Matplotlib 1.1 et autres outils de visualisation en Python

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1
nov.
2011
Python

Matplotlib est une bibliothèque en Python très utilisée pour tracer des graphiques en deux et trois dimensions. Le degré de sophistication peut être très élevé mais les choses simples le restent ; pour se donner une idée, il suffit de regarder la galerie d’exemples.
En combinaison avec les bibliothèques scientifiques NumPy ou SciPy et l’interpréteur IPython, nous obtenons un outil de prototypage très pratique.

Matplotlib n’est pas exempte de limitations, pour de grosses séries de données ou des visualisations complexes en trois dimensions. Il faut alors se tourner vers d’autres outils tels que guiqwt ou Mayavi, si l’on veut rester avec des outils en Python.

BOINC, raid de septembre 2011 de l'Alliance Francophone

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13
sept.
2011
Science

Comme tous les ans l'Alliance Francophone organise un challenge sur la plateforme BOINC afin de regrouper et rassembler tous les francophones sur un projet unique.

BOINC, pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing est une plateforme libre de calcul distribué en grille ne cessant de croître et de devenir populaire.
Celle-ci permet à de nombreux scientifiques d’avoir accès à une puissance de calcul importante et cela gracieusement.

Journal Rappel : Si vous essayez de modéliser l'épidémie de Covid-19 et que votre modèle est dérivable …

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20
mar.
2020

… et à fortiori si sa dérivée admet un axe de symétrie, vous vous y prenez mal (au moins depuis mardi).

En ce moment, essayer de modéliser l'épidémie est un jeu assez à la mode sur LinuxFr et ailleurs, et il y a un truc qui revient systématiquement : à la fin on aboutit pour le nombre total de cas à une jolie courbe en forme de S, avec pour sa dérivée (le nombre de nouveaux cas par jour) (…)

OpenMOLE 5: Interface web et Market Place

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25
sept.
2015
Science

La version 5 d'OpenMOLE - surnommé Loving Lobster (homard aimant) - vient d'être publiée. Pour mémoire OpenMOLE est un logiciel permettant de distribuer des explorations d'espaces de paramètres, de listes de fichiers, d'algorithme d'optimisation, d'analyse de sensibilité… sur des environnements de calcul type serveurs multi-processeurs, fermes et grilles de calcul. Il permet d’intégrer facilement votre code exécutable quelque soit le langage (C++, R, Python, Java, NetLogo…) et déporte son exécution de manière entièrement transparente, sans aucune installation préalable du coté de l'environnement d'exécution. Il permet de concevoir des workflows de calcul à très grande échelle générant des millions de jobs et des centaines de Go de données.

Voir les changements depuis la version 4 en seconde partie de dépêche.

Nous donnons régulièrement des formations ouvertes au public d'OpenMOLE à l'Institut des Systèmes Complexes à Paris. La prochaine aura lieu courant octobre, elle sera annoncée très prochainement.

Forum général.cherche-matériel Remplacer un (petit) cluster pour consommer bcp moins tout en gardant de la puissance

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25
oct.
2014

Salut,

je dois, pour des raisons de consommation, remplacer le (petit) cluster du boulot. Pour information, nous faisons du traitement scientifique d’images satellites. Nous avons besoin de puissance de calcul et d’I/O (aussi rapide que possible).
Actuellement, on a 6 nœuds + un maître. 46 cœurs, 2 à 3.5go par cœur, 72 disques (12 à 24 disques par machine), pour un espace total de 140to (70 réellement utilisables avec la solution actuelle).
Logiciellement parlant, on a:
HTCondor pour la répartition (…)

Journal Un Python qui rivalise avec du C++

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27
août
2017

Rencontre avec un code de calcul scientifique open-source - écrit en Python - qui tente de rivaliser avec du C++ sur des supercalculateurs, spectralDNS!

Quelques liens:

La publication initiale : https://arxiv.org/pdf/1602.03638v1.pdf
Une seconde publication : https://arxiv.org/pdf/1607.00850.pdf
Une publication plus récente : https://arxiv.org/pdf/1701.03787v1.pdf
Le dépôt GitHub : https://github.com/spectralDNS/spectralDNS

Première réaction?

Je ne sais pas quelle est votre première réaction. Moi j'y croyais pas trop. Puis j'ai potassé les articles, j'ai fait quelques tests avec le code, j'ai contacté l'auteur principal, et (…)

Journal Un nouveau logiciel open source pour le criblage "in silico" (chemoinformatique)

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19
mai
2014

Chers lecteurs,

Je suis heureux de pouvoir annoncer la première version du logiciel ACPC.

https://github.com/UnixJunkie/ACPC/blob/master/README.md

ACPC est un logiciel open source pour faire du criblage "in silico" ("ligand-based virtual screening", en anglais).
ACPC utilise la fonction d'autocorrelation pour encoder les charges partielles des molécules de façon rotation-translation invariante.
ACPC est écrit en OCaml (http://ocaml.org/) et utilise la librairie Parmap (http://www.dicosmo.org/code/parmap/) pour la parallélisation des calculs sur les machines multicoeurs.
ACPC est assez rapide dans le domaine (…)

Journal Les 50 ans du CERN : le berceau du web

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12
août
2004
Salut mon journal,

En octobre de cette année, le CERN (Centre Européen de Recherche Nucléaire [1]) va souffler sa 50ième bougie. Bon, c'est sans doute aussi excitant que de savoir que Tim Berners-Lee a été anobli par la reine [2,3], mais je pense que ça mérite d'être mentionné.
Alors je me suis amusé à faire une petite recherche de "CERN" sur linuxfr et d'après les divers résultats que j'ai eu il semblerait qu'on en parle seulement (ou principalement) lorsqu'un nouveau (…)