• # Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

    Posté par  . Évalué à 2.

    Dans le résumé de l'article original (qui lui est derrière un paywall), on lit :

    The model detected a reduction in the population size of our ancestors from about 100,000 to about 1000 individuals, which persisted for about 100,000 years.

    Mais aussi :

    The decline appears to have coincided with both major climate change and subsequent speciation events.

    • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Posté par  . Évalué à -7.

      Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Ben ouai. Sans cette quasi-disparition nous n’existerions tout simplement pas.

    • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Posté par  . Évalué à 5.

      Il faut réaliser qu'on parle de taille efficace de population, et pas de taille démographique. Il pouvait donc y avoir beaucoup plus d'individus vivants que ça, et les changements de taille efficace peuvent être dûs à autre chose qu'à des fluctuations démographiques (par exemple, des changements dans la structure des populations, typiquement, un isolement entre les populations).

      Ça reste un petit nombre de reproducteurs pour un primate.

      • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 7.

        Il faut surtout réaliser que le résultat est une extrapolation. Alors d'ici à crier à la découverte de la date du Déluge… Visiblement les prétentions de l'article sont des plus contestées. Rien que la précision au millième ne peut qu'éveiller des soupçons. Ils auraient donner un « de l'ordre du millier », ça aurait eu moins l'air d'apprentis sorciers découvrant les mathématiques et l'informatique.

        « IRAFURORBREVISESTANIMUMREGEQUINISIPARETIMPERAT » — Odes — Horace

        • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

          Posté par  . Évalué à -6.

          Visiblement les prétentions de l'article sont des plus contestées.

          Sources ?

          • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

            Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

            L'article donné en lien initial. Après je n'ai pas fait le tour de la littérature sur le sujet.

            « IRAFURORBREVISESTANIMUMREGEQUINISIPARETIMPERAT » — Odes — Horace

            • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

              Posté par  (site web personnel, Mastodon) . Évalué à 3.

              Il semblerait que la baudruche soit en train de se dégonfler…

              https://www.sciencesetavenir.fr/sciences/la-lignee-humaine-a-t-elle-failli-disparaitre-serieux-doutes-sur-une-etude_173829

              Il ne sera "jamais possible" selon lui d'utiliser l'analyse génomique des humains modernes pour arriver à un chiffre aussi précis que 1.280 individus ayant vécu il y a si longtemps.

              • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

                Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

                Surprise. Tout le monde ne gobe pas benoîtement qu'il soit possible d'extrapoler précisément sur des centaines de milliers d'années à partir quasiment d'un seul point. Bientôt il faudra aussi produire des « articles scientifiques » pour démentir qu'il soit possible de lire une plaque d'immatriculation à partir d'une photographie où elle occuperait 6 pixels (façon feuilleton télés).

                « IRAFURORBREVISESTANIMUMREGEQUINISIPARETIMPERAT » — Odes — Horace

                • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

                  Posté par  . Évalué à 4.

                  Attention quand même à l'excès de confiance. Le coup du "ah ah c'est impossible", ça a très souvent été une très mauvaise prédiction en sciences. Par exemple, il y a eu des publications très sérieuses des grands pontes de la physique pour expliquer qu'on ne pourra jamais connaitre la composition des étoiles, juste quelques années avant l'arrivée de la spectroscopie.

                  L'analyse de la démographie des populations par la coalescence a quelque chose qui peut sembler "magique". La magie, c'est la recombinaison. Dans le génome d'un seul individu, on a des petits aperçus du génome de nos 4 grands parents, de nos 8 arrière-grands parents, etc. Comme le génome est très grand, on a des échantillons du génome de très nombreux ancêtres. L'idée, c'est qu'à force de remonter en arrière, on va finir par arriver à la taille de la population de l'époque. Par exemple, si on remonte 20 générations en arrière, on arrive à environ 1M d'ancêtre. S'il n'y avait que 100 000 individus reproducteurs à l'époque, on va trouver à peu près 10 fois trop peu de diversité génétique par rapport à une population infinie. C'est suffisant pour inférer la taille de population efficace. Comme le hasard fait que les différentes parties du génome coalescent à différents temps, on peut même inférer la dynamique. Et quand on a les génomes de plusieurs milliers, voire millions d'individus, comme dans l'espère humaine, on peut obtenir de très bonnes estimations statistiques.

                  Donc oui, les méthodes de coalescence, ça marche, c'est très sérieux, et c'est depuis de nombreuses années dans l'état de l'art de la génétique des populations. Les méthodes sérieuses estiment des intervalles de support par des approches Bayesiennes (ABC), et on peut comparer plusieurs modèles (avec échanges génétiques entre populations, avec goulet d'étranglement, etc).

                  Il y a bien sûr des limites. La première est que plus on regarde en arrière et moins on a de données. Il arrive un moment où tout le génome ou presque a coalescé (la proportion de génome qui n'a pas coalescé suit une distribution exponentielle, un peu comme la décroissance radioactive), et à partir de ce point on ne peut plus rien dire. Normalement, une méthode bien fichue doit voir des intervalles de support grandir quand on s'éloigne dans le temps, jusque les intervalles te donnent entre 1 et 1M d'individus. L'autre limite, c'est qu'il est très difficile d'interpréter les tailles efficaces de population, qui sont un indicateur statistique. En fait, on mesure le taux de coalescence à chaque point de temps, c'est ça que mesurent les modèles. Il s'avère que l'unité du taux de coalescence est l'inverse d'une taille de population. Estimer la taille de population à partir du taux de coalescence, c'est comme mesurer une taille d'échantillon à partir de la variance d'un tirage binomial. Ça marche en théorie, mais il faut supposer tout un tas de choses (le fait que tous les tirages sont équiprobables, etc), qui ne sont pas du tout réalistes. Du coup, c'est une erreur d'interpréter Ne comme un nombre d'individus. Quand Ne = 1280, ça ne veut pas du tout dire qu'il y avant 1280 gusses à l'époque. En particulier, c'est maintenant assez admis qu'on peut expliquer les variations de Ne par la démographie (changements de taille de population) ou par la structure des populations (changements du taux d'échanges entre populations) de manière équivalente.

                  Ça, c'est pour les méthodes d'inférence sérieuses. Comme je l'ai écrit plus haut, le papier en question utilise une sorte de méthode nouvelle qui sort des résultats très douteux, auxquels je ne crois pas une seconde. Les autres méthodes ne voient pas du tout de goulet d'étranglement à ce moment, et ça ressemble furieusement à un artefact de leur méthode (ou un bug dans son implémentation). Rejeter ce résultat particulier ne revient pas à rejeter en bloc les méthodes d'inférence par coalescence.

        • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

          Posté par  . Évalué à 5. Dernière modification le 04 septembre 2023 à 10:33.

          Rien que la précision au millième ne peut qu'éveiller des soupçons. Ils auraient donner un « de l'ordre du millier », ça aurait eu moins l'air d'apprentis sorciers découvrant les mathématiques et l'informatique.

          Tu te trompes, ce genre d'estimations est toujours donnée sans arrondi (il s'agit d'une estimation, pas d'une mesure). Par contre elles sont accompagnées normalement d'intervalles de confiance ou de support, pour donner une idée de la précision des résultats (ces intervalles semblent étonnamment peu mis en valeurs dans la publication initiale).

          Par exemple, ça devrait être 1280 (95% support: 125 - 18720). Au passage, l'estimation des tailles de populations en coalescence sont souvent associées à des erreurs d'un ou plusieurs ordres de grandeur, donc vraiment, quand ils disent 1000, ça veut dire entre 100 et 10000, quelque chose comme ça.

          Il n'y a aucune raison d'arrondir au millier ou à la centaine, ça revient à biaiser l'estimation en fonction de l'écriture en base 10, tu ne veux pas faire ça. Donner l'estimation "brute" reste le plus raisonnable.

          Il y a évidemment un problème avec l'article, c'est que le résultat n'est donné que par leur nouvelle méthode; les anciennes méthodes (PSMC par exemple) ne voient pas la diminution. C'est très très douteux, je pense qu'en effet c'est du bullshit.

      • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 5.

        Il faut réaliser qu'on parle de taille efficace de population, et pas de taille démographique

        Pourrais-tu développer STP ? ça m’intéresse !

        • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

          Posté par  . Évalué à 6. Dernière modification le 03 septembre 2023 à 23:01.

          La taille efficace, c'est une estimation de l'effet d'échantillonnage (dérive génétique) dans une population ou une espèce. On peut la calculer de plusieurs manières différentes; je n'ai pas lu l'article mais j'imagine qu'à cette échelle de temps la seule chose possible c'est de calculer un taux de coalescence (une sorte d'approche généalogique basée sur les séquences des génomes complets, avec plein de statistiques—c'est une méthode assez imprécise, surtout quand on remonte loin).

          Pour des raisons historiques et statistiques, cette mesure est homogène à un nombre d'individus, d'où le nom "taille de population". Techniquement, la taille efficace serait la taille d'une population idéale dans laquelle tous les individus contriburaient à la reproduction avec la même probabilité. Quand on la calcule sur des espèces contemporaines, on s'aperçoit que la taille efficace est souvent 10 à 100 fois plus petite que le nombre d'individus qu'on peut recencer. C'est logique : on ne compte pas les vieux, ni les jeunes, ni les individus qui ne contriburont pas à la reproduction; s'il y a un accès inégal à la reproduction (par exemple un système du style "harem"), la grande majorité des mâles ne comptent pas, etc. Pire, la structuration des populations affecte énormément la taille efficace; on peut par exemple imaginer une espèce avec des millions d'individus sur le continent, et 1000 sur une île. Si pour n'importe quelle raison la population continentale finit par s'éteindre, quand on fait la généalogie, on ne retrouve que la population de l'île, donc à très faible effectif, alors qu'à aucun moment l'effectif de l'espère n'est tombé si bas. Idem lors de l'appartition d'une nouvelle espèce (spéciation); on observe très peu d'individus fondateurs. Bref, c'est un très mauvais indicateur démographique, donc il n'y a pas de quoi en conclure quoi que ce soit de très précis sur les tailles réelles des populations.

    • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Posté par  . Évalué à 5.

      Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Pas de bol par contre pour les autres espèces (hormis les quelques espèces dites invasives pour lesquelles nous sommes une belle opportunité)…

      « Le fascisme c’est la gangrène, à Santiago comme à Paris. » — Renaud, Hexagone

      • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

        Posté par  . Évalué à 3.

        Tout à fait d'accord, malheureusement.

        En même temps, si la population s'est effectivement effondrée à l'époque, il n'est pas étonnant que notre présence actuelle soit due au fait que le peu d'individus dont nous sommes alors issus étaient ceux le plus à même de s'imposer face aux autres espèces.

        Ça ne nous fait pas un tableau de famille bien reluisant, mais c'est aussi pour ça que nous sommes là.

    • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

      Posté par  . Évalué à 5. Dernière modification le 04 septembre 2023 à 10:25.

      J'ai été parcourir l'article original (Hu et al). Je n'y crois pas une seconde à leur résultat. Ils observent une réduction très localisée et très violente de la taille efficace à une distance très reculée dans le passé, avec probablement très peu de données (il y a très peu de régions du génome qui vont coalescer 1Ma en arrière). Ils utilisent une nouvelle méthode statistique, "FitCoal", qui est présentée comme assez magique (elle trouve des choses que les méthodes existantes de voient pas). Et paf, justement, cette chute d'effectif efficace, il n'y a que FitCoal qui la voit; les méthodes standard (type PSMC) ne voient rien.

      Du coup, mon sentiment, c'est que c'est probablement un artefact de leur méthode miracle. En particulier, il y a une énorme erreur de raisonnement dans leur étude par simulation; ils montrent que FitCoal peut détecter un bottleneck s'il a eu lieu, mais je n'ai pas l'impression qu'ils aient estimer la probabilité de faux positif (combien de fois FitCoal a détecté un bottleneck qui n'existait pas)?

      Il ne faut pas oublier que les articles publiés dans Science sont enrichis en bullshit. C'est logique, parmi les découvertes scientifiques "fracassantes", il y en a beaucoup qui sont dues à des erreurs de toutes sortes (souvent de bonne foi), à commencer par un biais de publication.

      • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

        Posté par  . Évalué à -7.

        Y’a d’autres indices indépendants d’une réduction de la population.

        • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

          Posté par  . Évalué à 2.

          Lesquels? Hu et al. ne parlent que de coalescence et de taille de population. L'éditeur écrit "The decline appears to have coincided with both major climate change and subsequent speciation events", mais ça n'est pas les auteurs de l'article (parce qu'ils savent probablement que c'est bidon; il y a tellement d'évènements de changements climatiques et de spéciation dans la lignée humaine que n'importe quelle période pourrait être associée à des "évènements"; typiquement, une glaciation tous les ~100k années sur le dernier million d'années).

          Reste l'argument du nombre de fossiles, mais c'est un argument hyper fragile, puisque de nombreux facteurs vont conditionner la possibilité de retrouver des fossiles; les tailles de population ne sont qu'un facteur mineur.

          • [^] # Re: Et on peut dire qu'on l'a échappé belle !

            Posté par  . Évalué à -4.

            Exactement, un trou dans le registre, disparition d’une espèce humaine et apparition de plusieurs espèces après le trou. Le climat fournit une cause, pas une justification de la thèse.

            puisque de nombreux facteurs vont conditionner la possibilité de retrouver des fossiles

            Oui ? et donc quels sont-ils, ont-ils plus motifs d’être privilégiés par rapport à une explication par une quasi-extinction ? etc.

            C’est de la recherche là hein. On vient pas avec une vérité absolue, on teste des hypothèses, on avance des arguments… etc. Ils sont rarement définitifs.

  • # Entracte Sciences

    Posté par  . Évalué à -4.

    L’article est le deuxième sujet abordé (~10ème minute), après le tacle contre l’extrême-droite identitaire.

    https://www.youtube.com/watch?v=oGYhHsloa9k&pp=ygUQZW50cmFjdGUgc2NpZW5jZQ%3D%3D

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