zeb a écrit 1084 commentaires

C'etait aussi mon idee quand j'ai poste cette news : pourquoi ne pas faire un "fair" FAI pour nous (les hommes ! mais sans sexisme aucun!) Faut-il beaucoup d'argent au depart ? Peut-on etre sponsorises ? On pourrait en effet faire un partenariat.
L'avantage aussi ce serait d'etre ouvert au grand public et leur proposer des distributions Linux gratuites, avec le support (une sorte de pack "decouverte" connexion + systeme)

Comme j'ai poste la news, je confirme : rien ne t'empeche de te connecter a partir de Windows. D'abord ce serait ethiquement pas normal (peut etre meme pas legal), d'autre part on peut etre utilisateur de Windows et soutenir le LL. Il y a des LL excellents sous windows et qui sont GPL, comme FlaskMpeg, que tous les amateurs de DivX;) connaissent.

En fait, il faudrait une interaction texte/graphique : une molecule de DNA est representee par une chaine de 4 caracteres (ATCG), parfois plus quand on a du degenere. Chaque caractere est numerote (position).

En gros, on doit pouvoir trouver des sous-chaines de 4,5, 6, et plus de sous chaines (correspondant a des sites de coupure appeles "sites de restriction") qui doivent etre ensuite positionnes sur une carte graphique (une ligne ou un rond). Ce qui serait bien, ce serait l'interaction entre les deux (DNA strider ne sait d'ailleurs pas le faire) : une modification de la chaine de caractere modifierait "en direct" le graphe. De plus, on devrait pouvoir marquer a la main des regions du DNA dans le texte, qui se traduiraient par des rectangles qu'on peut annoter, par ex correspondant a des genes. C'est difficile a expliquer sans schema, mais j'ai une idee assez precise de ce qui serait pratique. De plus, les formats de sequences qui sont deposes dans le domaine public sont aussi standardises, avec des tags, correspondant a des commentaires, des noms de genes, des references de publi, etc... et disponibles sur internet. Ce serait bien d'avoir la possibilite de recuperer ces donnees par reseau et de reconnaitre les tags automatiquement.
Ajoute a tout ca, des methodes d'alignements entre sequences, des methodes de prediction de structure, etc... peuvent etre facilement integres car les algorithmes sont deja publies et libres. Je peux fournir la doc et bien sur je peux participer a la mise au point et meme a la programmation si ce n'est pas trop dur.

En fait, c'est tres simple (aucune connaissance de biologie n'est necessaire). Si ca tente toute personne, n'hesitez pas a utiliser mon adresse email.
Je ne sais pas si ce serait bien de lancer le projet sur Sourceforge ou equivalent ??

Ou des convertisseurs format proprio -> format libre (eg flash -> svg)

En voila une idee qu'elle est excellente !

Merci pour les conseils.

En fait, j'ai entendu plus d'une fois dans les labos de bio moleculaire : "je n'achete pas de PC car il n'y a pas DNA strider", c'est pour ca que ce serait bien. Donc principalement il faudrait le porter sous windows et un bureau graphique sous Linux (KDE ou Gnome, peu importe).

En tout cas n'hesitez pas a m'envoyer un mail si vous etes a court d'idees et/ou si ce projet vous interesse.

J'ai une petite idee, qui me tient a coeur depuis des annees. Pour ceux qui ont suivi le thread sur les brevets en biologie, vous savez que je ne suis pas informaticien (mais je programmais quand j'avais du temps libre) mais biologiste.
En biologie moleculaire, on utilise en majorite un logiciel : DNA Strider qui permet de manipuler (electroniquement) des sequences, de faire des cartes, des alignements, etc, et ce de facon graphique. Ce logiciel n'est disponible que sur Mac, c'est d'ailleurs une des raisons principales que les labos de bio en universite ne sont equipes que de Mac. C'est un logiciel a tres bas prix, voire gratuit pour certaines institutions, ecrit par le Dr Christian Marck de Saclay. Il n'a jamais porte ce logiciel sur d'autres OS. Or le PC commence a etre plus present, et ce serait bien d'avoir un equivalent (il existe des solutions proprios de 8 a 20 000FF !), et je pense depuis longtemps a ecrire un equivalent libre, de preference qui serait portable sous KDE ou Gnome et aussi sous Windows. Ce n'est pas tres complique a faire (c'est surtout de la gestion de chaines de caracteres, de la recherche de sous-chaines, et du graphisme de base), mais cela demande du temps (ce que j'ai tres peu).
Je ne sais pas si ca interesserait des personnes competentes en programmation (je me suis arrete au Turbo Pascal, donc je suis pas tres doue pour du Kdeveloper !), mais ca peut etre une idee... Si ca interesse quelqu'un de partir la dessus, je suis pret a donner des idees (pour les fonctions de ce logiciel). Des tutoriels montrant comment fonctionne DNA strider existent, par ex. http://www.lclark.edu/~bkbaxter/Bio312%20web/strider.htm,(...) mais j'en ai trouve d'autres avec google.

Je me trompe ou pour la "location" c'est deja prevu ? Je crois qu'ils ont prepare une licence limitee dans le temps pour des entreprises ? Comme ca on s'abonne a Windows, et on raque tous les mois meme quand ca marche pas (comme le telephone portable) !

Eh oui, on est entres dans l'ere du "tout genetique"... C'est une aberration, mais c'est tellement plus facile. La ou c'est plus grave, ce sont les consequences, a la "Gattaca". Comment ne pas risquer des exclusions sur la base d'un patrimoine dont on n'est pas responsable ?

Les semence génétiquement modidiées donnent des individus stériles

Pas necessairement, d'ailleurs pas besoin d'OGM pour rendre ces individus impropres au resemage, cela est obtenu par croisement.
D'ailleurs, la sterilite par modification genetique a ete abandonnee par Monsanto. En revanche, on integre un gene de resistance a un insecticide, et on vend l'insecticide qui va bien avec (et qui detruit le champ du voisin...)
Mais :
1) Le risque de sante public est inconnu (allergies)
2) Le risque ecologique est important : dissemination dans la nature, plantes naturelles devenant resistantes a leur tour
3) Le risque economique est le plus grave. On nous bassinait dans les annees 60 a propos du productivisme de l'agriculture moderne en disant qu'on resoudrait la faim dans le monde. resultat : le tiers monde creve toujours de faim, on pollue les nappes a outrance et les supermarches s'en foutent plein les poches. Le pire c'est qu'on nous ressort que les OGM resoudront la faim dans le monde... Quand pourront-ils s'acheter ces semences ?

Pour les maladies orphelines, c'est vrai, mais meme au niveau public il est tres difficile de les etudier, en raison du faible nombre de malades. En genetique, plus la population affectee est importante, plus c'est "travaillable" et plus rapidement on localise le ou les genes impliques.
d'ailleurs on a recours a des organismes modeles, comme la souris, la drosophile (mouche du vinaigre) ou la levure. Cette derniere est tres utile : temps de generation deux heures, manipulation de milliards de cellules ("d'individus"), genome completement sequence.
Mais pour la malaria et l'obesite, tout a fait d'accord avec toi. D'ailleurs, le regime alimentaire (MacDo et Coca) est bien avant les genes le grand responsable de l'exces de poids.

L'anemie falciforme (drepanocytose) et la thalassemie sont deux maladies differentes, mais toutes deux genetiques. La drepanocytose correspond a une alteration d'une chaine de la globine (composant l'hemoglobine du sang), et la thalassemie a l'absence d'une de ces chaines (alpha ou beta d'ou le nom de beta ou alpha thalassemie, cette derniere etant plus frequente en Afrique). Les genes codant la globine sont exprimes a l'etat normal chez tous les mammiferes a sang chaud, ils ont une fonction.
Le palu est provoque par un parasite (P. falciparum) qui donne une anemie qui ressemble a la drepanocytose (d'ou la confusion courante entre la maladie genetique et le parasite). Ce qui est interessant est que les thalassemies et meme la drepanocytose protegent du palu, mais encore faut-il que ces deux maladies ne soient pas trop graves.
Divers degres existent suivant le nombre et la nature des chaines de globine affectees. Donc pour repondre a ta question : ces genes ont une fonction et sont meme vitaux, puisqu'ils composent l'hemoglobine. cependant, comme les chaines de globine sont redondante dans l'hemoglobine, si une seule est affectee, c'est moins grave car il y a compensation. Cela illustre ce que je disais plus haut sur le fait qu'un gene affecte n'est pas forcement une maladie.
J'ai bien repondu a ta question ou je t'ai embrouille encore plus? ;)

PS : j'ai jamais gagne autant d'XP qu'en discutant genetique sur linuxfr !!!

Ca ne commence pas "a se ressentir", je veux dire que ce n'est pas d'aujourd'hui, en fait. On appelle cela "effet fondateur" : quand une sous-population se separe de la population d'origine, elle diminue son brassage genetique, et donc peut "fixer" des alleles deleteres ou defavorable. C'est le cas de la beta-thalassemie tres frequente chez un peuple juif de la mediterranee, des anomalies de la hanche qui sont plus courantes chez les bretons que dans le reste de la population francaise, ou certains villages de montagne. Le cas de la beta-thalassemie chez certains peuples de la mediterranee est interessante : cette maladie est tres grave car le sang est moins capable de transporter l'oxygene (anemie). Comment de tels genes defavorables se sont maintenus donc ? En fait cette maladie, quand elle est mineure, affecte les globules, mais ils sont insensibles a l'infection par le paludisme, donc c'est un mal qui protege d'un mal encore pire.
Cette derive genetique suivie de fixation est d'autant plus rapide que la sous-population est petite. C'est pourquoi le patrimoine genetique de populations aborigenes isolees sur de petites iles est interessant, car il comporte a haute frequence des alleles (formes de genes) tres rares ou inexistants chez nous.

Que ce soit privé ca fait clairement avancer les recherches.

Ca ne me semble pas si clair que ca. Les grandes avancees en biologie viennent de la recherche issue d'instituts publics qui publient leurs resultats et les mettent a la disposition de tout le monde. Je ne dis pas que le prive n'a pas de role a jouer, car il est une bonne source de financement, notamment dans les pays anglo-saxons. Mais aujourd'hui en bio il y a deux types de recherches : la fondamentale, qui est lente, pas forcement couteuse, mais qui donne les concepts; et la systematique, qui est tres couteuse, qui prend un probleme biologique et qui mesure, a l'aveugle, tous les parametres et qui donne une quantite monstrueuse de donnees qu'en general personne ne sait traiter (merci a la bio-informatique qui fait avancer les choses !), mais qui parfois peut mettre sur la piste. Cette derniere est tres pratiquee dans le privee : facile a mettre en oeuvre avec beaucoup de moyens, mais qui gaspille beaucoup de temps et d'argent. Elle est utile quand on n'a plus d'idees pour avancer. Sinon la fondamentale qui est dirigee est plus constructive, mais bien sur est lente et semble "vieillotte" aujourd'hui.

Le probleme c'est que les entreprises pharmaceutiques doivent vivre aussi pour faire la recherche.
Il faudrait faire le menage :
1) eliminer les medicaments inutiles. Il y en a encore beaucoup trop sur le marche qui n'ont pas d'effet biologique, et qu'on donne aux mémés pour les rassurer, alors que leur inaction a été démontrée
2)accorder vraiment un droit de production aux pays sous developpes, par ex en financant le paiement de licences par les gouvernement les plus riches (une sorte de taxe Tobin mais pour les medicaments). Cela permettrait d'eliminer le marche des contrefacons (une catastrophe en Afrique : faux comprimes, ou lorsque le principe actif est dans le comprime, il n'est pas assimilable) et de leur permettre de produire a peu de frais ces medicaments.
3)rendre generiques beaucoup plus tot.

Au juste, ils en font quoi de vos gênes qu'ils ont décortiqués? Quels droits avez-vous sur VOS gênes une fois qu'ils sont dans une base de données aux USA?"

C'est bien la le probleme...
Evidemment ces donnees interesseront en premier lieux les assureurs. Si dans nos pays la legislation protege les gens de la divulgation de leur dossier medical, ce n'est pas le cas partout. Et quand bien meme : les assurances argueront le fait que l'on remplit deja un questionnaire medical, donc pourquoi ne pas se soumettre a un depistage des genes de predisposition.

Le probleme vient de la comprehension meme de la notion de predispositon. Comme beaucoup de termes scientifiques, la semantique peut etre tres mal comprise par le grand public, les medias, et les assureurs ! Un gene n'est pas un bouton sur lequel on appuie, et le terme DU gene de la predisposition a une maladie, ou un comportement (homosexualite par ex, une equipe americaine affirme avoir trouve des dispotitions genetiques) n'a pas de sens. Il existe des techniques qui permettent d'identifier certaines formes de genes correlees avec une apparition d'une maladie, et on peut trouver au moins un gene associe a tel ou tel trait. Cependant, cela ne donne en aucun cas la probabilite de declencher une maladie. Notre genome est une integration de nombreux genes, qui se regulent entre eux, pas une simple addition de genes. Or les assureurs pensent qu'ils pourront calculer la probabilite d'un individu a declencher par ex un cancer ce qui est faux. C'est possible pour une population, a la limite pour une famille, mais pas pour une personne. De plus, les facteurs environnementaux surpassent souvent les effets genetiques.
Et quand bien meme on aurait trouve LE gene de l'infarctus. Ce n'est pas pour ca qu'une personne n'ayant pas la forme nocive du gene ne peut declencher un infarctus. Inversement, on peut porter un gene deletere et rester en parfaite sante jusqu'a sa mort. D'ailleurs nous portons TOUS environ sept genes possedant des formes deleteres. Ceux-ci sont masques car nous possedons deux copies d'un meme gene, et en general l'autre copie remplit son role normal. Mais si votre femme/mari porte la meme anomalie, vous avez 25% de chances que votre enfant soit malade.

Mince j'etais desauthentifie ! C'est moi qui te repondais avant !

Absolument cette derogation existe. Mais dans la pratique c'est plus complique. Elle existe dans le cas d'une "epidemie grave", terme tres flou. C'est pour ca que les compagnies pharmaceutiques sont allees au proces en Afrique du Sud, arguant qu'il n'y avait pas d'epidemie de SIDA en Afrique !
De plus, des temoignages de responsables de labo en Thailande rapportent qu'ils ont subi des pressions physiques (menaces au telephone) apres avoir demande l'application de cette regle dans leur pays. Ce qui est inacceptable chez nous semble est de rigueur dans les pays ou la police est moins regardante sur les libertes (ou plus corrompue).

Alors la tu parles vraiment sans savoir. Tu pourrais dire la meme chose des labos d'Afrique du Sud qui se sont battus pour avoir le droit de copier les traitements de triterapie contre le SIDA (alors que c'est une disposition legale de l'OMS en cas d'epidemie).

La c'est un bel exemple de brevet delivre sans discernement, n'importe comment. Et le probleme c'est que meme si le brevet est casse, ca va prendre des annees de debats. Alors voila la strategie actuelle : on depose des brevets a la va-vite afin de bloquer le systeme, meme si on n'a rien invente. Le brevet qujourd'hui ne sert plus a proteger l'inventeur, mais a bloquer les autres. Et dans le cas de la medecine c'est d'autant plus dramatique.

Bien sur je preche pour ma paroisse (je fais de la recherche en biologie), mais le probleme du brevetage du vivant pose egalement les memes problemes que ceux des logiciels : on ne brevete plus une invention, mais des concepts tres flous, et ce afin de s'assurer des monopoles.
C'est par ex. le cas de OGM : outre l'aspect ecologique (l'innocuite n'etant pas demontree) ca sert surtout a obliger les paysans a repayer tous les ans les memes semences et a n'utiliser que le pesticide du fabriquant (ca vous rappelle pas les methodes de MS avec des mises a jour a repayer et aux incompatibilites avec les anciennes versions ?). C'est egalement le cas des etudes genetiques : ces grosses boites s'approprient le droit reserve d'etudier des maladies genetiques (alors qu'en general elles recoivent de l'argent public ou bien sont issues de recherches publiques). Vous savez que l'Australie a accorde l'exclusivite de l'etude du patrimoine genetique de certaines populations aborigenes a une compagnie privee ? Ou est l'invention la-dedans ?On a frole egalement les gros problemes avec le sequencage du genome humain : finalement les donnees issues de labos publics se sont reveles de meilleure qualite que ceux des compagnies privees. Que se serait-il passe si cela avait ete l'inverse ? Ou s'il n'y avait pas eu de sequencage public ? Faudra-t-il payer pour savoir ce qui appartient a l'humanite ?

Bref, la recherche en biologie est confrontee a ce que toute recherche universitaire est menacee : le baillonnement par des systemes pseudo-legaux. C'est la cas du DMCA qui empeche les chercheurs de publier des resultats sur la cryptographie, le cas des brevets de logiciels qui peuvent foutre le bordel dans les logiciels libres, et maintenant dans la medecine, puisque mainetenant des notions de plus en plus generales risquent d'appartenir a des interets prives.

On se demande si certains ecrivent pas des imbecillites en anonyme pour gagner des XPs en repondant apres ! Parce que qu'y a t il a repondre a tant de mauvaise foi ? Point par point tes arguments sont injustes, stupides ou fallacieux (j'adore le "je crois" apres "konqueror c'est libre" :n'y a t il pas un complot anti libre chez KDE, pour qu'ils prennent le controle de la planete ?)
Quant a MS, c'est pas seulement le browser integre qui est reproche, mais toute la politique economique. De toute facon, chez MS, il n'y a pas d'alternative libre contrairement a KDE, ou tu peux desinstaller konqueror et utiliser d'autres gestionnaires et browsers. Et en quoi le developpement de konqueror fout a la poubelle les autres projets ? Ils coexistent, point. D'ailleurs dans cette tribune, il y a plein de gens sous Opera et Mozilla.

Je ne pense pas qu'on puisse parler de concurrence deloyale pour un logiciel libre, surtout que le browser/gestionnaire de fichier est une solution adoptee partout maintenant (Nautilus, IE, koqueror, peut etre MacOS X?). D'ailleurs Netscape tourne sous KDE et est fournit par la plupart des distributions (et franchement, a cote de konqueror...)

Quant a ce que font les distributions, franchement je m'en tape : si je trouve que konqueror marche plus vite et plante moins que Netscape, je n'aurai pas besoin d'attendre l'attitude des distributions pour le virer. Et dans le cas contraire, c'est pareil. C'est aussi ca les logiciels libres.

C'est vrai que le site de Gnome aurait besoin de depoussierage... En tout cas pour de jolies photos, il y a http://gtk.themes.org/(...) (en passant qu'est ce que c'est beau aqua ! C'est comme liquid sous Qt !)

D'accord avec toi. Ce qui etait genial a ete egalement le site ou on pouvait proposer de nouvelles fonctionalites pour KDE2, ou les gens pouvaient voter, et donc les demandes, des plus anodines aux plus importantes ont ete prises en compte. Je ne sais pas si ce forum existe toujours, mais c'etait tres bien fait, les fonctionnalites de KDE etant groupee par themes.

Pour ce qui est des bianaires disponibles chez Ximian, il faut preciser que KDE non plus ne fournit aucun binaire mais uniquement du source code. Les binaires sont fournis uniquement par les distributions, d'ailleurs ils le precisent bien. Je trouve ca finalement normal : les developpeurs sont uniquement responsables du code qui doit etre portable sur differentes plateformes. C'est leur seule responsabilite. Ensuite, la compilation pour differents processeurs, et les optimisations associees sont de la responsabilite des distributions, qui doivent fournir des logiciels homogenes. Cela dit, il est vrai que n'indiquer que des liens vers Ximian releve beaucoup de l'operation marketing.

Ca permettra a Norton de vendre des kits "Y2037" et se faire un paquet de pognon en professant la fin du monde informatique.

En effet, je me demande ou ca va aller tout ca. Outre les problemes de lisibilite, ca ne va pas empecher de toute facon les gros trolls (qui etaient deja ecrits en anonyme de toute facon). Deja que parfois quand quelqu'un lance un peu de polemique, ca va tres vite pour qu'on le traite de troll, et qu'on s'acharne.
Les votes sont faits aussi en fonction du contenu, et franchement les personnes qui auront un grand niveau vont se retrouver avec plein de votes qu'ils utiliseront precipitemment a la fin de la journee...
D'autre part j'ai un peu peur qu'a l'avenir, on se retrouve avec une "gourou-isation" de ce systeme : oú la parole des personnes avec 1500 XP comptera plus que celle des nouveaux venus ou de ceux qui se seront retrouves en negatif parce qu'ils auront ose critiquer une fois Gnome, GTK, Alan Cox, RMS, Fabien Penso (non, pas Fabien !).

Oui c'est ma config et chez moi ca marche impec avec les derniers drivers nvidia (1251). J'utilise le serveur de fontes et il y a un fichier de config associe, qui permet de lister la taille des fontes. C'est surement la que tu dois chercher. Quelle distribution tu utilises ? Tu as demande dans les forums ?
Je ne peux pas t'aider, je suis au boulot mais je peux te filer mon fichier de config si tu veux.