decrypthon sous linux

Posté par  . Modéré par Franck Yvonnet.
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22
fév.
2002
Communauté
Vous vous souvenez peut etre du decrypthon basé sur le même modèle que le SETI (pour rechercher des ondes extra terrestre) et qui permettra de décrypter le génome humain plus rapidement.
Sur le site de decrypthon, il semblerait qu'une version pour linux soit prévue, même si dans les configurations requises, linux n'apparaît pas encore.

Aller plus loin

  • # Je ne comprends pas la news

    Posté par  . Évalué à 10.

    D'après le lien donné, la seule version Linux dont i l est question est une version serveur. Les clients se limitent toujours à Win$.
  • # A quand le commencement

    Posté par  . Évalué à 4.

    Je me suis inscris dès le lendemain de l'émission du telethon mais depuis plus de nouvelle après cette inscription. Il semble qu'IBM prenne du retard dans la mise en place de la structure.
    Vivement que tout cela tourne, mon petit PC est tout excité !!
    Bonne journée à tous !
  • # Comme d'habitude...

    Posté par  . Évalué à 10.

    La news passe tous les ans, et comme tous les ans, je vais dire la meme chose:
    Les resultats des calculs ils vont ou?
    parceque si c'est pour des labos privés...
    L'AFM c'est bien mais Genoming ne m'inspire pas confiance, pas de site ou site plutot etrange, la description faite de cette boite parait louche aussi...

    Voila voila...
    • [^] # Re: Comme d'habitude...

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 10.

      Effectivement, les arguments ne manquent pas pour dénoncer cette tentative de vol de CPU sous des prétextes pseudo-humanitaires.

      Tout d'abord, le source n'est pas disponible, et il faut être taré pour faire tourner un logiciel donnant le contrôle de sa machine à un tiers sans disposer des sources.

      Ensuite, et surtout, ce sont des sociétés commerciales qui gèrent ce projet, ce qui permet d'émettre de sérieux doutes sur l'utilisation à long terme qui va être faite de cette puissance de calcul. N'oublions pas que c'est ce genre de société qui, sous prétexte de brevet, interdisent aux pays sous-développés de fabriquer des médicaments indispensables à coûts réduits.

      Participer à ce décrypthon c'est aider les firmes pharmaceutiques à s'approprier le génome humain, dans le but de mieux contrôler l'humanité dans le futur.

      Aidez-les, afin qu'ils aient les outils pour nous réduire définitivement en esclavage.
      • [^] # Re: Comme d'habitude...

        Posté par  . Évalué à -10.

        Parce que tu penses que le monde vit d'amour et d'eau fraiche et que ce genre de projet ne coûte rien ?

        Je ne te trouve pas en forme sur ce coup là ... tu as déjà fait plus réaliste.

        Moi je pense qu'il faut interdire tous les gens qui font de la médecine de près ou de loin, et puis aussi bruler les manuels, comme ca on progressera.

        Il y a des non-paranos ici ? Je ne me reconnais pas dans cette "communauté" là ...

        Mike
        • [^] # Re: Comme d'habitude...

          Posté par  (site web personnel) . Évalué à 10.

          Est-ce que tu t'es intéressé à CE projet ? Il semble que non pour faire autant aveuglément confiance que ça. L'entreprise qui propose ce décrypthon (GENOMINING), est plus intéressée par la revente de sa base de données que par l'avancée médicale.

          Je dis que l'avancée médicale n'a pas besoin des gens intéressés uniquement par le profit maximum, au contraire. Le rapport avec le fait de brûler les livres ne peu être établi que par un manque flagrant de logique.
          • [^] # Re: Comme d'habitude...

            Posté par  (site web personnel) . Évalué à 6.

            Bon j'avais pas vu la page
            http://www.telethon.fr/recherche/decript_02.asp(...) où il est dit "Les résultats sont envoyés au serveur qui les centralise et les rend disponibles à la communauté scientifique internationale.", donc j'ai encore parlé trop vite, l'entreprise genonimg donne à la communauté scientifique des données issues de ce programme, et sans doute n'est pas comme ces monstres habituels dans le paysage de l'industrie pharmaceutique.
        • [^] # Re: Comme d'habitude...

          Posté par  . Évalué à 8.

          Parce que tu penses que le monde vit d'amour et d'eau fraiche et que ce genre de projet ne coûte rien ?
          Euh, bah justement, ce genre de projet (calcul distribué sur des ordinateurs d'internautes bénévoles) permet de faire faire d'énormes économies aux labos. Les frais engendrés sont presques nuls en comparaison de ce que ça leur aurait coûté si ils avaient dû acheter ou louer un supercalculateur.
    • [^] # Re: Comme d'habitude...

      Posté par  . Évalué à 10.

      On va répondre la même chose...

      C'est à dire que le minimum c'est de se documenter avant de balancer ce genre de remarque.

      OUI les résultats seront publics et à disposition de la communauté entière des chercheurs.

      NON l'AFM n'est pas une émergence de la NSA.

      Quand à Genoming, c'est le fait que le patron soit 'William Saurin' qui te chagrine ? :)

      Je suis d'accord sur le fait qu'il faille rester vigilant sur le problème des brevets, mais diaboliser sur un proces d'intention est ridicule (pis en plus ca m'enerve).

      Sur ce ...

      Mike

      P.S : A propos, la news est fausse car il n'y aura pas de client Linux, seulement le serveur prévu dès le départ... enfin bon.
      • [^] # Re: Comme d'habitude...

        Posté par  . Évalué à 3.

        il ya eu un moment ou sur leur site il parlait de version pour linux , mais plus maintenant
        je crois a qu'il y a moins d'une semaine c'etait encore marqué
    • [^] # Pas si simple...

      Posté par  . Évalué à 10.

      Je sais que ce que je vais dire en fera hurler plus d'un (RMS me boufferait tout cru), mais dans ce genre de cas, le closed source peut etre necessaire.
      Je m'explique en prenant pour exemple le projet "Seti@home" qui est celui que je connais le mieux. Le principe est que vous avec un petit client qui tourne sur votre machine en utilisant la puissance de calcul inutilisee de votre CPU pour faire du calcul lourd (en tres gros, le client "remplace" la tache IDLE). Le cycle commence par l'appli qui se logue sur le serveur de Seti, dld les donnees brutes, puis effectue les calculs (c'est looooooong...), et enfin upld les resultats, puis re dld un nouveau batch de datas, etc...
      Les donnees recues (brutes) et emises (traitees) par votre machine sont cryptees et signees pour en verifier la validite. Que se passerait-il si on avait le code source du projet: des petits rigolos s'amuseraient a produire des donnees traitees falsifiees en les encodant afin qu'elle aient l'air parfaitement valides, et pourraient meme se debrouiller pour les crypter et les signer correctement. Le serveur de Seti@home ne pourrait demeler les donnees calculees bonnes et les fantaisistes, et "verrait" du coup des signaux de provenance extraterrestre tout les 10 centimetres carres de ciel ! Donc, echec du projet.
      Qu'en pensez-vous ? En tout cas, le bon moyen pour etre serein face a ce genre de projet somme toute tres utiles, c'est qu'ils soient chapotes par un organisme fiable et integre (donc tout sauf une boite privee).
      • [^] # Et le closed-source est la soluce peut-être ?

        Posté par  . Évalué à 10.

        Celui qui veut foutre sa merde n'a pas besoin des sources, il désassemble, point.
        Tu croix que l'équipe de Samba a le code source de Windows ?
        Mettre en closed-source pour des raisons de sécurité, ben il faut être un gros couillon qui n'a jamais utilisé un debugger ou fait du reverse.
        D'abord SETI fait de la redondance, c'est déjà plus mieux.
        Les solutions pour ce genre de problèmes existent, mais comme ça demande de la reflexion, ben c'est pas à la portée du premier decideur venu.
        • [^] # Je ne voulais pas lancer un gros troll !!!!!

          Posté par  . Évalué à -2.

          Excuses-moi, mais le reverse sur des donnees brute envoyees par le serveur de Seti, pour pouvoir upper des donnees traitees valides, ca n'est pas a la portee de tous, ou alors je suis une vrai bille (attention a ce que vous allez dire ;)). En fermant le code, tu te protege des script-kiddies qui utiliseraient un outil de generation de trames valides pour faire croire qu'on ecoute Celine Dion sur proxima du Centaure.
          Je ne dis pas par contre que c'est LA solution, pas la peine de s'ennerver comme un tare sous pretexte que mon post ne vehiculait pas des idees binaires style "closed-source = caca". Je suis entierement d'accord pour dire qu'il faut rechercher l'open source a outrance, mais parfois, la solution pour l'avoir n'est pas triviale, et le choix du closed source peut s'expliquer (sans s'excuser ni se justifier), n'en deplaise a RMS.
          • [^] # le choix du closed source peut s'expliquer ?

            Posté par  . Évalué à 6.

            Non.
            Ne le prends pas mal, je ne pensais pas à toi. Et puis je n'étais pas énervé. Ni taré (enfoiré :p).

            La où tu te trompes, c'est que peu importe qu'il n'y ait qu'un seul hacker au monde capable de percer telle protection, un seul suffit (tient par exemple Humpich, mais c'est un mauvais exemple). Et ensuite débarquent les script-kiddies (sey-darc). On ne compte pas sur eux pour la première couche, mais pour foutre la merde par la suite quand tout est déjà percé.

            Donc ce n'est ni la solution ni même une solution, ni excusable ni justifiable (enfin si, juste le temps d'attendre que le truc se fasse peter, et ça arrive toujours, suffit d'attendre), just an illusion...
      • [^] # Re: Pas si simple...

        Posté par  (Mastodon) . Évalué à 8.

        Ils ne peuvent pas compter sur le simple fait que le soft soit closed-source pour assurer l'intégrité de leurs résultats, donc de toute manière ils sont obligés de faire faire les mêmes calculs par plusieurs machines différentes pour éviter les tricheries. Par conséquent, libérer les sources leur aurait permis de profiter de l'expertise de plein de gens pour optimiser leurs clients, sans pour autant fausser leurs données.

        La seule restriction qui me semblerait acceptable serait de ne pas permettre la diffusion de versions modifiées si elles n'ont pas été vérifiées par le S@H avant (histoire de ne pas diffuser de versions produisant de faux résultats).
        • [^] # Re: Pas si simple...

          Posté par  (Mastodon) . Évalué à 1.

          Je suppose qu'une des raisons pour lesquelles ils ne font pas cela est la relative biéveté de l'opération.

          En effet, le site Decrypton indique (je cite) :

          Pour ces travaux, les chercheurs comptent sur la puissance de 100.000 ordinateurs contribuant chacun à hauteur d'environ 100 heures de calcul.
          Ce n'est pas beaucoup, en fait.

          Je ne sais pas combien de temps prendrait un processus du type "code ouvert / mise à jour / diffusion / phase opérationnelle", mais j'ai l'impression que ce serait trop long dans ce cas ... A titre de comparaison, sans être une flêche, mon calcul Seti@home en est déjà à 45 000 heures en 1,5 ans, avec 4 ou 5 machines à temps partiel !

      • [^] # Re: Pas si simple...

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

        Que se passerait-il si on avait le code source du projet: des petits rigolos s'amuseraient a produire des donnees traitees falsifiees en les encodant afin qu'elle aient l'air parfaitement valides, et pourraient meme se debrouiller pour les crypter et les signer correctement.

        De toute façon (pour seti en tout cas, je n'ai pas vérifié pour les autres) les paquets sont envoyés à plusieurs personnes, si j'ai bien compris ce qu'ils disent sur http://setiathome.ssl.berkeley.edu/faq.html#q1.17(...) donc le problème ne se pose pas.
    • [^] # Re: Comme d'habitude...

      Posté par  . Évalué à 10.

      Le projet est au profit de l'AFM. Et, si tu regardes bien l'AFM publie les choses de maniere publique et transparente (comme par exemple ca comptabilite). La societe Genomining a juste ete partenaire avec IBM pour cree les serveurs et les clients decrypthon. Donc, les resultats reviennent a l'AFM.

      De toutes les facons, si vous avez des doutes, demandez des precisions directement aux interresses (ici l'AFM) plutot que de diffamer, et de foutre en l'air cette initiative. Que les logiciels utilises et crees ne soit pas libres c'est une chose mais il est stupide de dire n'importe quoi sans etre sur, en sachant que des personnes pourront croire des propos imprecis.

      A la limite, il faudrait voir la clause du contrat qui stipule que les calculs effectues sont propriete de l'AFM qui les rend publiques comme les autres informations.

      ps: faudrait penser a se calmer. Je ne vois pas pourquoi il y a autant de virulence envers ce projet
      • [^] # Les débats précédents ...

        Posté par  . Évalué à 0.

      • [^] # Réponse officielle AFM ...

        Posté par  . Évalué à 5.

        Parce que tout cela vaut mieux que de longs discours ...

        --------------------------------

        Le projet DECRYPTHON, dont l¹AFM est commanditaire, consiste à réaliser la
        première comparaison exhaustive de 500.000 protéines identifiées à ce jour
        dans les différentes espèces du monde vivant (animal, végétal, humain) et
        initier ainsi, après la cartographie des génomes, une cartographie des
        protéomes. La base de données générée par ce projet, développée et gérée par
        Génomining, sera mise à la disposition de la communauté scientifique : elle
        sera librement accessible aux chercheurs et leur permettra de progresser
        plus rapidement dans la compréhension des maladies génétiques et dans le
        développement de nouvelles thérapeutiques. Les collaborateurs privés de ce
        projet ­Génomining comme IBM- entendent dans cette opération prouver leur
        savoir-faire (bien entendu à des fins commerciales, ne soyons pas angéliques
        !) mais ne tireront aucun profit commercial de l¹opération Décrypthon.

        Pour l¹AFM, il s¹agit avec ce projet comme elle l¹a fait précédemment avec
        les cartes du Génome de Généthon, de construire un outil d¹utilité publique
        mis gracieusement à la disposition de la communauté scientifique. Notre
        objectif : accélérer la mise au point de thérapeutiques pour les malades. En
        effet, nous sommes une association de malades touchés par des maladies
        neuromusculaires gravement invalidantes et mortelles, comme la plupart des
        millions de personnes touchées par une maladie rare, que nous défendons.
        Devant l¹urgence, nous ne pouvons attendre un hypothétique investissement de
        l¹Etat dans la recherche sur les maladies rares. Par ailleurs , l¹Etat ne
        peut pas tout. Et l¹AFM , grâce au soutien des donateurs depuis 15 ans,
        dispose des moyens d¹agir rapidement dans des domaines clés de la recherche
        pour qu¹une dynamique se mette en place et entraine l¹Etat dans son sillage.
        C¹est ce qui est arrivé dans le domaine de la génomique dans les années 90,
        c¹est ce que nous souhaitons aujourd¹hui pour les génothérapies et les
        maladies rares. Les dernières mesures annoncées en octobre par le
        gouvernement pour les maladies rares confortent d¹ailleurs notre politique.

        Pour votre information , l¹AFM a contribué, par le biais de ses financements
        ou des cartes de Généthon, à la découverte des gènes responsables de plus de
        700 maladies et a soutenu, au total, plus de 5 500 programmes de recherche
        depuis 1987. Elle a notamment participé à la réussite de la première
        thérapie génique pour les bébés-bulles en 2000.

        Pour de plus amples informations sur l¹opération DECRYPTHON et sur l¹AFM,
        nous vous invitons à visiter le site officiel du Téléthon (www.telethon.fr)
        ainsi que le site éditorial de l¹AFM (www.afm-france.org) qui contient
        toutes les informations concernant notre organisation.

        Vous remercient par avance pour l'intérêt que vous portez au Téléthon et
        comptant sur votre participation, je vous prie d'agréer l'expression de mes
        salutations les meilleures.

        L¹équipe Internet AFM-Téléthon
        www.telethon.fr

        E-mail : decrypthon@telethon.fr

        --------------------------------
        • [^] # Re: Réponse officielle AFM ...

          Posté par  . Évalué à 1.

          Je ne sais pas exactement comment fonctionne la synchronisation scoring/affichage ici, mais en tout cas elle prouve son inefficacité.

          La réponse officielle n'est même pas affichée!

          La dictature, c'est "ferme ta gueule", mais la démocratie mal comprise aboutit systématiquement au "cause toujours".
    • [^] # Re: Comme d'habitude...

      Posté par  . Évalué à 5.

      La question me turlupinait aussi, je l'ai donc posé sur le mail du Decrython (decrypthon@telethon.fr)ce matin et j'attends la reponse. Dés que j'ai du neuf je vous tiens au courant.

      PS- j'ai egaleemnt demande s'il etait question de porter le client ss Gnu/Linux
  • # Sans vouloir dire de bétises...

    Posté par  . Évalué à 3.

    J'ai deux questions :

    1) Dites-moi si je me trompe : n'y a-t-il pas, dans ce type de logiciel de calcul partagé, un nombre de clients au-dela duquel le temps nécessaire aux communications le serveur et les clients et à la répartition des paquets de calculs finit par faire baisser les performances globales ?

    2) Ne serait-il pas possible de mettre en place de tels système en intranet, ce qui permettrait d'utiliser les ressources disponibles des ordinateurs au sein d'une entreprise ? une sorte de cluster où même l'ordi de la secrétaire participerait aux calculs ?
  • # en parlant de projets de calculs distribués...

    Posté par  . Évalué à 7.

    ... il existe également deux autres projets concernant le genome humain gérés par l'université de Stanford :
    - Folding@home http://foldingathome.stanford.edu/(...)
    - Genome@home http://genomeathome.stanford.edu/(...)

    Pour plus d'information, vous pouvez également visitez les sites des équipes francophones de ces deux projets :
    - http://www.foldingathome.fr.st/(...)
    - http://www.genomeathome.fr.st/(...)
    N'hésitez pas à passer sur les forums pour en discuter.

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