Journal Pour ou contre les vaccins open source mais pas libres ?

Posté par  . Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
9
4
jan.
2021

Désolé, amis trolleurs lecteurs, pour ce titre un tantinet frauduleux destiné uniquement à attirer votre attention, mais comme il ne s'agit in fine que d'un journal bookmark, il fallait bien maquiller un peu la mariée avant l'envoyer sur le devant de la scène.

Rassurez vous cependant, l'article pointé est particulièrement intéressant car il fait le lien entre ce qui passionne le monde entier depuis un an et notre passe-temps favori, à savoir un vaccin anti-covid et l'analyse de code open source.

https://renaudguerin.net/posts/explorons-le-code-source-du-vaccin-biontech-pfizer-sars-cov-2/

(l'article original de Bert Hubert étant ici)

En résumé, l'auteur, après quelques rappels de nos cours de terminale C/S/…? sur l'ADN et tutti quanti, nous décrit chacun des morceaux composant le brin d'ARN du vaccin, ainsi que par exemple la technique utilisée pour hacker les cellules et les utiliser comme de vulgaires botnets de DDoS, ou encore les patchs apportés à la séquence naturelle pour optimiser la production de la protéine spicule. C'est très facile à comprendre, surtout si vous avez déjà codé… voire joué aux legos. Je peux même, sans trop m'avancer, parier que cela va faire vibrer votre corde sensible de comprendre que la machinerie de la vie n'est qu'un vulgaire automate pas bien différent de votre PC, et que la bidouiller est finalement très simple à comprendre (…dans les grandes lignes, bien sûr).

La seconde partie va même vous permettre de mettre vos compétences de codeur à contribution en vous proposant de trouver un algorithme pour optimiser la séquence de nucléobases de ce brin d'ARN :

https://renaudguerin.net/posts/partie-2-explorons-le-code-source-du-vaccin-biontech-pfizer/

Par contre, je ne suis pas sûr que de se rendre compte que le premier con qui sait aligner 3 lignes de python peut fabriquer ce genre de vaccin vous incite à vous faire vacciner, mais ça vous pourrez en discuter ici même (quel beau lancement trollifère !).

  • # premier con qui sait aligner

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4 (+2/-0). Dernière modification le 04/01/21 à 21:29.

    3 lignes de python peut fabriquer ce genre de vaccin vous incite à vous faire vacciner

    #çafoutlatrouille

    * Ils vendront Usenet^W les boites noires quand on aura fini de les remplir.

  • # Open Source/Libre

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+3/-3).

    Personne n’utilise Open Source pour parler de quelque chose de non Libre mais dont les sources sont disponibles publiquement. Pour ça les anglophones utilisent « source available ».

    • [^] # Re: Open Source/Libre

      Posté par  . Évalué à 0 (+8/-9).

      Non techniquement si les sources sont disponible, c est open-source au moins au sens littéral. Cela n impose pas pour autant de respecter les quatre piliers du libre. En pratique la plupart de ce qui est open source est relativement libre mais il existe beaucoup de licences très variées pas toujours vraiment libre. Mais je trouve déjà bien de mettre open source même si c est pas libre.

      Je pense par exemple à Windows 3.1 ou encore aux licences open-source limité à un usage non commercial.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+2/-1).

        Non techniquement si les sources sont disponible, c est open-source au moins au sens littéral.

        Non.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0).

        Non techniquement si les sources sont disponible, c est open-source au moins au sens littéral.

        Si d'un point de vue purement technique, je te rejoins sur l'idée que "open-source" devrait dire "source disponible" sans imposer les 4 libertés, histoire d'avoir une terminologie plus riche et un monde moins manichéen, en pratique, l'expression a une signification bien précise et est toujours utilisé comme synonyme de libre*.


        [*] il y a une petite subtilité philosophique qui distingue libre et open source. Toutefois, ce n'est absolument pas l'objet de ce message.

        • [^] # Re: Open Source/Libre

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à -5 (+2/-9).

          histoire d'avoir une terminologie plus riche et un monde moins manichéen

          Bah, on a une bonne terminologie, on a open source de plus en plus utilisé pour parler des 4 libertés du libre et seulement elles (la définition OSI ou Debian y ressemblant grandement), et "libre" pour détecter les gens qui voient des choses qui ne sont pas décrites (pratique de ne pas mettre noir sur blanc, ça permet d'adapter le discours suivant à qui on parle) dans la définition du libre.

          Oui, c'est un lancé.

          PS : ce qui m'amuse avec les tentatives de dire "sens littéral" pour faire une différenciation entre open source et libre, c'est que si on dit que les vaccins sont libres ou que macOS est libre, ceux qui essayent de faire ce "sens littéral" pour l'open source refuserait leur propre argument sur leur mot adoré, 2 poids 2 mesures :).

          • [^] # Re: Open Source/Libre

            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+0/-0).

            Bah, on a une bonne terminologie

            Pas d'accord. Elle est insuffisante. Aujourd'hui, on a le choix entre :
            * libre
            * pas libre (ou propriétaire, ou privateur, le tout étant des synonymes).

            Pourtant, il y a plusieurs aspects permettant de faire toute une graduation entre les deux, mais pas de terminologie officielle pour s'y référer :
            - est-ce que les sources sont accessibles ?
            - ai-je le droit de diffuser le programme ?
            - ai-je le droit de le modifier ?
            - ai-je le droit de diffuser les modifications ?

            Enlève un seul de ces points, et tu obtiens un logiciel "propriétaire" ou "privateur", alors qu'il y a quand même une très grosse différence entre un logiciel dont tu n'as pas le droit de distribuer les sources mais que tu as le droit de modifier pour ton usage et un logiciel fourni en binaire sans source et sans droit de distribution/modification.

            Et quand je dis enlève, c'est au sens large, c'est à dire, soit le retirer, soit soumis à condition (par exemple, diffusion des modifications uniquement si on n'est tire pas un bénéfice pécunier => non libre).

            Il faudrait un truc comme les Creative Commons, mais d'un point de vue terminologique !

            • [^] # Re: Open Source/Libre

              Posté par  (site Web personnel) . Évalué à -1 (+1/-4). Dernière modification le 05/01/21 à 12:12.

              alors qu'il y a quand même une très grosse différence entre un logiciel dont tu n'as pas le droit de distribuer les sources mais que tu as le droit de modifier pour ton usage et un logiciel fourni en binaire sans source et sans droit de distribution/modification.

              Ou pas. En fait, peut-être que justement les droits sont imbriqués. pour prendre une analogie, l'UE a 4 libertés et elle estime que l'une ne va pas sans l'autre. Perso je pense que les 4 libertés du libre sont une base minimale.

              Aujourd'hui, on a le choix entre :
              * libre
              * pas libre (ou propriétaire, ou privateur, le tout étant des synonymes).

              On a le choix entre (en anglais qui est pour moi la référence, les traductions utile mais pas internationales):
              - not open source and closed source
              - not open source and source available (on peut jeter une oeil mais pas plus)
              - not open source and public licence (les CC non libres)
              - open source and not permissive (copyleft)
              - open source and permissive (copyfree)
              - open source and no right reserved (public domain)

              Ca en fait déjà!

              Il faudrait un truc comme les Creative Commons, mais d'un point de vue terminologique !

              Les CC limitent autant les choix pour pas trop en faire (4 directions, mais pas 2 exponentiel 4 licences).
              En libre, on a en gros déjà 2 choix à faire (permissif ou pas, attribution ou pas) qui sont deux des 4 de CC.
              Les CC sont utilisables sur du code et rien ne t'empèche de les utiliser avec leur terminologie. Tu peux faire du code en NC, juste que ce n'est pas libre (au grand désespoir de ceux qui voudraient que filer du code tant que pas bankable soit vu en positif par les utilisateurs :) ).

              Bref, on a la terminologie, juste que du NC ou ND est moins utile que du libre et que les gens qui codent sont plus la dedans, qu'il y a plus de monde prêt à lâcher des droits, et se foutent d'un code NC ou ND qu'ils considèrent comme si closed source en pratique.

              Reste à savoir si le code n'est pas un peu en avance et que juste le NC ou ND est vu comme pas utile par plus de monde dans le code que ailleurs.

              PS : et ce n'est pas forcément mon avis, perso j'évite le copyleft tant que je peux car c'est parfois galère pour mélanger 2 projets incompatibles, genre 1 projet GPLv2 et 1 projet GPLv3, les 2 licences sont de GNU et les 2 copyleft, mais les limites font qu'on ne peut pas juste utiliser le code A qui appellerait du code B et c'est lourd.

            • [^] # Re: Open Source/Libre

              Posté par  . Évalué à -2 (+0/-4). Dernière modification le 05/01/21 à 12:11.

              Salut,

              J'ai quelques développements, où la licence est claire : libre.

              Par contre ils ne sont pas open-source.

              • est-ce que les sources sont accessibles ?

              Oui, si on m'en fait la demande

              • ai-je le droit de diffuser le programme ?

              Oui

              • ai-je le droit de le modifier ?

              Oui

              • ai-je le droit de diffuser les modifications ?

              Oui.

              Pourquoi pas open-source aussi ?

              Parce que comme ça a été un peu du dev rapide, il reste à plein d'endroits des infos personnelles, et que comme je pense que ça n'intéresse que moi, je n'ai pas fait la séparation, qui demande plus de temps. Mais tout est "prêt" au niveau licence, c'est libre, juste pas open-source.

              • [^] # Re: Open Source/Libre

                Posté par  . Évalué à 1 (+0/-0).

                j'ai pas compris. En quoi ce n'est pas open source ?

                • [^] # Re: Open Source/Libre

                  Posté par  . Évalué à -2 (+1/-5). Dernière modification le 06/01/21 à 17:26.

                  Salut,

                  Là :

                  Oui, si on m'en fait la demande

                  Ce n'est pas open-source, c'est libre.

                  Si quelqu'un de confiance me demande les sources, je lui accorde ces libertés.

                  Si je ne connais pas, peu de chances que je les lui accorde.

                  • [^] # Re: Open Source/Libre

                    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 0 (+1/-2).

                    Du coup c’est ni open source ni libre, vu que tu donnes les sources à la tête du client…

                    • [^] # Re: Open Source/Libre

                      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0). Dernière modification le 18/01/21 à 14:48.

                      Bon, reprenons encore et encore la notion de libre, pour ceux qui imaginent/fantasment que le libre s’intéresse aux "communs" ou tout truc liés à cette idées.

                      Le libre (et l'open source) n'a rien à faire de toi, le libre n'a rien à faire du "commun". il s’intéresse à celui qui reçoit, et seulement lui. Lire la définition (les 4 libertés du libre) suffit pour quiconque souhaite comprendre le libre plutôt que l'adapter à ses idées.
                      Donner des sources en licence libre à la tête du client est 100% compatible avec le libre, vu que celui qui reçoit le reçoit en libre et c'est tout ce qui compte poir dire si c'est libre ou pas.
                      "Pire", filer une version libre n avec un contrat disant que si tu files au voisin l'auteur ne filera plus jamais de version >n, ça reste compatible avec le libre car le libre s’intéresse à la version reçue et pas plus tard (cas grsecurity pour le plus connu), _kaos_ pourrait très bien ensuite refuser de filer la version suivante si ça lui chante.

                      Arrêtez avec vos fantasmes sur le libre, la ça m’embête quand même pas mal de défendre _kaos_ sur le libre alors qu'il fait lui-même des truc pourris comme imaginer une différence entre open source et libre (si il file les libertés du libre, ça sera open source et libre en même temps).

                      Répétons donc : donner des sources libres à la tête du client rend ces sources aussi libres que pas à la tête du client car ce critère n'a rien à voir avec le libre. En bonus, si _kaos_ file en libre ce sera aussi open source et vice-versa.

                      • [^] # Re: Open Source/Libre

                        Posté par  . Évalué à 1 (+0/-1).

                        Salut,

                        Nan mais laisse, t'épuise pas… Je n'ai même pas eu envie de répondre.

                        Certains de mes devs sont libres, mais pas open-source. Donc si je partage un binaire (ou autre) à quelqu'un, oui, je dois respecter les libertés. Qu'il gagnera à son tour. Donc, tant que la licence est respectée, ça marche.

                        Par contre, si je n'ai pas envoyé quoi que ce soit, j'ai tout à fait le droit de refuser l'accès au code source.

                        Je suis bien désolé de voir tant de peu de compréhension sur comment marchent les licences (et IANAL).

            • [^] # Re: Open Source/Libre

              Posté par  . Évalué à 3 (+2/-0).

              J'ajouterais d'autres critères :
              * suis-je en mesure de le faire
              * suis-je audé dans cette démarche
              * suis-je incité à le faire

              Parce que bien souvent pour les firmwares, c'est pas le cas, même si le constructeur se met en règle en publiant les sources du code libre utilisé et modifié : matériel fermé, firmware signé, absence de toolchain ou d'outil de flashage, pas de doc, tout est bon pour empêcher les gens de modifier le logiciel tout en respectant la licence (mais pas son esprit).

    • [^] # Re: Open Source/Libre

      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+3/-3). Dernière modification le 05/01/21 à 08:38.

      Personne n’utilise Open Source pour parler de quelque chose de non Libre mais dont les sources sont disponibles publiquement.

      Bémol : malheureusement si. Même ici parfois.
      Ça vient autant des gens voulant faire croire qu'il y a une différence entre open source et libre, que de gens voulant faire croire que montrer le code est suffisant pour avoir la réputation du libre (une coopération de circonstance entre des entités ayant des idées assez différentes, mais le pire est que au final on sait bien que les "libristes" perdront la bataille de com' si on laisse faire tellement ils sont nuls et incohérents en com'…)

      A noter que c'est bien implanté dans la communauté du libre, j'ai quand même pu voir des présentations de logiciels non libre au FOSDEM sans que personne à part moi ne s'étonne qu'ils affichaient "Open Source" dans leur présentation alors que la licence était non open source / libre (cette tolérance par certains du non FLOSS du moment où c'est "que" contre le commercial en dit long sur leur vision du libre et leur respect des 4 libertés).

      Mais sinon, pour être clair, en effet le titre du journal n'a rien à avoir avec le contenu, le contenu ne parlant jamais d'open source mais de source disponible.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  . Évalué à -3 (+0/-4).

        C'est la différence fondamentale entre « code libre » (free software) et « code ouvert » (open source) ; entre les licences GNU-compatibles et le reste.

        • [^] # Re: Open Source/Libre

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4 (+3/-1).

          En fait l'erreur est de systématiquement se baser sur les définitions de la FSF. Bruce Perens a explicitement forké la définition de L'Open Source (OSD) à partir du DFSG (Debian Free Software Guidelines), majortairement en supprimant les références à Debian. Je fais une rapide synthèse des changements:

          1. Pareil (en supprimant le fait qu'il s'agit d'un composant de Debian)

          2. Ajout d'une possibilité de ne pas distribuer la source avec le programme, tout en devant laisser la source facilement accessible:
            «Lorsqu'une forme de produit n'est pas distribuée avec le code source, il doit y avoir un moyen bien connu d'obtenir le code source pour un coût de reproduction raisonnable, de préférence par téléchargement gratuit via Internet. Le code source doit être la forme préférée sous laquelle un programmeur modifierait le programme. Le code source délibérément obscurci n'est pas autorisé. Les formes intermédiaires telles que la sortie d'un préprocesseur ou d'un traducteur ne sont pas autorisées.»

          3. Pareil

          4. Suppression du commentaire entre parenthèse suivant: «(c'est un compromis ; le groupe Debian encourage tous les auteurs à ne restreindre en aucune manière les modifications des fichiers, source ou binaire)»

          5. Pareil

          6. Pareil

          7. Pareil

          8. Remplacement "Debian" par "un produit"

          9. Remplacement "contaminer" par "restreindre l'utilisation d'autres logiciels" et "logiciels libres" par "logiciel open source"

          10. cet article diffère complètement:

            • DFSG: Exemples de licence. Les licences "GPL", "BSD" et "Artistic" sont des exemples de licences que nous considérons "libres".
            • OSD: La licence doit être neutre sur le plan technologique Aucune disposition de la licence ne peut être fondée sur une technologie ou un style d'interface particulier.
        • [^] # Re: Open Source/Libre

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0). Dernière modification le 05/01/21 à 15:16.

          Par GNU-compatible, je suppose que tu veux dire compatible avec la GPL, donc pour toi la CDDL n’est pas une licence Libre ?

          Pourtant, elle respecte tout des 4 libertés et elle est même plus ou moins copyleft.

          Au contraire, la LGPL est complètement compatible avec la GPL et elle n’est pas copyleft, ça en fait une licence Open Source ou Libre (selon ta propre définition que personne ne partage) ?

          • [^] # Re: Open Source/Libre

            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0).

            LGPL est complètement compatible avec la GPL et elle n’est pas copyleft

            La LGPL est copyleft, il y a "juste" une différence technique sur le lien entre les projets (ligne de commande vs link dynamique).
            La FSF / GNU est très copyleft et ne ferait pas de non copyleft :).

          • [^] # Re: Open Source/Libre

            Posté par  . Évalué à 1 (+0/-0).

            Je dis justement que CDDL c'est Libre au sens GNU (il faut les quatre libertés), i.e.
            qui remplissent les critères du logiciel libre et qui accessoirement peut être GNU-compatible ou pas
            Bref, je m'inscris dans l'opposition entre FSF et OSI, je refuse d'amalgamer FOSS par l'un ou l'autre.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4 (+3/-1).

        Ça vient autant des gens voulant faire croire qu'il y a une différence entre open source et libre

        Le sens des mots varie suivant les communautés et les sensibilités personnelles, c'est naturel et scientifique (au sens linguistique). Personnellement, mon impression est que l'open source et le libre utilisent le même type de licence, mais pour des raisons différentes et qu'il y en a comme toi qui veulent nier l'existence de cet aspect plus idéologique des choses, je sais pas trop pourquoi, d'ailleurs. C'est inévitable que parfois des mots proches développent des nuances différentes, ce genre de choses se produit spontanément et en permanence.

        • [^] # Re: Open Source/Libre

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 0 (+0/-2).

          qu'il y en a comme toi qui veulent nier l'existence de cet aspect plus idéologique des choses

          Je ne nie rien, je constate juste que la définition ne contient pas cette différence, et que c'est de l'affichage marketing pour se croire différent et c'est tout.
          Bizarre de continuer à ne rien écrire noir sur blanc si on est clair qu'il y a une différence.

          Désolé de faire la différence entre plaquette marketing et réalité. Je m’intéresse à la réalité.
          Mais rien de nouveau la, justement c'est ce dont je parle :).

          Personnellement, mon impression est que l'open source et le libre utilisent le même type de licence,

          Non personnellement (c'est factuel), l'open source et le libre utilisent des définitions à 99.999% identiques, le 0.001% restant est très technique et il y a 0% de différence idéologique, l'idéologie étant dans le marketing autour et ça n'a aucun impact sur le sujet (la liberté du code).

          • [^] # Re: Open Source/Libre

            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4 (+3/-1). Dernière modification le 05/01/21 à 12:39.

            Tu nies la science linguistique dans tes raisonnements. Tu traites la langue comme l'API gelée d'une bibliothèque en mode de maintenance, ce qui ne te permet pas de comprendre les considérations linguistiques qui ne relèvent pas de l'informatique.

            • [^] # Re: Open Source/Libre

              Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 6 (+3/-0).

              Sauf que ici nous ne sommes pas uniquement sur un terrain linguistique, nous sommes aussi dans un cadre juridique.

              Le terme OpenSource est déposé par l'OSI qui doit faire référence uniquement à des logiciels sous licences respectant leur définition. De manière similaire tu ne peux pas qualifier ton produit de bio et bon pour la santé n'importe comment dans tes publicités, il y a des attentes derrière ces mots. Il y a donc un aspect juridique derrière.

              Bref, l'autorité derrière la définition d'OpenSource étant OSI, tout comme la FSF derrière le terme logiciel libre, il me semble sain qu'on évite de galvauder ces termes avec un autre sens sans le préciser.

              Et comme la définition des deux entités sont très proches volontairement, les deux termes sont techniquement et de fait synonymes.

              • [^] # Re: Open Source/Libre

                Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 0 (+0/-2). Dernière modification le 05/01/21 à 13:58.

                Sauf que ici nous ne sommes pas uniquement sur un terrain linguistique

                Il ne faut pas partir dans le délire "différence linguistique" (qui est un cache au fait que c'est pareil), juste constater que c'est pareil.
                Le problème est que les gens voulant faire une différence savent que la plupart des gens ne les suivent pas dans leur petit délire, et donc ne changent pas la définition pour pouvoir "flagger" un projet en libre quand ça les arrange. Ils mettraient noir sur blanc leur critères que d'une ils constateraient qu'ils ne sont pas d'accord entre eux (c'est ça l'idéologie… Voir les 100 partis "de gauche" en France du fait de l'obligation pratique d'écrire, ils sont tous "pour les pauvres" mais pas de la même manière et ne se supportent pas entre eux :-D ) et de deux ils pleureraient sur le faible nombre de projets "compatibles".

                Bref, cette défense "si c'est différent" est surtout pour ne pas montrer le faible nombre de gens qui pensent comme eux :-D, et ce n'est pas pour rien que de plus en plus de gens s'éloignent de cette inconstance et utilisent le terme open source pour une idéologie claire : celle d'accepter tous les gens qui remplissent les critères écrits noir sur blanc et pas autre chose à la tête de celui auquel on parle.

                PS : perso ce qui m'amuse le plus est que les licences copyleft des "purs libristes" sont pas mal utilisées pour faire un produit d'appel pour le non libre (à la MySQL), les "purs libristes" se cachent le fait que leur super licence n'est faite que pour limiter assez les gens pour qu'ils payent une version non libre. Sacré capacité à se cacher la réalité et aucune volonté de changer la chose.

                • [^] # Re: Open Source/Libre

                  Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 1 (+0/-1). Dernière modification le 05/01/21 à 18:06.

                  Ils mettraient noir sur blanc leur critères que d'une ils constateraient qu'ils ne sont pas d'accord entre eux

                  Effectivement : c'est la réalité linguistique contre laquelle tu luttes en vain.

                  Ça n'enlève pas qu'il est parfois pratique de préciser qu'on se réfère à une définition juridique précise (licence libre), mais pas dans le but de nier et ridiculiser toutes les idées qui lui ont donné naissance juste parce que la totalité et nuances des objectifs ne sont pas retranscrites dans la formalisation juridique (la licence est juste le meilleur compromis d'application pratique qui ait été trouvé aux idées).

                  Bref, cette défense "si c'est différent" est surtout pour ne pas montrer le faible nombre de gens qui pensent comme eux :-D

                  De ton côté, tu as des stats sur le nombre de gens qui s'offensent de ce que certains dissocient le cadre juridique (qui sert de moyen, sujet à interprétation d'un juge) d'une idée (qui sert d'objectif, sujette à interprétation de chacun) ?

                  Historiquement, c'est une licence qui a donné naissance au libre, ou c'est le libre qui a donné naissance à une licence ? Si un jour le copyright disparaît, le libre disparait-il aussi ?

                  PS : perso ce qui m'amuse le plus est que les licences copyleft des "purs libristes" sont pas mal utilisées pour faire un produit d'appel pour le non libre (à la MySQL), les "purs libristes" se cachent le fait que leur super licence n'est faite que pour limiter assez les gens pour qu'ils payent une version non libre. Sacré capacité à se cacher la réalité et aucune volonté de changer la chose.

                  Eh bien moi je penche plutôt du côté des licences permissives, donc visiblement je ne serais pas un de ces « purs libristes », et pourtant je fais une différence entre la licence et l'idée du libre.

                  • [^] # Re: Open Source/Libre

                    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 0 (+1/-3).

                    Effectivement : c'est la réalité linguistique contre laquelle tu luttes en vain.

                    je te rassure, je ne lutte pas en vain, la loi est basée sur ma façon de voir et pas la tienne.
                    Heureusement qu'on sait écrire des choses quand on veut vraiment préciser ses idées.
                    Ne pas l'écrire est tellement pratique pour ne pas assumer ce qu'on pense… C'est pratique de faire une "loi" qu'on ne suit pas quand on veut en parler.

                    Si un jour le copyright disparaît, le libre disparait-il aussi ?

                    Ca ferait bien chier les pro-copyleft, car ils veulent (malgré le nom :) ) le copyright pour pouvoir limiter (même façon que le non libre qui est de limiter) les libertés de la personne qui reçoit.
                    Oui, différence entre marketing ("on veut la liberté des gens") et la réalité ("on ne veut pas que tu ais trop de libertés, c'est horrible la liberté, on veut que certaines libertés").

                    Bref, si un jour le copyright disparaît, le copyleft (et ses limitations : tu auras plus de libertés à avoir le droit de passer outre les limitations voulues de la GPL) disparaît aussi mais pas le libre (libertés minimale mais pas maximale donc OK).

                    et pourtant je fais une différence entre la licence et l'idée du libre.

                    Je sais faire la différence entre la licence libre et ses impacts d'un côté, et l'idée que certains veulent donner au libre sans l'écrire pour ne pas risquer de devoir avoir un discours cohérent pour tous, pas de soucis je sais faire la différence.

                    • [^] # Re: Open Source/Libre

                      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0).

                      Ca ferait bien chier les pro-copyleft, car ils veulent (malgré le nom :) ) le copyright pour pouvoir limiter (même façon que le non libre qui est de limiter) les libertés de la personne qui reçoit.

                      C’est complètement con comme argument.

                      C’est comme dire que l’augmentation du SMIC ferait chier les gens qui sont en faveur de l’abolition du salariat.

                      tu auras plus de libertés à avoir le droit de passer outre les limitations voulues de la GPL)

                      Bah non, puisque tu ne pourrais plus limiter les droits que tu accordes (ou restreins) sur une œuvre, elle deviendrait automatiquement libre. Enlever le copyright, c’est grosso modo faire de l’absence de limitation de droit non seulement la « licence par défaut », mais surtout, l’unique licence.

                      Si on choisissait que toute œuvre de l’esprit fait partie du domaine public le copyleft n’aurait plus aucune raison d’être puisque personne ne pourrait modifier une œuvre sans que cette modification fasse elle même partie domaine public.

                      • [^] # Re: Open Source/Libre

                        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+2/-2).

                        Si on choisissait que toute œuvre de l’esprit fait partie du domaine public le copyleft n’aurait plus aucune raison d’être puisque personne ne pourrait modifier une œuvre sans que cette modification fasse elle même partie domaine public.

                        Tu as dû loupé un truc : la possibilité d'absence de source.
                        Sans copyright, quelqu'un pourra compiler ton source GPL et te fournir que le binaire. Tu pourras décompiler le binaire… Ca ne te donnera pas le source utilisable.

                        La GPL interdit des choses (pour le bien, de leur point de vue). Supprimer le copyright empêchant les interdits, ben…

                        Bref, tu oublies que le domaine public permet de fermer un code.

                        C’est complètement con comme argument.

                        Tu as perdu l'idée que le copyleft ne veut pas du domaine public.

                        C’est comme dire que l’augmentation du SMIC ferait chier les gens qui sont en faveur de l’abolition du salariat.

                        Dans notre cas, les pro-copyleft ne veulent pas supprimer le salariat, mais veulent plutôt une sorte d'éthique (à leur sauce) du salariat. Tu mélanges avec les pro domaine public.

                        Enlever le copyright, c’est grosso modo faire de l’absence de limitation de droit non seulement la « licence par défaut », mais surtout, l’unique licence.

                        Tout à fait. Et donc le copyleft meurt, car la licence par défaut devient le domaine public, détesté (par définition, car ils veulent des limitations) par les pro-copyleft.

                        Bref, tu n'as pas compris que les pro-copyleft ne veulent surtout pas que tout soit domaine public, ça permettrait de fermer un code.

                        • [^] # Re: Open Source/Libre

                          Posté par  . Évalué à 1 (+0/-0).

                          Si on choisissait que toute œuvre de l’esprit fait partie du domaine public le copyleft n’aurait plus aucune raison d’être puisque personne ne pourrait modifier une œuvre sans que cette modification fasse elle même partie domaine public.

                          Tu as dû loupé un truc : la possibilité d'absence de source.
                          Sans copyright, quelqu'un pourra compiler ton source GPL et te fournir que le binaire. Tu pourras décompiler le binaire… Ca ne te donnera pas le source utilisable.

                          Ton raisonnement est dur à suivre.

                          S'il n'y a plus de copyright, il n'y a plus de GPL.

                          Donc quelqu'un a le droit de compiler mes sources (qui ne seront pas GPL du coup, ni BSD, ni WTFPL ni rien d'autre) de facto libre et distribuer un binaire sans redistribuer les sources.

                          Super, mais le code d'origine est toujours public. Donc je ne vois pas le problème.

                          Maintenant un développeur peut faire un logiciel from scratch (ou forker un logiciel public) et ne pas publier les modifications. C'est vrai.

                          Par contre ça ne fonctionne qu'avec des trucs développés dans un garage avec un développeur max.

                          À partir de 2 développeurs, tu n'est pas à l'abri qu'un des deux publie légalement l'ensemble des sources.

                          Alors ne parlons pas des Oracle, Windows, iOS et autre Google search.

                          • [^] # Re: Open Source/Libre

                            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+3/-2).

                            Super, mais le code d'origine est toujours public. Donc je ne vois pas le problème.

                            C’est là où toi et Zenitram faites une erreur : vous considérez que si on avait la volonté politique de supprimer le copyright ça serait pour instaurer un système bâtard qui serait le pire des deux mondes.

                    • [^] # Re: Open Source/Libre

                      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+0/-0).

                      Je sais faire la différence entre la licence libre et ses impacts d'un côté, et l'idée que certains veulent donner au libre sans l'écrire pour ne pas risquer de devoir avoir un discours cohérent pour tous, pas de soucis je sais faire la différence.

                      Pas forcément possible de l'écrire d'un point de vue juridique. Personnellement, si une telle licence était valide, j'assume pleinement que j'y mettrais ceci : faites ce que vous voulez avec ce logiciel (modifier, distribuer, des sous, etc.) tant que ça ne vous donne pas un pouvoir inégalitaire sur autrui. Ce n'est pas une licence libre au sens des quatre libertés : c'est à la fois plus permissif (tant que ça ne donne pas de pouvoir inégalitaire sur autrui, il n'y a pas juste 4 libertés, mais du pur domaine public, pas de copyleft ni de mention demandées, rien), et plus restrictif (on peut faire des sous avec un logiciel libre actuellement au point de devenir tellement riche avec que ça nous donne un pouvoir inégalitaire sur les autres).

                      Et c'est pas une idée de libre purement ad hoc, mais une idée vieille de presque deux siècles : c'est, transposé au domaine logiciel, une retranscription du concept le plus fondamental des mouvements libres anarchistes du XIXè. Malheureusement, notre système juridique n'est pas capable de gérer un concept aussi simple.

                      • [^] # Re: Open Source/Libre

                        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 1 (+3/-4). Dernière modification le 05/01/21 à 21:21.

                        Personnellement […] Ce n'est pas une licence libre au sens des quatre libertés

                        Voila, au moins tu le dis, mais je résume plus simplement : ta vision du libre n'est pas libre :).
                        Et c'est justement bien la le soucis : dès que je demande des détails aux gens se disant libristes et pas open sourcistes, force est de constater (factuel) que leurs idées sont incompatibles avec le libre, car ils veulent restreindre (rarement de la même manière!) les libertés du libre.

                        Bref, je ne pense pas être très loin de la vérité quand je dis constater que les "libristes" n'aiment que rarement le libre.

                        Malheureusement, notre système juridique n'est pas capable de gérer un concept aussi simple.

                        Euh… Si, et pas qu'un peu, notre système juridique ne fait même que ça; c'est compliqué, on adapte en permanence (le parlement ne chôme pas), on cherche souvent une balance, mais ça marche quand on le veut. Juste que le libre, tel que décrit par les 4 libertés, considère que la bonne balance n'est pas celle qui te plaît. Moi, le libre me plaît, justement parce que j'estime que je n'ai pas à demander ce que toi tu demandes, notre curseur sur les droits et devoirs n'est pas au même endroit.

                        tant que ça ne vous donne pas un pouvoir inégalitaire

                        Le fait qu'Amazon réutilise un truc que tu as déjà développé n'est pas inégalitaire pour moi, car tu l'as déjà développé. Ici, on ne parle plus de libre mais de "méchant contre gentil" et ta notion d'inégalité est très subjective.


                        Des fois, j'ai l'impression d'être plus libristes (4 libertés) que ceux qui se réclament libristes :) (et ce n'est pas que la dessus… J'ai aussi souvent l'impression d'être plus écolo que ceux qui s'affichent écolo, pareil quand on creuse un peu on voit que les priorités sont très loin de l'écologie, mais plutôt dans l'affichage).

                      • [^] # Re: Open Source/Libre

                        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+1/-1).

                        Personnellement, si une telle licence était valide, j'assume pleinement que j'y mettrais ceci : faites ce que vous voulez avec ce logiciel (modifier, distribuer, des sous, etc.) tant que ça ne vous donne pas un pouvoir inégalitaire sur autrui.

                        Sans partir dans le délire de Zenitram des antiracistes qui sont les racistes libristes qui sont les anti-libristes, j’ai un problème avec ce genre de clause, c’est que c’est difficile à définir.

                        C’est le même problème qu’avec la clause NC des Créative Commons, à partir de quand est-ce que ce que je fais peut-être considéré comme commercial ?

                        Après, on voit de plus en plus de licence émerger dont le but est de contre balancer le fait que les licences Libres traditionnelles n’empêche pas la prédation du travail par le capitalisme1. MongoDB a choisi cette voie, des organisation comme CoopCycle ont également choisit des licences plus restrictives ou tu as la licence anticapitaliste par exemple.

                        Ces licences sont non Libre au sens actuel du terme, à voir comment les rapports de force et les changement sociaux changeront la donne dans les prochaines années.


                        1. C’est notamment dû au fait que les fondateurs du FLOSS son/étaient des libertariens 

                        • [^] # Re: Open Source/Libre

                          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à -2 (+0/-4).

                          n’empêche pas la prédation du travail par le capitalism […] MongoDB a choisi cette voie

                          J'ai ri. En pratique, MangoDB est une entreprise capitaliste, et a choisi le non libre pour la la prédation du travail par le capitalisme (exclusif : celui de MangoDB lui-même, pas question de partager, ça faisait chier MangoDB que les utilisateurs aient trop de libertés).

                          Ce qui est étonnant pour moi est de lire ici que utiliser les libertés du libre est de la prédation, d'habitude ce discours est de la bouche d'un Microsoft des années 2000 ("le libre est un cancer"). Je mets ça sur le fait que le libre prend suffisamment pour que les gens aient une réaction épidermique (une des phases à passer) quand ils comprennent tout l'impact du libre (et pas seulement de fantasmes dessus).

                          • [^] # Re: Open Source/Libre

                            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+2/-1).

                            Ce qui est étonnant pour moi est de lire ici que utiliser les libertés du libre est de la prédation

                            Eh bien, si tu utilises un logiciel libre pour créer une arme et détruire une ville, même si tu respectes la licence du logiciel (libre ou pas), et même les lois de ton pays en guerre, je veux que tu m'expliques en quoi ce ne serait pas de la prédation. De même, une entreprise qui réussirait une situation de monopole en utilisant un logiciel (libre ou pas) peut facilement devenir un prédateur.

                            Il me semble que tu répètes souvent que la liberté des uns termine là où commence celle des autres : c'est exactement cette limite qu'essaie d'approcher cette licence anti-capitaliste (que la tentative soit réussie ou non est sujet à interprétation personnelle et l'expérience).

                            • [^] # Re: Open Source/Libre

                              Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 0 (+1/-3). Dernière modification le 06/01/21 à 09:46.

                              Eh bien, si tu utilises un logiciel libre pour créer une arme et détruire une ville, même si tu respectes la licence du logiciel (libre ou pas), et même les lois de ton pays en guerre, je veux que tu m'expliques en quoi ce ne serait pas de la prédation.

                              Euh… Bon, la, désolé, je ne peux rien faire, tu mélanges trop de choses ensemble pour pouvoir débattre.

                              Il me semble que tu répètes souvent que la liberté des uns termine là où commence celle des autres

                              Oui.

                              c'est exactement cette limite qu'essaie d'approcher cette licence anti-capitaliste

                              Non, justement. Ou du moins c'est largement subjectif, car la tu parles de gens qui sont contre un système politique, tu veux que le libre devienne moins neutre politiquement. rien de nouveau ceci dit, ça fait des lustres qu'on dit qu'une licence "faite le bien" est non libre.
                              Désolé de préférer le libre, moi je croyais qu'on était sur une site de libristes mais force est de constater que le libre n'est pas/plus considéré comme un juste milieu. Soit. D'autres prennent la relève pour militer pour le libre :).

                              Je retiens surtout que le libre c'est sympa… Tant qu'on n'utilise pas trop les droits fournis.

                              • [^] # Re: Open Source/Libre

                                Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4 (+2/-0).

                                tu veux que le libre devienne moins neutre politiquement

                                J'ai jamais eu l'impression que c'était neutre politiquement : derrière le libre, tout le monde a un objectif reflétant des opinions politiques, juste pas forcément les mêmes. Mais l'idée que les libertés de modification, distribution etc. sont positives est en soi une opinion politique, ça encourage un certain mode d'organisation et de développement, mais limité au domaine du logiciel et pas la société en général.

                                Après, si la question est, est-ce que la licence d'un logiciel est le bon endroit pour essayer d'encourager un certain mode d'organisation, je n'ai pas de réponse. J'imagine que les gens font ce qu'ils peuvent, faute de meilleures idées : c'est ainsi qu'est né le logiciel libre, d'ailleurs (pour simplifier, l'objectif à l'origine c'était de pouvoir utiliser une imprimante ou quelque chose dans ce goût là, pas de faire une licence).

                                • [^] # Re: Open Source/Libre

                                  Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+2/-2). Dernière modification le 06/01/21 à 10:10.

                                  Mais l'idée que les libertés de modification, distribution etc. sont positives est en soi une opinion politique

                                  OK.
                                  Mais sommes-nous au moins en phase que "4 libertés sauf si capitaliste" c'est dans la même idée que "contre la peine de mort sauf si vraiment grand méchant"?
                                  Perso je suis autant pour les 4 libertés du libre que contre la peine mort, soit sans "sauf", et j'ai bien l'impression que pas mal de monde qui s'est engagé dans le libre n'a pas compris que c'est sans "sauf".

                                  c'est ainsi qu'est né le logiciel libre, d'ailleurs (pour simplifier, l'objectif à l'origine c'était de pouvoir utiliser une imprimante ou quelque chose dans ce goût là, pas de faire une licence).

                                  L'histoire est connue, et très utile : elle montre que l'idée est que celui qui fournit ne puisse pas limiter, malgré sa volonté de limiter. En mettant des "sauf capitaliste", on rentre pile poil dans l'idée que ceux qui veulent une licence libre anti-capitaliste sont l'équivalent moderne de ceux qui fournissaient l'imprimante :-p, et que le libre est largement contre plutôt que pour eux (ça m'a toujours fait sourire les anti-capitalistes et autres "de gauche" qui pensent que le libre qui cassent les restrictions est dans leurs idées politiques restrictives).

                                  • [^] # Re: Open Source/Libre

                                    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+1/-0).

                                    Par curiosité, si tu devais résumer et donner les raisons principales qui te font aimer le libre, ce serait quoi ? J'entends pas juste la licence et les quatre libertés en soi, mais les conséquences positives qu'elle encourage, son effet sur la société.

                                    Je pose la question pour mieux comprendre ta position.

                                    L'histoire est connue, et très utile : elle montre que l'idée est que celui qui fournit ne puisse pas limiter, malgré sa volonté de limiter.

                                    Ça, c'est plus une maxime qui résout le problème dans ce cas particulier : une maxime qui ressemble d'ailleurs beaucoup à « fournir une machine de production à une ouvrier ne doit pas permettre de le limiter » (en d'autres termes, la possession d'une machine ne doit pas nous donner un pouvoir inégalitaire sur les autres, pour revenir à ma première formulation). C'est grosso-modo une maxime d'idées anarchistes du XIXè, d'où le fait que beaucoup voient un parallèle possible dans les objectifs.

                                    Et le tout provient d'une volonté de partage et d'entraide. L'idée traditionnelle en recherche et d'autres domaines où personne ne met en doute que l'on construit toujours sur les bases posées par nos prédécesseurs et que, du coup, il n'y a pas vraiment de fondement à l'idée qu'une technologie pourrait nous appartenir.

                                    • [^] # Re: Open Source/Libre

                                      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+2/-2). Dernière modification le 06/01/21 à 10:59.

                                      Par curiosité, si tu devais résumer et donner les raisons principales qui te font aimer le libre, ce serait quoi ?

                                      Que celui qui reçoit (que ce soit moi quand je suis "client" pour être indépendant de mon fournisseur, ou moi quand je suis "fournisseur" pour dire à mon client que je crois dans mon travail assez pour qu'il puisse se passer de moi si je ne conviens plus) a un minimum listé de droits.

                                      Bref, j'aime le libre pour l'indépendance, la possibilité de changer les humains sans devoir changer de code, qu'il fournit, j'aime le libre car le code peut vivre sa vie sans devoir demander au fournisseur de faire un truc (il ne veut pas faire, je fais, je ne dépend pas de lui et de ses idées politiques).

                                      Par exemple, une "anti-capitaliste" qui me fournit un logiciel libre qui permet de traiter que des données libres, je peux l'adapter pour qu'il puisse traiter des données non libres contre son avis.

                                      Et le tout provient d'une volonté de partage et d'entraide.

                                      Le libre, tel que défini par les 4 libertés, n'a rien à faire de l'entraide. Un jour les gens liront la définition du libre.
                                      Le libre s’intéresse à celui qui reçoit, et seulement lui. Rappelons que le libre ne demande pas de partager (tu peux garder pour toi) ni d'aider (tu peux dire merde à tout le monde).

                                      Si tu t’intéresses au partage et l'entraide, le libre te décevra dans le monde réel (pas celui fantasmé) car il n'est pas fait pour (à part pour quelques personnes, dont la FSF parfois certes, qui essayent de te le vendre en marketing tout en ayant un autre discours quand discussion avec d'autres qui n'aiment pas ça; bizarrement ils n'ont jamais imaginé écrire dans la définition que tu dois diffuser à qui te le demande, tu ne te demandes jamais pourquoi?).

                                      Je pose la question pour mieux comprendre ta position.

                                      Tu t’intéresse au partage et l'entraide et pense à tort (aidé par une tonne de gens qui essayent de te vendre le libre comme ayant une seule possibilité) que le libre va la dedans.
                                      Je m’intéresse au libre et aime le libre tel que défini par les 4 libertés du libre (et pas tel que markété parfois, ou fantasmé), pour ce qu'il est dans la réalité, surtout sur sa neutralité sur le partage et l'entraide (ne l’empêche pas, ne l'oblige pas, tu es libre de choisir ta voie).

                                      • [^] # Re: Open Source/Libre

                                        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 6 (+4/-0).

                                        Tu t’intéresse au partage et l'entraide et pense à tort (aidé par une tonne de gens qui essayent de te vendre le libre comme ayant une seule possibilité) que le libre va la dedans.

                                        Non, il se trouve juste que le libre est compatible avec l'entraide et le partage et la construction sur l'existant, contrairement à la plupart du non-libre. Je suis bien conscient que le libre n'impose ni le partage ni l'entraide.

                                        J'aime le libre parce qu'il permet l'entraide et le partage au sein des communautés qui le veulent. Avoir le droit de faire dans l'entraide et le partage est suffisant pour que cela se produise.

                        • [^] # Re: Open Source/Libre

                          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3 (+2/-1).

                          Je n'aime pas la NC non plus, trop vague et restrictive (qu'importe que Toto fasse 1000€ avec le logiciel ?). La licence anticapitaliste est plus intéressante : malheureusement, pour des raisons pratiques (essayer d'écrire ça de façon juridique) elle complique quand même pas mal l'idée (je ne suis pas sûr de visualiser toutes les conséquences), même si perso ça ne me dérangerait pas plus que ça d'utiliser un logiciel sous cette licence (plus simple que la GPL2/3, Apache 2 et compagnie, j'imagine clairement l'objectif de l'auteur, et c'est pas plus restrictif pour mes usages).

                          Malheureusement, malgré l'optimisme de Zenitram sur la justice, je doute qu'ils réussissent à faire appliquer facilement cette licence qui fait déjà des compromis sur les idées : le monde du jeu juridique actuel, c'est un jeu dont les règles ont été créés sous la lumière du capitalisme (un litige = beaucoup de temps + de l'argent, comme un journal récent nous le rappelle), donc y jouer en tant qu'anti-capitaliste, c'est partir avec un gros handicap. C'est comme faire une course à la nage avec un poisson dans l'eau. Le meilleur dénouement que j'imagine, c'est une petite victoire insignifiante mais chèrement payée.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  . Évalué à 6 (+4/-0). Dernière modification le 05/01/21 à 12:57.

        Je crois que c'est surtout que open source était utilisé à toutes les sauces à une époque et un jour l'Open Source Initiative est arrivée, a déposé une marque et a dit à tout le monde : r'gardez on a déposé la marque, maintenant open source c'est notre définition qui est la bonne et tous les autres allez vous faire foutre où on vous colle des procès au cul. Et là une certaine partie du monde qui n'avait pas de produit commercial a continué, mais des moins en moins au fil des années, pendant un temps à parler d'open source sous toutes les définitions tandis que les entreprises ont commencé à parler de source available, de community edition et d'autres trucs pour ne pas dire les mots qui t'emmènent au tribunal.

        Si c'était VMware ou Microsoft qui avaient déposé la marque à l'époque on aurait peut-être un usage tout à fait différent de ces mots, le standard de facto s'est fait par le droit des marques, pas dans un consensus idéologique mondial.

        Après c'est pas très important.

      • [^] # Re: Open Source/Libre

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 5 (+3/-0). Dernière modification le 05/01/21 à 15:05.

        Personne n’utilise Open Source pour parler de quelque chose de non Libre mais dont les sources sont disponibles publiquement.

        Bémol : malheureusement si. Même ici parfois.

        Je sais que tu aimes bien jouer au plus intelligent en jouant sur les mots, mais le mot « personne » dans ma phrase est une hyperbole et tout le monde l’avais compris (encore une autre).

  • # Optimisation des codons

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 10 (+16/-0).

    le premier con qui sait aligner 3 lignes de python peut fabriquer ce genre de vaccin

    Euh, non. Le premier con qui sait aligner 3 lignes de Python peut fabriquer in silico la séquence d’un tel vaccin. De là à obtenir le produit injectable dans un patient, il y a une grosse marge. :)

    À part ça, sur « l’optimisation des codons » que le deuxième billet mentionne rapidement :

    Certains codons sont rares dans l’ADN humain ou dans certaines cellules. Il se peut que certains codons soient remplacés par d’autres simplement parce qu’ils sont plus couramment utilisés par certaines cellules.

    C’est vrai mais il faut savoir que ça peut être casse-gueule.

    À la base, l’idée derrière l’optimisation des codons était d’essayer d’utiliser autant que possible les codons les plus abondants dans les cellules de l’organisme cible, de manière à ce que l’ARN messager soit traduit plus rapidement (les ribosomes n’ont pas à « attendre » un ARNt présent en faible quantité dans la cellule) et donc à augmenter l’expression de la protéine.

    Bonne idée sur le papier, sauf que… on s’est rendu compte depuis que pour certaines protéines, ce n’est pas nécessairement une bonne idée de jouer sur la vitesse de traduction : la vitesse avec laquelle la protéine en cours de production sort du ribosome peut influer sur la manière dont elle se replie (exemple), ce qui est crucial pour sa fonction. En optimisant les codons pour produire la protéine plus rapidement, on peut obtenir à l’arrivée une protéine non-fonctionnelle, ce qui est ballot. :D

  • # OGM

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 2 (+5/-5).

    Ce vaccin est en fait un virus transgénique. Il n'aura pas son label Bio.

    • [^] # Re: OGM

      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 10 (+12/-0).

      Pas tout à fait un virus : s’il détourne effectivement la machinerie cellulaire, c’est pour produire une simple protéine et non se reproduire.

      « IRAFURORBREVISESTANIMUMREGEQUINISIPARETIMPERAT » — Odes — Horace

      • [^] # Re: OGM

        Posté par  . Évalué à 4 (+3/-0). Dernière modification le 05/01/21 à 12:14.

        Tout dépend ce que l'on met derrière le mot "virus". Déjà, certains se battent pour savoir s'il faut classer les virus dans le vivant.

        Dans le cas d'un virus "naturel" ou ce vaccin, c'est un ou plusieurs brin d'ARN encapsulés dans des lipides.
        Pour ce vaccin, je ne pense pas qu'on puisse le qualifier de virus simplement parce qu'il ne peut pas utiliser la machinerie des cellules pour se reproduire intégralement. Mais c'est juste mon interprétation personnelle. Je comprendrais tout à fait l'autre point de vue.

        • [^] # Re: OGM

          Posté par  . Évalué à 9 (+8/-0).

          Ergoter sur si un virus est vivant ou non, c'est pas la même chose qu'ergoter sur ce qu'est un virus. Pour le sujet qui nous intéresse, j'ai du mal à imaginer une conception de "virus" qui comprenne les vaccins à ARNm : le brin d'ARNm n'est pas reproduit par l'organisme hôte. En fait, l'intersection entre ce qui est injecté (brin d'ARNm encapsulé dans des liposomes) et ce que l'organisme produit (protéines spike) est vide. Contrairement à un virus, où ce que l'organisme hôte produit (à ses dépens) est une copie (parfois imparfaite) du virus de base.

  • # vulgaire automate

    Posté par  . Évalué à 10 (+11/-0).

    Article super intéressant !

    la machinerie de la vie n'est qu'un vulgaire automate pas bien différent de votre PC

    C'est vrai que c'est fou les similitudes qu'il y a, et ça fait clairement vibrer ma corde sensible de programmeur. Maintenant de la a dire que c'est un vulgaire automate comme un PC, il y a un gouffre:

    • Contrairement aux ordinateurs qui séparent la partie hard et la partie soft, la machine biologique possède du code qui produit du hard. D'ailleurs l'ARN est le meilleur exemple car cela représente a la fois du code et cela peut également jouer le rôle d'une protéine (ca me rappel aussi l'architecture Von Neumann). C'est pour ça qu'on soupçonne que les premières formes de vie était sous forme d'ARN. Imaginez le pouvoir d'un langage de programmation qui manipule la chimie directement et qui au lieu de forker un processus, il fork l'ordinateur entier ?

    • Les programmes essayent de s'abstraire de l’environnement pour rester dans le domaine de la logique pure (sauf quand il s'agit d'optimiser, mais c'est négligeable), la machine biologique utilise l’environnement pour fonctionner, chaque idiosyncrasie de la physique, chaque émergence surprenante est prise en compte. En fait plus que l'utiliser, elle se co-construit par l'interaction avec l’environnement, et comme le but est de survivre dans l’environnement, ça me parait logique qu'il soit pris en compte

    • Un peu lié au point précédant, un programme informatique se construit sur le déterminisme. On a besoin de maîtriser les causes pour pouvoir obtenir toujours les mêmes effets parce que ce sont ces effets qu'on a identifié comme souhaitables. Les biomachines au contraire, non seulement sont résistantes au désordre et a l’imprévu, mais du surcroît ne peuvent fonctionner qu'en présence de désordre et de chaos. Cela fait partie intégrante de leur paradigme. Par exemple sans mouvement brownien qui mélange toutes les molécules au hasard, celles qui sont sensés s'assembler ne se rencontreraient jamais

    • Un programme informatique a un auteur et un but. La biomachine s'auto-programme dans une boucle sans fin, et le but de la vie reste un mystère insondable, si ce n'est de perpétuer la boucle.

    • un dernier point intéressant que j'ai encore du mal a assimiler: les side effects. Quand on conçoit un programme, on veut isoler le plus possible le code en différents modules indépendants afin d’éviter au maximum les comportements imprévu. On ne veut surtout pas qu'en modifiant la variable qui contient le nombre d'yeux, ça modifie la taille des pieds. Et pourtant dans les biomachines, cela semble être un avantage

  • # et le bac D ?

    Posté par  . Évalué à 3 (+4/-2).

    Je m'insurge contre l'oubli de la terminale D, qui je le rappelle pour les jeunes était spécialisée Biologie/SVT. Dont acte.

    Mon fils, actuellement en troisième, est en plein dans les mitoses et méioses, dans le cadre du cours sur la diversité génétique. Mais si ça parle ADN et chromosomes, pas un mot sur l'ARN, et c'est dommage que les profs de SVT ne leur explique pas, même de manière succincte, comment ça fonctionne. Ca éviterait des quelques phrases du genre "nan mé sava modifier mon Adéhaine et je vé mutter et avouare la 5gé dan mon core".

    • [^] # Re: et le bac D ?

      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 7 (+4/-0).

      Car l'ARN sert au processus de synthèse des protéines et à l'expression du génome. Tout cela étant vue en première, cela explique qu'on ne le voit pas plus tôt.

      Chaque chose en son temps, il y a des tas de choses à apprendre dans notre monde, il est sain je pense d'éviter de surcharger trop jeune les élèves en informations et d'y aller par étapes. Si la notion d'ARN ne sert pas pour les sujets vus en troisième, c'est bien de ne pas en parler sinon tu risques d'ajouter de la confusion.

    • [^] # Re: et le bac D ?

      Posté par  . Évalué à 1 (+1/-1).

      Après il y a plein de vulgarisation accessible sur internet, notamment youtube, le format video facilite grandement la clarté du propos.

      Par exemple il y a Passe-science qui a fait quelques vidéos vraiment intéressantes sur la biologie moléculaire:
      https://www.youtube.com/watch?v=StMTcVjrD5I De l'ADN à l'organisme - Passe-science #33
      Mais aussi ScienceEtonnante
      https://www.youtube.com/watch?v=igf6MLmkBcw Il n'y a pas que les gènes dans la vie ! L'épigénétique, avec P'tite Jane
      Et DirtyBiology

Envoyer un commentaire

Suivre le flux des commentaires

Note : les commentaires appartiennent à ceux qui les ont postés. Nous n’en sommes pas responsables.