est ce qu'on décide de connaître cette information ? pour en faire quoi ? à vous de choisir, et c'est pas forcément évident ....

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel) . Évalué à 9.

              Le plus terrible ca serait:

              "Vous avez voulu avoir un gosse sachant qu'il avait une probabilité de développer un cancer. Il est maintenant malade. La Sécurité Sociale ne remboursera donc que 20% des traitements, le reste est à votre charge. Fallait y réfléchir avant."

              L'eugénisme, ca peut aussi marcher comme ca.

              • [^] # Vers un avenir radieux.

                Posté par  . Évalué à -3.

                Cela dit, c'est un autre débat, mais ne pas rembourser les maladies des fumeurs pourraient les inciter à un comportement plus raisonable. Voila qui serait un mesage de prévention fort. On vois mal pourquoi la collectivité devrait payer pour des inconscients. Car enfin, il y a dejà suffisament de maladie "naturels" à rembourser sans qu'en plus on doivent gréver les budgets sociaux avec des maladies auto provoqué par des suicidaires hésitants. Quand à l'Eugénisme, ce n'est pas nouveau. Mais jusqu'a présent ses méthodes sont resté peu scientifique. Maintenant que de nouvelles armes apparaisent pour prévenir les maladies nous allons vers une médecine de prévention au lieu de guérison. Et c'est trés bien. C'est comme les vaccins. Ca permétra à ceux qui en bénéficiront d'avoir une vie meilleurs, et de baisser les couts astronomiques des soins pour la collectivité. D'ailleurs, il faudra comme pour les vaccins que cela soit obligatoire. Et certainement, comme pour les vaccin quelques religieux fanatiques les refuseront. Mais ce n'est rien : on ne peut pas lutter contre le progret. Aprés, la prohaine étape sera bien sur d'améliorer l'homme. Par ce que la nature, il faut bien le dire, c'est de la merde. C'est une étape plus délicate. Mais l'on pourrai par exemple obtenir des hommes qui ont les dents qui repoussent, ca serai bien pratique...

                • [^] # Re: Vers un avenir radieux.

                  Posté par  . Évalué à 5.

                  euh, ton commentaire la, c'est de l'humour ou tu le penses vraiment ? Cela dit, c'est un autre débat, mais ne pas rembourser les maladies des fumeurs pourraient les inciter à un comportement plus raisonable. Voila qui serait un mesage de prévention fort. ouais enfin, ils ont bon dos les fumeurs. je rappelle qu'ils payent déjà pas mal à travers les taxes sur les paquets de clopes. Pour moi c'est un épouvantail pour éviter de parler d'autre chose, comme les ordonnances "chargées" des médecins, la surmédication, l'abus d'antibiotiques et j'en passe. Mais c'est sûr que c'est plus difficile de remédier à ça que d'augmenter les taxes sur le tabac. Quand à l'Eugénisme, ce n'est pas nouveau. Mais jusqu'a présent ses méthodes sont resté peu scientifique. Maintenant que de nouvelles armes apparaisent pour prévenir les maladies nous allons vers une médecine de prévention au lieu de guérison. La médecine des probabilités plutôt. "Cet embryon là a 25 % de chances d'avoir un cancer du foie, 30 % d'avoir des maladies cardiovasculaires graves, 20 % de faire un diabète après 40 ans etc ..." : bref il est normal quoi ! Ce que tu décris C'EST Gattaca et c'est à la société de choisir ci c'est ça qu'on veut. Personellement, ce n'est pas mon cas. Quan à l'eugénisme, t'as raison c'est pas nouveau, et les gens qui l'ont fait n'était pas vraiment fréquentable (on frise le point goodwin:(). Aprés, la prohaine étape sera bien sur d'améliorer l'homme. Par ce que la nature, il faut bien le dire, c'est de la merde. C'est une étape plus délicate. Mais l'on pourrai par exemple obtenir des hommes qui ont les dents qui repoussent, ca serai bien pratique... Ouais, améliorer l'homme ,j'ai du mal à voir ce que tu veux dire. J'ai du mal à voir à quoi ça ressemble un homme meilleur qu'un autre.

                • [^] # Re: Vers un avenir radieux.

                  Posté par  . Évalué à 5.

                  Aprés, la prohaine étape sera bien sur d'améliorer l'homme. Par ce que la nature, il faut bien le dire, c'est de la merde
                  Le p'tit Mozart... pffff... 'y vaut pas tripette, il est aveugle...
                  Améliorons l'homme et supprimons ses tares...

                  Et sur quel critère mon bon môsieur ?
                  Une argumentation comme celle-ci : http://linuxfr.org/~voutch/1856.html(...) ?
                  Ton appréciation de ceux qui peuvent vivre et ceux qui doivent miurrir ?

                  < en passant >
                  les dents qui repoussent
                  *On aura tout entendu*. Et de ton point de vue pourquoi nos dents ont elles tendance à devenir de plus en plus fragiles ? Tu n'y verais pas une influence de l'évolution naturelle liée à nos modes d'alimentation ?
                  < / en passant >

                  On vois mal pourquoi la collectivité devrait payer pour des inconscients. Car enfin, il y a dejà suffisament de maladie "naturelles" à rembourser ...
                  Hallucinant décidément... la pollution, l'alcool, la sédentarisation, l'alimentation, la cigarette... tout cela est donc à bannir ou à réprimer donc.
                  Dans l'absolu oui mais...
                  Tu le vois comment notre avenir ? Un dictat international interdisant tous ces dérapages et.... une population belle, musclée, sportive courant dans les parcs ensoleillés de nos villes prairies, sous la surveillance-punition automatique de drones armés ? Un âge limite au-delà duquel "l'inconscience" devient répréhensible ?
                  En réalité, l'inconscient, c'est toi, c'est moi, la famille, les proches, la société... Tablerais-tu sur une génération spontanée d'Hommes parfaits ?

                  Et certainement, comme pour les vaccin quelques religieux fanatiques les refuseront... voire nous l'imposeront par la force si nécessaire...

                  J'ose espérer que tu fais juste ici collection de mots... mais qu'aucunement tu ne les penses sérieusement...

                • [^] # Re: Vers un avenir radieux.

                  Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

                  On vois mal pourquoi la collectivité devrait payer pour des inconscients.

                  Ben voyons. Et d'ailleurs, pourquoi avoir des charges sociales ? les gens n'ont qu'à cotiser eux-mêmes de leur côté, tant pis pour les inconscients. Idem pour la retraite hein (d'ailleurs, on y vient), le système merveilleux des fonds de pension est bien sûr idéal, tant pi pour ceux qui perdent. Et puis franchement, le type qui a un accident en vélo parce qu'un type a grillé un feu avec sa mercedes, il l'a bien cherché, à utiliser un moyen de transport alternatif -- il a intérêt à avoir des économies, parce que la communauté va quand même pas payer pour des inconscients pareils, non ?

                  Gérard, tu est sur une pente savonneuse ...

        • [^] # Re: Le génome humain libéré

          Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

          Encore pire... et si on en était réduit à changer nos gènes pour les remplacer par des versions non brevetés, par exemple pour avoir accès à des soins ?

          "_Votre gène est breveté ; je ne peux pas vous soigner mais je peux vous faire muter..."

          Arg...

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  (Mastodon) . Évalué à 4.

            Ah non, car là, tu auras la GIAA (Gene Industry Association of America) qui te tombera sur le dos et qui t'obligera à utiliser les soins du détenteur du brevet, puisque remplacer son gène par un autre violerait sa propriété.

      • [^] # Re: Le génome humain libéré

        Posté par  . Évalué à 3.

        Le genome, c'est la nature qui l'a cree. Poser un brevet sur le genome humain, ca serait un peu comme poser un brevet sur le trajet du Nil ou sur les chutes du Niagara... C'est personne qui l'a invente et il etait la depuis le debut et continue a evoluer.

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

      C'est surtout que je ne consoit pas de faire un brevet sur le génome humain, en gros ils auraient pus avoir un brevet sur toutes personnes :-( , alors a ce que je sache on est tous libre !!! ( ou presque :-( )

      Maintenant ne reste plus qu'à faire comprendre à toutes les industries pharmaceutiques que la "bonne sante" doit être accessible à tous, et qu'il est temps d'arreter de faire du commerce avec les gens malades. et surtout d'ouvrir les technologies au pays du tier monde

      Et également de faire comprendre aux gouvernements qui nous entourent qu'ils devraient plutôt dépenser de millions de dollars et/ou d'euros dans la recherche plutot que dans la destruction !


      Peut être un jour l'Homme sera moins CON
      ( un peu défetiste envers l'Homme actuellement mais bon ...... )

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  . Évalué à 1.

      Je ne conçois pas non plus qu'un privé puisse déposer un brevet sur le génome humain SURTOUT qu'il est question d'interêt commun. Mais enfin certains diront que la médication pour lutter contre le SIDA c'est aussi pour le bien de tous... On l'a échappé belle!

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 10.

    pr info, le chiffre de 34.000 genes avancé est une estimation, si certain d'entre eux sont identifiable plus facilement que d'autre, la majeur partie ne sera probablement vérifiée biologiquement avant plusieurs dizaines d'année (le bottleneck est ici la partie laboratoire, pas la partie informatique).

    D'autre part, les banques de données de séquences nucléique : GenBank, DDBJ et EMBL sont toutes publiques et mises à jour ensemble. Seul le format de fichier diffère, les informations contenues sont les même.

    Pr info, commence actuellement la post-génomique, c'est a dire l'exploitation de données autres que celles du génome, à travers l'analyse des données de transcription (c'est à dire l'ensemble des ARNs d'une cellule à un instant donné) ou d'expression (c'est à dire l'ensemble des protéines d'une cellule à un instant donné). Gros challenges en perspectives, tant pour les algo a mettre en place que pour les ressources CPU disponible :)

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  . Évalué à 4.

    Vous avez un lien direct vers la banque de données ?

  • # Re: Le génome humain libéré

    Posté par  . Évalué à 8.

    Comparer les génômes humains et du gui en comparant le nombre de gènes de l'un et le nombre de bases de l'autre n'est pas une comparaison valable !

    Le génôme humain comporterait 3 milliards de bases. A mettre donc en relation avec les 100 milliards que compterait le gui.

    • [^] # Re: Le génome humain libéré

      Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 10.

      Le nb de genes de l'un et de l'autre ne sont que des estimations.

      ce qui serait plus sympa, ce serait de faire des prédiction de genes sur l'un et l'autre, de donner une fonction a ces genes par analogies avec les genes existant déjà caractérisé, puis de clusteriser ces genes pour chaque voie métabolique, pour ensuite dire quelles sont les similarité fonctionnelles entre le gui et l'homme... mais ça, c'est le graal et c'est pas pour demain !

      Pour l'intant ça se fait sur les petit génome bactérien, par contre, ou il y a tres peu de genes, mais une tres grande densité de gene, et où ils sont tres facile a détecter avec fiabilité...

      • [^] # Re: Le génome humain libéré

        Posté par  . Évalué à 1.

        Ça se fait aussi pour des organismes plus complexes :

        L'outil pour ça : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/(...) qui permet de comparer une séquence donnée avec toutes les séquences publiques connues.

        Par analogie de séquence, on peut essayer de prédire la fonction d'une séquence inconnue, rechercher des gènes similaires entre espèces et identifier leur différences ...

        • [^] # Re: Le génome humain libéré

          Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 4.

          blast ne perment pas de faire une comparaison de génome, mais seulement d'aller a la peche avec une séquence de DNA, RNA ou de proteine pour recherche ds les bases de données de séquences si elle aurait des séquences similaires...

          la prédiction de genes peut se faire avec des prediction avec des soft spéciaux (genre genscan par ex), un alignement tres précis sur du hardware spécialisé (genematcher (r)) ou grace a des algos exact (SW/NW), mais en aucun cas avec Blast, qui est une heuristique avec une sensibilité bien trop faible pr faire du travail de précision.

          encore une fois, 'recherche des gènes similaires entre espèces et identifier leur différences ... ' ne peux s'envisager qu'avec une validation sur la paillasse, ce qui coute énormément de temps et énormément d'argent.

          • [^] # Re: Le génome humain libéré

            Posté par  . Évalué à 3.

            aller a la peche avec une séquence de DNA, RNA ou de proteine pour recherche ds les bases de données de séquences si elle aurait des séquences similaires...

            C'est quand même une comparaison de génome non ? Ce n'est certainement pas une preuve de la fonction d'un gène mais c'est une piste pour la rechercher.

            Pour être plus précis, dans le domaine végétal dans le quel je travaille, une démarche souvent utilisée est

            1) d'identifier des régions chromosomiques impliquées dans un caractère intéressant.

            2) Dans cette région on identifie les séquences qui sont connues: dans le meilleur des cas (espèces dont le génome est séquencé), on connait toute la séquence.

            3) Ensuite on recherche si ces séquences (gènes candidats) ressemblent à des séquences de fonction connue. Si c'est le cas et que la fonction semble avoir une relation avec le caractère intéressant, on va étudier le gène de plus près.

            Bref l'analyse de similarité de séquence est une aide précieuse pour la recherche de gène impliqués dans des caractères complexes.

            Je suis d'accord avec toi, il y a un énorme travail à faire pour identifier plus précisemment les fonctions des différents gènes. Il faut également comprendre comment les gèns intéragissent les uns avec les autres et avec l'environnement : un joyeux bordel, et comme tu le dis comprendre tout ça prendra beaucoup de temps.

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 3.

              C'est quand même une comparaison de génome non ? Ce n'est certainement pas une preuve de la fonction d'un gène mais c'est une piste pour la rechercher.
              Oui, et non. c'est une recherche de protéine de séquence similaire dont on extrapole la fonction (généralement avec succès). Ds une comparaison de génome on tient compteégalement de l'ordre de l'ordre et de la nature des gènes, et moins de leur séquence (a moins de rechercher des orthologues ou des paralogues)

              Bref l'analyse de similarité de séquence est une aide précieuse pour la recherche de gène impliqués dans des caractères complexes.
              100% d'accord :)

              Aurel, PhD en bioinfo :)

            • [^] # Re: Le génome humain libéré

              Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à -2.

              C'est quand même une comparaison de génome non ? Ce n'est certainement pas une preuve de la fonction d'un gène mais c'est une piste pour la rechercher.

              Oui, et non. c'est une recherche de protéine de séquence similaire dont on extrapole la fonction (généralement avec succès). Ds une comparaison de génome on tient compteégalement de l'ordre de l'ordre et de la nature des gènes, et moins de leur séquence (a moins de rechercher des orthologues ou des paralogues)

              Bref l'analyse de similarité de séquence est une aide précieuse pour la recherche de gène impliqués dans des caractères complexes.

              100% d'accord :)

              Aurel, PhD en bioinfo :)

  • # Réjouissances

    Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 6.

    Je trouve que tous le monde s'emballe un peu autour de cette histoire, alors que les laboratoires de génie biologique commencent à refuser la publication de l'intégralité de leurs recherches. Sous le prétexte à la mode, bien sûr ...

    Au fait, question bête. Puisque chaque personne possède un patrimoine génétique propre, qu'à ton décrypter exactement ? L'ADN d'un gignol qui passait dans le coin, ou le génome est le recoupement de toutes les combinaisons de gènes possible pour un être humain (hors mutations) ?

    • [^] # Re: Réjouissances

      Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 10.

      les labo public ont l'obligations de publier ds des revues scientifiques pour avoir des fond, et ces revues sont publiques. le choix de ne pas mettre a disposition de la communauté une partie de leur résultat peut etre compréhensible car les résultats d'une expérience sont aussi les fondement des hypothese des expériences suivantes. Mais généralement, un mail aux auteurs, et si les résultat ne sont pas trop confidentiel ils t'arrivent par mail :)

      Pour ce qui est du génome séquencé c'est en fait une collection de génomes de plusieurs individus. Comme on a 99.99% de séquence identique a celle du singe, les différences entre individus (celles qui font qu'on a les yeux vert ou bleu, la taille, les cheveux et tout le tralala) ne représente qu'une infime fraction des 3 milliards de paires de bases. D'autre part certaines parties n'ont toujours pas été séquencées (en particulier les séquences tellomériques, les "extrémité" d'un chromosome), qui sont formées de motif répétés en tandem et qui sont tres difficiles a séquencer sans avoir une importances biologiques de tout premier plan (elles auraient un role plus structural en fonctionnel, et l'analyse du génome c'est plutot la recherche des genes et l'analyse fonctionnelles)...

    • [^] # Re: Réjouissances

      Posté par  . Évalué à -1.

      Non, il s'agit bien du génome d'un seul individu. Dans le cas de Celera il s'agit même du génome du PDG de la boite (Craig Venter) :(

      Pour chaque gène il existe de nombreuses version différentes (allèles) et ce qui différencie deux individus ce sont les allèles qu'ils portent à chacun de leurs gènes. Cependant, une fois qu'on a la séquence d'un allèle, il est beaucoup plus facile de rechercher les autres allèles possibles chez d'autres individus (par exemple rechercher chez des individus malades les allèles de certains gènes que l'on pense être impliqués dans la maladie).

      • [^] # Re: Réjouissances

        Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 4.

        c'est un hoax... imagine sa prime d'assurance si sa compagnie d'assurance mettait en avant une prédisposition aux maladies cardiovasculaires par exemple ? -> anonymat obligatoirement, meme pr un mégalo fini (encore que le CV soit traité de mégalo par ses détracteurs, pour les autres c'est un mix de scientifique et de commercial tres crédible)

        • [^] # Re: Réjouissances

          Posté par  . Évalué à 4.

          c'est un hoax ...

          t'as raison :( désolé, pour me racheter, un petit tour sur le site de Celera confirme :


          Celera’s Donor Pool

          Recruitment of donors of DNA for sequencing was done via self-referral, newspaper ads, and outreach activities to ensure ethnic diversity. Celera followed a strict Institutional Review Board (IRB) protocol to provide for informed consent and protect the anonymity of the donors. Five individuals were chosen from Celera’s donor pool of 21 individuals . These donors are men and women from a variety of self-disclosed ethnic backgrounds.

          • [^] # Re: Réjouissances

            Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 2.

            sans rancune :D
            il me semble que les individus choisi pour le séquençage 'public' étaient plus nombreux... donc au total ça fait qd meme un paquet de monde :)

    • [^] # Re: Réjouissances

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à -1.

      A prioris se sont les gènes d'un guignols. Mais la différence entre individu est de l'ordre de qq %. Je crois même que l'on partage beaucoup de gènes avec des organismes très simple.

      "La première sécurité est la liberté"

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