Journal Rappel : Si vous essayez de modéliser l'épidémie de Covid-19 et que votre modèle est dérivable …

Posté par . Licence CC by-sa.
22
20
mar.
2020

… et à fortiori si sa dérivée admet un axe de symétrie, vous vous y prenez mal (au moins depuis mardi).

En ce moment, essayer de modéliser l'épidémie est un jeu assez à la mode sur LinuxFr et ailleurs, et il y a un truc qui revient systématiquement : à la fin on aboutit pour le nombre total de cas à une jolie courbe en forme de S, avec pour sa dérivée (le nombre de nouveaux cas par jour) (...)

Journal Un ouvrage sur Julia

37
5
jan.
2020

Bonjour,

Je me permets de faire un peu de publicité pour mon livre d’introduction au langage de programmation Julia, le premier livre en français à ma connaissance. Le livre est destiné en priorité (mais pas exclusivement) à un public de mathématiciens généralistes, pas forcément spécialistes du calcul scientifique. Les trucs très matheux représentent à peu près le tiers du livre.

On peut le lire gratuitement en ligne, ou acheter une version papier (en couleurs !) pour 19 € .
http://www.iecl.univ-lorraine.fr/~Olivier.Garet/livre_julia/

(...)

Journal SeqTools 1.0.0: la programmation concurrente, c'est dur!

31
28
déc.
2019

J'ai profité des vacances pour améliorer ma librairie en python SeqTools, déjà présentée sur linuxfr.

Pour rappel, cette librairie permet le traitement "paresseux" de séquences, c'est-à-dire de tout conteneur qui permet l'accès à ses éléments par indexation, en gros des listes, des tableaux ou un objet qui implémente __getitem__.
La librairie se destine plutôt à des transformations éléments par éléments ou à la réorganisation/combinaison d'une ou de plusieurs séquences entre elles. Pour les pythonistes: c'est un peu (...)

Journal Python haute performance et cristallographie

46
2
sept.
2019

Cher journal,

À l'instar de l'ami omc qui te partageait ses polycops de cours sur "Python for science", je vais moi aussi te parler de Python à travers le prisme de la cristallographie. Mais qu'est ce donc que la cristallographie vas-tu me demander. Historiquement il s'agit d'une discipline qui vise à déterminer la structure atomique (nature et ordonnancement des atomes) de la matière. Cette discipline est en fait à l'intersection d'un très grand nombre de domaines (physique, chimie, biologie,…) (...)

Python pour les sciences, une présentation

64
18
fév.
2019
Python

La sortie de Pandas 0.24.1 est l’occasion de parler de Python et du traitement des données scientifiques. Depuis quelques années, un certain nombre de projets ont émergé afin d’équiper Python pour les mondes de la recherche. Cette dépêche présente quelques‐uns de ces projets. Des ressources pour aller plus loin sont proposées en fin de dépêche.

Journal Mechamatic de la méca pour tous !

Posté par . Licence CC by-sa.
29
21
oct.
2017

Cher nal,
Comme tu le sais, j'adore l'informatique et la mécanique. Aussi, je m'amuse beaucoup à mélanger ces deux activités pour imaginer des solutions/applications plus ou moins utiles dans ces domaines. Je ne manque pas d'ailleurs de t'en tenir à chaque fois informé, car je sais que quelques mécaniciens barbus sont quelquefois de passages par ici.

Aujourd'hui, je voudrais te parler de Mechamatic.

Il s'agit tout simplement d'un site ouèbe qui permet de mettre en œuvre deux techniques avancées (...)

Journal Un Python qui rivalise avec du C++

15
27
août
2017

Rencontre avec un code de calcul scientifique open-source - écrit en Python - qui tente de rivaliser avec du C++ sur des supercalculateurs, spectralDNS!

Quelques liens:

La publication initiale : https://arxiv.org/pdf/1602.03638v1.pdf
Une seconde publication : https://arxiv.org/pdf/1607.00850.pdf
Une publication plus récente : https://arxiv.org/pdf/1701.03787v1.pdf
Le dépôt GitHub : https://github.com/spectralDNS/spectralDNS

Première réaction?

Je ne sais pas quelle est votre première réaction. Moi j'y croyais pas trop. Puis j'ai potassé les articles, j'ai fait quelques tests avec le code, j'ai contacté l'auteur principal, et (...)

Journal Cohérence des fonctions d'arrondi

Posté par (page perso) . Licence CC by-sa.
44
29
nov.
2016

Étant très inspiré par un récent journal, je me souviens de différences de comportements entre les langages de programmation.

J'ai moins de détails techniques croustillants à mentionner, mais pour ceux qui manipulent des chiffres et des lettres, ça peut être intéressant.

Supposons que l'on veuille arrondir une valeur. -0.5. Facile ? Et bien en fait, pas du tout !

round(-0.5) =

  • Python: -1
  • WolframAlpha: 0
  • PHP: -1
  • JavaScript: -0
  • Matlab: -1
  • Java: 0

Si l'on tient compte du zéro (...)

incompact3d.com fête son premier anniversaire

37
15
oct.
2016
Science

Pour célébrer le premier anniversaire du site incompact3d.com, faisons une brève plongée dans le code de calcul éponyme sous licence libre (GNU GPL) qui a plus de 15 ans ! Il permet de résoudre les équations de Navier‐Stokes incompressibles en 2D/3D et peut exploiter efficacement plus d’un million de cœurs.

OpenMOLE 5: Interface web et Market Place

19
25
sept.
2015
Science

La version 5 d'OpenMOLE - surnommé Loving Lobster (homard aimant) - vient d'être publiée. Pour mémoire OpenMOLE est un logiciel permettant de distribuer des explorations d'espaces de paramètres, de listes de fichiers, d'algorithme d'optimisation, d'analyse de sensibilité… sur des environnements de calcul type serveurs multi-processeurs, fermes et grilles de calcul. Il permet d’intégrer facilement votre code exécutable quelque soit le langage (C++, R, Python, Java, NetLogo…) et déporte son exécution de manière entièrement transparente, sans aucune installation préalable du coté de l'environnement d'exécution. Il permet de concevoir des workflows de calcul à très grande échelle générant des millions de jobs et des centaines de Go de données.

Voir les changements depuis la version 4 en seconde partie de dépêche.

Nous donnons régulièrement des formations ouvertes au public d'OpenMOLE à l'Institut des Systèmes Complexes à Paris. La prochaine aura lieu courant octobre, elle sera annoncée très prochainement.

Journal Minsky, pour les ingénieurs économistes

Posté par . Licence CC by-sa.
28
30
août
2015

Cher journal,

Aujourd'hui, je voudrais te parler d'un économiste pour lequel j'ai une grande estime. Comme tu peux te l'imaginer, si j'en parle ici, c'est que le bonhomme est un brin iconoclaste. Gagné.

Le monsieur s'appelle donc Steve Keen. Je viens de finir son bouquin récemment traduit en français : « L'imposture économique » dont la lecture est passionnante et accessible pour ce genre d'ouvrage et que je conseillerais à tout étudiant en économie. Avec un titre pareil, on pourrait s'attendre aux élucubrations (...)

Forum général.cherche-matériel Remplacer un (petit) cluster pour consommer bcp moins tout en gardant de la puissance

18
25
oct.
2014

Salut,

je dois, pour des raisons de consommation, remplacer le (petit) cluster du boulot. Pour information, nous faisons du traitement scientifique d’images satellites. Nous avons besoin de puissance de calcul et d’I/O (aussi rapide que possible).
Actuellement, on a 6 nœuds + un maître. 46 cœurs, 2 à 3.5go par cœur, 72 disques (12 à 24 disques par machine), pour un espace total de 140to (70 réellement utilisables avec la solution actuelle).
Logiciellement parlant, on a:
HTCondor pour la répartition (...)

Numba 0.14

Posté par . Édité par Benoît Sibaud. Modéré par patrick_g. Licence CC by-sa.
42
18
sept.
2014
Python

Numba, l'optimiseur Python spécialisé dans le calcul numérique, est sorti en version 0.14. Numba est un compilateur juste-à-temps (JIT) pour Python, basé sur LLVM, permettant d'optimiser du code de calcul numérique, notamment basé sur Numpy. Il est compatible avec CPython 2.6, 2.7, 3.3 et 3.4. Des paquets binaires sont disponibles via Anaconda, la distribution de paquets binaires dédiée au calcul scientifique maintenue par Continuum Analytics, l'entreprise qui développe Numba.

CentOS 7 fait son entrée au CERN

42
19
août
2014
Red Hat

Suite au rapprochement de Red Hat et CentOS en janvier 2014, le CERN a annoncé que CentOS 7 remplacera Scientific Linux 7 comme base de leur distribution maison, qui s’appellera désormais CERN CentOS 7. Scientific Linux est une distribution Linux, principalement maintenue par le CERN et le Fermilab. C'est un clone de Red Hat Enterprise Linux, qui existe depuis 2004.

Les utilisateurs de Scientific Linux 5 et 6 continueront de recevoir les mises à jours comme prévu jusqu'en 2020, mais l'avenir de Scientific Linux 7 est plus incertain : bien que déjà publiée en version Beta, Scientific Linux 7 pourrait finalement être publiée sous une autre forme, à savoir une variante de CentOS, tout comme il existe de nombreuses variantes d'Ubuntu. Mais pour l'instant, aucun communiqué officiel n'a été publié sur le site web de Scientific Linux.