GSL : bibliothèque scientifique de GNU

Posté par  . Modéré par Benoît Sibaud.
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avr.
2002
GNU
La nouvelle version de la GNU Scientific Library est sortie, c'est la GSL-1.1.1. Elle est sortie le 15 mars dernier.

Au menu la prise en charge de nombreux outils mathématiques tels que les nombres complexes, les vecteurs/matrices, mais aussi les algorithmes de transformée de Fourier rapide (FFT), interpolation, intégration de Monte-carlo, etc...

Les systèmes supportés sont nombreux, parmi eux on compte :
SunOS, Alpha Linux, HP UX, FreeBSD, OpenBSD, NetBSD, Cygwin, etc...

Pour parachever le tout, une doc de 460 pages au format HTML ou ps est disponible

Bref pour les scientifiques (étudiants ou chercheurs) cette bibliothèque est une aubaine, à télécharger de toute urgence...

Aller plus loin

  • # Mon iguane des montagnes approuve.

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 10.

    Depuis que mon iguane a découvert la libGSL, il a le poil vif, l'oeil brillant, il est plus beau. Il utilise la libGSL tous les jours pour faire des calculs scientifiques, et c'est un pur bonheur, c'est rapide, documenté, pratique à utiliser...

    Bref, la GSL, c'est bon, mangez-en. Ceux qui restent au Fortran n'ont plus la moindre excuse.
    • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 5.

      Ben oui, ton iguane des montagnes ils trouvent que pour les modélisations de gaz sur réseau avoir des biblio optimisée parallélisme ça sert à rien. Il dit que le compilo gcc de GNU sur DEC il explose celui livré en standard (sans aucune mauvaise foi évidemment).

      Ton iguane il porte les applis pour la caractérisation des composés à partir des diagrammes Rayons X sur pourdre en 3 minutes. C'est normal il tape avec sa queue et ses 4 pattes.
      Et c'est bien connu. When it is GNU it is better.

      Bref, la GSL, c'est bon, mangez-en. Ceux qui restent au Fortran n'ont plus la moindre excuse.
      • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 10.

        Ben oui, ton iguane des montagnes ils trouvent que pour les modélisations de gaz sur réseau avoir des biblio optimisée parallélisme ça sert à rien. Il dit que le compilo gcc de GNU sur DEC il explose celui livré en standard (sans aucune mauvaise foi évidemment).

        Toi, tu n'as pas bien compris l'utilité de la GSL. Ce n'est pas une bibliothèque massivement parallèle, il y a des trucs comme Atlas, pour ça.
        La GSL, c'est un ensemble de routines pour des calculs de base qui sont souvent chiantissimes à se taper à la main. Elle rassemble des choses aussi diverses que l'intégration, les nombres aléatoires, les transformées de Fourier, les fonctions de Bessel (et autres du genre)...

        Mais utiliser la GSL n'empêche pas d'utiliser des bibliothèques parallélisables (utilisant par exemple MPI) à côté pour le gros du calcul.


        Ton iguane il porte les applis pour la caractérisation des composés à partir des diagrammes Rayons X sur pourdre en 3 minutes. C'est normal il tape avec sa queue et ses 4 pattes.

        La récupération de code existant n'est pas une excuse pour garder des solutions obsolètes qui font perdre plus de temps qu'elles n'en font gagner.
        Et je vois aussi beaucoup d'applications nouvellement écrites en Fortran, c'est une aberration.
        • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

          Posté par  (site web personnel) . Évalué à 6.

          Ouais sur le //isme j'ai un peu pousser mémé dans les orties. Je vois bien que c'est un remplaçant des numerical recipies.

          Néanmoins, il me semble que le milieu de la recherche est pas excessivement jeune (au moins en ce qui concerne les directeurs de labo). Et en ce qui concerne l'informatique, en science physique, ils étaient un peu conservateur.

          Genre plan, il préférait garder un code qui donnait des résultats excellents dans un langage de merde, que de porter sur le dernier langage tip-top.
          <troll>
          Vous imaginez les applis scientifiques en java swing ... Les départements informatiques des fac deviendraient les départements chauffage et climatisation de la ville.
          </troll>

          Bon, pour l'écriture de nouvelles applis ... c'est un peu choquant certes. En plus la doc est bien écrite, et semble plutôt très complète !!!
          Un très beau boulot honnêtement ça donne envie de se remettre à la physique :)
          • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

            Posté par  . Évalué à 10.

            Et oui il y a des langages très vieux comme Fortran (1956), LISP (1959) BASIC (1964) qui en dépit de tous leurs défauts ont réussi à survivre des invasions successives du C, C++, Pascal, Ada, Java, C# ...

            Ca a un petit air de village gaulois qui résiste encore et toujours à l'envahisseur.
        • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

          Posté par  . Évalué à 10.

          Tu es pourtant bien placé pour savoir que ça n'est pas prêt de s'arrêter puisque qu'ici (ENS Lyon) les gens du département de physique ont des cours et des projets à faire en Fortran.
          C'est quand même dingue que des gens en license de physique au XXIème siècle aient comme uniques cours de programmation des cours de fortran ! C'est un cycle infernal. Ce n'est donc même pas du à l'âge des directeurs de recherche comme cela a été écrit dans une autre réponse. Dans 30 ans les directeurs de recherche auront toujours été formé à Fortran.
          • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

            Posté par  (site web personnel) . Évalué à 6.

            Tu es pourtant bien placé pour savoir que ça n'est pas prêt de s'arrêter puisque qu'ici (ENS Lyon) les gens du département de physique ont des cours et des projets à faire en Fortran.
            Je sais bien, je les ai subis aussi.
            Il paraît que la commission des études va essayer de faire bouger ça (il serait temps !).
    • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

      Posté par  . Évalué à 10.

      <troll>
      Ah! si seulement ils utilisaient l'algorithme de Weideman pour l'intégrale de Dawson (Complex Error Function) plutôt que les valeurs tabulées et le développement en série de Abramovitz et Stegun! C'est plus rapide et plus précis!
      </troll>
      • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

        Posté par  . Évalué à 2.

        Ton troll n'est vraiment pas top, parce que personne n'y pige rien. C'est beaucoup trop technique pour le niveau de LinuxFR.
        Essaie un truc plus basique:

        <troll>
        De toute façon, cette librairie est sous GPL, donc elle su><or ! BSD ro><or !
        </troll>

        Ca devrait mieux marcher.
      • [^] # Re: Mon iguane des montagnes approuve.

        Posté par  . Évalué à 2.

        Si c'est vraiment ce que tu decris et que tu t'y connais un peu alors juste fait le ;-)
  • # Secte

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à -10.

    "Scientique" ca a rapport avec les scientologues ?
    (ok -1)
  • # Oui mais....

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à -3.

    > Bref pour les scientifiques (étudiants ou chercheurs) cette librairie est une aubaine, à télécharger de toute urgence...

    Je pense pas que les chercheurs ne soit pas génés du fait que c'est du GPL et non du LGPL. Ils ne doivent pas forcement avoir le choix de la license de leurs programmes, en tout cas, ils doivent déjà être équipé dans ce domaine : Mapple(r) est autre IDL(r)...

    Ceci dit, la librairie que je développe je l'ai effectivement mise en GPL, car, a part les programmes libres, (closed et open source), je ne pense pas que ça interesse grand monde... Les closed source n'auront qu'a passer en GPL... ^_^
    • [^] # Re: Oui mais....

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 9.

      Je pense pas que les chercheurs ne soit pas génés du fait que c'est du GPL et non du LGPL. Ils ne doivent pas forcement avoir le choix de la license de leurs programmes, en tout cas, ils doivent déjà être équipé dans ce domaine : Mapple(r) est autre IDL(r)...
      La GSL n'a pas grand-chose à voir avec Maple... Elle permet certes le même genre de calculs, mais à un tout autre niveau.

      Ceci dit, la librairie que je développe je l'ai effectivement mise en GPL, car, a part les programmes libres, (closed et open source), je ne pense pas que ça interesse grand monde... Les closed source n'auront qu'a passer en GPL... ^_^
      Justement, la licence de cette bibliothèque est un excellent moyen de faire passer le monde de la recherche au libre. Les chercheurs ne tirent en général pas de revenus de leurs logiciels, et choisissent souvent de ne pas diffuser la source pour de mauvaises raisons, sans pour autant être complètement réticents au libre. Avoir une bibliothèque d'une grande utilité, de très bonne qualité et n'ayant pas vraiment d'équivalent peut être une excellente raison de passer au libre.
      • [^] # Re: Oui mais....

        Posté par  . Évalué à 8.

        Generalement, la raison invoquee pour ne pas diffuser les sources est ( je l'ai souvent entendue):
        "Imagines que tu developpe ton algo de detection automatique de [...] ( mettre ce que vous voulez) sur le projet de [...] (pareil). Tu as passe 3 ans a bosser sur cet algo, et ton prog detecte exactement ce que tu veux. En plus, il est suffisamment souple pour te permettre de l'appliquer a un domaine un peu different.

        Si tu diffuse ton code, les equipes concurrents vont pouvoir arriver au memes resultats que toi sans avoir eu a se faire chier."

        Et meme si tu leur dit que tu resteras de toute facon l'expert de cet algo et que les gens TE demanderont a toi plutot qu'a un autre, et ce faisant, te feront participer a leurs publis./travaux, et donc que tu seras gagnant, c'est pas facile de leur faire comnprendre...
      • [^] # Re: Oui mais....

        Posté par  . Évalué à 3.

        J'avais cru lire qu'on parlait d'une bibliothèque
        de calcul numérique. Je ne vois pas ce que Maple
        vient faire là dedans (désolé, mais les calculs
        numériques avec Maple, c'est vrai que ça marche,
        mais mon P90, ça le met à genoux). C'est la différence entre Maple/Mupad (...) calcul symbolique et Scilab/Matlab (...) en numérique
        (ouais, je sais, Scilab c'est du Fortran. Pourquoi y réecrivent pas?)
  • # Maths

    Posté par  . Évalué à 10.

    Au niveau des maths je conseille fortement l'utilisation des bibliotheques lapack, blas & surtout atlas disponible sur

    http://www.netlib.org/liblist.html(...)

    Have fun,
    • [^] # Re: Maths

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

      Dans le meme ordre d'idee, il existe des versions optimisees de blas et de lapack (http://www.cs.utk.edu/~ghenry/distrib/(...) ). On peut compiler atlas au dessus, ca boste pas mal. J'ai compiler octave (http://www.octave.org(...) ) en utilisant ces bibliotheques et j'ai reussi a gagner un facteur 2 sur quasiement toutes les operations matricielles simples. Seule l'inversion utilise linpack non basse sur blas n'est pas optimise. Je suis en train de faire un patch pour utiliser lapack. D'apres des tests prelimiaires, il devrait y avoir un gain de 10 !!

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