Journal Ce virus qui vous hante

Sommaire

• Rappel succinct des événements récents
• De qui parle-t-on ?
• Ce virus est-il mortel ?
  • La létalité
  • La mortalité spécifique
  • L'incidence
  • La prévalence
  • La transmissibilité
    • Le mode de transmission
    • La durée d'incubation
    • Le portage asymptomatique
    • Le taux de reproduction
  • Revenons un peu à la mortalité
• À quoi faut-il s'attendre ?
  • C'est quoi un super-spreader ?
  • Qu'est-ce qui a été fait jusqu'ici ?
• Que faire ?
  • Y a-t-il un vaccin ?
• Il est temps de conclure ce journal déjà beaucoup trop long

Le lecteur qui aurait lu mes précédents journaux pourrait croire que j'aime parler de virus. C'est partiellement vrai : le sujet est intéressant, j'ai généralement des réactions positives, ça me donne l'opportunité d'allumer un ou deux antivax, ce qui flatte l'ego.

Mais c'est aussi partiellement faux : on parle d'infections qui tuent, et qui tuent massivement. Il y a une similitude entre le médecin de santé publique et le général à la retraite : nous adorons parler de notre métier, nous détestons quand une actualité brûlante nous y oblige.

Ces derniers temps, tout le monde n'a que ce mot, hantavirus, à la bouche. Je prends donc, à contrecœur, mon bâton de pèlerin pour vous faire un topo de ce qu'on sait et ce qu'on ne sait pas.

Rappel succinct des événements récents

L'épidémie fait l'objet d'une page Wikipédia qui relate très bien, et en détail, l'épisode en cours jusqu'à ce jour. En gros, un couple est allé observer des oiseaux en Argentine, et il y a croisé au moins un Rat-pygmée de rizière à longue queue. S'en est suivi un spillover : une transmission virale de l'espèce réservoir à un hôte accidentel, ici l'humain.

Pas de bol, le couple a ensuite embarqué sur un bateau de croisière. Pourquoi c'est important ? Parce que sur un bateau, il y a peu d'espace et beaucoup de monde, donc les contacts sont fréquents et proches. On va donc avoir un début d'épidémie sur le bateau, avec 2 décès à bord, puis un troisième chez une passagère débarquée (la femme du premier cas), 10 cas confirmés (dont les 3 morts), un cas suspect¹, et surtout un nombre indéterminé de contacts. L'enjeu est maintenant d'identifier les contacts, j'y reviendrai.

De qui parle-t-on ?

Les hantavirus sont une famille de virus assez large, dont le premier représentant a été découvert au cours de la guerre de Corée, au cours de laquelle il a causé un grand nombre de fièvres hémorragiques chez des casques bleus stationnés à proximité de la rivière Hantan. Le genre en a tiré son nom.

Il s'agit de virus qui touchent plus les animaux, notamment les rongeurs (microfaune), chez qui ils donnent peu ou pas de symptômes. On classe classiquement les hantavirus en hantavirus de l'Ancien Monde (Europe, Asie, Afrique) et hantavirus du Nouveau Monde (Amériques). Chez l'humain, les hantavirus de l'Ancien Monde donnent plutôt des fièvres hémorragiques avec un taux de létalité non négligeable, mais comparativement faible (1 à 2%), tandis que les hantavirus du Nouveau Monde donnent plutôt des atteintes pulmonaires et cardiaques regroupées sous le nom de syndrome pulmonaire à hantavirus (hantavirus pulmonary syndrome, HPS), beaucoup plus mortel (on parle ici de 20 à 60% de létalité). Il y a toutefois des exceptions².

Les hantavirus sont des virus enveloppés, à ARN.

Quand un virus fait des bébés virus en masse et qu'ils veulent sortir de la cellule infectée, ils ont deux solutions : s'envelopper dans la membrane et sortir par bourgeonnement, ou tout simplement faire éclater la cellule. Avantage de l'enveloppe : elle réduit la réaction immunitaire. Inconvénient : elle est fragile hors de l'hôte. Un virus nu survivra mieux dans le milieu extérieur et pourra contaminer des surfaces assez longtemps.

Le fait que le virus soit à ARN est un problème, car il existe deux grandes catégories de virus, selon le mode de stockage de leur information génétique : à ADN ou à ARN. Les virus à ARN ne disposent pas des systèmes de contrôle de copie de l'ADN, ils mutent donc plus facilement et ont de nombreux variants (penser aux multiples variants du SARS-CoV-2).

Le hantavirus qui nous occupe ici est originaire des Andes, il a même déjà un nom : andesvirus. C'est donc celui que j'utiliserai dans la suite de ce journal, puisque parler de hantavirus pour désigner le andesvirus est à peu près du même niveau de précision que de parler du rétrovirus pour désigner le VIH, ou parler du coronavirus pour désigner le SARS-CoV-2³.

Andesvirus, puisque c'est son nom, est donc, au départ, un virus animal, qui infecte le rat-pygmée de rizière à longue queue, un petit rongeur argentin. Ce petit rongeur qui ne demandait rien à personne se trouve fréquenter une certaine décharge à ciel ouvert en Argentine, décharge où nos deux tourtereaux sont venus observer les oiseaux. C'est probablement là qu'a eu lieu le spillover qui a mis un sacré bordel. Un spillover, c'est la transmission d'un agent infectieux d'une espèce réservoir, où son incidence est élevée, à une espèce accidentelle. Les spillovers sont décrits de longue date chez les hantavirus (et en général ils ne font pas la une des journaux), mais Andesvirus a une particularité : il est capable de se transmettre d'humain à humain. On peut donc avoir une chaîne de transmission humaine à Andesvirus, ce qui serait impossible, par exemple, avec Hantanvirus, son cousin coréen.

Ce virus est-il mortel ?

Il y a plusieurs façons de mesurer à quel point une maladie est mortelle, et chacune a une pertinence dans un contexte donnée. Je vais donc les passer en revue et en profiter pour introduire quelques autres concepts d'épidémiologie.

La létalité

La létalité d'une maladie, c'est tout simplement la probabilité d'en mourir sachant qu'on est malade. Andesvirus a un taux de létalité estimé à 30%, ce qui signifie qu'un malade a environ 30% de chances d'en mourir. Ne nous y trompons pas : pour une maladie infectieuse, au XXIe siècle, c'est gigantesque. C'est de l'ordre de la peste. La létalité est une fonction de l'agent infectieux, bien sûr, mais aussi de l'état de santé préalable de la population, des capacités de soin disponibles (accès possible à des moyens de réanimation ?), de l'immunité préexistante (exposition à des virus proches, vaccin) et de la génétique de la population⁴. Pour ces raisons, il est compliqué de transposer la létalité mesurée chez des paysans andins avec un accès limité aux soins, mais probablement déjà exposés à faibles doses, à des populations de pays riches.

La mortalité spécifique

La mortalité spécifique d'une maladie, c'est la probabilité d'en mourir, point. Autrement dit, c'est la létalité multipliée par le nombre moyen d'épisodes de la maladie qu'un individu fera dans sa vie⁵. Elle est donc fonction de tout ce qui détermine la létalité, ainsi que du nombre de cas.

Comment on compte le nombre de cas ?

L'incidence

L'incidence d'une maladie, c'est le nombre de nouveaux malades par unité de temps. Selon la maladie et sa vitesse de transmission, on ne prendra bien sûr pas la même unité de temps : il n'y a pas grand sens à compter le nombre de diagnostics de VIH par jour, sachant que l'infection peut avoir un début insidieux et qu'elle dure des années. À l'inverse, compter le nombre de nouvelles grippes par an a pour effet de gommer la saisonnalité naturelle de l'infection. En infectiologie, l'incidence est évidemment fonction de la transmissibilité de la maladie.

La prévalence

La prévalence, c'est le nombre de cas à un instant t. Je la cite surtout dans un but d'exhaustivité, car elle n'a pas une grande pertinence pour une maladie courte et transmissible. Elle a par contre un cousin extrêmement pertinent, c'est la séroprévalence. La séroprévalence, c'est la proportion de personnes, à un instant t, qui ont des anticorps contre l'agent infectieux dans le sang. Ça ne veut pas forcément dire que ces personnes sont immunisées (tous les anticorps ne sont pas immunisants), mais ça donne une indication du nombre de personnes qui ont été malades jusqu'ici. À titre d'exemple, Santé Publique France a estimé la séroprévalence du chikungunya à La Réunion à 66% à l'issue de l'épidémie de 2025. Ils estimaient la séroprévalence à environ 20% avant l'épidémie, ce qui permet d'en déduire qu'environ 46% des réunionnais ont attrapé le chik au cours de l'épisode et vous explique pourquoi j'ai passé un été de merde. Autrement dit, la séroprévalence est la manière la plus simple d'estimer le nombre total de malades liés à une épidémie donnée, sous l'hypothèse qu'on ne tombe pas malade deux fois (l'hypothèse était vérifiée pour le chikungunya, je ne sais pas si elle le sera pour Andesvirus).

La transmissibilité

Bien sûr, quand on parle de maladies infectieuses, se pose forcément la question de la transmissibilité. La transmissibilité recouvre en réalités plusieurs sous-problématiques :

Le mode de transmission

Facile, c'est tout simplement la manière dont le virus se transmet. Il conditionne bien sûr les mesures d'hygiène à mettre en place. Par exemple, le port du masque n'a aucun intérêt pour une maladie à transmission féco-orale. Pour Andesvirus, la transmission serait surtout salivaire, ce qui est un mode de transmission peu efficace chez l'humain : elle requiert soit des échanges de vaisselle (boire au goulot de la même bouteille), soit une transmission par des postillons (comme la méningite à méningocoque, mais en bon langage médical on parle de particules de Flügge, c'est quand même plus classe), or les postillons, on n'en émet pas toutes les secondes et ça tombe vite au sol, donc ça requiert un contact prolongé à courte distance, ce qui n'arrive pas tous les jours. Surtout en période d'épidémie de virus mortel, surtout si votre contact a visiblement un rhume.

La durée d'incubation

C'est le temps entre le contage (l'exposition) et les premiers symptômes. Elle conditionne également l'intervalle entre deux générations, puisqu'on n'est généralement pas pas contagieux pendant la durée d'incubation (ou alors seulement à la fin de l'incubation). Pour Andesvirus, elle serait généralement comprise entre 15 et 21 jours.

Le portage asymptomatique

Le portage, c'est la capacité à transmettre. Il est différent du fait d'être malade pour deux raisons : on peut être malade et non contagieux (tuberculose non pulmonaire par exemple), ou on peut être contagieux et non-malade : c'est le portage asymptomatique (pas de symptômes) ou pauci-symptomatique (peu de symptômes, en pratique difficile à différencier de l'asymptomatique car on a tous déjà négligé un rhume à la con). Pour Andesvirus, il n'a pas été décrit, il pourrait toutefois y avoir un portage pré-symptomatique, c'est-à-dire qu'on serait contagieux un ou deux jours avant le début des symptômes. C'est assez classique, on a le même problème avec la rougeole, le covid-10, et un certain nombre de maladies.

Le taux de reproduction

Le fameux . C'est le nombre de nouveaux malades contaminés par un malade au cours de sa période de contagiosité. Il est important de comprendre qu'il n'est jamais observé en pratique car le vrai correspond au taux de reproduction en l'absence d'intervention de santé publique, dans une population entièrement non immunisée (on dit "naïve"). C'est donc un concept central en modélisation, mais évidemment qu'en cas d'introduction d'un virus mortel dans une population naïve, on mettra immédiatement en place des mesures d'identification et d'isolement des contacts. Il a néanmoins un intérêt majeur : il permet de prédire la séroprévalence à l'état d'équilibre (sous l'hypothèse qu'on s'immunise, c'est-à-dire qu'on ne fait qu'une seule fois la maladie). En effet, la véritable métrique pertinente, c'est le R effectif (), qui correspond au nombre de malades réellement contaminés par un malade. Or, on démontre assez facilement que , où est la prévalence de la sensibilité, c'est-à-dire la proportion de personnes non immunisées. On va donc tendre asymptotiquement vers un état où (un malade contamine une personne en moyenne), soit . Par exemple, une épidémie avec un se stabilisera à un état où 80% de la population est immunisée. Les 20% restants sont le pool parmi lesquels apparaîtront les futurs malades.

Le taux de reproduction est fonction de l'agent infectieux, bien sûr, mais aussi de tout ce qu'on a vu plus haut : y a-t-il un portage asymptomatique ? Quel est le mode de transmission ? Quelle est notre immunité préexistante ? Et surtout, comment, en tant que société, vivons-nous ? Ce n'est pas la même chose d'isoler les malades, de réaliser ou non un contact tracing, ou de ne pas en avoir les moyens ou la volonté politique. Ce n'est pas la même chose de porter un masque dans le métro au moindre doute, comme ça se fait sans barguigner en Asie, ou de se dire que ouais, bon, flemme, comme c'est le cas en Europe, notamment du sud (ça inclut la France). Ces détails comptent, et pèsent même assez lourd. De même, le récapitule les autres paramètres : si on connaît le , on n'a pas besoin de s'intéresser à la question des porteurs asymptomatiques ou du mode de transmission pour modéliser l'évolution de l'épidémie (ces paramètres restent cependant nécessaires pour définir une politique de santé).

Revenons un peu à la mortalité

Une fois qu'on a posé tous ces concepts, il est temps de les mobiliser ! Andesvirus est il létal ? Oui, il est clairement très létal. Est-il à risque d'une mortalité spécifique importante ? Ça dépendra de son taux de reproduction, qui dépendra de son mode de transmission et de notre attitude. A priori, il n'a pas un mode de transmission très efficace chez l'humain.

À quoi faut-il s'attendre ?

La bonne nouvelle, c'est qu'Andesvirus n'est pas tout à fait inconnu au bataillon : il a déjà causé quelques épidémies, et il y a notamment un papier qui décrit une épidémie survenue en 2018. Qu'est-ce qu'on y apprend ? Superficiellement, on peut se faire peur en découvrant un médian à 2,12, soit comme le covid-19 à ses débuts : la contagiosité du covid, la létalité de la peste, une horreur absolue ! Mais plongeons-nous dans les détails.

Il s'agit d'une épidémie survenue dans un petit village (3200 habitants) argentin en 2018, donc avant le covid⁶. On recense 34 cas et 11 décès, soit un taux de létalité de 32%. Le séquençage des virus observés est compatible avec un spillover unique. Surtout, ce qui est intéressant, c'est que la majorité de la transmission est liée à 3 « super-spreaders », responsables respectivement de 5, 6 et 10 transmissions. Une de ces transmissions massives est d'ailleurs le fait… de la femme d'un cas, au cours de la veillée funèbre de son mari.

C'est quoi un super-spreader ?

Oups, pardon, j'ai balancé un demi-million de termes d'épidémiologie et je n'ai pas défini celui-ci. Pardon, je ne le referai plus ⁷. Un super-spreader, c'est tout simplement une personne qui transmet à bien plus de monde que la moyenne. Dans cet article, ils fixent le seuil à 4 et recensent 3 super-spreaders :

• Le cas initial (patient 1), au cours d'une fête d'anniversaire, a transmis l'infection à 5 personnes, les patients 2 à 6 ;
• Le patient 2, du fait de sa vie sociale active, a transmis le virus à 6 personnes en début de phase symptomatique ;
• La patiente 9, femme du patient 2, avait de la fièvre et a contaminé 10 personnes au cours de la veillée funèbre de son mari.

À eux 3, ces patients ont causé presque les deux tiers de la transmission (21 cas sur les 33 cas secondaires), dont 15 cas au cours d'événements clairement identifiables facilement ciblables par une action de santé publique. Surtout, une fois mises en place les actions de santé publique, le a diminué à 0,96, rendant l'épidémie gérable et menant à son extinction.

Qu'est-ce qui a été fait jusqu'ici ?

Tout d'abord, le bateau a été évacué et les passagers rapatriés et isolés. Il convient de revenir sur ce point qui a soulevé de nombreux commentaires, notamment pour reprocher aux autorités d'avoir ainsi importé le virus dans leurs pays respectifs : c'était la seule chose à faire, tant sur un plan éthique qu'en termes d'efficacité pure.

L'alternative aurait été d'interdire au bateau d'accoster tant qu'il y avait des malades à bord, en prenant une marge de sécurité de 2 fois la durée d'incubation. Sur le plan éthique, ça revenait à enfermer des patients sains avec des malades, sans leur donner les moyens de se protéger efficacement, donc à les condamner à tomber malades à moyen terme, sans accès à des soins. Pire, tous les malades ne seraient pas survenus en même temps, donc on aurait eu différentes générations de malades espacées de 2 à 3 semaines. Il aurait fallu, en fonction , probablement 3 à 4 générations, soit 16 semaines + 6 semaines de marge. On parle de 5 mois d'enfermement sur un bateau, donc nécessité de livrer des vivres sur cette durée… Sans contaminer les livreurs.

En termes d'efficacité pure, on aurait évidemment eu des tentatives d'évasion, voire d'accostage sauvage, avec une attention médiatique braquée sur ce radeau de la Méduse moderne. Un enfer à gérer, d'autant plus inefficace que l'épidémie n'a été identifiée qu'après le débarquement de certains passagers, dont une est d'ailleurs morte en tentant de prendre l'avion.

Donc on n'a pas fait ça. On a fait ce qui était humain, on a évacué les passagers, on a recherché les contacts⁸, et on les a isolés et surveillés. Tous les contacts français ont ainsi été hospitalisés dans des établissements de santé de référence pour le risque épidémique et biologique (ESR REB). Avantage pour la société : si un cas se déclare, ça sera dans un milieu où il ne peut transmettre. Avantage pour les contacts : s'ils passent dans le camp des cas, ils sont déjà au meilleur endroit pour être soignés.

On ne va pas se mentir, il reste plein d'inconnues :

• Est-on sûr d'avoir identifié et isolé tous les contacts ?
• Quel serait le dans une population européenne, majoritairement urbaine, très différente du village argentin ?
• Même question sur la létalité (Elle resterait sans doute élevée, mais à quel point ?)
• Tout plein de problèmes légaux, au premier rang desquels « on n'a pas le droit d'enfermer quelqu'un 42 jours sans jugement ».
• On ne sait pas vraiment s'il existe un portage asymptomatique ou présymptomatique. Ça changerait les mesures d'isolement à mettre en place.

En fonction des réponses à ces inconnues, on peut envisager 3 scénarios :

Scénario 1 : on a identifié et isolé tous les contacts, dans le monde entier. On le saura d'ici 6 semaines : si plus aucun cas extra-hospitalier ne se déclare, l'épidémie pourra être considérée comme terminée. Ceci suppose deux choses dans tous les pays où se trouvent des contacts : des moyens de contact tracing (on ne forme pas une équipe de santé publique au pied levé, et ça coûte des sous), et de la volonté politique. Avec un Trump complotiste, ça me semble mal barré.

Scénario 2A : on n'a pas isolé tous les contacts, mais le est inférieur à 1 ou peut être abaissé en dessous de 1 par des mesures de santé publique classiques (contact tracing). On aura plusieurs petites épidémies mais rien de majeur. Il y aura des morts, vu le taux de létalité, mais pas en grand nombre.

Scénario 2B : on n'a pas isolé tous les contacts, et le ne peut être abaissé facilement en dessous de 1. C'est la merde. On va alors vers une épidémie massive avec 30% de létalité, ça veut dire des millions de morts. Noter que, vu que le ne sera vraisemblablement pas immense, au vu de la longue durée d'incubation, on aura une épidémie lente, avec le temps de voir venir.

Noter qu'on pourrait très bien être dans le scénario 1 à l'échelle de la France, mais que dans d'autres pays on soit dans le 2B. Dans ce cas, il faut s'attendre à des cas importés et à se retrouver aussi en 2B.

Pour le moment, l'OMS comme l'ECDC sont rassurants, en arguant du mode de transmission. Ils se placent donc dans le scénario 2A. Personnellement, le scénario 1 me semble improbable. Il y a tellement de contacts qu'on a bien dû en rater un ou deux. On est donc dans le scénario 2A ou 2B. Je considère que je n'ai pas les données pour trancher entre ces deux scénarios, il y a quand même un assez élevé dans l'article sur le foyer de 2018, et le a pour propriété d'intégrer le mode de transmission, donc connaissant le , parler du mode de transmission n'a aucun intérêt. Je ne peux qu'espérer que l'OMS aie raison et que le foyer de 2018 soit un outlier. C'est tout à fait possible, et ça ne serait pas le premier outlier publié justement parce qu'il sort du lot.

Que faire ?

Ce qui a déjà été fait est pas mal. On peut résumer l'attitude à avoir par une phrase : espérer le meilleur, se préparer au pire. Le meilleur, c'est le scénario 1, le pire, c'est le 2B. La préparation comprendrait notamment :

• Préparation au confinement : c'est le moment de ressortir du placard les outils de télétravail si vous les y aviez remisés.
• Anticipation des mesures accessoires : faire un stock de masques
• Beaucoup moins fun, préparation à la létalité élevée. Si on va vraiment vers une épidémie d'un virus qui tue 30% des gens, il faut anticiper. Au sein de votre famille, de votre entreprise, organisez le partage des informations indispensables : comment on paie l'abonnement à l'électricité si un compte est bloqué par un décès ? Qui va prendre soin de mamie, 82 ans, qui est de toute façon déjà isolée par le combo arthrose + escalier ? Ai-je suffisamment commenté mon super code de la mort pour qu'il puisse être forké si je ne suis plus en état de le maintenir ?

Bien entendu, les ministères de la Santé de tous les pays développés sont en train de se préparer à la guerre. Au cas où. Mais autant prévenir : ça n'aura rien de simple. Les soignants paient classiquement le tribut le plus élevé à la maladie infectieuse, autant dire que ça a le potentiel de sérieusement perturber les soins. Le covid a déjà été une sacrée merde, avec son lot de complotisme, de panique, de xénophobie et de désinformation. Imaginez une seconde ce que ça sera avec une maladie 30 fois plus létale.

Y a-t-il un vaccin ?

Il y a déjà un début de recherche. Il se trouve que les USA de Joe Biden s'étaient dit que c'était pas forcément ouf de risquer de perdre des milliers de gusses à cause d'un virus en cas de déploiement en Amérique du Sud, donc ils avaient sponsorisé deux projets de recherche : un projet sponsorisé par l'US Army, l'autre par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID). C'était avant Trump et, surtout, RFK.

Il est temps de conclure ce journal déjà beaucoup trop long

A priori, on prend plutôt le chemin du scénario 2A. J'espère vraiment qu'on ne va pas se payer le scénario 2B.