Journal Où il est encore question du confinement…

8
18
mar.
2020

On trouve des sites permettant de visualiser le nombre de cas de COVID-19 au jour le jour, mais je n'en ai trouvé aucun qui montre la progression de ce nombre par rapport à la veille. Or, je pense qu'il y a peu de chances que le confinement prenne fin avant que cette progression ne s'infléchisse de manière marquée et durable.

J'ai donc écrit, en mode quick and dirty, un programme Python affichant cette progression. Il est disponible à l'adresse http://github.com/epeios-q37/COVID-19.

Pas besoin d'avoir Python d'installé ; on peut l'exécuter/le modifier sans le télécharger en suivant ce lien : http://repl.it/github/epeios-q37/COVID-19.

Les données au format JSON sont récupérées à l'exécution sur http://github.com/opencovid19-fr/data ; le graphique est donc toujours à jour par rapport à ces données.

Le programme est vraiment basique, donc, si jamais vous êtes désœuvrés en ces temps de confinement, n'hésitez pas à proposer des améliorations si le cœur vous en dit…

  • # Je crois que ça existait déjà

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 10.

    Si j'ai bien compris, il s'agit du nombre de nouvelles contaminations chaque jour. Ces données sont déjà disponibles et graphées sur https://coronavirus.politologue.com/coronavirus-france.FR, pour la France, mais aussi pour le monde et pour un tas de pays.

  • # tests

    Posté par  . Évalué à 5.

    Dans les chiffres ça serait bien d'avoir le nombre de personnes testé, sinon le nombre d'infecté ne veut rien dire…

    • [^] # Re: tests

      Posté par  . Évalué à 5. Dernière modification le 18/03/20 à 14:49.

      bin oui, et les chiffres ont les aura plus : par exemple j'ai dans mon entourage 2 personnes dont les médecins "soupçonnent fortement un covid19". si ils ne partent pas en détresse respiratoire, on ne saura jamais si c'était ça ou non (pour l'instant ils restent à la maison, c'est tout).

      en gros on ne maintiendra que les chiffres des urgences respiratoire et des décès. mais la contagion, c'est inmesurable maintenant.

      En théorie, la théorie et la pratique c'est pareil. En pratique c'est pas vrai.

      • [^] # Re: tests

        Posté par  . Évalué à 3. Dernière modification le 18/03/20 à 15:16.

        Ce que demande l'auteur du commentaire auquel tu réponds, c'est le nombre de tests réalisés. Nombre qu'il serait possible d'avoir. Certaines sources permettaient d'avoir des chiffres concernant le nombre de tests mais ça date du 03/03.

        La demande est légitime si on a un taux d'infection proche de 100% sur les cas testés, c'est pas la peine de tester et tous les suspicieux doivent être traités comme positifs. Si on tombe dans des pourcentages très bas, on pourrait en déduire d'autres choses. Dans tous les cas, ça dépend aussi des personnes testées.

        Cas fictif 1 : 100 personnes asymptomatiques sont testées. 20 sont positives.
        Cas fictif 2 : 100 personnes symptomatiques sont testées. 90 sont positives.

        Avec 2 résultats très différents, on pourrait arriver à une même conclusion : le virus est déjà très répandu (l'échantillon n'est certainement pas significatif).

        Tu présentes des cas (probablement) positifs chez des personnes non-testées. Si la remarque est pertinente, elle ne me semble pas être en rapport avec le commentaire initial.

        • [^] # Re: tests

          Posté par  . Évalué à 4. Dernière modification le 18/03/20 à 18:04.

          Ce que je voulais dire c'est que de toutes façons on allait frôler les 100% de testés sont infectés puisqu'on ne teste plus que ceux qui sont gravement atteints.

          Il faut maintenant considérer l'échantillon comme la population entière et attendre patiemment le nombre de cas augmenter (et le nombre de morts aussi).

          Quand on a 100 cas, que ce soit sur 100 tests ou 1000 tests n'est plus pertinent maintenant (puisque on connaît presque la réponse : c'est sur 100 tests). L'information c'est qu'on sait qu'on est au moins 100 sur 60 millions à l'avoir.

          En théorie, la théorie et la pratique c'est pareil. En pratique c'est pas vrai.

      • [^] # Re: tests

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 5.

        Personnellement, je pense qu'on peut tous plus ou moins considérer qu'on est contaminé. Ça simplifie.
        En fait, de mon point de vue, ce sera vraiment essentiel de savoir si oui ou non on est atteint de la maladie le jour où il y aura un traitement ou (inclusif) un vaccin. En attendant, c'est surtout pour les stats.

        OS préféré Mageia 7, CMS préféré SPIP, suite bureautique préférée LibreOffice, logiciel de dessin préféré Inkscape.

        • [^] # Re: tests

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 6. Dernière modification le 18/03/20 à 16:04.

          En fait, de mon point de vue, ce sera vraiment essentiel de savoir si oui ou non on est atteint de la maladie le jour où il y aura un traitement ou (inclusif) un vaccin.

          C'est un peu moins laid que « et/ou », mais c'est en fait inutile, le sens de la conjonction « ou » étant en règle général inclusif en français. Les cas où son sens est exclusif se comprennent assez bien au contexte, par exemple : le menu à 19 € comprend l'entrée et le plat ou le plat et le dessert. Il y a des cas ambigus, mais pas celui-ci.

          En gros, s'il y a une raison logique de penser qu'il s'agit d'un ou exclusif, alors c'est peut-être le cas, mais sinon, c'est toujours un ou inclusif.

          • [^] # Re: tests

            Posté par  . Évalué à 5.

            Sauf qu'on est sur un site qui parle d'informatique, et qu'il est normal dans ce contexte de différencier le OR et le XOR

            • [^] # Re: tests

              Posté par  . Évalué à -1.

              Je propose d'utiliser sous pour indiquer le XOR en français.
              L'exemple de Tanguy Ortolo deviendrait alors « le menu à 19€ comprend l'entrée et le plat sous le plat et le dessert » et ce serait tout de suite beaucoup plus clair.

              • [^] # Re: tests

                Posté par  . Évalué à 5.

                sous existe déjà, pourquoi ne pas utiliser xou ?

                • [^] # Re: tests

                  Posté par  . Évalué à 10.

                  J'utiliserais plutôt « oux » pour respecter l'ordre des mots en français.

                  XOR -> eXclusive OR
                  OUX -> OU eXclusif

                  • [^] # Re: tests

                    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3.

                    J'adore :

                    « le menu à 19€ comprend l'entrée et le plat oux le plat et le dessert »

                    Mon fils va enfin faire une phôte d'aurtografe en moin.

                    ⚓ À g'Auch TOUTE! http://afdgauch.online.fr

                    • [^] # Re: tests

                      Posté par  . Évalué à 2.

                      J'ajoute deux parenthèses au marqueur pour simplifier "entrée et le plat oux le plat et le dessert" en "entrée et le plat et le dessert".

                      Oups les restaus sont fermés :(

                      THIS IS JUST A PLACEHOLDER. YOU SHOULD NEVER SEE THIS STRING.

                      • [^] # Re: tests

                        Posté par  . Évalué à 0.

                        Voire même : « le menu à 19€ comprend l'entrée et le dessert ».

              • [^] # Re: tests

                Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3.

                « le menu à 19€ comprend l'entrée et le plat sous le plat et le dessert »

                Et on paye en dessous de table.

                * Ils vendront Usenet^W les boites noires quand on aura fini de les remplir.

      • [^] # Re: tests

        Posté par  . Évalué à -1.

        C'est pourquoi je ne regarde plus les stats du nombre de cas mais du nombre de morts. Encore que je ne suis même pas certains que l'Etat français ne fera pas passer des morts du Covid pour des morts d'autres choses surtout s'ils avaient déjà une autre maladie avant.

        • [^] # Re: tests

          Posté par  . Évalué à 0.

          Il n'y a que les Chinois et les Allemands a avoir fais les choses sérieuses. On vois la différence entre les pays développés/civilisés et les autres… :D

  • # quick and dirty

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à -2.

    quick and dirty

    Je m’attendais à rien, j’ai quand même été déçu.

  • # Je crois que ça existait déjà (bis) : https://veille-coronavirus.fr/

    Posté par  . Évalué à 1. Dernière modification le 18/03/20 à 16:19.

    Avec un nom pareil, ça se trouve : https://veille-coronavirus.fr/

  • # Worldometers

    Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3.

    Sur worldometers, il y a notamment un histogramme du nombre de nouveaux cas quotidien.

    • [^] # Re: Worldometers

      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 5.

      Très intéressant, notamment la possibilité d'afficher le nombre de cas, ou le nombre de morts, avec une échelle verticale logarithmique. Cela permet de voir si on est encore dans une progression exponentielle, qui avec cette échelle a l'aspect d'une droite. Si la courbe s'infléchit, c'est signe que les mesures prises pour limiter la contagion sont efficaces, si je ne dis pas de bêtises.

      • [^] # Re: Worldometers

        Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 7.

        Oux qu'il n'y a plus de personne à contaminer.

        Un LUG en Lorraine : https://enunclic-cappel.fr

        • [^] # Re: Worldometers

          Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4.

          Ou ! Les deux peuvent se produire simultanément.

          • [^] # Re: Worldometers

            Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 4. Dernière modification le 19/03/20 à 14:05.

            s’il n’y a plus personne à contaminer, ça n’a pas de sens de considérer une mesure comme efficace. Je valide l’oux dans ce contexte, ça évite un “undefined behaviour”.

  • # Autre façon de voir les choses : comparaison à l'évolution sans mesure sanitaire

    Posté par  . Évalué à 10. Dernière modification le 19/03/20 à 08:26.

    Une autre façon de voir les choses est de comparer l'évolution du nombre de cas à l'évolution théorique en l'absence de confinement. Si on s'éloigne de la courbe théorique, alors il y a espoir et le confinement "fonctionne".

    En effet, si l'on prend les données chinoises de l'épidémie avant confinement et que l'on essaye de le modéliser avec une courbe (exponentielle) on trouve un coefficient de 0.225. Source: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30627-9/fulltext

    Je vous propose alors à ce lien :
    https://share.bandinelli.net/f.php?h=1pvItSC-&d=1
    un fichier qui présente les données journalières de Italie, France, Espagne, UK, Allemagne (points noirs, chaque point représente un jour, le dernier point correspond au 18 mars) superposés avec la courbe théorique de l'épidémie (courbe noire) ajustée sur le démarrage de l'épidémie. Les données viennent de http://hgis.uw.edu/virus/assets/virus.csv et sont représentées sous R+ggplot.

    Plusieurs constats :
    - d'abord la courbe exp(0.225*t) corrèle très bien avec l'évolution du nombre de cas avant mesures drastiques
    - les traits verticaux rouges correspondent aux mesures de confinement prises : vous noterez qu'en Italie, le confinement strict a permis de "sortir" de l'exponentielle, ça monte toujours mais moins vite (espoir !)
    - pour les autres pays qui n'ont pas encore pris de confinement strict, on voit bien que malheureusement ils ne vont pas y échapper (j'aimerais me tromper)

    Vivement que l'on constate le décrochage de la courbe française par rapport à l'exponentielle théorique !

  • # Erreurs

    Posté par  . Évalué à 1.

    Quand j'exécute le script en suivant le lien donné, j'obtiens des erreurs et pas de graphique :-( :

    python3 main.py
    Connection to 'faas1.q37.info:53700'…
    Connected to 'faas1.q37.info:53700'.


     Your application is connected to the free public server. Welcome!
     THIS SERVICE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
     EXPRESS OR IMPLIED. THE USE OF THIS SERVICE IS AT YOUR OWN RISK.
    

    http://faas1.q37.info/faas.php?_token=9d119b7e-b744-41d4-b33e-8a1df236aff6

    Open above URL in a web browser. Enjoy!

    Failed to move to new namespace: PID namespaces supported, Network namespace supported, but failed: errno = Operationnot permitted
    Trace/breakpoint trap (core dumped)
    Failed to move to new namespace: PID namespaces supported, Network namespace supported, but failed: errno = Operationnot permitted
    Trace/breakpoint trap (core dumped)
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: firefox: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: iceweasel: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: seamonkey: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: mozilla: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: epiphany: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: konqueror: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: chromium: not found
    Failed to move to new namespace: PID namespaces supported, Network namespace supported, but failed: errno = Operationnot permitted
    Trace/breakpoint trap (core dumped)
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: google-chrome: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: www-browser: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: links2: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: elinks: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: links: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: lynx: not found
    /usr/bin/xdg-open: 851: /usr/bin/xdg-open: w3m: not found
    xdg-open: no method available for opening 'http://faas1.q37.info/faas.php?_token=9d119b7e-b744-41d4-b33e-8a1df236aff6'

    • [^] # Re: Erreurs

      Posté par  (site Web personnel) . Évalué à 3.

      Merci pour le retour.

      Le graphique en question s'affiche dans un navigateur web, et l'application tente d'ouvrir automatiquement le lien correspondant, qui est celui affiché (http://faas1.q37.info/faas.php?…).

      Cela varie en fonction du système d'exploitation, mais, dans le cas présent, c'est la commande xdg-open qui est utilisée pour ouvrir ce lien. J'ignore pourquoi cela échoue, mais, à priori, ce n'est pas l'application en soi qui est fautive.

      Pour vérifier cela, il faudrait essayer de lancer, par exemple, xdg-open http://linuxfr.org à partir du terminal pour voir si on obtient les mêmes messages d'erreur.

      Quoiqu'il en soit, copier, dans un navigateur web, l'URL affichée par l'application devrait afficher le graphique en question. Ce n'est pas pratique, c'est pour cela que l'application tente d'ouvrir automatiquement le lien en question.

      Avec certains terminaux, il est possible d'ouvrir une URL avec un clic droit…

      Vous voulez programmer une interface graphique et vous ne savez pas quel framework choisir ? Essayez le toolkit Atlas (voir 'site Web personnel").

  • # Un suivi quotidien au niveau mondial

    Posté par  . Évalué à 1.

    Voici un site universitaire donnant la liste des cas constatés officiellement, des décès et des guérisons jour par jour (voire plus), à partir de plusieurs sources :

    https://coronavirus.jhu.edu/map.html

    Peut-être y trouveras-tu des éléments pour affiner ton script ?

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