Un logiciel de visualisation 3D sous licence CeCILL

Posté par Damien Caliste (site web personnel) le 23 septembre 2005 à 14:15. Modéré par Jaimé Ragnagna.

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sept.

2005

V_Sim est un logiciel libre créé par plusieurs chercheurs du CEA (Commissariat à l'Énergie Atomique) permettant de représenter en 3D des agencements atomiques. C'est un outil pratique à la fois pour les physiciens du solide et pour les chimistes car il facilite la visualisation des systèmes étudiés. Il est sortie une nouvelle version cette semaine.

Côté technique, ce logiciel est basé sur GTK pour l'interface et sur OpenGl pour le rendu 3D. Il fonctionne aussi bien sous Linux que sous Windows et sa licence est la CeCILL.

Au niveau des fonctionnalités, V_Sim se rapproche de Rasmol, logiciel bien connu de représentation de molécules. Il apporte néanmoins de nouvelles possibilités comme celle d'enchaîner l'affichage de plusieurs fichiers à la suite, créant un petit film animé à l'écran durant lequel les rotations de la caméra restent possibles. D'autres fonctions sont présentées dans la suite de l'article. Dans V_Sim, les atomes peuvent être représentés par des sphères ou des cubes et la dernière version ajoute la possibilité de représenter des spins atomiques par des petites flèches.

Entre les atomes, on peut tracer des liaisons. On peut aussi tracer des plans pour matérialiser des plans cristallins particuliers ou encore tracer des volumes correspondant aux iso-surfaces d'un champ scalaire.

En plus de la simple représentation à l'écran, il est possible d'interagir avec le système dessiné en faisant tourner la caméra autour, en zoomant ou en changeant la perspective. On peut obtenir des informations sur les distances et les angles entre les éléments du système ou encore effectuer des translations périodiques, masquer certaines parties...

V_Sim est disponible sous forme de sources (le logiciel est programmé en C) ou de binaires compilés pour Windows ou pour Debian (machines i386 et Alpha). On trouve aussi un répertoire « examples » dans l'archive permettant de tester rapidement les différentes possibilités.

Aller plus loin

Page officielle de V_Sim (40 clics)
Copies d'écran et quelques fonctionnalités présentées en images (22 clics)
Licence CeCILL (3 clics)
Télécharger les sources ou des paquets Debian (6 clics)
Rasmol, un logiciel de représentation moléculaire (15 clics)

# Commentaire supprimé

Posté par Anonyme le 23 septembre 2005 à 18:04. Évalué à 6.

Ce commentaire a été supprimé par l’équipe de modération.
- [^] # Re: Les captures
  
  Posté par Anonyme le 23 septembre 2005 à 19:04. Évalué à 1.
  
  Tu oublies les captures d'écran sous KDE d'un logiciel en GTK :-)
  
  http://www-drfmc.cea.fr/sp2m/L_Sim/V_Sim/images/screenshots/v_sim-m(...)
  - [^] # Re: Les captures
    
    Posté par salvaire le 23 septembre 2005 à 21:08. Évalué à 1.
    
    Pourquoi, tu savais pas que sous Linux on peut changer le thème, faire tourner une application en GTK sous KDE et vice et versa?
    - [^] # Re: Les captures
      
      Posté par Anonyme le 23 septembre 2005 à 23:15. Évalué à 1.
      
      Ah merde, tu viens de m'apprendre un truc, moi qui utilisais Gimp et aMule sous KDE comme un con depuis tout ce temps... ;-)
      
      J'espère qu'à la vue des captures d'écrans aux couleurs flashy, tu auras compris que je ne faisais que souligner une incohérence de plus.
      - [^] # Re: Les captures
        
        Posté par salvaire le 23 septembre 2005 à 23:39. Évalué à 2.
        
        moi qui utilisais Gimp et aMule sous KDE
        
        Ah bon, toi aussi t'est pas cohérent?
        
        [^] # Re: Les captures
        
        Posté par Anonyme le 24 septembre 2005 à 00:10. Évalué à 4.
        
        Non, je n'ai juste pas le choix.
        
        Quoi que, Krita semble être vraiment excellent lui, et super bien intégré à KDE !
        
        D'ailleurs, vivement qu'un kmule sorte, d'ailleurs, ça me tente depuis pas mal de temps d'essayer de le faire pour apprendre à programmer sous linux/kde, mais bon, « pas le temps » :-)
        
        [^] # Re: Les captures
        
        Posté par agmk le 24 septembre 2005 à 09:42. Évalué à 2.
        
        Et KMLDonkey ?
- [^] # Re: Les captures
  
  Posté par Damien Caliste (site web personnel) le 26 septembre 2005 à 09:02. Évalué à 1.
  
  Eh ouais, les goûts et les couleurs étant des sujets de trolls interminables, il y a bien sûr une option dans le fichier de configuration (v_sim.par) qui sert à ne pas charger le fichier de ressources GTK (v_sim.rc) pour avoir le rendu de base de GTK comme pour les autres logiciels, ou bien qui sert aussi à en spécifier un autre.
# il y a aussi vmd, pymol...

Posté par tru le 23 septembre 2005 à 18:07. Évalué à 4.

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
http://pymol.sourceforge.net/
- [^] # ainsi que chimera, molmol....
  
  Posté par aurel le 23 septembre 2005 à 19:03. Évalué à 5.
  
  http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/(...)
  http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/gallery.html(...)
# 64bits ?

Posté par brunus (site web personnel) le 23 septembre 2005 à 19:30. Évalué à 3.

Rasmol est un vieux projet, il ne semble pas être possible de la compiler sur archi 64 bits (dixit...des gens qui on essayé...).

Le projet qui a succédé à rasmol n'a malheureusement pas été porté sous *nix/linux. Seule une version windows est disponible...le truc s'appel "protein explorer"

Je n'ai pas machine 64 bits sous la main mais j'aurai besoin de savoir si V_Sim est compilable sur archi 64 bits
Est ce qu'une bonne âme équipé de ce type de matos peut faire le test ?

Merci d'avance !
- [^] # Re: 64bits ?
  
  Posté par Neni (site web personnel) le 23 septembre 2005 à 21:03. Évalué à 4.
  
  La compilation passe sans problème en 64 bits avec gcc4 (ubuntu breezy). Pas de gros mot.
  
  Par contre, je n'arrive pas à le lancer pour une histoire d'initialisation de GLX (mais cela vient certainement de ma configuration).
  - [^] # Re: 64bits ?
    
    Posté par brunus (site web personnel) le 24 septembre 2005 à 09:32. Évalué à 1.
    
    Ok merci bien pour le test.
  - [^] # Re: 64bits ?
    
    Posté par Damien Caliste (site web personnel) le 26 septembre 2005 à 08:59. Évalué à 1.
    
    Si ça râle à cause d'une initialisation de GLX, c'est peut-être que les drivers OpenGl n'ont pas été installés sur ta machine. Par exemple, est-ce que quand tu tapes glxgears tu vois une petite fenêtre avec des engrenages qui tournent? Si ce n'est pas le cas, tu dois installer OpenGl en utilisant les drivers fournis par le constructeur de ta carte vidéo (souvent des pilotes accélérés) ou par ta distribution (qui peuvent être accélérés ou non selon la marque de ta carte). Pour une implémentation logiciel d'OpenGl, il faut installer libmesaglu et libmesagl. Note toutefois que les noms ont peut-être bien changés avec le passage à Xorg.
    
    Si tu as vu les petits engrenages, c'est qu'il y a (encore?) un bug dans le codage de la partie qui appelle OpenGl dans V_Sim, pfouuu....
- [^] # Re: 64bits ?
  
  Posté par Damien Caliste (site web personnel) le 26 septembre 2005 à 08:53. Évalué à 1.
  
  Normalement, ça fonctionne. Nous l'utilisons ici sur machines alpha sous Linux. Ça marche comme sur Intel, même si la compilation sur 64bits a permis de corriger quelques petites erreurs par-ci par-là.
# Langue

Posté par CoinKoin le 23 septembre 2005 à 21:52. Évalué à -1.

Un répertoire "Examples"... Le CEA a encore des progrès à faire en orthographe ;-) .
- [^] # Re: Langue
  
  Posté par Dakhla le 26 septembre 2005 à 23:31. Évalué à 1.
  
  http://dictionnaire.tv5.org/
  En -> Fr
  
  Example (nom) : exemple.
  Expressions :
  To give an example: donner un exemple
  
  Exemple :
  Comment (En) : commentaire (Fr)
  Donc le répertoire
  http://linuxfr.org/submit/comments
# Enfin

Posté par 桃白白 le 26 septembre 2005 à 13:57. Évalué à 2.

Enfin une alternative libre aux "Experts à Miami"

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