Journal L'open source, un gage de reproductibilité en science

Posté par  . Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
47
26
fév.
2012

Un article publié dans la revue Nature par des chercheurs britanniques explique pourquoi les programmes écrits par les scientifiques pour obtenir leurs résultats devraient toujours être open source et facilement accessibles. Comme l'article est long, je vais en faire un résumé.

Les physiciens, biologistes et autres climatologues écrivent couramment des programmes informatiques pour traiter et analyser automatiquement leurs données ou calculer les prédictions de leurs modèles théoriques. Dans le domaine de la biologie, je ferais remonter ça au moins à (…)

Journal Le site Floss4Science.com

Posté par  (site web personnel) . Licence CC By‑SA.
8
14
jan.
2012

Je souhaite partager avec vous le site floss4science.com qui publie des interviews, articles et des ressources pour les utilisateurs de logiciels libres en science et en ingénierie. Il y a de nombreux entretiens avec des blogueurs, des entrepreneurs et des développeurs de projets.

Vous pouvez visiter le site ici (Anglais): http://www.floss4science.com
Twitter: @floss4science

Journal Erwin Schrödinger vivant et bronsonisé à la fois

Posté par  . Licence CC By‑SA.
12
4
jan.
2012

Après Elvis, Ben Laden, Claude François, c'est aujourd'hui l'anniversaire de la mort (mais en même temps vivant, tant qu'on ne regarde pas dans la boite) : Erwin Schrödinger, mort le 4 janvier 1961.

Par contre, on n'a pas de nouvelles de son chat !

Les plus ${adjectif} histoires en science pour 2011

Posté par  (site web personnel) . Édité par Lucas Bonnet, Benoît Sibaud et Manuel Menal. Modéré par Nÿco. Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
40
26
déc.
2011
Science

Alors, entre la poire et le fromage, au bord de la crise de foie, une idée farfelue a fait son chemin : écrire des histoires scientifiques de l'année :) Bon, étant en thèse de science, ceci explique cela et rend peut-être le fait moins grave. Les images sont de l'excellent site Street Art Utopia.

La particule « boson de Higgs » en vue

Posté par  . Édité par Benoît Sibaud, Nÿco, Malicia, baud123, bubar🦥 et Bruno Michel. Modéré par Lucas Bonnet. Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
42
26
déc.
2011
Science

En physique des particules, le modèle standard décrit les différentes particules existantes et leurs interactions (forte, faible et électromagnétique). Wikipédia nous rappelle que :

  • la force électromagnétique s'exerce sur les particules de matière électriquement chargées ;
  • la force nucléaire faible concerne seulement certains quarks et leptons ;
  • la force forte s'exerce entre les quarks et assure la cohérence du noyau. Il existe des particules supports de ces forces et appelées bosons.

Le boson de Higgs est une particule hypothétique, sur laquelle repose la cohérence de ce modèle standard, et notamment le mécanisme de brisure de symétrie de l'interaction électrofaible.

Matplotlib 1.1 et autres outils de visualisation en Python

Posté par  . Modéré par Nÿco. Licence CC By‑SA.
27
1
nov.
2011
Python

Matplotlib est une bibliothèque en Python très utilisée pour tracer des graphiques en deux et trois dimensions. Le degré de sophistication peut être très élevé mais les choses simples le restent ; pour se donner une idée, il suffit de regarder la galerie d’exemples.
En combinaison avec les bibliothèques scientifiques NumPy ou SciPy et l’interpréteur IPython, nous obtenons un outil de prototypage très pratique.

Matplotlib n’est pas exempte de limitations, pour de grosses séries de données ou des visualisations complexes en trois dimensions. Il faut alors se tourner vers d’autres outils tels que guiqwt ou Mayavi, si l’on veut rester avec des outils en Python.

Petites brèves Ruby : MagLev, entretien avec Camille Roux et SciRuby

Posté par  (site web personnel) . Modéré par baud123. Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
11
2
nov.
2011
Ruby

MagLev est une implémentation alternative de Ruby sous licence MIT. Elle se différencie des autres implémentations par son utilisation de GemStone/S qui permet de partager un espace mémoire entre plusieurs processus Ruby.

Camille Roux, un développeur Rails français, a été interviewé par Remix Jobs. Le podcast qui en résulte permet de découvrir Ruby et Rails.

Dans la torpeur de l'été est né le projet SciRuby qui a pour but d'avoir un équivalent des bibliothèques Numpy, Scipy et Matplotlib (toutes codées en Python) en Ruby. Le projet est à ses balbutiements et tout aide sera la bienvenue. Pour le moment, le site du projet est en place et différents dépôts permettent de voir l'évolution des bibliothèques. Pour se faire une meilleure idée des objectifs des promoteurs je vous laisse lire leur entretien (en anglais).

N. D. M. : merci à Nonolapero pour son journal sur SciRuby.

Journal SciRuby, outils scientifiques en Ruby

Posté par  . Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
12
1
nov.
2011

Dans la torpeur de l'été est né le projet SciRuby qui a pour but d'avoir un équivalent des bibliothèques Numpy, Scipy et Matplotlib (toutes codées en Python) en Ruby. Le projet est à ses balbutiements et tout aide sera la bienvenue.

Pour le moment, le site du projet est en place : http://sciruby.com et différents dépôts permettent de voir l'évolution des bibliothèques. Pour se faire une meilleure idée des objectifs des promoteurs je vous laisse lire leur interview (en anglais) : http://www.floss4science.com/?p=688

Journal Einstein avait finalement raison! (comme toujours)

Posté par  (site web personnel) . Licence CC By‑SA.
48
17
oct.
2011

Journal presque bookmark pour vous rassurer sur l'événement qui a fait frétiller tous les scientifiques du monde il y a quelques semaines: des neutrinos plus rapides que la lumière auraient été détectés par les scientifiques du CERN.

Tankey en avait fait un journal, et aujourd'hui, au détour d'internet, j'ai trouvé cet article qui explique les raisons de la tromperie (malencontreuse):
http://www.fellowgeek.com/a-Einstein%E2%80%99s-Theory-Still-Safe.html

Et l'article original:
http://dvice.com/archives/2011/10/speedy-neutrino.php

Pour résumer: les scientifiques se sont servis des signaux GPS pour déterminer, à 20 (…)

Journal Le bio est comparable au logiciel libre (sciences et avenir)

Posté par  . Licence CC By‑SA.
10
7
sept.
2011

Monjour Nal !

Je je prends ma plume numérique aujourd’hui, c'est pour te parler d'un article. Cet article nous ne le connaissons pas, ni vous ni nous (Oh le petit chat). Oups, je divague (vague).

Reprenons.

J'ai acheté le dernier « Sciences et Avenir ». Celui de Septembre 2011, donc.

Je n'achète jamais ce magasine, même s'il a plutôt bonne réputation si j'en juge par les retours que j'ai pu avoir de personnes intéressées par les magasines de ce type (…)

Oscopy 0.70 aka 20110921 disponible

Posté par  . Modéré par Nÿco. Licence CC By‑SA.
20
23
sept.
2011
Technologie

Oscopy est une sorte d’oscilloscope propulsé par IPython. En tant que contribution à la simplification du flot de simulation électronique, il permet de visionner des données et de les post‐traiter (arithmétique, trigonométrique, FFT…). La particularité d’Oscopy est d’assurer automatiquement certaines tâches fastidieuses lors du rechargement des données d’origine (par exemple, après une nouvelle simulation) :

  • la mise à jour des signaux post‐traités en tenant compte des dépendances ;
  • la mise à jour des figures et graphiques.

Oscopy gère la communication avec d’autres programmes, tels que gschem de la suite gEDA, qui peuvent déclencher la relecture des fichiers à distance (D-Bus, etc.). Oscopy est conçu pour être facilement extensible, peu d’effort est nécessaire pour gérer de nouveaux formats de fichiers ou types de graphiques.

La version 0.70 aussi appelée 20110921 se focalise sur la stabilisation et l’amélioration de l’API, ainsi que la documentation.
Oscopy est maintenant propulsé par IPython et présente des améliorations pour le post-traitement et les recalculs automatiques lors de la mise à jour des données.

Le journal des modifications est détaillé dans la seconde partie de la dépêche.

Journal Vue de l'esprit ?

Posté par  . Licence CC By‑SA.
17
26
sept.
2011

Bonjour,

Le site de Berkeley vient de publier le résultat de recherches visant à reconstituer les images issues directement du cerveau:

Le site de Berkeley (en anglais)

En résumé, les chercheurs on enregistré l'activité du cortex visuel de volontaires tandis qu'ils (les volontaires) regardaient des video extraites de youtube.

A l'aide d'algorithmes mathématiques ils ont ensuite pu reconstituer une video déjà connue des cobayes et l'afficher (l'exemple sur le site de Berkeley est assez impressionnant)

Le projet pourrait, à terme, (…)

Journal Les élus républicains tuent le successeur de Hubble

Posté par  .
44
7
juil.
2011

Les États-Unis sont en train de préparer leur nouveau budget fédéral. Pour combler leur déficit abyssal les élus républicains du congrès ont décidé de prendre les choses à bras de corps : baisser les impôts pour les riches et maintenir ou augmenter le budget militaire. Ah, me direz-vous, ça ne contribue pas à la réduction du déficit. Nos élus républicains, fins observateurs s'en sont aussi rendu compte. Ils coupent donc dans le reste, les prestations sociales et la recherche. Plus (…)

Petite actu des outils d’analyse numérique

Posté par  . Modéré par Lucas Bonnet. Licence CC By‑SA.
45
16
juin
2011
Science

Au pays des scientifiques (entreprises & labos), en plus de la « taxe Microsoft » (Windows + MS Office), s’ajoute souvent la « taxe MATLAB » (employé comme grosse calculatrice graphique programmable…). Pourtant, dans ce milieu, les geeks ne sont pas rares. Continuons à porter la bonne parole : il existe des alternatives très valables, à choisir selon ses priorités !

Petit tour des candidats et leurs mises à jour dans la seconde partie de la dépêche.