VMD 1.8.1 est sorti

Posté par  (site web personnel) . Modéré par Jaimé Ragnagna.
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19
juin
2003
Technologie
Vous avez envie de faire une animation d'un objet biologique rapidement (protéine, acide nucléique, ...) ?
Visual Molecular Dynamics est fait pour vous !
Il permet d'obtenir des effets et rendus dignes des plus grands logiciels commerciaux, et ce, pour le prix d'un téléchargement.

NdM : Bien que présentant un intérêt indéniable pour la modélisation moléculaire, on ne peut que déplorer le fait que ce ne soit pas libre, tout comme POV-RAY d'ailleurs Pour ceux qui ne sont pas initiés à la modélisation moléculaire, voici un fantastique outil qui permet de visualiser les molécules en 3D. Couplé à POV-RAY, il vous permet de faire un rendu de qualité pour les publications scientifiques (journaux, posters, présentations orales), couplé à XmGrace, il permet de tracer des diagrammes de distances, d'angles, en fonction du temps.
La licence est de type scientifique (gratuit pour les chercheurs, payant pour les industriels).

Cette nouvelle version permet:
- la correction de nombreux bogues,
- l'inclusion de fonctionnalités auparavant disponibles en phases de tests (console TK qui permet d'avoir la complétion, l'historique, ce qui manquait à l'xterm par défaut),
- une nouvelle représentation des molécules (NewRibbons),
- correction de défauts visuels, et amélioration du rendu OpenGL,
- de nouveaux imports de fichiers (XYZ, Gaussian "cube, BRIX, CCP4, DSN6, STL, PSF),
- améliorations pour Mac OS X (support multi-processeur),
- utilisation de Tcl et Tk 8.4,
- amélioration du rendu Tachyon, POV-RAY, RenderMan et PostScript.

L'annonce officielle date du 15 juin.

Aller plus loin

  • # Re: VMD 1.8.1 est sorti

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

    Pour info VMD est couplé avec un autre logiciel NAMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/(...) qui lui fait de le modélisation numérique et les calculs sur les molécules. VMD permet ensuite de visualiser le résultat de la simulation. Son point fort est de pouvoir faire la visualisation en temps réel, càd pendant que la simulation tourne. L'utilisation de ces deux logiciels est gratuite dans un cadre académique.


    Autrement pour ceux qui veulent un soft de mécanique moléculaire en GPL, j'utilise actuellement gromacs http://www.gromacs.org(...)

  • # Re: VMD 1.8.1 est sorti

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 6.

    Pour faire tourner mes molécules, j'aime bien Pymol, qui lui est libre.
    http://www.pymol.org(...)

    Et pour plus de logiciels de chimie libre, n'hésitez pas à consulter la liste que je tiens régulièrement à jour :
    http://fsffrance.org/science/chimie.fr.html(...)

    Et pour ceux qui sont intéressés par la chimie libre, je souligne la création du projet Alchem.org :
    http://wwww.alchem.org(...)
    Un projet qui a pour but de soutenir par plusieurs initiatives le lgociel libre en chimie.

    Enfin, lors des RMLL 2003, il y aura aussi un atelier Recherche et Chimie.

    • [^] # Re: VMD 1.8.1 est sorti

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

      Très bonne idée ta liste de Logiciles libres pour la chimie. Je suis actuellement en stage, et je dois modéliser du PS-PEO, et j'ai été content le jour où je suis tombé sur la page de la fsf-france. J'ai pû, grâce à ça, récupérer tous les logiciles dont j'avais besoin en un minimum de temps.

    • [^] # Re: VMD 1.8.1 est sorti

      Posté par  . Évalué à 0.

      Quand j'étais en DEUG de Biologie, mon professeur de biologie moléculaire nous avait présenté un outil de visualisation de proteines : Rasmol.

      Je viens de faire une recherche par Google et voici le site : http://www.umass.edu/microbio/rasmol/(...) . Il y est dit que le logiciel est en freeware, mais probablement pas un logiciel libre :(

      • [^] # Re: VMD 1.8.1 est sorti

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

        Il existe un nouveau projet :

        http://openrasmol.org/(...)

        qui dit être libre. Il est basé sur rasmol. Je n'ai pas encore lu la licence. Ils ont essayé de faire quelques choses de GPL-like. Il faudra que quelques personnes se penchent sur ce problème pour valider le côté libre. J'en discute au sein de la liste FSFE-SCI

  • # Re: VMD 1.8.1 est sorti

    Posté par  . Évalué à 2.

    NdM : Bien que présentant un intérêt indéniable pour la modélisation moléculaire, on ne peut que déplorer le fait que ce ne soit pas libre, tout comme POV-RAY d'ailleurs

    PoV-RAY va passer en GNU/GPL, il me semble pour la prochaine version, la n°3. Pour effectuer le changement de license, il ont besoin de recontacter tout les develleppeurs.

    • [^] # Re: VMD 1.8.1 est sorti

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

      C'est juste. A l'époque il n'avait pas choisi la licence GPL car elle n'existait pas encore ;-). Et jusqu'à présent il se demandait comment changer de licence
      Ils ont donc trouver le moyen. Excellent!
      La licence de Pov-Ray est très intéressante à lire. Pas mal de questions que les gens se posent pour savoir comment changer de licence, ... (pour migrer vers du libre). A méditer.

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