aurel a écrit 1319 commentaires

j'ai bien envie de prendre cela, au lieu de VDR - enfin je testerai les 2 qd même-

VCR tu veux dire ? en tout cas si tu teste, fait nous part de tes impressions ! :D

le binaire marche tres bien sur une redhat 8. ça aurait peut etre été bien de le publier en premiere page: avec le we qui approche, il va bien falloir occuper les geeks :D

merde, en double... double kill... et -150XP parce que c'est violemment HS :)

C'est quand même une comparaison de génome non ? Ce n'est certainement pas une preuve de la fonction d'un gène mais c'est une piste pour la rechercher.

Oui, et non. c'est une recherche de protéine de séquence similaire dont on extrapole la fonction (généralement avec succès). Ds une comparaison de génome on tient compteégalement de l'ordre de l'ordre et de la nature des gènes, et moins de leur séquence (a moins de rechercher des orthologues ou des paralogues)

Bref l'analyse de similarité de séquence est une aide précieuse pour la recherche de gène impliqués dans des caractères complexes.

100% d'accord :)

Aurel, PhD en bioinfo :)

C'est quand même une comparaison de génome non ? Ce n'est certainement pas une preuve de la fonction d'un gène mais c'est une piste pour la rechercher.
Oui, et non. c'est une recherche de protéine de séquence similaire dont on extrapole la fonction (généralement avec succès). Ds une comparaison de génome on tient compteégalement de l'ordre de l'ordre et de la nature des gènes, et moins de leur séquence (a moins de rechercher des orthologues ou des paralogues)

Bref l'analyse de similarité de séquence est une aide précieuse pour la recherche de gène impliqués dans des caractères complexes.
100% d'accord :)

Aurel, PhD en bioinfo :)

je connais un peu le sujet, et je confirme que c'est le monde qui nous attends, évidemment en moins glauque et moins visible. les test de prédisposition aux maladies (cancer, cardiovasculaire, désordres métaboliques) pourraient tenir ds un stylo et se satisfaire d'une gouttes de sang pour faire un diagnistique tres interessant pour les compagnies d'assurances ou l'armée...

c'est un peu à la bio ce que le 'DRM+TCPA' est a l'info...

reste plus qu'a espérer que ces stylos soient sous linux :)

sans rancune :D
il me semble que les individus choisi pour le séquençage 'public' étaient plus nombreux... donc au total ça fait qd meme un paquet de monde :)

blast ne perment pas de faire une comparaison de génome, mais seulement d'aller a la peche avec une séquence de DNA, RNA ou de proteine pour recherche ds les bases de données de séquences si elle aurait des séquences similaires...

la prédiction de genes peut se faire avec des prediction avec des soft spéciaux (genre genscan par ex), un alignement tres précis sur du hardware spécialisé (genematcher (r)) ou grace a des algos exact (SW/NW), mais en aucun cas avec Blast, qui est une heuristique avec une sensibilité bien trop faible pr faire du travail de précision.

encore une fois, 'recherche des gènes similaires entre espèces et identifier leur différences ... ' ne peux s'envisager qu'avec une validation sur la paillasse, ce qui coute énormément de temps et énormément d'argent.

c'est un hoax... imagine sa prime d'assurance si sa compagnie d'assurance mettait en avant une prédisposition aux maladies cardiovasculaires par exemple ? -> anonymat obligatoirement, meme pr un mégalo fini (encore que le CV soit traité de mégalo par ses détracteurs, pour les autres c'est un mix de scientifique et de commercial tres crédible)

les labo public ont l'obligations de publier ds des revues scientifiques pour avoir des fond, et ces revues sont publiques. le choix de ne pas mettre a disposition de la communauté une partie de leur résultat peut etre compréhensible car les résultats d'une expérience sont aussi les fondement des hypothese des expériences suivantes. Mais généralement, un mail aux auteurs, et si les résultat ne sont pas trop confidentiel ils t'arrivent par mail :)

Pour ce qui est du génome séquencé c'est en fait une collection de génomes de plusieurs individus. Comme on a 99.99% de séquence identique a celle du singe, les différences entre individus (celles qui font qu'on a les yeux vert ou bleu, la taille, les cheveux et tout le tralala) ne représente qu'une infime fraction des 3 milliards de paires de bases. D'autre part certaines parties n'ont toujours pas été séquencées (en particulier les séquences tellomériques, les "extrémité" d'un chromosome), qui sont formées de motif répétés en tandem et qui sont tres difficiles a séquencer sans avoir une importances biologiques de tout premier plan (elles auraient un role plus structural en fonctionnel, et l'analyse du génome c'est plutot la recherche des genes et l'analyse fonctionnelles)...

Le nb de genes de l'un et de l'autre ne sont que des estimations.

ce qui serait plus sympa, ce serait de faire des prédiction de genes sur l'un et l'autre, de donner une fonction a ces genes par analogies avec les genes existant déjà caractérisé, puis de clusteriser ces genes pour chaque voie métabolique, pour ensuite dire quelles sont les similarité fonctionnelles entre le gui et l'homme... mais ça, c'est le graal et c'est pas pour demain !

Pour l'intant ça se fait sur les petit génome bactérien, par contre, ou il y a tres peu de genes, mais une tres grande densité de gene, et où ils sont tres facile a détecter avec fiabilité...

EMBL: www.ebi.ac.uk/embl/
DDBJ: srs.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
GENBANK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/(...)

+ ENSEMBL, un projet européen pour la visualiation et l'exploitation de toutes ces données : http://www.ensembl.org/(...)

Autant pr moi, ds la précipitation j'ai oublié de dire que :
- si je parlais des DB de séquences nucléiques, c'est parce qu'elles contiennent DEJA les séquences du projet Genome Humain.
- ds les challgenges a venir, il y a aussi ceux du reverse engineering des réseaux métaboliques (voir la db KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html(...) pr un exemple de ce que c'est, un réseau métabolique)

pr info, le chiffre de 34.000 genes avancé est une estimation, si certain d'entre eux sont identifiable plus facilement que d'autre, la majeur partie ne sera probablement vérifiée biologiquement avant plusieurs dizaines d'année (le bottleneck est ici la partie laboratoire, pas la partie informatique).

D'autre part, les banques de données de séquences nucléique : GenBank, DDBJ et EMBL sont toutes publiques et mises à jour ensemble. Seul le format de fichier diffère, les informations contenues sont les même.

Pr info, commence actuellement la post-génomique, c'est a dire l'exploitation de données autres que celles du génome, à travers l'analyse des données de transcription (c'est à dire l'ensemble des ARNs d'une cellule à un instant donné) ou d'expression (c'est à dire l'ensemble des protéines d'une cellule à un instant donné). Gros challenges en perspectives, tant pour les algo a mettre en place que pour les ressources CPU disponible :)

pourquoi pas une association qui joue le role de centrale d'achat pour les particulier, et qui engage pour eux des procédures aupres des grands constructeurs ?
Pour motiver les particuliers, elle pourrait meme avancer une partie de l'argent du remboursement :)


Aurel, avec un Dell Inspiron et son XP pro qui ne boote qu'une fois par ans (pour le réinstaller bien entendu)

pas de bol, RedHat a sorti le 7 une maj vers 2.0.40-11.3.
Question novice et bête (pas taper): est-ce que leur 2.0.40-11.3 est un vrai 2.0.40-11.3 ? ou est-ce qu'ils ont backporté les correctifs sortis depuis d'aout 2002 (http://www.apacheweek.com/features/ap2#rh(...)) ?

voir aussi: http://barometre.1ere-position.com/(...)
la débandade des moteurs de recherche historiques... à qd un moteur de recherche en GPL à l'échelle du web ? :)

mais oui, que ferait-on sans freshrpm, apt-get et synaptic !
a propos, c'est normal que mplayer final ne soit pas encore là ? :)

Aurel, redhat8 pressée qui se tait car il pourrait lui aussi faire ses RPMS :)

la pizza et les pates aussi...

et il sera d'autant plus azerty que tu regardes les plugins disponibles pour Eclipse, et que tu te rends compte qu'il est capable de gérer d'autres langages que Java: http://eclipse-plugins.2y.net/eclipse/index.jsp(...)

c'est clair ! j'utilisait JBuilder 7 Personal Edition et Eclipse apporte un plus indéniable au niveau de la rapidité !

damned, les fonctionalités disparaissent avant même que je les ai découvertes !

meme probleme sur google, mais uniquement sur la version google.com (pas sur google.fr par exemple).

idem pour la mise en attente qui empeche de récupérer les mails au fur et a mesure qu'ils arrivent. ce n'est pas un bug qui s'est 'déclaré' tout de suite, et je me demande si la 1.3b avait été dehors plus longtemps, s'ils n'auraient pas eu la possibilité de le corriger...

ah... le rythme des release...

qu'on aime ou qu'on aime pas le smooth scrolling, peu importe, de toute façon c'est désactivable.
par contre, je viens de l'essayer sur mozilla1.4a, et pour etre franc, ce n'est vraiment pas si smooth que ça, et le lag avec l'ascenceur ou la roulette est terriblement présent.
un autre feedback ?

pingouin, sapin, même combat !
on demande a greenpeace de faire les t-shirts ?

et paf, -1 car HS