arnaudus a écrit 4812 commentaires

Sur l'affaire "Bogdanoff", un petit mot quand même.

C'est une histoire assez compliquée, car personne là-dedans ne rentre dans des cases bien définies. Quand un travail scientifique est unanimement rejeté par la communauté, il ne peut pas être seulement médiocre. Tous les jours, des centaines d'articles scientifiques médiocres sont publiés, et on n'en fait pas une affaire d'État. Il y a donc des raisons supplémentaires pour expliquer ce rejet; une des raisons est que non seulement ce problème n'a été possible que parce que les Bogdanoff bénéficiaient d'une certaine notoriété (donc, il y a eu des passe-droit); mais qu'en plus une telle affaire montre à quel point il est possible de mystifier le grand public, grâce à quelques lacunes ou complicités dans le monde académique. Tu es toi-même victime de ça, bien sûr que tu ne peux pas toi-même évaluer la qualité de leur travail, mais le fait même que tu doutes de la version de la communauté scientifique fait froid dans le dos : et s'ils parlaient des OGM? De l'évolution? De l'avortement? Tu te rends compte à quel point il est facile de désorganiser complètement l'information de la société, à quel point l'imposture peut aller loin?

Toute l'ambiguité de l'affaire semble venir du fait que les Bogdanoff eux-mêmes ne sont pas entièrement conscients de leur imposture, ils ne sont pas cyniques à ce point. Ils pensent avoir réalisé un travail scientifique selon leur méthodologie, dans leur petit monde parallèle, et interprètent probablement les réactions outrées comme de la jalousie ou de la haine: c'est ça le plus triste, c'est qu'ils sont de bonne foi! Le problème, c'est qu'ils ne sont pas seulement naïfs, on le voit à la manière dont ils se défendent: ils interviennent dans les forums de discussion sous des identités cachées, inventent des professeurs étrangers qui n'existent pas, citent hors-contexte des déclarations hostiles qu'ils transforment en soutien, etc. Ils se font repérer, c'est atroce, ils se trahissent eux-mêmes dans les discussions, utilisent l'adresse IP de l'institut qu'ils ont crée; bref ils sont maladroits, mais ces pratiques montrent aussi la perversité de leur conception de l'honnêteté. Tu imagines un scientifique intervenir dans un forum de discussion sous une fausse identité, en s'inventant un soutien imaginaire? C'est vraiment délirant, et ça me fait penser que les Bogdanoff ne sont pas seulement victimes, mais aussi coupables, et en tout cas bien conscients de la possibilité de manipuler les gens.

Mais bon, en effet, les plus à blamer, ce n'est pas eux, c'est les personnalités du monde académique qui ont permis cette mascarade. Je sais très bien comment ça marche : c'est une succession de petites entorses, de petits mensonges, de petits arrangements, faits par simple confort. On délivre une autorisation d'inscription en thèse parce qu'on n'ose pas refuser face à l'étudiant, en se disant que ça ne va pas aller bien loin. On autorise une soutenance de thèse en se disant "de toutes manières, aucun jury ne l'acceptera". On accorde la thèse en se disant "de toutes manières, si le directeur de thèse est d'accord, on ne peut pas faire grand chose". On autorise à soumettre un papier en se disant "de toutes manières, jamais il ne sera accepté". Tout se passe comme ça, personne ne fait de grosse faute d'éthique, on se dit qu'il y aura toujours quelqu'un pour prendre ses responsabilités, et on finit par une situation embarrassante, où on n'a plus le choix et la seule manière de se débarrasser du problème est de laisser pisser. C'est vraiment le système académique qui est mis en cause ici, et la lâcheté de ces gens qui cherchent les responsabilités mais qui ne les assument pas.

D'un autre côté, pour les conférences le peer-review est en général tout aussi ridicule; en plus la réputation compte plus que la qualité du travail vu qu'on est invité à écrire quelque chose. Mais au moins ça maintient le côté "communauté", qui est totalement perdu avec l'OA dispersé.

Il y a un problème réel associé au modèle OA, c'est la qualité de la revue par les pairs.

Dans un journal "classique", le nombre de papiers publiés est en général plus ou moins constant (imposé par le format papier du joural). Le journal reçoit un nombre variable de manuscrits tous les mois, et seuls les meilleurs sont publiés. Les critères d'acceptation varient en fonction de la qualité du journal, ce qui revient au même que de dire que les critères dépendent de la qualité et de la quantité de manuscrits reçus.

Pour les journaux OA, la situation est très différente. Les revenus ne dépendent pas de la quantité de journaux vendus, mais directement de la quantité d'articles publiés. Il y a donc une corrélation négative parfaite entre la sévérité des critères et la quantité d'argent qui rentre dans les caisses. Bien sûr, on pourrait se dire que de publier trop de papiers pourris va tendre à faire diminuer à long terme la quantité d'articles soumis, mais c'est partiellement faux (de nombreux chercheurs sont bien contents de pouvoir publier leurs mauvais papiers), et en plus c'est un bénéfice à long terme, qui pèse bien peu par rapport à la nécessité de remplir les caisses à court terme.

Du coup, le système s'est scindé en deux. Il y a quelques revues OA, en général les premières sur le marché (je pense aux PLoS ou à la série des BMC par exemple) qui gardent des critères "traditionnels", et qui survivent grâce à la certitude d'attirer beaucoup de soumissions. Et puis il y a les autres, des milliers de petits journaux online crées par quelques dizaines d'éditeurs (souvent des filiales de gros éditeurs traditionnels créees pour l'occasion), qui innondent le marché d'une offre gigantesque de journaux inconnus. La plupart de ces journaux sont mort-nés, ils disparaissent après avoir publiés deux ou trois papiers, mais certains survivent, vivant justement du marché des papiers difficilement publiables ailleurs. Ces journaux garantissent en général un passage par comité de lecture rapide et "léger" (donc très permissif), de manière à publier la quasi-totalité des manuscrits reçus (bref, une sorte de gagnant-gagnant avec les auteurs).

La toute dernière nouveauté dans ce système est la mise en place par les "gros" OA d'une sorte de "garbage collector", une revue online fourre-tout destinée à ne pas perdre les manuscrits refusés par les quelques journaux sélectifs. Les PLoS One sont probablement le meilleur exemple. Ces éditeurs combinent donc la réputation de leurs gros journaux phares, et les revenus des fourre-tout.

Alors oui, la publication disponible pour tous, c'est bien. Mais au passage, on a aussi créé un monstre, celui de l'ouverture libérale démentielle du marché de la publication scientifique, avec l'apparition d'une concurrence malsaine entre les revues online pour attirer les manuscrits, quelle que soit leur qualité. Du coup, il n'existe virtuellement plus de filtre avant publication (en gros, n'importe qui peut publier n'importe quoi s'il amène le pognon qui va bien), et on voit fleurir des publications "scientifiques" signées par des créationnistes, des raéliens, et toutes sortes d'allumés. Ce n'est pas vraiment nouveau ni uniquement réservé aux journaux OA (cf les papiers des Bogdanoff), mais ça a simplement fait sauter les quelques derniers verrous qui existaient. Maintenant, on ne peut plus juger de la qualité d'un article au fait qu'il ait été publié dans une revue à comité de lecture, et c'est assez grave.

D'ailleurs, dans mon entourage professionnel, je trouve que les gens accordent encore beaucoup plus de confiance aux revues traditionnelles (malgré un facteur d'impact plus faible parfois), et certains chercheurs se refusent simplement à lire et à citer les papiers en OA, en accusant l'OA d'avoir détruit la notion de communauté scientifique.

Non, ça serait très, très, mais très mal vu. Si on doit corriger une erreur dans un de ses propres articles, on peut faire un erratum. Si on améliore la méthode et qu'on a de meilleurs résultats, on publie un deuxième article différent du premier, où on se place dans le contexte de l'amélioration d'une étude existante, avec des résultats qui montrent comment la nouvelle méthode surpasse l'ancienne, etc.

Ne parlons pas de la possibilité de reprendre le travail d'un autre. Il est éthiquement inconcevable de publier un article avec le nom d'un autre auteur, mais en ajoutant son propre nom, sans demander l'avis du premier. Même si c'est légalement possible dans le cadre de la licence CC-BY, c'est à mon avis passible d'une comission de discipline voire d'un licenciement.

La recherche fonctionne sur le principe que ce qui est publié est immuable. On ne modifie jamais un article publié, même s'il contient des erreurs, mais on reconstruit d'autres études pour le critiquer, en le citant. On peut reprendre une table ou une figure déja publiés, mais pas besoin de la licence CC pour le faire, il faut demander l'autorisation à l'éditeur et celle-ci est toujours accordée. Bref, autant il est très important d'avoir les publications en libre accès (sans payer) pour que la connaissance soit disponible le plus largement possible, autant il est totalement inutile d'avoir une licence libre. La CC qui correspondrait le mieux serait la CC-BY- ND.

Moderne ne me parle pas ;-) Disons que ce n'est pas vraiment le terme qui convient

Parce que tu l'utises, mais franchement, quelque chose qui date d'avant la découverte de l'ADN est obsolète en génétique. La preuve, c'est qu'on ne se comprend plus alors qu'on essaye de parler de la même chose.

De même, la "génétique formelle" n'existe pas : la génétique classique, à la limite.

C'est le vocabulaire employé pour la quasi-totalité des cursus universitaires en France. Google le terme si tu as un doute. "classique" est un synonyme, mais de là à nier l'usage de "génétique formelle"...

Non, pas de cassure, mais d'échange. La cassure est une chose, la recombinaison homologue, la conversion, etc. en sont une autre.

STP, fais un effort pour remettre dans le contexte. Il est évident que je parlais de recombinaisons faisant intervenir une cassure, et pas une simple cassure sans échange de matériel génétique.

Déjà, ancienne et moderne pour moi n'ont pas vraiment de sens sans qu'on les définisse.

Mais je passe mon temps à le faire! En génétique formelle (ou classique, ou "ancienne", bref en génétique pré-ADN), "recombinaison" désignait tout type de rééchantillonnage génétique. En génétique post-ADN, "recombinaison" est restreint au rééchantillonnage génétique faisant intervenir une cassure et un raboutage d'une molécule d'ADN, lors d'une méiose ou n'importe quand.

Ce n'est pas pour autant qu'on verra un phénotype à la fin.

Tu peux me reprendre sur mon vocabulaire, mais ce raccourcis-là est quand même pas mal...

la notion de "divergence tout à fait normale" m'échappe.

Je voulais dire "disjonction". Désolé pour le malentendu qui suit.

Ensuite, méfies-toi des mouches, ça cache des surprises

Non mais on peut pinailler sur les détails, ce n'est pas ça que je voulais dire. Ce que je voulais dire c'est que tous les généticiens que je connaissent disent "il n'y a pas de recombinaisons chez la Droso mâle", et c'est tout, et tout le monde comprend "recombinaison"' dans mon sens, et pas dans le tien. Quand toi même dis qu'il y a plus de recombinaisons chez les femmes que chez les hommes, tu parles de recombinaisons selon ma définition, et pas selon la tienne (le taux de rééchantillonnage des locus non-liés sera de 0.5 dans tous les cas). Quand on parle de recombinaisons ectopiques, ou de recombinaison non-homologue, on parle de recombinaison selon ma définition. La recombinase est une enzyme impliquée dans la recombinaison, définition moderne, et pas dans "les recombinaisons", définition ancienne. Tu vois, toi-même utilises systématiquement la définition moderne par défaut, mais tu maintiens l'ambiguité quand tu parles de génétique formelle. Alors je veux bien que des disciplines différentes peuvent avoir des définitions différentes, mais je pense qu'il est nécessaire de constater que la définition de "recombinaison" a glissé, et que ce glissement est irréversible, et sain par dessus tout (car la définition classique est très ambigue sur les mécanismes impliqués -- par nature je dirais, puisqu'elle date d'avant la connaissance desdits mécanismes).

Par ailleurs, il est faux que les procaryotes ont un chromosome

Oui bon d'accord, il y a les plasmides aussi et tout un tas de trucs dans les procaryotes, mais ces chromosomes ne sont pas homologues et leur répartition dans les cellules filles n'a rien à avoir avec une méiose, à ma connaissance. D'ailleurs, pour soutenir mon propos, il ne viendrait à personne l'idée de parler de "recombinaison" pour désigner cette répartition, et ce même s'il en résulte une transmission asymétrique d'un caractère.

Bah j'utilise les définitions modernes, mais c'est vrai que sur Wikipédia je me suis heurté plusieurs fois à des gens qui utilisaient les définitions du début du XXe qui, semble-t-il, sont encore parfois utilisées en génétique formelle. Donc pour moi, le brassage génétique, c'est le rééchantillonnage aléatoire des allèles lors de la méiose, résultant de deux phénomènes : (i) la ségrégation des chromosomes lors de l'anaphase de méiose I, et (ii) les échanges de matériel génétique entre chromatides sœurs juste avant, en métaphase de méiose I si mes souvenirs sont bons.

Pour moi, la recombinaison c'est un phénomène qui fait intervenir une cassure de l'ADN et un raboutage, à l'aide de toute la machinerie enzymatique kivabien. On parle par exemple de recombinaisons homologues ou non-homologues, de recombinaisons ectopiques, etc., tous ces termes décrivent ce phénomène de cassure de l'acide nucléique.

À mes yeux, l'ancienne définition venait de l'époque où on ne connaissait pas la nature du support de l'information génétique, et qu'on décrivait les phénomènes au niveau phénotypique, on parlait de caractères et de phénotypes parentaux et recombinants, par exemple. Une fois les mécanismes génétiques élucidés, il n'y a plus de raison, à mon avis, de continuer à utiliser un vocabulaire obsolète pour désigner deux phénomènes qui, biologiquement, n'ont rien à voir (la disjonction des chromosomes homologues et la recombinaison). On peut d'ailleurs avoir l'un sans l'autre, les procaryotes n'ont pas de chromosomes homologues, et les mâles drosophiles n'ont pas de recombinaison, mais leurs chromosomes divergent tout à fait normalement.

Le brassage chromosomique est la source majeure de brassage génétique et suffit pour produire 2^n gamètes différents (n est le nombre de chromosomes, 22 ou 23 chez l'Homme selon si l'on compte les chromosomes sexuels). Les crossing-overs ne sont qu'un mécanisme supplémentaire qui multiplie un nombre énorme à un nombre énorme, et ne changent pas la donne du problème.

Et de grâce, personne ne dit "enjambement", c'est du niveau de "dévédé" ou de "coup de pied de coin". Si vous voulez un mot français, on peut dire "recombinaisons", mais autrement c'est "crossing-over" et son barbare pluriel lexicalisé "crossing-overs".

Il est voulu par certains opposés à la neutralité du réseau et anxieux de l'espace de liberté qu'est Internet, mais certainement pas par les auteurs du questionnaire, qui ne font que reprendre des lieux communs, mais qui ne comprennent probablement pas assez ce dont ils parlent pour faire de tels amalgames à des fins manipulatoires.

Bon, j'ai répondu au questionnaire pour être gentil, mais c'est de la m*** en branche. Le minimum aurait été de rendre les questions contextuelles en fonction de la réponse à la première question sur le statut (professionnel ou non), parce qu'il faut sauter des questions de manière aléatoire, c'est tellement bien fait qu'on dirait un formulaire des impots.

L'amalgame entre le "piratage" et la pédopornographie est débile.

On demande à des gens qui s'y connaissent un peu de répondre à des questions débiles posées par des amateurs sur des lois créées par des incompétents. Je me demande dans quel monde on vit...

On en a parlé au dessus, aucune monnaie n'est émise (pas de billets ni pièces).

cf les problèmes avec les SELs en France.

Moi je dirais "cf la difficulté qu'a l'État français à trouver quelque chose contre les SEL". On voit bien que les attaques visent à récupérer les impôts, et pas du tout sur l'existence d'une monnaie d'échange officieuse, qui est tout à fait légale (ce qui est illégal c'est d'émettre des pièces et des billets apparemment). Et pour cause, si ma monnaie d'échange est la patate, l'État ne peut pas interdire les patates, pas plus que les billets de Monopoly, et ne peut empêcher qui que ce soit de payer un bien ou un service en billets de Monopoly. L'État veut juste empocher les impôts et la TVA qui correspondent aux biens et aux services échangés, ce qui est un vrai casse-tête. Pour les services, apparemment, la seule attaque possible est le travail clandestin. Si je fais travailler quelqu'un sans le payer, c'est illégal. Si je le paye et je ne le déclare pas, c'est illégal aussi. Donc dans tous les cas, il faut déclarer l'équivalent en euros du service rendu ; on ne paye pas le service en euros mais on paye les impots correspondant à cette transaction. Pour le troc lui-même, il faut payer la TVA sur les biens échangés. La conversion entre les "piafs", "graines", ou "bitcoins" et les euros est coton, et visiblement le casse-tête judiciaire est bien du côté des pouvoirs publics, et pas forcément des SEL.

Bref, on sent bien la frustration de l'État à ne pas pouvoir intervenir facilement dans de tels cas et l'angoisse un peu floue quant à ce qui se passerait si de tels systèmes se généralisaient, mais en tout cas, jusqu'à preuve du contraire, les SEL ne sont pas illégaux ni les systèmes monétaires officieux.

je m'interroge sur la pertinence d'un modèle sur lequel les hommes s'estimeraient en droit à percevoir quelque chose de la part de ses congénères sans autre justification que sa seule existence.

Il me semble hallucinant que tu te poses une telle question, tellement elle me semble absurde. Bien sûr que tu es en droit de t'attendre à percevoir quelque chose de tes congénères. La redistribution des richesses n'est qu'une version améliorée des contraintes morales et légales qui t'obligent à venir en aide à quelqu'un qui pisse le sang ou qui crève la soif.

Je ne vois vraiment pas ce qui t'empêcherait de faire un système pyramidal sur une monnaie sans valeur. C'est un peu comme si tu disais que les règles du Monopoly étaient illégales.

Quoi qu'il en soit le système n'est pas du tout pyramidal. Un système pyramidal est un système où l'argent apporté par les entrants sert à rémunérer les anciens. Pour les bitcoins, une telle rémunération directe n'existe pas. Le système mis en place serait un peu équivalent à un marchant de légumes qui vend son premier kilo de tomates à un euro, son deuxième à deux euros, etc. jusqu'à epuisement du stock. Les entrants peuvent dégager un bénéfice (leurs bitcoins prennent de la valeur et ils peuvent les revendre plus cher qu'ils ne les ont acheté), mais ces bénéfices sont de même nature que toute spéculation basée sur la rareté.

Je ne sais pas comment les lois des différents pays gèrent le problème des monnaies non-officielles, mais je doute que ça soit aussi simple que "c'est illégal dans pas mal de jurisdictions". À ma connaissance, le troc est parfaitement légal. Les transactions en nature doivent évidemment être comptabilisées en monnaie officielle pour des raisons fiscales, mais ne sont pas illégales. Ainsi, si une entreprise paye ses employés moitié euros moitié bitcoins, ça doit revenir à peu de choses près à un salaire moitié euros, moitié nature (hébergement, nourriture, etc).

Bien que le système financier tente de se verrouiller pour se protéger, il n'en demeure pas moins que les individus sont libres d'échanger des biens avec qui ils veulent selon les modalités qu'ils veulent, à partir du moment où tout le monde est d'accord.

Oui, un truc mou et rose entre les oreilles.

Merci pour la minute Paco Rabanne, vous oubliez aussi les météorites qui vont tomber sur les serveurs et le noyautage des élites par des Wikipédiens néocommunistes. Le fait que les gens qui n'aiment pas Wikipédia soient comme vous me conforte dans la solidité du projet, et le bien-fondé des bannissements; vous n'êtes définitivement pas fait pour participer à Wikipédia.

Ça sent le réchauffé Citizendium. En gros, c'est un projet parrallèle un peu mort-né lancé par Larry Sanger, qui s'était engueulé avec Jimbo Wales. On ne sait pas trop quelle dose de conflit éditorial vs conflit personnel il y avait là-dedans, mais l'idée générale c'est quand même que ce projet devait dans une certaine mesure entrer en compétition avec Wikipédia. Je pense que Sanger, comme beaucoup de gens, est allergique au mode de fonctionnement de Wikipédia parce qu'il pense que les contributeurs devraient être traités différenmment en fonction de leur qualification. Mais le système mis en place (une sorte de peer review avec montrage de patte blanche à l'entrée) ne fonctionne pas vraiment, ça ne correspond pas à la flexibilité qui fait le succès de Wikipédia.

Dans tous les cas, les deux projets sont sous des licences compatibles, et il reste possible d'importer les articles de l'un à l'autre, ce qui après tout n'est pas si mal.

Chacun est libre de raconter et de publier ce qu'il veut. Plus pertinent aurait été un lien vers le blog d'Alithia, qui tente de créer un tel «contre-pouvoir» depuis de nombreuses années. Ces sites sont utiles, ils cristallisent les critiques (et le plus souvent la haine ou les névroses) des contributeurs déçus ou bannis de Wikipédia, libérant le projet principal. Ils ont donc une utilité sociale, bien que leur contenu soit totalement inintéressant ("Wikipédia suinte l'idéologie post communiste", etc).

À noter que ce genre d'«écrits» ne sont pas l'apanage des bloggueurs et d'Internet. Des gens comme Pierre Assouline ou Guillaume Lecointre (que j'estime par ailleurs) se sont aussi laissé entrainer dans de tels pamphlets. Ça me fait un peu penser aux «intellectuels» du XIXe qui s'étaient élevés contre la construction de la Tour Eiffel, l'histoire leur réserve cette petite place anecdotique de ceux qui, pour de bonnes ou de mauvaises raisons, n'ont pas su attraper le train en marche et sont restés sur le quai.

Non non, je confirme, j'ai aussi oublié un mot de passe BIOS sur un portable et ça n'a rien à avoir avec une carte mère standard, le mot de passe est dans une mémoire flash et il n'y a pas de mot de passe constructeur, il faut aller dessouder une puce et la remplacer ou en lire le contenu.

Bah, la machine ne t'appartient pas, je ne vois pas de quel droit tu peux prétendre à une quelconque liberté...

Par contre, apparemment, le mot de passe du BIOS sera le même que le mot de passe root de toutes les machines. Ah ah ah ah, je ne donne pas deux semaines avant que les lycéens ne le connaissent tous.

Bah non c'est pas du latin. L'online etymology dictionary donne l'italien «portafoglio», et le wiktionnaire le donne relié au français «portefeuille». Mais en tout cas c'est bien de l'anglais, et l'utiliser en français est bien un anglicisme.

Peut-être que dans ta company, c'est in de speaker franglais, mais de là à dire qu'on n'est pas connected quand on ne jargonne pas du langage marketting...

Tu viens de découvrir la république ! ;-)

Non, la démocratie plutôt. L'idée de représentation est inhérente à la démocratie.

Il y a un point où la représentation est critique (mais on a tendance à l'oublier), c'est pour pallier son propre manque de compétences. Il vaut mieux déléguer une personne de confiance compétente pour prendre les décisions techniques , plutot que de prendre ses propres décisions basées sur une compréhension incomplète du problème. C'est un défaut essentiel des systèmes à démocratie directe.

Un autre point important de la représentativité est le secret d'État. C'est une bonne chose qu'un certain nombre d'informations ne sont pas publiques, mais sont connues d'un faible nombre de presonnes amenées à prendre des décisions importantes. On pense tout de suite aux problèmes stratégiques, militaires et diplomatiques, mais on pourrait aussi citer tous les cas où la nature du "jeu" change quand on joue cartes sur table (appels d'offre, transferts technologiques...). De fait, il est donc indispensable d'avoir des représentants de confiance.

Le défaut des démocraties est qu'il semble impossible de choisir des représentants compétents et dignes de confiance, d'une part parce que le simple accès au statut potentiel de candidat à une élection constitue un biais démentiel vers les personnalités égoïstes et manipulatrices, et d'autre part parce que même quand on arrive à avoir des candidats compétents et honnêtes, ils ne sont pas élus car l'honnêteté, le réalisme et l'intelligence sont des désavantages dans le jeu politique.

Un système de démocratie directe semble intéressant deux minutes, mais ses défauts submergent ses maigres qualités. Bien souvent, les désicions politiques se résument à faire un choix entre quelque chose qui est bon pour la société, et quelque chose qui est bon pour soi. Les hommes politiques prennent des décisions qui sont bonnes pour eux, mais si on leur demandait leur avis en permanence, les citoyens prendraient des décisions qui seraient bonnes pour eux aussi. Dans tous les cas, la société pâtit du système, et si on avait une alternative crédible, ça se saurait...

Je n'ai pas compris la remarque. Quand on ajoute le nom de la sous-espèce (sapiens sapiens) c'est pour la distinguer d'une autre sous-espèce, Homo sapiens neanderthalensis. Or, la plupart des paléontologues, à ma connaissance, reconnaissent le statut d'espèce à notre cousin Néanderthalien, ce qui rend la dénomination "sapiens sapiens" archaïque. Voir http://fr.wikipedia.org/wiki/Homo_sapiens_sapiens par exemple. Du coup lapin compris la blague :-)

La classification des revues existe déja, basée principalement sur l'impact factor. Il existe évidemment des différences entre les taux d'acceptation des revues et la nouveauté des résultats présentés, ça ne fait aucun doute et c'est très sain. Je trouve ça bien que dans certaines disciplines les conférences sont aussi classées de cette manière (ce n'est pas le cas dans mon domaine, où l'évaluation de la qualité des confs repose sur l'expérience de chacun).

Mais dans tous les cas, que ça soit pour les papiers ou pour les confs, il existe une limite en "dur", c'est celle du peer review. Il est en principe impossible d'accéder à de tels médias de diffusion de ses travaux sans qu'un comité de lecture constitué par des pairs n'accepte le travail soumis, une sorte de validation binaire sur la crédibilité du travail, l'intérêt de la question posée et la rigueur de la méthodologie. C'est cette limite qui fait que normalement, même dans les journaux très "bof bof", on est assuré de trouver des choses validées par la communauté. Or, cette limite a été brisée par certains journaux OpenAccess, qui ne rejettent plus et qui ont allégé très fortement le processus de review (pas de deuxième lecture, revues rapides demandées en quelques jours, décision éditoriale opaque...). La faille a déja été exploitée, par exemple par les courants créationnistes ou par des allumés de toute sorte.

Bon, je me sens globalement obligé de tempérer le ton optimiste de la news.

Je suis moi-même convaincu de l'intéret du modèle de publication libre. La raison principale à mes yeux n'est pas économique, mais éthique; quand la recherche publique est financée par les impôts, il est normal que n'importe quel citoyen ait un libre accès à cette production scientifique.

Maintenant, je trouve que la présentation du business des éditeurs de journaux scientifique est biaisée, car dénuée de fondement historique. Historiquement, les articles scientifiques étaient publiées par des sociétés scientifiques, sortes d'associations groupant les grosses têtes d'une discipline particulière. C'est donc tout naturellement que pour publier un travail, on envoyait son manuscrit à de telles sociétés, qui géraient sa publication. Les universités étaient en général capables de diffuser ces revues à prix coutant, c'est à dire que les chercheurs du monde entier ne payaient que les frais liés à l'édition d'un journal papier. Tout le monde était à peu près content du système, mais le monde a changé. Les universités sont de moins en moins des institutions à but non lucratif, et elles se sont aperçues qu'elles perdaient beaucoup d'argent avec cette activité qui se trouvait être un peu à la limite de ses missions. Les droits d'édition des revues scientifiques ont peu à peu été vendus à des entreprises spécialisées dans l'édition scientifique, qui ont rationnalisé la production. La transition s'est faite en douceur, et ce n'est que récemment que des gens cupides se sont aperçus qu'on pouvait faire beaucoup d'argent gräce à ce procédé, avant ça, la plupart des boites d'édition faisaient un travail relativement honnëte et proposaient les journaux scientifiques à un prix raisonnable compte tenu des faibles tirages.

Mais il faut être bien naïf pour croire que les publications OpenAccess sont la solution à tous nos ennuis. En règle générale, ces publications ne sont pas éditées par des associations, mais bien par des entreprises, qui sont au moins aussi peu scrupuleuses que les consœurs (ce sont d'ailleurs parfois les mêmes, ou des filiales de ces dernières). Le business de l'OpenAccess est en plein essort, et ses conséquences sont assez inquiétantes:

* Avant, le problème était que les labos pauvres avaient du mal à accéder aux publications. Maintenant le problème est que ces labos peuvent lire, mais ne peuvent plus publier. C'est un peu le choix entre la peste et le choléra.
* L'émergence de centaines de nouvelles publications OpenAccess a ravagé la structure traditionnelle des journaux à comité de lecture ; il y a maintenant tellement de journaux disponibles qu'il est très invraisemblable de voir un travail même mauvais ne pas être publié dans une revue à l'impact factor raisonnable, et les travaux publiés se retrouvent dispersés, ainsi que les compétences des comités de lecture et des editorial boards. Il n'existe plus de journaux présentant des listes impressionnantes de sommités comme éditeurs, et les journaux traditionnels se retrouvent en compétition avec de multiples clones dont l'avenir est incertain; la qualité moyenne des travaux publiés s'en ressent.
* Le modèle "Pay per Publish" au lieu du "Pay per View" amène avec lui une tentation extrêmement perverse, celle de lier les rentrées d'argent de l'éditeur au nombre d'articles publiés, et pas à leur qualité comme c'était le cas précédemment. De fait, le taux d'acceptation de certaines revues est extrêmement élevé, le peer review est tout relatif, et la qualité générale de la production scientifique s'en ressent. Il suffit de voir que la publications des articles "rebuts", rejetés par les autres journaux, est utilisé comme fond de commerce par certains journaux, comme PLoS One. Oyez Oyez chercheurs, nous publions contre monnaie sonnante et trébuchante tout manuscrit impubliable! L'appel est irrésistible, et le commerce est florissant. Il faut se rentre à l'évidence, l'OpenAccess va relativiser le peer review, en le faisant passer d'une variable binaire (cet article a été considéré comme acceptable par la communauté) à une variable quantitative (cet article a été publié dans tel journal, qui est connu pour ses critères assez laxistes / très sévères). Accessoirement, la qualité de la typographie et de la mise en page est souvent deficiente dans ces journaux, où le texte n'est parfois même pas relu par un correcteur professionnel. J'ai à plusieurs reprises été extrêmement déçu du rendu déplorable du PDF publié.

La transition d'un modèle de publication fermé vers un modèle ouvert est probablement un progrès, et semble de toutes manières inévitable. Mais ces deux modèles viennent chacun avec leurs défauts et leurs tentations, et mon expérience me porte à croire que les perversités du système OpenAccess peuvent être redoutables, car en plus de saigner (d'une manière différente) les budgets des universités, ils risquent grandement d'affecter la qualité de la production scientifique si le monde académique n'est pas capable de s'organiser pour trouver d'autres manières de réguler et d'évaluer le flux continuel de publications scientifiques.