Il y a énormément de commentaires dans le précédent sujet, donc ce n'est pas facile à lire, mais j'ai déjà répondu à cette remarque ici. Oui, mesurer le nombre d'années de vie perdues serait une mesure bien plus pertinente, et elle a évidemment déjà été proposée. Elle est, en pratique, totalement irréalisable, et elle est complètement absconse pour 90% de la population. Donc on se rabat sur une métrique bien plus facile à calculer, plus parlante pour la majorité, mais qui a le défaut de prêter le flanc à la critique des 10% restants qui savent faire des maths.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Prenons un exemple : nous sommes face à une hémorragie grave. J'ai une formation de secouriste, pas toi. J'ai 30% de chances de savoir faire les bons gestes, tu as 10%. Nous sommes en désaccord sur le geste à effectuer. Que faire ? Les probas a priori sont :
Proba que j'aie tort et toi aussi : (1-0.3)*(1.0.1) = 0.9*0.7= 0,63
Proba que j'aie raison et pas toi : 0.3*0.9 = 0.27
Proba que tu aies raison et pas moi : 0.7*0.1 = 0.07
Proba que nous ayons tous les deux raison : 0.3*0.1 = 0.03
Mais on conçoit aisément qu'il est impossible que nous ayons tous les deux raison puisque nous sommes en désaccord. On peut donc éliminer la dernière ligne. Par ailleurs, il s'agit d'une hémorragie grave : si on ne fait rien, il est certain que la personne va mourir. Donc autant tenter quelque chose. On peut donc aussi éliminer la première ligne.
Reste :
Proba que mon idée soit meilleure que la tienne sachant qu'il faut en choisir une : 0.27/(0.27 + 0.7) = 0.794
Proba contraire : 0.206
Il est donc préférable, dans une situation où les deux interlocuteurs sont incompétents mais où on est obligé d'en choisir un, de suivre le moins incompétent.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Les commentaires sont ceux qu'on est en droit d'attendre de DLFP. C'est un site d'informatique et de logiciel libre, à la base, pas de médecine. Les intervenants sont en grande majorité informaticiens, généralement ingénieurs. Ils ont leurs préjugés, parfois affligeants, mais généralement, ce qui prévaut sur ce site, c'est l'envie d'apprendre et un goût immodéré pour le débat. Ça débat couramment à n'en plus finir, la moindre incohérence sera impitoyablement traquée.
Dans l'ensemble, les commentaires de ce nourjal sont cohérents avec ceux du site en général, et non, je ne les ai pas trouvé affligeants, en fait, je les trouve plutôt plus intéressants que sur bon nombre de sites d'information.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Alors : ce sont des articles de 2009 portant sur un autre virus (la grippe), qui n'est pas de la famille des coronaviridae.
En fait, il y a 2 actions d'efficacité différente :
La désinfection consiste à tuer (rendre non infectieux) l'agent pathogène ;
La détersion mécanique consiste à retirer l'agent pathogène, indépendamment de sa survie.
Le lavage à l'eau et au savon repose principalement sur la détersion mécanique. Le savon n'est pas toxique pour les bactéries ni les virus. Le gel hydro-alcoolique vise à tuer les pathogènes.
On peut faire une expérience simple : une personne se rend dans le service d'hygiène hospitalière, elle se lave les mains à l'eau + savon, elle les plaque sur une gélose. Le lendemain, elle revient dans le service d'hygiène hospitalière et trouve quelques colonies bactériennes sur la plaque de gélose. Elle se lave alors les mains à la solution hydro-alcoolique et les plaque sur une seconde gélose. Le lendemain, elle revient : il n'y a pas de colonies bactériennes. Pour les virus, c'est plus compliqué à mettre en évidence, car l'ADN ou l'ARN viral reste détectable après un lavage de mains à la solution hydro-alcoolique, qui n'a pas pour but de le détruire (il agit à un autre niveau du virus).
L'idée générale est donc la suivante : il est désormais (2020) admis que, pour les virus enveloppés comme la grippe ou les coronaviridae, le gel fait mieux que l'eau et le savon. Idem pour la grande majorité des bactéries.
Les exceptions à cette règle sont : les virus nus (hépatite A, rhinovirus, poliomyélite) car le gel hydro-alcoolique vise l'enveloppe et… ils n'en ont pas, ainsi que les bactéries capables de former des spores (principalement le genre Clostridium) car les spores sont une forme extrêmement déshydratée capable de résister aux agressions chimiques comme l'alcool.
Les souillures macroscopiques ont aussi pour effet d'empêcher l'alcool de pénétrer la bactérie / le virus (effet biofilm) et il faut alors commencer par retirer la souillure.
Dans ces cas-là, il faut commencer par un lavage à l'eau et au savon afin de retirer mécaniquement les spores, avant de tuer les bactéries restantes à la solution hydro-alcoolique.
Concernant l'effet desséchant de l'alcool sur les mains : comme il a été dit, l'alcool ne retire pas la couche de sébum car il ne fait que s'évaporer. L'alcool ne déshydrate donc pas. Cependant, la pellicule de glycérol peut être désagréable et il a été montré que se laver fréquemment les mains afin de retirer cette pellicule a un effet desséchant. L'infirmière hygiéniste de mon hôpital nous racontait ainsi le conseil qu'elle donne aux personnels qui se plaignent de l'effet desséchant de l'alcool : ne vous lavez plus les mains à l'eau pendant un mois et revenez me voir. Un mois après arrêt du lavage à l'eau, il n'y a plus d'effet desséchant.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
J'avais vu ton commentaire, je n'ai juste pas eu le temps d'y répondre ;).
Je dirais qu'il y a quand même quelques différences fondamentales entre les modèles SIR et le modèle linéaire.
Tout d'abord, le modèle linéaire est avant tout destiné à l'inférence, là où le modèle SIR est destiné à la prédiction.
Le modèle linéaire (et ses généralisations) excelle quand il s'agit de trouver les corrélations entre une (ou plusieurs) variable prédictrice et une variable prédite. Il permet aisément de prendre en compte des facteurs de confusion. Même quand ses hypothèses de bases sont partiellement violées, il est relativement robuste et ses résultats, sans être parfaits, restent bons, et sont quasiment toujours utiles. Par contre, s'agissant de déterminer une valeur plausible pour une variable Y connaissant les prédicteurs X, le modèle linéaire est dépassé par bon nombre d'autres algorithmes en termes d'erreur quadratique moyenne (il conserve cependant un intérêt car il est extrêmement rapide à ajuster et à exécuter).
De plus, le modèle linéaire n'est pas un modèle "représentatif". Il n'est pas basé sur une compréhension même grossière du mécanisme sous-jacent au phénomène expliqué. Pour faire un modèle linéaire, on se contente de faire une somme pondérée des variables explicatrice (plus une constante) et c'est tout.
Le modèle SIR n'a pas pour but de réaliser de l'inférence. Analyser ses coefficients n'apportera rien puisqu'ils doivent même lui être fournis par un autre modèle. Par contre, ses qualités prédictrices restent bonnes même quand ses hypothèses de départ sont violées.
Le modèle SIR est de plus un modèle représentatif : il est basé sur une hypothèse concernant la diffusion de la maladie. Ceci explique qu'il ne soit applicable qu'aux maladies infectieuses. Pour la petite histoire, j'ai dû, au cours de mes études, élaborer un modèle SIR à titre d'exercice pour le chikungunya. Il a fallu me renseigner sur les mécanismes de contamination du moustique, la dynamique des populations de moustiques… Rien de tout ça n'aurait été nécessaire avec un modèle linéaire.
Est-ce que d'autres modèles, plus complexes, type machine learning, ont été testés ? Oui. Ils ont un inconvénient : la plupart des modèles de machine learning sont destinés à prendre en compte des données multidimensionnelles (nombreuses variables par individu), potentiellement hétérogènes, et fiables car récoltées informatiquement. Ici, on est face au cas inverse : les données se limitent à un nombre de contaminations par jour, on a peu de covariables, et elles ne sont de toute façon pas fiables. On est dans un cas où le modèle SIR marche bien, mais où les algos de machine learning sont limités.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
La cour de Cassation n'a rien estimé du tout sur le statut du chauffeur, pour la simple raison que ce n'est pas son rôle.
Ben un peu quand même. La Cour de Cassation juge en droit, non en fait. C'est-à-dire que les faits ne peuvent être contestés devant la Cour de Cassation, mais tous les points de droit peuvent l'être. Les faits (le travail au jour le jour) n'ont jamais été contestés. Par contre, la question de savoir si les chauffeurs Uber sont des salariés déguisés est bien un point de droit. Elle était donc de la compétence de la Cour de Cassation. Qui a effectivement défini le statut du chauffeur, en accord avec la cour d'appel, ce qui n'est pas systématique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Posté par Liorel .
En réponse au journal Des virus et des hommes.
Évalué à 6.
Dernière modification le 04 mars 2020 à 19:18.
Il est supprimé sur le papier, pour la presse. Chaque fac reste libre de fixer ses "capacités de formation" qui correspondent, concrètement, à un nombre de places au concours à l'examen classant.
Le numerus clausus est mort, vive le numerus clausus.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
On suppose que l'évaluation de R0 ne change pas si on détecte des porteurs sains (ça a l'air d'être l'hypothèse prise par le billet, mais j'aurais bien aimé la voir détaillée)
jyes t'a très bien répondu, mais puisque tu m'as invoqué, je vais te répondre, avec un exemple et encore un peu de maths.
Prenons un problème extrêmement simple : tu as un jeu de données sous la forme de 20 couples (X,Y) avec X et Y réels et tu cherches un moyen de prédire Y quand tu connais X. On notera l'erreur de prédiction.
Le modèle le plus simple consiste à écrire et de déterminer le qui minimise la somme des carrés des . On prend généralement comme critère d'optimalité la somme des carrés des erreurs car ça évite de se trimballer des valeurs absolues, ce qui simplifie bien les calculs, et surtout, ça donne les meilleurs résultats empiriquement1. Dans ce modèle, on va aboutir à , où $\bar{x} est la moyenne des X. Autrement dit, je peux faire un modèle très simple où je prédis la moyenne des X quel que soit Y. Ça paraît débile, mais c'est un bon début ! En fait, si X et Y sont indépendantes, c'est même le meilleur modèle.
Mais bon, tu n'iras pas forcément très loin comme ça. Tu peux t'améliorer en prédisant que . Autrement dit, tu supposes une relation linéaire entre X et Y. Là encore, tu prends comme critère d'optimisation la somme des . Tu remarqueras que ta somme des carrés des erreurs est toujours inférieure ou égale à celle que tu avais avec seulement . Les sont appelés paramètres du modèle : il s'agit de valeurs calculées à partir des données pour optimiser un critère qui reflète à quel point le modèle s'ajuste à la réalité.
Et si on continuait ? Après tout, rien ne t'empêche d'écrire . En apparence, tu peux prendre un polynôme de degré quelconque. Tu colleras toujours mieux aux données, tu amélioreras toujours ta somme des carrés des erreurs. Il y a quand même un souci. Si tu recherches le polynôme de degré 21, il y a une infinité de 21-uplets qui sont tous optimaux. En effet, tu n'as que 20 points de données, et il y a une infinité de courbes de degré 21 qui passent par tous. Ton nombre de paramètres ne peut donc pas dépasser ton nombre d'observations.
Soit, me diras-tu, je vais me limiter au polynôme de degré 20. Certainement, celui-ci doit être le meilleur, puisqu'il passe par toutes les observations, et sa somme des carrés des erreurs est de 0.
Et c'est ainsi que tu tombes dans le piège du surapprentissage. Si je te fournis une 21ème observation, il y a de grandes chances que ton modèle me fasse une prédiction pire (en termes d'erreur) que le polynôme de degré 0. Pire encore : si je refais mon étude sur 20 autres personnes, tes 20 paramètres seront totalement différents et tes prédictions n'auront rien à voir ! Alors que le modèle linéaire, lui, sera vraisemblablement peu différent2.
Un modèle avec trop de paramètres est un modèle avec une bonne précision sur les données d'apprentissage (en machine learning) ou d'ajustement (c'est le même mot mais en langage de statisticien), mais qui se plantera sur ses prédictions autres. La solution à ce problème est d'avoir peu de paramètres par rapport au nombre de données.
Dans un modèle SIR, on a besoin de 2 paramètres en tout et pour tout et ils sont très faciles à estimer (en statisticien)/apprendre (en machine learning). Estimer revient à compter le nombre de nouveaux malades chaque jour, à diviser par le nombre de malades de la veille, et à minimiser la somme des carrés des erreurs du logarithme (on fait une moyenne pondérée, mais c'est l'idée). Estimer le taux de guérison revient à calculer l'inverse de la durée moyenne de la maladie. Même avec des données imparfaites, c'est extrêmement robuste. En fait, si la proportion de porteurs asymptomatiques est constante à chaque génération, c'est même indépendant des porteurs asymptomatiques (ce qui répond d'ailleurs à un commentaire de Bruno Michel).
En comparaison, pour des modèles plus complexes, il te faut estimer, au minimum, le nombre d'interactions par individu sur une journée, leur durée, leur importance (c'est pas la même interaction de faire 2h de réunion dans la même pièce ventilée et 10 minutes de judo), donc tu te retrouves avec un modèle qui dépend fortement de données très difficiles à mesurer de façon fiable.
De manière générale, récolter des données médicales coûte de l'argent et du temps. De l'argent, on peut en mettre quand on est face à une épidémie de grande ampleur. Mais le temps… C'est précisément ce qui manque.
Et il y a de très bonnes raisons théoriques pour ça. L'estimateur des moindres carrés est un cas particulier d'estimateur au maximum de vraisemblance quand les erreurs sont normales. Ça parlera à ceux qui travaillent dans le domaine ;). ↩
En fait, avec 20 personnes, même le modèle linéaire simple peut être relativement instable. Par contre, si on refait le même exemple avec 50 personnes, il n'y a plus photo. ↩
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
En plus on a cette histoire de numerus clausus qui a organisé la pénurie de médecins.
Honnêtement, le numerus clausus est un faux problème. Les études médicales, c'est super dur, point. La charge de travail d'un étudiant PACES n'est pas différente de celle d'un étudiante en médecine plus avancé, elle est même probablement inférieure. Si on supprimait le numerus clausus, on augmenterait un peu le nombre de médecins en formation, mais :
Ça ne ferait qu'aggraver la question des lieux de stage : la totalité des hôpitaux parisiens est saturée d'externes (étudiants stagiaires de la quatrième à la sixième année sur le papier, en pratique souvent dès la troisième année), avec parfois plus d'externes que de patients dans le service, ce qui amène à ne même pas avoir un lit attribué à chaque externe ;
On déplacerait les échecs en deuxième année et plus, ce qui n'est souhaitable pour personne. Les études médicales, encore une fois, sont difficiles, avec une masse considérable d'informations peu complexes mais très nombreuses à apprendre en un temps qui semble toujours trop court à l'étudiant mais qu'il est difficile de rallonger.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Posté par Liorel .
En réponse au journal Des virus et des hommes.
Évalué à 10.
Dernière modification le 03 mars 2020 à 23:12.
Je tiens à préciser que le problème de l'hôpital en France n'est pas dû aux salaires
Il est complètement dû aux salaires. Avoir un poste de praticien hospitalier, c'est se battre pendant des mois contre une administration qui commencera par envisager toutes les autres possibilités, puis contre d'éventuels concurrents, pour au final enchaîner les CDD avant d'être titularisé et toucher moins que dans le privé. Plus personne ne veut faire ça, sauf ceux qui ont vraiment envie d'enseigner et qui n'ont pas d'autre choix que les postes hospitalo-universitaires. Moi-même, j'envisage de partir dans le privé parce que je me fais chier dans mon taf et que quitte à me faire chier, j'y serais payé 1,5 à 2 fois plus. Je suis très loin d'être un cas isolé.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
C'est assez cohérent avec 10% de personnes sensibles en moyenne. Parfois c'est plus, parfois c'est moins. J'avais aussi ce chiffre (10%) en tête (plus sous la forme "90% d'immunité", qui est équivalente) mais je ne l'ai pas cité par flemme de chercher une source.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
C'est l'occasion de revenir sur le portage asymptomatique. Le portage asymptomatique est défini comme le fait d'être porteur du virus, donc capable de le transmettre, sans présenter de symptômes. Il est préférable de parler de "porteur asymptomatique" plutôt que de "porteur sain" car il est difficile de considérer comme saine une personne porteuse d'un virus potentiellement mortel.
L'immense majorité des pathologies ont une phase de portage asymptomatique, voire des individus porteurs asymptomatiques permanents. La caricature serait la famille des virus de l'herpès : les HSV-1 et 2, qui donnent l'herpès classique, sont très majoritairement asymptomatiques, au point que HSV-1 infecte silencieusement 9 humains sur 10, y compris dans des sociétés occidentales hygiénistes. Les HHV-7 et 8, de la même famille, ne donnent, eux, aucun symptôme. Rien, nada, que dalle.
Face à un nouveau virus, il est donc raisonnable de penser qu'il y a des porteurs asymptomatiques : c'est tout simplement le cas le plus fréquent, et de loin. Reste à les trouver, et c'est le plus difficile : encore faut-il savoir où chercher ! Le Diamond Princess a ici fourni des données précieuses, quoi qu'obtenues dans des conditions tout à fait scandaleuses.
L'impact du portage asymptomatique est difficile à évaluer. Un porteur asymptomatique peut avoir trois évolutions différentes : soit il finit par guérir, soit il finit par déclarer la maladie, soit il reste indéfiniment porteur asymptomatique.
S'il ne déclare pas la maladie, il contribue individuellement à soulager le système de santé : du point de vue du modèle SIR, il reste dans la case I, mais en termes de nombre de cas mesurés, il passe sous le radar. Il ne nécessitera évidemment pas d'hospitalisation. Il deviendra par contre généralement résistant à terme, contribuant à la résistance globale de la population. Il doit donc être soustrait du nombre de cas mesuré.
En termes de transmission, les choses sont plus complexes. En effet, la contagiosité d'un individu dépend de 3 paramètres : sa charge virale, sa capacité à excréter le virus (le faire sortir de l'organisme) et les mesures comportementales de protection.
Un porteur asymptomatique n'a aucune raison de mettre en place plus de mesures de protection qu'un non-porteur et on n'a aucune raison de s'en protéger a priori… En tout cas pas plus que quiconque.
D'un autre côté, si on est asymptomatique, c'est généralement pour une bonne raison : un meilleur contrôle de l'infection par le système immunitaire, par exemple. Il n'est pas illégitime de s'attendre à ce qu'un porteur asymptomatique ait une charge virale moins élevée et soit moins à même de transmettre l'infection. Surtout que les porteurs asymptomatiques sont… asymptomatiques ! La toux, qui est un excellent vecteur pour le virus, n'est pas présente. Donc le porteur excrète moins de virus qu'un malade.
Au final, donc, l'impact des porteurs asymptomatiques dépend de l'efficacité des mesures de protection, de leur application même en présence de personnes non considérées comme contagieuses, et de la contagiosité des porteurs asymptomatiques qui n'a aucune raison d'être la même que celle des porteurs symptomatiques. Théoriquement, il faudrait considérer chacun comme porteur asymptomatique. En effet, il est probable qu'il existe une phase de contagiosité pré-symptomatique, donc la meilleure protection est de se laver les mains quoi qu'il arrive.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Ce texte formule une comparaison un peu rapide avec la grippe. Dans la grippe, il existe un phénomène d'immunité croisée. Si tu attrapes la grippe en 2020, tu vas fabriquer une quantité considérable d'anticorps contre le virus inflenza-2020. Le virus influenza-2021 sera sans doute un peu différent, mais tes anticorps ne sont pas parfaitement spécifiques et ils sont très nombreux. En sorte que tu disposes d'une immunité partielle. Ceci ne fonctionne pas avec le vaccin parce que le vaccin te fait fabriquer moins d'anticorps : suffisamment pour lutter contre la grippe en cours, mais trop peu pour lutter contre un virus différent.
Quand la grippe arrive, elle arrive donc dans une population déjà largement résistante et elle atteint très rapidement son équilibre. Or il n'y a jamais eu aucun coronavirus circulant (connu) chez l'humain. Le virus arrive donc dans une population intégralement sensible. C'est ça qui fait peur : la première vague épidémique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Effectivement, il y a des cas décrits de recontamination, c'est-à-dire que des personnes considérées comme guéries se remettent à devenir positives au virus.
Pour le moment, on n'en sait pas assez pour trancher entre plusieurs hypothèses :
Le virus était passé en dormance (dans quelles cellules ?) et il s'est réactivé ;
Guérir n'est pas immunisant ;
Guérir n'est pas toujours immunisant ;
Ces personnes ont des caractéristiques particulières qui les empêchent de s'immuniser, mais le reste de la population s'immunise.
Ces cas sont effectivement reportés, mais pour le moment, il y en a trop peu pour avoir des données précises à leur sujet. Ça s'éclaircira sans doute dans les jours ou semaines à venir.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
combien sont "juste un peu en avance"? (De ce que j'ai suivi c'est quand même pas mal les personnes âgées qui trinquent, en plus de ta liste de personnes fragiles)
Surtout que ma liste recoupe pas mal les personnes âgées en fait (et les fumeurs. Arrêtez de fumer. Non, vraiment, vous vivrez plus vieux et vieillirez plus lentement).
La question sur le "un peu en avance" est très pertinente. Il a été proposé de mesurer la surmortalité liée à un événement non pas en nombre de morts, mais en années de vie perdues. Ce serait sans doute une mesure bien plus pertinente.
Et puis l'idée s'est fracassée contre le mur du réel. Le nombre total d'années de vie perdues, c'est une belle idée qui ne parle qu'à des matheux de l'épidémiologie, des types qui postent sur DLFP avec des bouts de code en dedans. En plus, c'est hyper dur à mesurer. Il faudrait quasiment reprendre chaque dossier médical et mesurer le nombre d'années qu'il restait à vivre à la personne. C'est infaisable en pratique. Calculer le nombre de morts, en comparaison, c'est très facile : on sort les certificats de décès où la cause notée est "Covid19" ou un truc similaire, en 3h de temps stagiaire c'est fait (le temps d'éplucher les cas litigieux et de lister toutes les regexp pertinentes).
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
En gros, il y a 4 façons d'être résistant à un virus :
Avoir attrapé le virus et y avoir survécu ;
Être vacciné ;
Avoir attrapé un cousin du virus et y avoir survécu ;
Être génétiquement résistant.
Les résistances génétiques sont rares mais efficaces. Les vaccins, quand ils existent, sont généralement très efficaces. Avoir attrapé le virus et y avoir survécu confère la résistance maximale, mais l'idée est justement de ne pas l'attraper… Quant à avoir attrapé un cousin du virus, c'est un phénomène loin d'être négligeable : il est probablement la principale raison qui fait que la grippe saisonnière touche finalement peu de monde chaque année : le virus a beau muter, il n'est pas si différent de celui de la saison d'avant. Mais on retombe dans le problème d'attraper le virus qu'on cherche à éviter.
Le problème ici, c'est qu'aucun coronavirus n'a jamais touché la population humaine à grande échelle. On n'a donc pas de vaccin, pas de moyen d'en fabriquer rapidement un et pas d'immunité liée à un virus apparenté. Reste l'immunité génétique, qui, comme on l'a vu, est rare. On démarre donc avec une population qu'on peut considérer comme sensible à 100%.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Alors effectivement, pour le moment, le taux d'attaque est faible. Le taux d'attaque, c'est le nombre de personnes présentant la pathologie par rapport à la population générale. Mais c'est surtout parce que l'épidémie vient de commencer. Ce qu'on observe très concrètement, c'est que dès qu'on prend une personne en charge, le temps qu'on ait fini de l'isoler, elle en a contaminé 2 à 3 autres.
Pour le taux de mortalité, il est obtenu en divisant le nombre de décès par le nombre de cas confirmés virologiquement. Ça pose un souci de dénominateur : il est possible que des personnes pas ou peu symptomatiques passent sous le radar car même pas dépistées. On a quand même un bon cas d'école avec le Diamond Princess. Je te renvoie à cet article sur Slate (à ouvrir avec ublock origin), qui comprend, entre autres, une bonne explication de ce qu'est le Diamond Princess. L'avantage, puisqu'il faut en trouver un, c'est qu'on a des données exhaustives sur la population du bateau, et on sait qu'on y a trouvé environ 47% de porteurs sains.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
s'il y a des porteurs sain les mesures d isolement ne servent à rien car alors très peu de personnes non identifiées suffisent a répendre partout le virus à tous.
Les mesures d'isolement conservent un intérêt : prenons un cas extrême, , 50% de porteurs sains, mais tu arrives à isoler totalement tout patient symptomatique. Les porteurs sains transmettront effectivement le virus à 2 personnes en moyenne, mais comme les patients symptomatiques sont (par hypothèse) totalement isolés et ne transmettent pas le virus, on a : . Et tu arrives à stabiliser l'épidémie.
Bon, c'est un exemple extrême, mais ça montre que les porteurs sains ne font pas tout. De plus, il n'est pas inenvisageable de les dépister (la stratégie actuelle est de dépister toutes les personnes ayant été en contact avec une personne confirmée malade).
De mon humble avis seul quelques malchanceux mourront et encore a priori ceux déjà très fragile
La létalité est estimée entre 1 et 3%, selon les estimations. Dans une population avec une mauvaise prise en charge du grand âge et des pathologies associées, il ne reste plus que des jeunes à contaminer (les plus vieux n'ont pas attendu le SARS-CoV-2 pour décéder) et la létalité est faible, tandis que dans une population comme la population française, je m'attends à ce que ça tende plus vers la fourchette haute.
Quoi qu'il en soit, 2% de mortalité, c'est énorme, c'est 20 fois celle de la grippe. Ce qui est particulièrement problématique, c'est la combinaison létalité assez élevée + population intégralement sensible. De plus, ça ne touche pas que les personnes fragiles : certes, les plus fragiles sont à risque élevé, mais on observe aussi des décès chez des personnes bien portantes auparavant. Enfin, ceci est conditionné à la possibilité d'accès à des soins intensifs. Il y a quand même 20% de patients qui finissent en soins intensifs (et pas que des personnes fragiles. Il n'y a pas 20% de personnes fragiles dans la population). La définition des soins intensifs, c'est à peu prés : le service où tu vas quand tout le reste a échoué, et si tu n'y vas pas, tu meurs. Si ces services sont entièrement saturés, la mortalité explosera.
D'ailleurs s il y avait une vrai volonté de lutter contre l'épidémie la première chose serait de tester tous ceux qui ont la grippe car bon nombre de malade passent aujourd'hui pour des grippes.
C'est probablement ce qui finira par arriver. L'épidémie de grippe est sur une pente descendante en région parisienne, je m'attends à ce qu'elle suive la même pente partout en France dans une semaine ou deux (pour le coup, c'est vraiment du doigt mouillé). À ce moment-là, il n'y aura plus aucune chance de passer pour une grippe.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Taux de mortalité du covid
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 4. Dernière modification le 10 mars 2020 à 20:09.
Il y a énormément de commentaires dans le précédent sujet, donc ce n'est pas facile à lire, mais j'ai déjà répondu à cette remarque ici. Oui, mesurer le nombre d'années de vie perdues serait une mesure bien plus pertinente, et elle a évidemment déjà été proposée. Elle est, en pratique, totalement irréalisable, et elle est complètement absconse pour 90% de la population. Donc on se rabat sur une métrique bien plus facile à calculer, plus parlante pour la majorité, mais qui a le défaut de prêter le flanc à la critique des 10% restants qui savent faire des maths.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 7.
Prenons un exemple : nous sommes face à une hémorragie grave. J'ai une formation de secouriste, pas toi. J'ai 30% de chances de savoir faire les bons gestes, tu as 10%. Nous sommes en désaccord sur le geste à effectuer. Que faire ? Les probas a priori sont :
Proba que j'aie tort et toi aussi : (1-0.3)*(1.0.1) = 0.9*0.7= 0,63
Proba que j'aie raison et pas toi : 0.3*0.9 = 0.27
Proba que tu aies raison et pas moi : 0.7*0.1 = 0.07
Proba que nous ayons tous les deux raison : 0.3*0.1 = 0.03
Mais on conçoit aisément qu'il est impossible que nous ayons tous les deux raison puisque nous sommes en désaccord. On peut donc éliminer la dernière ligne. Par ailleurs, il s'agit d'une hémorragie grave : si on ne fait rien, il est certain que la personne va mourir. Donc autant tenter quelque chose. On peut donc aussi éliminer la première ligne.
Reste :
Proba que mon idée soit meilleure que la tienne sachant qu'il faut en choisir une : 0.27/(0.27 + 0.7) = 0.794
Proba contraire : 0.206
Il est donc préférable, dans une situation où les deux interlocuteurs sont incompétents mais où on est obligé d'en choisir un, de suivre le moins incompétent.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Les commentaires sont ceux qu'on est en droit d'attendre de DLFP. C'est un site d'informatique et de logiciel libre, à la base, pas de médecine. Les intervenants sont en grande majorité informaticiens, généralement ingénieurs. Ils ont leurs préjugés, parfois affligeants, mais généralement, ce qui prévaut sur ce site, c'est l'envie d'apprendre et un goût immodéré pour le débat. Ça débat couramment à n'en plus finir, la moindre incohérence sera impitoyablement traquée.
Dans l'ensemble, les commentaires de ce nourjal sont cohérents avec ceux du site en général, et non, je ne les ai pas trouvé affligeants, en fait, je les trouve plutôt plus intéressants que sur bon nombre de sites d'information.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Très bon journal, même si...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 2.
Par "lavage des mains", elle entendait "sur le lieu de travail". Ce qui est tout à fait possible ;)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bis repetita ;)
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 3.
Depuis qu'on dit MLE (Maximum Likelihood Estimation) :p.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Très bon journal, même si...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Alors : ce sont des articles de 2009 portant sur un autre virus (la grippe), qui n'est pas de la famille des coronaviridae.
En fait, il y a 2 actions d'efficacité différente :
Le lavage à l'eau et au savon repose principalement sur la détersion mécanique. Le savon n'est pas toxique pour les bactéries ni les virus. Le gel hydro-alcoolique vise à tuer les pathogènes.
On peut faire une expérience simple : une personne se rend dans le service d'hygiène hospitalière, elle se lave les mains à l'eau + savon, elle les plaque sur une gélose. Le lendemain, elle revient dans le service d'hygiène hospitalière et trouve quelques colonies bactériennes sur la plaque de gélose. Elle se lave alors les mains à la solution hydro-alcoolique et les plaque sur une seconde gélose. Le lendemain, elle revient : il n'y a pas de colonies bactériennes. Pour les virus, c'est plus compliqué à mettre en évidence, car l'ADN ou l'ARN viral reste détectable après un lavage de mains à la solution hydro-alcoolique, qui n'a pas pour but de le détruire (il agit à un autre niveau du virus).
L'idée générale est donc la suivante : il est désormais (2020) admis que, pour les virus enveloppés comme la grippe ou les coronaviridae, le gel fait mieux que l'eau et le savon. Idem pour la grande majorité des bactéries.
Les exceptions à cette règle sont : les virus nus (hépatite A, rhinovirus, poliomyélite) car le gel hydro-alcoolique vise l'enveloppe et… ils n'en ont pas, ainsi que les bactéries capables de former des spores (principalement le genre Clostridium) car les spores sont une forme extrêmement déshydratée capable de résister aux agressions chimiques comme l'alcool.
Les souillures macroscopiques ont aussi pour effet d'empêcher l'alcool de pénétrer la bactérie / le virus (effet biofilm) et il faut alors commencer par retirer la souillure.
Dans ces cas-là, il faut commencer par un lavage à l'eau et au savon afin de retirer mécaniquement les spores, avant de tuer les bactéries restantes à la solution hydro-alcoolique.
Concernant l'effet desséchant de l'alcool sur les mains : comme il a été dit, l'alcool ne retire pas la couche de sébum car il ne fait que s'évaporer. L'alcool ne déshydrate donc pas. Cependant, la pellicule de glycérol peut être désagréable et il a été montré que se laver fréquemment les mains afin de retirer cette pellicule a un effet desséchant. L'infirmière hygiéniste de mon hôpital nous racontait ainsi le conseil qu'elle donne aux personnels qui se plaignent de l'effet desséchant de l'alcool : ne vous lavez plus les mains à l'eau pendant un mois et revenez me voir. Un mois après arrêt du lavage à l'eau, il n'y a plus d'effet desséchant.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bis repetita ;)
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 10.
J'avais vu ton commentaire, je n'ai juste pas eu le temps d'y répondre ;).
Je dirais qu'il y a quand même quelques différences fondamentales entre les modèles SIR et le modèle linéaire.
Tout d'abord, le modèle linéaire est avant tout destiné à l'inférence, là où le modèle SIR est destiné à la prédiction.
Le modèle linéaire (et ses généralisations) excelle quand il s'agit de trouver les corrélations entre une (ou plusieurs) variable prédictrice et une variable prédite. Il permet aisément de prendre en compte des facteurs de confusion. Même quand ses hypothèses de bases sont partiellement violées, il est relativement robuste et ses résultats, sans être parfaits, restent bons, et sont quasiment toujours utiles. Par contre, s'agissant de déterminer une valeur plausible pour une variable Y connaissant les prédicteurs X, le modèle linéaire est dépassé par bon nombre d'autres algorithmes en termes d'erreur quadratique moyenne (il conserve cependant un intérêt car il est extrêmement rapide à ajuster et à exécuter).
De plus, le modèle linéaire n'est pas un modèle "représentatif". Il n'est pas basé sur une compréhension même grossière du mécanisme sous-jacent au phénomène expliqué. Pour faire un modèle linéaire, on se contente de faire une somme pondérée des variables explicatrice (plus une constante) et c'est tout.
Le modèle SIR n'a pas pour but de réaliser de l'inférence. Analyser ses coefficients n'apportera rien puisqu'ils doivent même lui être fournis par un autre modèle. Par contre, ses qualités prédictrices restent bonnes même quand ses hypothèses de départ sont violées.
Le modèle SIR est de plus un modèle représentatif : il est basé sur une hypothèse concernant la diffusion de la maladie. Ceci explique qu'il ne soit applicable qu'aux maladies infectieuses. Pour la petite histoire, j'ai dû, au cours de mes études, élaborer un modèle SIR à titre d'exercice pour le chikungunya. Il a fallu me renseigner sur les mécanismes de contamination du moustique, la dynamique des populations de moustiques… Rien de tout ça n'aurait été nécessaire avec un modèle linéaire.
Est-ce que d'autres modèles, plus complexes, type machine learning, ont été testés ? Oui. Ils ont un inconvénient : la plupart des modèles de machine learning sont destinés à prendre en compte des données multidimensionnelles (nombreuses variables par individu), potentiellement hétérogènes, et fiables car récoltées informatiquement. Ici, on est face au cas inverse : les données se limitent à un nombre de contaminations par jour, on a peu de covariables, et elles ne sont de toute façon pas fiables. On est dans un cas où le modèle SIR marche bien, mais où les algos de machine learning sont limités.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Rôle de la cours de Cassation
Posté par Liorel . En réponse au journal Le statut d'indépendant est fictif chez Uber (décision de la cour de cassation). Évalué à 10. Dernière modification le 05 mars 2020 à 08:35.
Ben un peu quand même. La Cour de Cassation juge en droit, non en fait. C'est-à-dire que les faits ne peuvent être contestés devant la Cour de Cassation, mais tous les points de droit peuvent l'être. Les faits (le travail au jour le jour) n'ont jamais été contestés. Par contre, la question de savoir si les chauffeurs Uber sont des salariés déguisés est bien un point de droit. Elle était donc de la compétence de la Cour de Cassation. Qui a effectivement défini le statut du chauffeur, en accord avec la cour d'appel, ce qui n'est pas systématique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 6. Dernière modification le 04 mars 2020 à 19:18.
Il est supprimé sur le papier, pour la presse. Chaque fac reste libre de fixer ses "capacités de formation" qui correspondent, concrètement, à un nombre de places
au concoursà l'examen classant.Le numerus clausus est mort, vive le numerus clausus.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Porteurs sains
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 2.
Tu as une réponse au sein de ce long post.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Les chiffres et la réalité...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
jyes t'a très bien répondu, mais puisque tu m'as invoqué, je vais te répondre, avec un exemple et encore un peu de maths.
Prenons un problème extrêmement simple : tu as un jeu de données sous la forme de 20 couples (X,Y) avec X et Y réels et tu cherches un moyen de prédire Y quand tu connais X. On notera
l'erreur de prédiction.
Le modèle le plus simple consiste à écrire
et de déterminer le 
qui minimise la somme des carrés des 
. On prend généralement comme critère d'optimalité la somme des carrés des erreurs car ça évite de se trimballer des valeurs absolues, ce qui simplifie bien les calculs, et surtout, ça donne les meilleurs résultats empiriquement1. Dans ce modèle, on va aboutir à 
, où $\bar{x} est la moyenne des X. Autrement dit, je peux faire un modèle très simple où je prédis la moyenne des X quel que soit Y. Ça paraît débile, mais c'est un bon début ! En fait, si X et Y sont indépendantes, c'est même le meilleur modèle.
Mais bon, tu n'iras pas forcément très loin comme ça. Tu peux t'améliorer en prédisant que
. Autrement dit, tu supposes une relation linéaire entre X et Y. Là encore, tu prends comme critère d'optimisation la somme des 
. Tu remarqueras que ta somme des carrés des erreurs est toujours inférieure ou égale à celle que tu avais avec seulement 
. Les 
sont appelés paramètres du modèle : il s'agit de valeurs calculées à partir des données pour optimiser un critère qui reflète à quel point le modèle s'ajuste à la réalité.
Et si on continuait ? Après tout, rien ne t'empêche d'écrire
. En apparence, tu peux prendre un polynôme de degré quelconque. Tu colleras toujours mieux aux données, tu amélioreras toujours ta somme des carrés des erreurs. Il y a quand même un souci. Si tu recherches le polynôme de degré 21, il y a une infinité de 21-uplets 
qui sont tous optimaux. En effet, tu n'as que 20 points de données, et il y a une infinité de courbes de degré 21 qui passent par tous. Ton nombre de paramètres ne peut donc pas dépasser ton nombre d'observations.
Soit, me diras-tu, je vais me limiter au polynôme de degré 20. Certainement, celui-ci doit être le meilleur, puisqu'il passe par toutes les observations, et sa somme des carrés des erreurs est de 0.
Et c'est ainsi que tu tombes dans le piège du surapprentissage. Si je te fournis une 21ème observation, il y a de grandes chances que ton modèle me fasse une prédiction pire (en termes d'erreur) que le polynôme de degré 0. Pire encore : si je refais mon étude sur 20 autres personnes, tes 20 paramètres seront totalement différents et tes prédictions n'auront rien à voir ! Alors que le modèle linéaire, lui, sera vraisemblablement peu différent2.
Un modèle avec trop de paramètres est un modèle avec une bonne précision sur les données d'apprentissage (en machine learning) ou d'ajustement (c'est le même mot mais en langage de statisticien), mais qui se plantera sur ses prédictions autres. La solution à ce problème est d'avoir peu de paramètres par rapport au nombre de données.
Dans un modèle SIR, on a besoin de 2 paramètres en tout et pour tout et ils sont très faciles à estimer (en statisticien)/apprendre (en machine learning). Estimer
revient à compter le nombre de nouveaux malades chaque jour, à diviser par le nombre de malades de la veille, et à minimiser la somme des carrés des erreurs du logarithme (on fait une moyenne pondérée, mais c'est l'idée). Estimer le taux de guérison revient à calculer l'inverse de la durée moyenne de la maladie. Même avec des données imparfaites, c'est extrêmement robuste. En fait, si la proportion de porteurs asymptomatiques est constante à chaque génération, c'est même indépendant des porteurs asymptomatiques (ce qui répond d'ailleurs à un commentaire de Bruno Michel).
En comparaison, pour des modèles plus complexes, il te faut estimer, au minimum, le nombre d'interactions par individu sur une journée, leur durée, leur importance (c'est pas la même interaction de faire 2h de réunion dans la même pièce ventilée et 10 minutes de judo), donc tu te retrouves avec un modèle qui dépend fortement de données très difficiles à mesurer de façon fiable.
De manière générale, récolter des données médicales coûte de l'argent et du temps. De l'argent, on peut en mettre quand on est face à une épidémie de grande ampleur. Mais le temps… C'est précisément ce qui manque.
Et il y a de très bonnes raisons théoriques pour ça. L'estimateur des moindres carrés est un cas particulier d'estimateur au maximum de vraisemblance quand les erreurs sont normales. Ça parlera à ceux qui travaillent dans le domaine ;). ↩
En fait, avec 20 personnes, même le modèle linéaire simple peut être relativement instable. Par contre, si on refait le même exemple avec 50 personnes, il n'y a plus photo. ↩
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 5.
Honnêtement, le numerus clausus est un faux problème. Les études médicales, c'est super dur, point. La charge de travail d'un étudiant PACES n'est pas différente de celle d'un étudiante en médecine plus avancé, elle est même probablement inférieure. Si on supprimait le numerus clausus, on augmenterait un peu le nombre de médecins en formation, mais :
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10. Dernière modification le 03 mars 2020 à 23:12.
Il est complètement dû aux salaires. Avoir un poste de praticien hospitalier, c'est se battre pendant des mois contre une administration qui commencera par envisager toutes les autres possibilités, puis contre d'éventuels concurrents, pour au final enchaîner les CDD avant d'être titularisé et toucher moins que dans le privé. Plus personne ne veut faire ça, sauf ceux qui ont vraiment envie d'enseigner et qui n'ont pas d'autre choix que les postes hospitalo-universitaires. Moi-même, j'envisage de partir dans le privé parce que je me fais chier dans mon taf et que quitte à me faire chier, j'y serais payé 1,5 à 2 fois plus. Je suis très loin d'être un cas isolé.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Les biologistes sont encore plus mauvais que les informaticiens pour trouver des noms !
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 5.
Randall Munroe t'a obligeamment fourni le XKCD qui va bien ;)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Du ramdam pour une grippe un peu violente
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 3.
Je renvoie le lecteur non connaisseur à mon commentaire un peu plus bas où j'explique la même chose avec des mots un peu différents.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Du ramdam pour une grippe un peu violente
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 6.
C'est assez cohérent avec 10% de personnes sensibles en moyenne. Parfois c'est plus, parfois c'est moins. J'avais aussi ce chiffre (10%) en tête (plus sous la forme "90% d'immunité", qui est équivalente) mais je ne l'ai pas cité par flemme de chercher une source.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Erreur ?
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
C'est l'occasion de revenir sur le portage asymptomatique. Le portage asymptomatique est défini comme le fait d'être porteur du virus, donc capable de le transmettre, sans présenter de symptômes. Il est préférable de parler de "porteur asymptomatique" plutôt que de "porteur sain" car il est difficile de considérer comme saine une personne porteuse d'un virus potentiellement mortel.
L'immense majorité des pathologies ont une phase de portage asymptomatique, voire des individus porteurs asymptomatiques permanents. La caricature serait la famille des virus de l'herpès : les HSV-1 et 2, qui donnent l'herpès classique, sont très majoritairement asymptomatiques, au point que HSV-1 infecte silencieusement 9 humains sur 10, y compris dans des sociétés occidentales hygiénistes. Les HHV-7 et 8, de la même famille, ne donnent, eux, aucun symptôme. Rien, nada, que dalle.
Face à un nouveau virus, il est donc raisonnable de penser qu'il y a des porteurs asymptomatiques : c'est tout simplement le cas le plus fréquent, et de loin. Reste à les trouver, et c'est le plus difficile : encore faut-il savoir où chercher ! Le Diamond Princess a ici fourni des données précieuses, quoi qu'obtenues dans des conditions tout à fait scandaleuses.
L'impact du portage asymptomatique est difficile à évaluer. Un porteur asymptomatique peut avoir trois évolutions différentes : soit il finit par guérir, soit il finit par déclarer la maladie, soit il reste indéfiniment porteur asymptomatique.
S'il ne déclare pas la maladie, il contribue individuellement à soulager le système de santé : du point de vue du modèle SIR, il reste dans la case I, mais en termes de nombre de cas mesurés, il passe sous le radar. Il ne nécessitera évidemment pas d'hospitalisation. Il deviendra par contre généralement résistant à terme, contribuant à la résistance globale de la population. Il doit donc être soustrait du nombre de cas mesuré.
En termes de transmission, les choses sont plus complexes. En effet, la contagiosité d'un individu dépend de 3 paramètres : sa charge virale, sa capacité à excréter le virus (le faire sortir de l'organisme) et les mesures comportementales de protection.
Un porteur asymptomatique n'a aucune raison de mettre en place plus de mesures de protection qu'un non-porteur et on n'a aucune raison de s'en protéger a priori… En tout cas pas plus que quiconque.
D'un autre côté, si on est asymptomatique, c'est généralement pour une bonne raison : un meilleur contrôle de l'infection par le système immunitaire, par exemple. Il n'est pas illégitime de s'attendre à ce qu'un porteur asymptomatique ait une charge virale moins élevée et soit moins à même de transmettre l'infection. Surtout que les porteurs asymptomatiques sont… asymptomatiques ! La toux, qui est un excellent vecteur pour le virus, n'est pas présente. Donc le porteur excrète moins de virus qu'un malade.
Au final, donc, l'impact des porteurs asymptomatiques dépend de l'efficacité des mesures de protection, de leur application même en présence de personnes non considérées comme contagieuses, et de la contagiosité des porteurs asymptomatiques qui n'a aucune raison d'être la même que celle des porteurs symptomatiques. Théoriquement, il faudrait considérer chacun comme porteur asymptomatique. En effet, il est probable qu'il existe une phase de contagiosité pré-symptomatique, donc la meilleure protection est de se laver les mains quoi qu'il arrive.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Comparaisons
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Ce texte formule une comparaison un peu rapide avec la grippe. Dans la grippe, il existe un phénomène d'immunité croisée. Si tu attrapes la grippe en 2020, tu vas fabriquer une quantité considérable d'anticorps contre le virus inflenza-2020. Le virus influenza-2021 sera sans doute un peu différent, mais tes anticorps ne sont pas parfaitement spécifiques et ils sont très nombreux. En sorte que tu disposes d'une immunité partielle. Ceci ne fonctionne pas avec le vaccin parce que le vaccin te fait fabriquer moins d'anticorps : suffisamment pour lutter contre la grippe en cours, mais trop peu pour lutter contre un virus différent.
Quand la grippe arrive, elle arrive donc dans une population déjà largement résistante et elle atteint très rapidement son équilibre. Or il n'y a jamais eu aucun coronavirus circulant (connu) chez l'humain. Le virus arrive donc dans une population intégralement sensible. C'est ça qui fait peur : la première vague épidémique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Létalité
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Effectivement, il y a des cas décrits de recontamination, c'est-à-dire que des personnes considérées comme guéries se remettent à devenir positives au virus.
Pour le moment, on n'en sait pas assez pour trancher entre plusieurs hypothèses :
Ces cas sont effectivement reportés, mais pour le moment, il y en a trop peu pour avoir des données précises à leur sujet. Ça s'éclaircira sans doute dans les jours ou semaines à venir.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Comparaisons
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Surtout que ma liste recoupe pas mal les personnes âgées en fait (et les fumeurs. Arrêtez de fumer. Non, vraiment, vous vivrez plus vieux et vieillirez plus lentement).
La question sur le "un peu en avance" est très pertinente. Il a été proposé de mesurer la surmortalité liée à un événement non pas en nombre de morts, mais en années de vie perdues. Ce serait sans doute une mesure bien plus pertinente.
Et puis l'idée s'est fracassée contre le mur du réel. Le nombre total d'années de vie perdues, c'est une belle idée qui ne parle qu'à des matheux de l'épidémiologie, des types qui postent sur DLFP avec des bouts de code en
dedans. En plus, c'est hyper dur à mesurer. Il faudrait quasiment reprendre chaque dossier médical et mesurer le nombre d'années qu'il restait à vivre à la personne. C'est infaisable en pratique. Calculer le nombre de morts, en comparaison, c'est très facile : on sort les certificats de décès où la cause notée est "Covid19" ou un truc similaire, en 3h de temps stagiaire c'est fait (le temps d'éplucher les cas litigieux et de lister toutes les regexp pertinentes).
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Létalité
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 9.
C'est effectivement ça.
En gros, il y a 4 façons d'être résistant à un virus :
Les résistances génétiques sont rares mais efficaces. Les vaccins, quand ils existent, sont généralement très efficaces. Avoir attrapé le virus et y avoir survécu confère la résistance maximale, mais l'idée est justement de ne pas l'attraper… Quant à avoir attrapé un cousin du virus, c'est un phénomène loin d'être négligeable : il est probablement la principale raison qui fait que la grippe saisonnière touche finalement peu de monde chaque année : le virus a beau muter, il n'est pas si différent de celui de la saison d'avant. Mais on retombe dans le problème d'attraper le virus qu'on cherche à éviter.
Le problème ici, c'est qu'aucun coronavirus n'a jamais touché la population humaine à grande échelle. On n'a donc pas de vaccin, pas de moyen d'en fabriquer rapidement un et pas d'immunité liée à un virus apparenté. Reste l'immunité génétique, qui, comme on l'a vu, est rare. On démarre donc avec une population qu'on peut considérer comme sensible à 100%.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Létalité
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Alors effectivement, pour le moment, le taux d'attaque est faible. Le taux d'attaque, c'est le nombre de personnes présentant la pathologie par rapport à la population générale. Mais c'est surtout parce que l'épidémie vient de commencer. Ce qu'on observe très concrètement, c'est que dès qu'on prend une personne en charge, le temps qu'on ait fini de l'isoler, elle en a contaminé 2 à 3 autres.
Pour le taux de mortalité, il est obtenu en divisant le nombre de décès par le nombre de cas confirmés virologiquement. Ça pose un souci de dénominateur : il est possible que des personnes pas ou peu symptomatiques passent sous le radar car même pas dépistées. On a quand même un bon cas d'école avec le Diamond Princess. Je te renvoie à cet article sur Slate (à ouvrir avec ublock origin), qui comprend, entre autres, une bonne explication de ce qu'est le Diamond Princess. L'avantage, puisqu'il faut en trouver un, c'est qu'on a des données exhaustives sur la population du bateau, et on sait qu'on y a trouvé environ 47% de porteurs sains.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Du ramdam pour une grippe un peu violente
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Les mesures d'isolement conservent un intérêt : prenons un cas extrême,
, 50% de porteurs sains, mais tu arrives à isoler totalement tout patient symptomatique. Les porteurs sains transmettront effectivement le virus à 2 personnes en moyenne, mais comme les patients symptomatiques sont (par hypothèse) totalement isolés et ne transmettent pas le virus, on a : 
. Et tu arrives à stabiliser l'épidémie.
Bon, c'est un exemple extrême, mais ça montre que les porteurs sains ne font pas tout. De plus, il n'est pas inenvisageable de les dépister (la stratégie actuelle est de dépister toutes les personnes ayant été en contact avec une personne confirmée malade).
La létalité est estimée entre 1 et 3%, selon les estimations. Dans une population avec une mauvaise prise en charge du grand âge et des pathologies associées, il ne reste plus que des jeunes à contaminer (les plus vieux n'ont pas attendu le SARS-CoV-2 pour décéder) et la létalité est faible, tandis que dans une population comme la population française, je m'attends à ce que ça tende plus vers la fourchette haute.
Quoi qu'il en soit, 2% de mortalité, c'est énorme, c'est 20 fois celle de la grippe. Ce qui est particulièrement problématique, c'est la combinaison létalité assez élevée + population intégralement sensible. De plus, ça ne touche pas que les personnes fragiles : certes, les plus fragiles sont à risque élevé, mais on observe aussi des décès chez des personnes bien portantes auparavant. Enfin, ceci est conditionné à la possibilité d'accès à des soins intensifs. Il y a quand même 20% de patients qui finissent en soins intensifs (et pas que des personnes fragiles. Il n'y a pas 20% de personnes fragiles dans la population). La définition des soins intensifs, c'est à peu prés : le service où tu vas quand tout le reste a échoué, et si tu n'y vas pas, tu meurs. Si ces services sont entièrement saturés, la mortalité explosera.
C'est probablement ce qui finira par arriver. L'épidémie de grippe est sur une pente descendante en région parisienne, je m'attends à ce qu'elle suive la même pente partout en France dans une semaine ou deux (pour le coup, c'est vraiment du doigt mouillé). À ce moment-là, il n'y aura plus aucune chance de passer pour une grippe.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: 2 typos
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 3.
Ouep, je veux bien, merci :)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
# 2 typos
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 3.
Si un modérateur peut corriger, merci :)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.