NdM : conformément aux règles de modération du site, le contenu du journal a été supprimé car il s'agissait d'une recopie complète de l'article Stockage de données dans de l'ADN, des chercheurs britanniques réitèrent l'expérience. Ne subsiste du contenu original que le lien ci-dessous.
http://www.lefigaro.fr/sciences/2013/01/25/01008-20130125ARTFIG00639-l-adn-disque-dur-du-futur.php
# Intéressant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 7.
Est-ce que les chercheurs donnent aussi une idée du débit théorique maximale pour l'encodage/décodage ?
[^] # Re: Intéressant
Posté par arnaudus . Évalué à 4.
L'opération étant parallélisable, les débits théoriques sont quasiment infinis.
[^] # Re: Intéressant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 6.
Bah non, c’est pas parce que tu parallélise que tu augmentes le débit maximal théorique, récupérer un bit (ou quelque que soit le multiplet que tu peux récupérer de façon atomique) aura toujours un coût temporel que tu ne peux pas diminuer en parallélisant le processus.
[^] # Re: Intéressant
Posté par arnaudus . Évalué à 1.
Je ne comprends toujours pas où tu veux en venir. Si une machine permet de lire 100 bases d'ADN par seconde, avec 10 machines tu en lis 1000, avec 100 machines tu en lis 10000, etc. C'est complètement linéaire. Après, si tu penses que le débit max théorique c'est de 100 bases par seconde, parce que c'est le débit max sur une machine, je pense que tu n'as absolument pas compris le domaine d'application de ce type de stockage.
[^] # Re: Intéressant
Posté par Athel . Évalué à 6. Dernière modification le 28 janvier 2013 à 17:50.
Et moi je pense que tu n'as absolument pas compris la question de psychoslave.
Si pour récupérer 1 bit il faut 10h tu auras beau paralléliser autant que tu veux, certes tu pourras fournir 1 To en 10h mais tu ne pourras fournir aucune information en moins de 10 heures.
[^] # Re: Intéressant
Posté par arnaudus . Évalué à 1.
Bah si, je crois l'avoir très bien comprise, et c'est justement à ça que je répondais. On s'en fout complètement du temps que prend une opération de lecture unitaire, puisqu'on sait très bien qu'elle restera plusieurs ordres de grandeur supérieure à un accès disque. Il est évident que personne n'espère utiliser une telle technologie pour stocker du contenu auquel on souhaite accéder dans un délai inférieur à la demi-journée…
[^] # Re: Intéressant
Posté par CHP . Évalué à 8.
Donc ton débit (nombre de bits par seconde) aura augmenté
Ca c'est pas le débit, c'est le temps d'accès.
# Énergie
Posté par goeb . Évalué à 10.
Il me semble que les disques durs actuels ne consomment pas d'énergie, une fois éteints. Et pour lire ce qui serait stocké dans de l'ADN, il faudrait de l'énergie, évidemment.
Donc il n'y a pas d'avantage pour l'ADN (tel que c'est énoncé dans le journal). C'est ex aequo.
[^] # Re: Énergie
Posté par vida18 . Évalué à 1.
D'après ce que j'ai compris pour être lu oui, il faut de l'énergie électrique mais l'ADN peut être créé synthétiquement, juste de la chimie. Un peu de la même manière qu'on créerait du chlorure de sodium en mélanger de l'acide chlorhydrique et du bicarbonate de sodium. Sauf qu'ici il s'agit d'une macromolécule contenant des milliers voire des millions d'atomes qui représentent des données.
[^] # Re: Énergie
Posté par d4rkf4b . Évalué à 6.
Pas tout à fait ex-æquo…
[^] # Re: Énergie
Posté par hervé Couvelard . Évalué à 4.
Est-ce qu'un smartphone ou un rasbery-pi est suffisant pour inscrire dans l'adn le texte que tu viens de saisir, directement en lui, sur la carte mémoire ?
non pas tout à fait ex-æquo…
[^] # Re: Énergie
Posté par Antoine . Évalué à 6.
Reste à savoir quoi faire d'une densité de stockage pareille.
[^] # Re: Énergie
Posté par detail_pratique . Évalué à 7.
Remplacer les datacenters par des hacklabs, des skateparks, des bibliothèques et des crèches ?
[^] # Re: Énergie
Posté par Renault (site web personnel) . Évalué à 5.
Les datascenters n'ont pas que des disques durs, ils ont également du calcul à faire (lire et traiter l'information avant de l'envoyer).
L'ADN en tant que stockage ne servirait pas à remplacer de tels centres, mais plutôt les archives d'un État ou une entreprise qui ont des volumes de données colossales (la France archive la plupart des documents liés à son fonctionnement depuis la Révolution, et je peux vous dire que le volume de données concernées est gigantesque et que l'État doit gérer le plus proprement possible).
[^] # Re: Énergie
Posté par detail_pratique . Évalué à 5.
Nan. Incroyab' !
Pas de nouvelles crèches, alors ?
[^] # Re: Énergie
Posté par Antoine . Évalué à 3.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Faux_dilemme ?
[^] # Re: Énergie
Posté par detail_pratique . Évalué à 1.
Oui, mais ce n'est pas une raison pour ne pas.
[^] # Re: Énergie
Posté par Antoine . Évalué à 3.
Et c'est quoi, la raison pour ?
[^] # Re: Énergie
Posté par detail_pratique . Évalué à 4.
Ne le répète pas, mais je crois que cette raison peut s'appeler le progrès.
[^] # Re: Énergie
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 4.
Des miroirs d’archives de l’internet (dont le web) ?
[^] # Re: Énergie
Posté par Moltès . Évalué à 2.
Là où l'ADN possède un réel avantage c'est dans la copie de données. La réplication d'ADN ne demande pas d'électricité, juste des nucléotides et des enzymes.
On peut répliquer des brins d'ADN en autant d'exemplaires que l'on veut (de l'ordre du million/milliard) en peu de temps et ça se fait très simplement par PCR.
[^] # Re: Énergie
Posté par Anonyme . Évalué à 10.
bien sur, et les enzymes elles fonctionnent comment ? Elles n'auraient pas besoin d'une source d'énergie phosphatée par hasard ? et comment tu la produis sans être dans un système biologique complet qui va extraire ses nutriments d'un environnement contenant les bonnes substances ? Bah il va falloir les synthétiser: et combien ça coute tout ça en électricité ou consommation de matières premières ?
L'ADN n'est stable dans les cellules que parce qu'un système biologique complet, adapté et ouvert à un environnement extérieur le permet.
Pour un mammouth retrouvé dont l'ADN a pu être exploité, combien d'autres n'ont pas laissé de traces ?
[^] # Re: Énergie
Posté par Moltès . Évalué à 2.
Sans rentrer dans les détails les enzymes «accrochent» les molécules pour qu'elles soient dans une position favorable à la réaction. Elles agissent donc comme des catalyseurs.
Tu parles de l'ATP ? Non. Et quand bien même, j'ai dit qu'il fallait des nucléotides.
On ne synthétise pas les enzymes, on les fait faire par des bactéries et on les obtient par extraction.
Comme j'ai moi-même cultiver des bactéries pour la production de protéines recombinantes, je peux te dire que ça ne coûte pas cher en substrat (il ne leur faut pas grand chose, à ces petites bêtes). Pour l'électricité, faut faire tourner les fermenteurs et les machines de purification ce qui ne consomme sûrement pas plus que de fabriquer des disques durs.
Donc oui, l'ADN consomme moins pour la copie. Et pour ce qui est de la matière première le bénéfice est encore plus grand.
Les enzymes sont également réutilisables après PCR, donc on peut faire des milliards de copie de différentes données si on veut.
Justement, c'est parce que l'ADN subit l'environnement extérieur qu'on n'en retrouve pas pour toutes les espèces. Dans des conditions correctes la molécule est stable, comme spécifié dans le journal.
[^] # Re: Énergie
Posté par Anonyme . Évalué à 6.
pour faire court, le stockage sous forme d'ADN permet de ramener le processus de stockage à l'échelle moléculaire et par voie de conséquence de réduire l'ensemble des couts afférents en utilisant des "technologies vivantes" existantes.
Mais il est faux de dire que cela ne coute rien en électricité: tous les couts qui ne sont pas visibles au niveau du support de stockage sont en fait transférés dans l'infrastructure nécessaire à sa production et au maintien de sa stabilité. Pour maintenir ta molécule d'ADN finale pendant 10 000 ans, il te faudra un régulateur de température, un régulateur de pression, un régulateur d'humidité, une protection contre les radiations etc… c'est à dire qu'il va falloir isoler ta molécule dans ce que tu appelles les "conditions correctes" pour éviter qu'elle ne s'altère, de la même manière que ton mammouth aura été conservé sous 1m de glace avant d'être découvert.
Et tout cela a un cout …
[^] # Re: Énergie
Posté par Moltès . Évalué à 1.
Justement dans mon commentaire de départ je dis que je ne vois un avantage que dans la réplication, donc pas dans tout le reste (lecture, synthèse, conservation).
Pour la conservation il faut effectivement des congélateurs, comme ceux présent dans tous les labos.
[^] # Re: Énergie
Posté par gouttegd . Évalué à 6.
Et bien sûr les thermocyclers dans lesquelles se font les PCR ne demandent pas d’électricité… Et les enzymes nécessaires à la réplication ne coûtent évidemment rien et ne font pas l’objet de querelles de brevet…
[^] # Re: Énergie
Posté par Moltès . Évalué à 0.
Effectivement, même si ça ne représente pas grand chose par rapport à copier un million de fois fichier.
Je suis entièrement d'accord mais ça n'a aucun rapport avec l'énergie.
[^] # Re: Énergie
Posté par gouttegd . Évalué à 4.
[référence nécessaire] Parce qu’entre l’énergie nécessaire pour faire tourner un disque à 5400 rpm le temps de la copie, et l’énergie nécessaire pour faire varier la température d’un bloc chauffant successivement à 95, 55 puis 72℃ pendant trente cycles, je ne suis pas sûr que le disque dur soit plus gourmand… C’est possible, mais je demande à voir des chiffres.
[^] # Re: Énergie
Posté par Moltès . Évalué à 3.
Malheureusement je n'ai pas trouvé les données nécessaires pour faire les calculs exacts mais je vais faire avec ce que j'ai.
Pour 30 cycles, à partir d'une séquence d'ADN, on obtient en théorie 2³⁰ copies. Soit environ 1 milliard.
En pratique on en obtient moins, admettons 1 million. Ça se fait en 2-3 heures habituellement.
Si la quantité de données est petite, disons 1Go, ça revient à copier 1000To. Donc il faudrait faire tourner deux disque à 5400 rpm pendant 8 heures (j'ai pris comme débit d'écriture 35Mo/s).
Dans ce cas, il n'y a clairement pas d'avantage pour l'ADN.
Maintenant prenons une quantité de mémoire plus importante, disons 1To.
Le temps de la PCR n'augmente pas de mille parce que la seule phase réellement influencée est la phase d'élongation. Comme les réactions se font en parallèle il suffit d'augmenter la concentration en nucléotides et en enzymes pour que le temps de réaction n'augmente pas trop.
Le temps de copie des disques augmente de 1000 fois, donc 8000 heures.
Donc ça deviendrait intéressant pour des gros volumes de données (ce qui est le but).
J'ajouterai que:
Voila. J'admets que ce n'est pas si évident que ça finalement et comme tout ça n'est que de la théorie on ne peut rien affirmer totalement.
[^] # Re: Énergie
Posté par gouttegd . Évalué à 2.
Deux-trois heures, c’est le temps nécessaire pour amplifier un petit fragment d’ADN (quelques kb maximum).
Et un gigaoctet, ça représente 8 Gbp (en codant un bit par paire de bases), ce qui n’est pas du tout petit et ne s’amplifie pas aussi facilement (les polymérases ont une vitesse de synthèse limitée à environ 1000 bp par minute).
On peut essayer de paralléliser au maximum en multipliant les sites d’hybridation (genre, en insérant un site de priming tous les 5 kb), mais là je trouve qu’on pousse les limites de la PCR un peu loin. À choisir, je mettrais plutôt la séquence dans des cosmides et je laisserais des bactéries se charger de l’amplifier, elles font ça très bien.
Absolument, mais la réflexion est amusante tout de même.
[^] # Re: Énergie
Posté par David Wagner (site web personnel) . Évalué à 0.
Et j'imagine que l'ADN stockant les données doit être gardé au frais… ce qui consomme pas mal d'énergie.
Ou bien est-ce que le vide suffit ?
# Justice
Posté par mac_is_mac (site web personnel) . Évalué à 10.
Désormais, lors de la naissance d'un enfant, les parents devront s'acquitter d'une taxe sur la copie privée en conséquence, dès fois qu'ils s'aviseraient de stocker le catalogue d'Universal dans leur progéniture.
[^] # Re: Justice
Posté par Astaoth . Évalué à 5.
Je ne m'amuserais pas à modifier mon adn pour stocker des choses dedans personnellement, sauf si ca peut remplacer la piqure d'une araignée radioactive.
Emacs le fait depuis 30 ans.
# Sur le sujet
Posté par lordblackfox . Évalué à 1.
http://www.developpez.com/actu/26891/Des-chercheurs-utilisent-des-bacteries-pour-stocker-des-donnees-le-biostockage-va-t-il-remplacer-les-disques-durs/
http://www.developpez.com/actu/46711/Du-JavaScript-stocke-dans-des-molecules-d-ADN-serait-ce-l-avenir-des-supports-de-stockage/
# Autre journal
Posté par Anonyme . Évalué à 7.
Un journal avait déjà été publié ici : https://linuxfr.org/users/windu2b/journaux/le-tera-octet-cette-unite-bientot-demodee
[^] # Re: Autre journal
Posté par vida18 . Évalué à 1.
Oui l'article du Figaro en parle.
Par rapport aux travaux fait par un autre institut, les pertes de lecture des données sont quasi nulles.
# Peu étonnant
Posté par dave . Évalué à 3.
Sachant que l'ADN est probablement, pour des raisons évolutionnistes, le codage moléculaire le plus performant et le plus fiable qui puisse exister.
En fait, on pourrait penser que ces personnes ont réinventé l'eau chaude.
Systemd, the bright side of linux, toward a better user experience and on the road to massive adoption of linux for the desktop.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 10.
Beuh, absolument pas. L'évolution "Darwinienne" est extrêmement contrainte. En particulier, elle doit assurer une chaine fonctionnelle de bout en bout, ce qui rend impossible le "refactoring". La vie est donc la version 1.5671671871.5417157618787 du même logiciel, qui a subi des milliards de forks, sans possibilité d'importer de code d'un fork à l'autre. Bref, l'évolution permet la micro-optimisation, mais ne permet jamais de changer l'algorithme, même s'il était mal foutu au départ. C'est une bonne garantie pour être sûr de ne jamais atteindre l'optimum global.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 7.
Ça me semble super simplifié comme description, et pour le coups assez erroné. D’abord on peut certes voir des forks dans les divisions cellulaires, mais on a également des merges chez tout les organismes sexuées.
Il faut voir ce qu’on appel l’optimum global aussi, parce que si l’objectif est de maintenir l’existence d’organismes (telles qu’on les définie habituellement en biologie) dans un environnement en perpétuel changement, tu ne peux virtuellement pas faire mieux que ce que produit l’évolution.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 8.
Pour les forks, je pensais à la spéciation. La reproduction sexuée est plutôt l'équivalent de plusieurs développeurs bossant sur le même projet.
Et si, il est tout à fait possible de faire mieux que ce que produit l'évolution. Le meilleur exemple est certainement celui des espèces invasives : tu importes une espèce d'un continent à un autre (par exemple, le chat en Australie), et l'espèce invasive dégomme tous les compétiteurs locaux. Pourtant, les locaux sont mieux adaptés à l'environnement (biotique et abiotique)! La seule explication, c'est que la sélection naturelle a produit des espèces qui se sont adaptées à leur environnement, mais elles sont sur un optimum "local" sur le paysage adaptatif: il n'y a pas de chemin possible vers une meilleure adaptation. Une fois en compétition avec une espèce qui a suivi un autre chemin, l'extinction est inévitable. C'est bien parce que la sélection naturelle a conduit à une solution sous-optimale.
Encore une fois, l'évolution Darwinienne est une méthode d'optimisation locale, du "hill-climbing" à partir d'une situation de départ. Il n'y a aucune garantie d'atteindre un optimum général à partir de ça, c'est même plutôt le contraire. Il est donc complètement faux de prétendre que la Nature a systématiquement la meilleure solution. L'histoire des technologies au XXe siècle a plutôt démontré le contraire, d'ailleurs. Pour voler, il ne faut surtout pas faire comme les oiseaux, pour aller vite sur terre il ne faut surtout pas faire comme le guépard, pour faire une caméra, il ne faut surtout pas faire comme un œil, pour stocker de l'information, il ne faut surtout pas faire comme un cerveau, etc.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 3.
Je ne vois pas en quoi ça contredit ce que j’exposais. L’introduction d’une nouvelle espèce constitue un changement et l’écosystème biologique va rapidement s’y adapter. L’évolution ne produit certes pas d’_espèce ultime adaptée à tout les environnements_, mais un telle système est sémantiquement vide comme toute notion qui repose sur le concept d’absolue ou qui part d’un postulat d’une quantité illimitée. L’évolution ne produit pas des espèces toujours plus parfaite, mais des systèmes écologiques dont la symbiose permet globalement le maintien d’organismes biologiques.
Ce n’est pas la survie du meilleur, mais la survie des plus adaptés.
Depuis Darwin, la théorie à connu des révision il me semble, notamment pour prendre en compte l’aspect réseau des biosphères.
Qu’est-ce que tu entends par un optimum général ?
Je n’avais pas l’intention de prétendre cela, pour moi meilleure solution est une expression vide de sens. Quand à prétendre que les avancées technologiques de l’humanité, en matière de perpétuation des organismes vivants, peuvent être considéré comme des progrès, il faut vraiment faire preuve de mauvaise foi anthropocentrique. On en reparlera dans quelques millions d’années si les humains existent encore pour s’approcher de la longévité d’autres espèces.
N’importe quoi. C’est peut être une approche sensé du point de vu ingénierie d’automates et mécaniques diverses, mais ça ne fait aucun sens d’un point de vu survie de l’espèce de façon général. La façon de voler des oiseau est bien plus adapté à sa survie que s’il devait se procurer du pétrole (on ne sais comment) tout en produisant des effets de bord qui à terme détruit l’environnement dont il dépend.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 10.
Bon, pour être franc, cette discussion me gonfle, parce que tu ne connais pas ce dont tu parles. Autant je m'écrase doctement quand on parle d'architecture processeur, autant sur la biologie évolutive j'en connais assez pour soutenir une telle discussion.
Reprend le début de la discussion au lieu de partir n'importe où. Le post originel, c'est "on n'a jamais rien fait de mieux que l'ADN pour stocker l'information parce que c'est la solution choisie par la sélection naturelle". Et mon argument, c'est de dire que la sélection naturelle est un algorithme d'optimisation local, et qu'il n'y a aucune garantie d'avoir atteint une solution générale.
N'importe quoi, c'est une version spirituelle de la théorie Gaïa, ton truc, ça n'a rien à voir avec l'évolution. La sélection naturelle transforme les espèces dans la direction qui optimise la survie et la reproduction des individus. Ce processus peut conduire à l'épuisement d'une ressource (tragédie des communs), à l'extinction de compétiteurs, à un équilibre, ou à l'inverse à une modification irréversible de l'environnement. Absolument rien dans le processus de sélection naturelle n'optimise la stabilité de l'environnement.
La principale amélioration du paradigme Darwinien est la prise en compte des mécanismes biologiques du stockage et de la transmission héréditaire (la génétique), ainsi que de la prise en compte de ces processus dans des modèles dynamiques (la génétique des populations). Je ne sais pas d'où peut bien venir "l'aspect en réseau des biosphères", qui à mon avis ne veut rien dire.
Je veux dire, exactement, "un optimum général". Tu prends une fonction non-monotone en n dimensions, tu cherches l'optimum sur Rn.
Mais l'ingénierie, c'est EXACTEMENT ce dont on parle : est-ce que l'ADN est un support de stockage de l'information adéquat. Et ma réaction, c'est que le raisonnement qui confère à l'évolution par sélection naturelle un caractère magique est bidon, car de nombreuses "solutions" évoluées par sélection naturelle sont médiocres, car simplement contraintes par l'histoire évolutive des populations, et les contraintes de développement.
Ah oui, comme le dioxygène, produit toxique relargué par les cyanobactéries, qui atteint 21% dans l'atmosphère et qui a entrainé la disparition de millions d'espèces? Ou comme les lapins d'Australie, qui ont tellement bouffé l'herbe qu'ils ont transformé les prairies en désert et entrainé leur propre mort, ainsi que celle de nombreuses autres espèces herbivores? L'histoire de la vie est émaillée de centaines d'exemples d'espèces dont les "effets de bord" ont entrainé des extinctions, souvent leur propre extinction, d'ailleurs. La destruction de l'environnement peut se produire (ou non), c'est totalement neutre car c'est hors de portée de la sélection naturelle.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 2.
Thèse que je ne soutiens pas dans la mesure où je ne crois pas en l’existence d’absolue.
Ce n’est en tout qu’à pas du tout ce que j’en entends. Je ne crois pas plus en une quelconque force spirituelle qu’en un quelconque optimum absolu.
Je n’ai plus les détails en tête, je peux te dire que j’ai lu cela dans 100 Greatest Science Discoveries of All Time .
Quelles sont les critères sur lesquels tu définies la médiocrité/l’excellence ?
Ça ne répond pas vraiment à mon interrogation, tu précises ici la façon de modéliser, mais pas ce que tu modélises et ce que tu entends optimiser.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Thomas Douillard . Évalué à 5.
Il faut plutôt voir ça comme des solutions pareto optimale, ou comme des équilibres de la théorie des jeux, parce qu'un prédateur qui bouffe tout puis disparait faute de proies n'est pas du tout une solution de survie des espèces en jeu.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Thomas Douillard . Évalué à 6.
Ça reste super dur de formaliser le problème exactement pour définir ce que serait un optimum global.
Je pense que la notion d'équilibre de Nash est plus adaptée dans ce cas. C'est plus de la théorie des jeux : les organismes (co)évoluent de manière à avoir un avantage par rapport aux autre, et une solution est atteinte quand les organismes n'ont plus vraiment intéret à beaucoup évoluer pour maintenir une solution stable.
Par exemple un super prédateur n'a pas trop intérêt à devenir trop efficace, si il extermine ses proies il devra énormément changer pour pouvoir survivre, si son espèce ne s'éteint pas, ce qui est du coup l'antithèse de la vie.
Peut être qu'on pourrait définir la vie comme une utilisation optimale de l'énergie disponible, mais ça reste assez compliqué amha.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 5.
Mais si! C'est une incompréhension courante mais très importante de la sélection naturelle. La sélection optimise la survie et la reproduction des individus par rapport aux autres individus de leur espèce. Il n'existe rien qui ressemble à de la sélection pour la survie de l'espèce. Autrement dit, si un individu se reproduit mieux en décimant ses proies, il va le faire, et tout le monde finira par mourir.
Évidemment, la plupart des espèces qu'on observe dans les écosystèmes qu'on n'a pas encore trop perturbés semblent à l'équilibre. C'est simplement parce que celles qui n'étaient pas à l'équilibre ont disparu… Les écosystèmes ont une certaine tendance à s'équilibrer, il est vrai, notamment à cause de nombreux phénomènes liés à la densité-dépendance, et à cause de la co-évolution (les proies s'adaptent également). Il n'empêche que l'équilibre n'est pas le "but" de la sélection naturelle, il arrive simplement parfois que le processus de sélection s'arrête à un équilibre—c'est un état final comme un autre.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 3.
Qui a dit qu’il y avait un but ? Pour ma part quand je dis l’évolution ne produit pas des espèces toujours plus parfaite, mais des systèmes écologiques dont la symbiose permet globalement le maintien d’organismes biologiques, je ne parle pas de but, mais de conséquences systémiques.
Je crois que la confusion viens du fait que certain ont parlé d’optimum global, ce qui suppose effectivement qu’on a des critères pré-établis d’évaluation des résultats, là où je rapportait et défendait l’idée qu’on ne pouvait virtuellement pas faire mieux que ce que produit la sélection naturelle en matière de maintien de l’existence d’organismes vivants.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Thomas Debesse (site web personnel) . Évalué à 2.
Ça je crois qu'on aura du mal à contredire cette idée, surtout si quelqu'un précise "
s/d’organismes vivants/des organismes existant/", c'est à dire ceux dont la survie a été constatée.Par contre, cette idée ne peut-être transposée par principe dans tous les domaines à grand coup de cuiller comme l'a fait neCua6nahS< :
Le « plus performant et le plus fiable », ce n'est pas l'évolution qui le dira, l'évolution dira que c'est celui qui, aujourd'hui à cet instant t, a « le mieux survécu parmi les solutions qui ont émergées ».
Il est probable qu'une meilleure solution émerge, et cette idée est compatible voire nécessaire à la théorie évolutionniste : entre deux états évolués dans le temps (si tant est qu'on puisse réduire le schéma évolutionniste à des paliers, pour simplifier), l' état précédent était pourtant constaté comme le plus efficace alors jamais trouvé.
La théorie évolutionniste dit que l'état actuel est le seul équilibre ayant survécu, elle ne dit pas que les éléments mettant en jeu cet équilibre soient les meilleurs ni les plus fiables, et ne s'oppose pas à ce qu'un meilleur équilibre permettant une survie plus efficace n'apparaisse (ou que sais-je) ?!
Et hop, c'est là que l'humanité entre en jeu avec ses grosse pattes est sa petite tête, apportant des modifications environnementales qui ne sont pas seulement mues par essai-erreur ou jeu de force, initiant l'anthropocène. ^^
ce commentaire est sous licence cc by 4 et précédentes
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 2.
Certes.
Là dessus ma représentation des choses diverge, dans le sens ou comme je l’ai déjà dit, « meilleur solution » ne dénote rien du tout. On peut définir des solutions dont on mesurera numériquement certain effet et on comparer ces résultats, et éventuellement dire que celle qui tend le plus vers telle résultat de mesure est celle qu’on préfèrera pour telle ou telle (dé)raison.
Pour ma part j’essaie à m’émanciper de cette notion d’état qui ne me paraît pas cohérente avec mes perceptions, bien qu’en tant qu’outil conceptuel elle puisse être très utile.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Thomas Douillard . Évalué à 1.
Si on parle de la vie en général, pourquoi s'arrêter à ce que les individus au sein d'une espèce optimisent ? En plus c'est compliqué, ça m'a pas l'air si simple d'optimiser la reproduction. Le meilleur compromis "nombre / qualité" des petits ?
Comment cadrent les phènomènes "de groupe" comme les envols massifs de grillons ou les suicides collectifs de crabes? Comment tu considères les effets d'altruisme ?
Autant je suis entièrement d'accord avec toi, les solution stables sont favorisées parce qu'elles sont stable, autant on peut considérer les choses différemment et considérer que la vie est un processus de recherche naturel de ces solutions …
Bref je mets un peu en garde contre les visions un peu trop simplistes genre "la vie c'est si / fait ça" qui prennent rarement en compte le phénomène dans toute sa globalité.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 7.
Valeur sélective = nombre de descendants viables et fertiles = fécondité x fertilité x survie
On ne peut pas non plus faire comme si la biologie évolutive n'était pas une discipline scientifique exitant depuis 150 ans et forte de dizaines de milliers de chercheurs…
L'évolution de l'altruisme a donné lieu à des milliers de publications scientifiques. Les modèles de sélection de groupe/sélection par parentèle remplissent les étagères des bibliothèques de sciences.
La sélection naturelle est un mécanisme d'optimisation de la valeur sélective des individus, et c'est tout. Absolument rien dans le processus de sélection naturelle ne favorise les équilibres.
Justement, c'est bien ce que je te reproche : tu attribues des trucs à "la vie", alors qu'il n'existe pas de mécanisme biologique qui fait quoi que ce soit à ce niveau. L'évolution peut être adaptative (sélection naturelle) ou non-adaptative (dérive génétique, accumulation de mutations, etc). La sélection naturelle peut s'exercer à différents niveaux : entre gènes, entre cellules, entre individus, peut-être entre "groupes", et peu probablement entre écosystèmes. Parmi ces niveaux, la sélection interindividuelle (sélection "Darwinienne") est très probablement le moteur majeur de l'évolution des caractères physiologiques, morphologiques, et comportementaux (la quantité de preuves expérimentales est assez édifiante). Les autres niveaux de sélection peuvent jouer à la marge, ou alors pour des caractères moins visibles (taille du génome, par exemple), qui semblent moins affecter la survie et la reproduction des individus. Certains niveaux de sélection (typiquement, les niveaux "supérieurs" à l'individu, comme le groupe, la population, l'espèce, l'écosystème) n'ont jamais vraiment été confirmés expérimentalement ; certains modèles les rend possible dans certaines conditions, mais ça ne veut pas dire qu'ils jouent un rôle significatif dans l'évolution.
Bref, si on veut résumer les mécanismes de l'évolution, c'est une optimisation locale d'une fonction (la valeur sélective) qui dépend des gènes et de l'environnement. Parfois, l'optimum implique un état d'équilibre, parfois (probablement plus souvent) non. Par contre, ce qui est certain, c'est que le phénomène est "myope", il favorise les solutions les plus performantes à court terme, et n'a aucun moyen d'éviter les "culs de sacs évolutifs", y compris les catastrophes (type extinction ou destruction d'une ressource).
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Thomas Douillard . Évalué à 3.
J'ai plutôt eu l'impression d'aller dans le sens inverse et de ne pas attribuer quelque chose à la vie.
J'ai dit qu'un cadre plus approprié pour décrire ce qui se passait à l'échelle globale était sans doute la théorie des jeux, c'est tout, je ne remet pas en cause les mécanismes de l'évolution … Je ne pense pas qu'on puisse dire que rien ne joue à l'échelle globale puisque l'environnement se joue à l'échelle globale. Les espèces doivent s'adapter à leur environnement courant, c'est à dire l'état de tout ce qui les entoure, leurs prédateurs ou leur proie. Dit autrement, la fitness varie constamment aucour du temps.
Je comprend pas trop de quoi tu parles pour les sélections dans les groupes, j'ai l'impression que certains animaux tirent avantage à vivre en groupe par exemple.
(cela dit je suis en désaccord avec le premier post du thread)
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 5. Dernière modification le 29 janvier 2013 à 16:21.
Le problème de la sélection de groupe, ce n'est évidemment pas l'avantage à vivre en groupe, mais plutôt la capacité à développer des caractères qui sont favorables au groupe mais défavorable à l'individu. L'exemple typique, c'est l'individu qui crie quand il voir un prédateur : il aide les autres membres du groupe à se cacher, mais en faisant ça il se rend super-visible. D'un point de vue strictement Darwinien, ce comportement devrait être contre-sélectionné et donc disparaitre.
Pour expliquer son maintien, il y a deux cadres théoriques : la sélection de groupe (les groupes d'individus sont en compétition les uns avec les autres, et un caractère défavorable à l'individu peut se maintenir s'il est compensé par une hausse de "fitness" du groupe), et la sélection par parentèle (les groupes sont constitués d'individus apparentés, et la baisse de fitness de l'individu altruiste est compensée par la hausse de fitness pour les individus qui portent les mêmes gènes, selon l'équation bien connue : soi = 2 enfants = 2 frères = 4 petits-enfants = 8 cousins, etc). Donc en gros, ça vaut le coup de se sacrifier si tu sauves 9 cousins.
Actuellement, il n'y a pas vraiment de consensus sur l'influence réelle de la sélection de groupe, qui est souvent incluse dans les modèles de fitness inclusive. Dans la plupart des espèces, les groupes sont trop volatiles pour qu'une réelle sélection de groupe s'installe (les individus bougent sans arrêt, notamment pour éviter la consanguinité), et si les groupes sont stables, il y a tellement de consanguinité que la sélection par parentèle devient une explication beaucoup plus simple. Au final, il est probable que ces modèles représentent la même réalité, et que la sélection de groupe n'a pas réellement de pouvoir explicatif.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par dave . Évalué à 2.
Ce que je voulais dire et que tu ne sembles pas avoir compris, c'est que la pérennité d'un être vivant dépend de la stabilité de son code génétique. Le support, c'est à dire le moyen de coder l'information, se doit donc d'être fiable et auto-réplicant, comme c'est le cas chez beaucoup d'organismes vivants (si ce n'est tous). Bon bref merci pour ta subtilité.
Systemd, the bright side of linux, toward a better user experience and on the road to massive adoption of linux for the desktop.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par Anonyme . Évalué à 5.
loupé: c'est tout le contraire
si tu veux qu'une espèce soit pérenne , tu as plutôt intérêt à autoriser l'introduction d'infimes modifications lors de la réplication pour pouvoir maximiser ses capacités d'adaptation, lors de changement environnementaux, comme c'est le cas chez tous les organismes vivants.
[^] # Re: Peu étonnant
Posté par arnaudus . Évalué à 3.
Mouais, sauf que ce n'est pas ce qui est observé. Dans les faits, les taux d'erreur au cours de la réplication sont minimisés par les organismes. La correction des erreurs a en effet un coût ; moins il y a d'erreur et plus la réplication est coûteuse en temps et en énergie. Les taux d'erreur observés dans la nature résultent donc d'un compromis erreur acceptable / coût de la réplication, et ces taux là sont plusieurs ordres de grandeur supérieurs au taux maximum qu'il faudrait pour évoluer. Le taux minimum pour évoluer n'est donc pas une contrainte, sauf dans des cas très très particuliers (types clones "mutators" chez les bactéries, mais ce n'est jamais viable à long terme).
# Altération des données ?
Posté par Olivier (site web personnel) . Évalué à 4.
Sachant que l'ADN peut être modifié par des perturbations environnementales, comme la radioactivité, je ne suis pas sûr que la fiabilité à long terme soit garantie. Les organismes soumis aux radiations de Tchernobyl en sont la preuve (mutations, dégénérescences, …).
Ou alors, il va falloir mettre en place de sacrés mécanismes de validation et de correction d'erreurs !
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par gouttegd . Évalué à 2.
De tels mécanismes existent déjà dans n’importe quelle cellule vivante, y compris les plus anciennes bactéries.
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par Olivier (site web personnel) . Évalué à 3.
Ces mécanismes certes existent, mais lorsque que le niveaux "d'agressions" externe est trop important, ils s'avèrent inefficaces et ne peuvent plus réparer les brins d'ADN altérés. La cellule finit alors par mourir (perte de toutes les données), ou mutent (altération définitive des données).
Dans le cas de mutations, soient elles peuvent être bénéfiques (évolution pour une meilleur adaptation à l'environnement), ou néfastes (cellules cancéreuses).
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par gouttegd . Évalué à 3.
Mais il n’y a guère que lors des catastrophes industrielles que le « niveau d’agression » est suffisamment élevé pour saturer les mécanismes de réparation. En temps normal, ces mécanismes sont amplement suffisants pour faire face aux sources naturelles de dommages.
Empêcher l’exposition à des sources industrielles (en ne stockant pas l’ADN à proximité immédiate d’un réacteur nucléaire par exemple) serait probablement une meilleure idée que d’inventer des mécanismes de réparation taillés pour y faire face.
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par CHP . Évalué à 4.
Donc, l'evolution n'es possible qu'avec des catastrophes industrielles ?
On a donc des catastrophes industrielles des millions d'années avant l'invention de l'industrie ?
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 3.
J’avais vu un reportage sur des biologistes qui étudient les conséquences sur la faune et la flore locale, et la conclusion était que les nouvelles générations nées et vivant sur place s’avéraient moins sensible aux mutations dues aux rayonnements.
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par Olivier (site web personnel) . Évalué à 4.
J'ai vu divers reportages sur Tchernobyl, dont notamment un qui montrait des hirondelles dont les deux ailes n'avaient pas les mêmes dimensions.
Même si elles arrivaient à voler malgré cette différence, leurs performances de vol étaient moins bonnes que celles des individus aux ailes symétriques. Moins efficace en vol, les animaux s'alimentaient donc moins, et donc mourraient plus rapidement (la sous-alimentation, dans la nature c'est rarement bénéfique !).
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 3.
Dans le reportage que j’ai vu, il parlait également du sujet, en montrant qu’il y avait des différences entre les animaux qui faisaient des migrations et ceux qui restaient sur place.
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par Obsidian . Évalué à 2.
Ça dépend : aux États-Unis, il y a un grand nombre de personnes à qui ce serait très bénéfique ! :-)
[^] # Re: Altération des données ?
Posté par windu.2b . Évalué à 3.
Du RAID avec de l'ADN ?
# Commentaire supprimé
Posté par Anonyme . Évalué à 2.
Ce commentaire a été supprimé par l’équipe de modération.
# A quand ...
Posté par syj . Évalué à 1.
A quand une balance qui pèse en pétaoctet. Cela me changera des kilogrammes en trop .
# Anti-virus ?
Posté par Obsidian . Évalué à 4.
Chouette ! Le mythe du virus informatique transmissible à l'homme va enfin devenir réalité, alors ! :-)
Plus sérieusement, n'est-ce pas là un grand danger potentiel ? S'il est possible de facilement manipuler un brin d'ADN pour y écrire à volonté une séquence arbitraire, serait-il très difficile juste ensuite d'embarquer ce brin dans une coquille de protéines et obtenir ainsi une « imprimante 3D » à virus biologiques ?
Si oui, n'importe qui dans le monde pourrait à volonté faire renaître en une demi-journée les virus les plus meurtriers de la planète. Les circonscrire ensuite risque d'être beaucoup moins facile.
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par gouttegd . Évalué à 3.
Pour ça, nul nesoin de ces recherches sur le stockage ADN, c’est déjà tout-à-fait possible. Techniquement ce n’est pas à la portée de tout le monde, mais financièrement ça l’est : aujourd’hui des sociétés de biotech peuvent te synthétiser de l’ADN à la demande pour quelques centaines d’euros (prix moyen constaté : entre 0,20 et 0,60 € par paire de bases, dégressif avec la taille totale de la séquence).
À priori, non. Je le fais même régulièrement, en fait. C’est assez facile, on laisse des cellules en culture se charger d’exprimer les protéines nécessaires, encapsider le génome viral avec, puis on récupère les virus ainsi générés. Et là encore, des boîtes de biotech peuvent le faire pour toi si tu n’as pas le matériel nécessaire (je ne connais pas les prix en revanche).
Là en revanche j’ai des doutes sur la possibilité d’automatiser l’ensemble du processus dans une machine. Mais après tout, il y a quelques années je n’aurais pas cru qu’on pourrait séquencer un génome humain en quelques jours (alors qu’il a fallu près de dix ans pour le faire la première fois)…
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 3.
J’imagine que la société en question à des équipements spécialisés. Donc, comme je doute qu’il réponde à ta requète si tu leur commande je ne sais quel virus mortel, c’est plutôt le coût et la facilité d’acquisition de ces équipements qui importe.
Je n’ai aucune idée du prix de tels machines, mais par exemple le journal que tu paies quelques centimes, pour les produire il faut des machines qui ne sont pas à porté financière du particulier.
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par Obsidian . Évalué à 2.
Non, mais à la portée d'une organisation terroriste, si. Si celle-ci décide par exemple d'équiper une antenne dans chaque capitale du Monde puis d'y démarrer simultanément la diffusion d'un virus tueur — si possible conçu et à tout le moins choisi — l'épidémie sera instantanément mondiale et prendra tout le monde de cours avant que l'on puisse étudier une quelconque parade.
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par psychoslave__ (site web personnel) . Évalué à 2.
Là je pense que c'est se méprendre sur les objectifs des terroristes. Je doute qu'il y ai beaucoup d'organisme même terroriste qui souhaite lâcher un virus susceptible de détruire les têtes pensantes de l'organisation elle même.
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par Obsidian . Évalué à 2.
Ce qui implique que les objectifs de toutes les organisations terroristes existantes et à venir sont officielles, publiques et déterministes. On en est loin. :-)
Il en suffit d'un seul ! Et c'est bien là le problème : l'écart entre la facilité de mise en œuvre et la quasi-impossibilité de contrecarrer le phénomène une fois lancé.
Là encore, si ce n'est pas un terroriste, ça peut être une personne frappée de folie voire même un « survivaliste » un peu trop paranoïaque, puisque c'est à la mode en ce moment. Il se peut aussi que l'individu parvienne à se convaincre réellement qu'il sera lui même immunisé, que ce soit vrai ou pas. Il suffit d'une étincelle pour mettre le feu aux poudres, avec un feu d'envergure nucléaire.
[^] # Re: Anti-virus ?
Posté par gouttegd . Évalué à 2.
Moi je n’en doute pas. Tout ce que tu as besoin de fournir, c’est la séquence d’ADN brute, sur laquelle il n’est pas écrit qu’il s’agit du génome viral d’Ebola. À moins de faire une comparaison avec les banques d’ADN connus, la séquence n’est pas identifiable. Une telle analyse n’est pas difficile (ça se fait par exemple en quelques minutes avec le service du NCBI), mais les deux sociétés auprès desquelles j’ai commandé des synthèses de gène ne la font pas — la seule analyse qu’ils font consiste à détecter les parties de la séquence pouvant poser des problèmes de synthèse.
J’ai déjà commandé un gène faisant partie du génome du virus de l’hépatite C (pas le génome entier, certes), on ne m’a opposé aucune difficulté.
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