dans le meme style, j'utilise unison depuis près d'un an : ca marche très très bien
je synchronise entre mon ordi de bureau, mon portable et un serveur distant ... trois copies exactement identiques
(ca marche aussi avec ssh)
>Et la biologie, ce n'est pas seulement la biologie moléculaire.
Je suis bien d'accord avec toi, je ne parle que du petit aspect de la bio que j'effleure.
Mais de la même manière, l'informatique ne se réduit pas au couple php/mysql, ou à toute autre technique / logiciel
Tout comme on peut trouver à la fois des profils type bac+2, et des chercheurs (débutants ou non) ...
>des gens qui appliquent l'informatique à la biologie.
>'autres disciplines qui utilisent largement l'outil informatique
Non plus. je ne suis pas du tout d'accord avec toi sur le terme application : la bioinfo n'est pas simplement une application de l'informatique.
Bien sur il y a des techniques connues que l'on peut simplement appliquer, mais pour beaucoup de problèmes, il faut que la recherche en informatique progresse, et la on ne peut plus simplement parler de "l'outil informatique", ni "d'application à".
En gros, si la bioinfo se réduisait à une histoire d'outils ou d'applications (pas au sens logiciel bien sur), il n'y aurait ni crédits pour la recherche bioinfo coté "info", ni de chercheurs informaticiens dans le domaine, car cela reviendrait à un travail d'ingénierie tout au plus (je ne dénigre absolument pas ce travail bien entendu).
la bioinfo, ca regroupe des scientifiques dont le domaine de compétence est un gradient qui va du biologiste qui utilise une base de données avec une interface web pour comparer des séquences bio à l'informaticien théorique qui va développer de nouveaux outils de recherche des plus longs facteurs répétés sur des séquences qui font des millions de caractères (des génomes quoi) ... et la je ne parle pas des statisticiens qui jouent aussi un grand rôle, car vu la quantité de données est tellement imposante qu'il est souvent beaucoup trop compliqué de faire une étude exhaustive de chaque séquence (mais les stat ca fait toujours peur, je pense que c'est pour ca que ca n'apparait pas dans bioinfo ;-)
la principale contrainte en bio-info par rapport a l'info "classique", c'est la quantité de données à traiter : quand j'ai commencé sur mon sujet, il y avait 10 millions de séquences (celles qui intéressent mon labo) dans la banque, aujourd'hui, 4 ans après, il y en a le double; on a donc des problèmes d'organisation des données, et puis aussi des problèmes pour les traitements (c'est déjà long de parcourir 20 millions de séquences de longueur 500, si en plus il faut en extraire des infos ...)
Sinon pour un informaticien théorique, ca ne change pas grand chose, par exemple en algorithmique du texte, au lieu de prendre des exemples du type ababababbabb, on prend des exemples du type AGTGCTTA (avec les quatres lettres de l'ADN).
On peut très bien faire aussi du php/mysql (au lieu de faire une base "mes DVD perso", on fait une base "mes sequences").
Mais pour la plupart des problèmes, il faut quand même une double compétence, ne serait-ce que pour comprendre le problème bio à traiter.
bref, c'est un gradient, donc on peut dire que la bioinfo par rapport a l'info, ca change tout et rien :)
Ca fait une bonne annee qui j'ai pas developpe en java, il a du se passer pas mal de choses.
Je ne comprend pas pourquoi :
1) les packetages sont fournis sous la forme de rpm : il y a un format de distribution qui s'appelle "jar" qui est fait pour ca.
2) depuis quand un programme java (donc un ensemble de .class) est-il specifique a une distrib ?
3) depuis quand les sources d'un programme java sont-ils specifiques a une distrib ?
j'ai pas tout lu, j'ai pas teste leurs rpm (je viens de debuter sous macosX, j'ai a peine eu le temps d'installer xdarwin), mais je pige pas grand chose a ce qu'ils font.
[^] # Re: Flexbackup sort en version 1.01
Posté par Johann Pelfrene . En réponse à la dépêche Flexbackup sort en version 1.01. Évalué à 5.
je synchronise entre mon ordi de bureau, mon portable et un serveur distant ... trois copies exactement identiques
(ca marche aussi avec ssh)
[^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
Posté par Johann Pelfrene . En réponse à la dépêche Site bioinformatique Biolinux. Évalué à 1.
Je suis bien d'accord avec toi, je ne parle que du petit aspect de la bio que j'effleure.
Mais de la même manière, l'informatique ne se réduit pas au couple php/mysql, ou à toute autre technique / logiciel
Tout comme on peut trouver à la fois des profils type bac+2, et des chercheurs (débutants ou non) ...
>des gens qui appliquent l'informatique à la biologie.
>'autres disciplines qui utilisent largement l'outil informatique
Non plus. je ne suis pas du tout d'accord avec toi sur le terme application : la bioinfo n'est pas simplement une application de l'informatique.
Bien sur il y a des techniques connues que l'on peut simplement appliquer, mais pour beaucoup de problèmes, il faut que la recherche en informatique progresse, et la on ne peut plus simplement parler de "l'outil informatique", ni "d'application à".
En gros, si la bioinfo se réduisait à une histoire d'outils ou d'applications (pas au sens logiciel bien sur), il n'y aurait ni crédits pour la recherche bioinfo coté "info", ni de chercheurs informaticiens dans le domaine, car cela reviendrait à un travail d'ingénierie tout au plus (je ne dénigre absolument pas ce travail bien entendu).
[^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
Posté par Johann Pelfrene . En réponse à la dépêche Site bioinformatique Biolinux. Évalué à 4.
la principale contrainte en bio-info par rapport a l'info "classique", c'est la quantité de données à traiter : quand j'ai commencé sur mon sujet, il y avait 10 millions de séquences (celles qui intéressent mon labo) dans la banque, aujourd'hui, 4 ans après, il y en a le double; on a donc des problèmes d'organisation des données, et puis aussi des problèmes pour les traitements (c'est déjà long de parcourir 20 millions de séquences de longueur 500, si en plus il faut en extraire des infos ...)
Sinon pour un informaticien théorique, ca ne change pas grand chose, par exemple en algorithmique du texte, au lieu de prendre des exemples du type ababababbabb, on prend des exemples du type AGTGCTTA (avec les quatres lettres de l'ADN).
On peut très bien faire aussi du php/mysql (au lieu de faire une base "mes DVD perso", on fait une base "mes sequences").
Mais pour la plupart des problèmes, il faut quand même une double compétence, ne serait-ce que pour comprendre le problème bio à traiter.
bref, c'est un gradient, donc on peut dire que la bioinfo par rapport a l'info, ca change tout et rien :)
# java n'est plus portable ?
Posté par Johann Pelfrene . En réponse à la dépêche Ouverture officielle du site web JPackage. Évalué à 1.
Je ne comprend pas pourquoi :
1) les packetages sont fournis sous la forme de rpm : il y a un format de distribution qui s'appelle "jar" qui est fait pour ca.
2) depuis quand un programme java (donc un ensemble de .class) est-il specifique a une distrib ?
3) depuis quand les sources d'un programme java sont-ils specifiques a une distrib ?
j'ai pas tout lu, j'ai pas teste leurs rpm (je viens de debuter sous macosX, j'ai a peine eu le temps d'installer xdarwin), mais je pige pas grand chose a ce qu'ils font.
quelqu'un en sait plus ?