Journal Une courte histoire d'échelle, de serpents et d'escalier en colimaçon

Nous représentons le sceau médicinal, par deux serpents se croisant, enroulés autour d'un sceptre. C'est le symbole de Hermès Le caducée pharmaceutique a été stylisé pour ne plus représenté qu'un seul serpent et une balance, symbole de la dualité de l'usage. À la fois handicapant, voire mortel, et curatif. Nous rattachons toujours son historique à la culture Grecque. Ainsi le caducée pharmaceutique serait issu d'un outil d'Hygie. Les médecins, enfin, utilisent un symbole proche, qui serait rattaché à Asclépios

Pourtant lorsqu'on s'éloigne un peu de cette vision européenne pour essayer de regarder plus d'horizons, nous nous rendons compte assez rapidement que la symbolique du serpent est reprise également par toutes les cultures sur tout les continents. Et ce depuis "l'aube des temps". De nouveau, nous nous disons qu'il y a là une symbolique du danger. Pourtant nous ne retrouvons pas de trace, aucune, d'un équivalent pour un insecte venimeux ou pour une plante vénéneuse. Et là, ça cloche !?! Bien que la symbolique soit forte et bien que l'éventuelle histoire de ce symbole tienne debout, parfaitement, une question se pose : pourquoi retrouvons nous partout autour du globe une symbolique identique, quelle que soit la culture et aussi loin qu'on puisse remonter ? Sans pouvoir répondre à cette question, je ne peux qu'inviter à lire des ouvrages d’anthropologues, en piochant les passages s'y rapportant.

Bien, nous avons donc, un peu partout sur terre, une symbolique partagée : deux serpents se croisant plus ou moins, à l'image d'un escalier en colimaçon. Parfois clairement représenté, parfois plus imagé, ou les barreaux n'apparaissent pas, parfois un seul serpent est présent, parfois ce sont bien trois serpents. Parfois des liens entre eux sont clairement présentés, parfois ils sont plus imagés et relève seulement de leurs enroulements respectifs. Partout autour du globe, aussi loin que l'on puisse remonter. Étrange. Et unique. Coïncidence ?

Mais à quoi cela peut il bien faire penser, lorsqu'on symbolise encore un peu plus ces deux serpents ? Ou encore notre caducée ? Ou bien cet escalier en colimaçon ? Hum ... ça y est ? Non ? Si ? En images, cela donne :

Hum, balayons rapidement toute tendance pseudo-religieuse, neo-hippy ou new-age alacon. Il y a là quelque chose d'objectivement surprenant. Que n'ont pas manqué de relever des scientifiques à travers l'histoire. Et dont les références, pour celles ci, sont particulièrement intéressantes à chercher ;-) Afin de ne pas faire trop long, mais sans blesser le plaisir, une citation d'un biologiste célèbre : Pier Luigi Luisi parlant de "tautologie du darwinisme moléculaire"

Une plus longue citation, restant néanmoins dans l'extrait selon les termes du droit à la citation, d'un anthropologue se rendant compte qu'il aurait dû aussi étudier la biologie (interprétation personnelle :p), et faisant une parabole sur l'intention ...

La question de l'intention semble entendue à l'avance. L'ADN est un simple produit chimique, un acide. Il ne peut y avoir d'intention ici. (...) Comment la nature pouvait être dénuée d'intention si elle correspondait réellement à la description qu'en fait la biologie ?

Des progrès technologique permettent de déterminer la séquence exacte des acides aminés de certaines protéines et révélèrent une nouvelle dimension dans la complexité du vivant. Par exemple, un seul récepteur unique nicotinique, formant une "serrure" hautement spécifique liée à un canal pareillement sélectif, est construit à partir de cinq chaînes protéiniques juxtaposées représentant un total de quelque deux milles cinq cents acides aminés alignés dans le bon ordre. Malgré l'improbabilité d'une émergence fortuite d'une telle structure, même les nématodes, qui sont parmi les pluricellulaires invertébrés les plus simples, possèdent des récepteurs nicotiniques.

L'ADN.
Et le séquençage du génome.
Deux domaines où règne trop souvent la peur : peur du partage, peur du savoir de l'autre. Où règne aussi les brevets. Alors ? Et bien dans ce monde ultra-propriétaire, un espoir est né. Un espoir de plus, cette fois ci sous la forme d'un outil.

L'UCLA a ainsi commencé a développer un outil de séquençage du génome, en OpenSource, et utilisant en bases d'autres outils, tel HADOOP hive et hbase. Mr Brian O'Connor ayant commencé il y a un peu plus de deux ans maintenant, à coder une famille d'outil destinée à assurer ce travail si particulier. Faisant partie de la "next generation".

SeqWare currently provides four tools specifically designed to support massively parallel sequencing technologies (Illumina, ABI SOLiD, 454). The first is a LIMS web application (SeqWare LIMS) to manage samples, record computational events, and present results back to end users. The second component is a pipeline (SeqWare Pipeline) which consists of many different programs useful for processing and annotating sequence data. These can be combined with other tools (BFAST, BWA, SAMtools, etc) and strung together to form more complex workflows to support many experiment types. Third, a query tool (SeqWare Query Engine) is available to database and query variants and other events inferred from sequence data. Finally, SeqWare MetaDB provides a common database to store metadata used by all components. All four tools can be used together or separately.

D'autant plus remarquable que SeqWare a d'ores et déjà un beau palmarès, car il a dépassé le stade de la validation. Lors de sa présentation au congrès du 'Lineberger Comprehensive Cancer Center", Mr O'Connor affirma :

The old ways of growing can't keep up .. can't just "buy a bigger box"

Google, Twitter, Facebook (...) are solving their scability problems. Biology needs to learn from their solutions (...)

SeqWare a depuis fait l'objet de publication chez PUBLIC LIBRARY OF SCIENCE, plosone. SeqWare est officiellement entré en production en février 2010. Et est aujourd'hui disponible à tous dans le cloud de Amazon. Surprenant. Il a depuis engrangé les réussites. Dont des plus surprenantes parfois ;-) En voici un usage concret, accessible à tous, sur le service de nimbusinformatics.

Longue vie à SeqWare !

Voilà, j'espère ce journal source de commentaires instructifs (?) Au vue de la dernière publication sur ... les publications scientifiques, peut être que nous aurons la chance d'avoir des précisions de certaines personnes ici ? En tout cas, titillant et divertissant pour tous, j'espère :-)