littlebreizhman a écrit 1314 commentaires

L'écosystème des distribs est immense.
Je vais essayer de creuser un peu plus le weekend prochain.

J'ai donc installé le paquet .586 (la version x64_86 était déjà installé, j'avais vérifié avant de poster
L'erreur change mais reste un problème sur un autre module.

Traceback (most recent call last):
  File "gi/importer.py", line 138, in load_module
  File "gi/module.py", line 265, in get_introspection_module
  File "gi/module.py", line 117, in __init__
gi.RepositoryError: Typelib file for namespace 'GModule', version '2.0' not found

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "launcher.py", line 6, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/PyInstaller/loader/pyimod03_importers.py", line 621, in exec_module
  File "ironscanner-2.0-py3.7.egg/ironscanner/main.py", line 24, in <module>
  File "gi/importer.py", line 140, in load_module
ImportError: Typelib file for namespace 'GModule', version '2.0' not found
[18406] Failed to execute script launcher

Pour info, j'ai les paquets lib64glib2.0_0 et libglib2.0_0 installés (si c'est bien eux qui fournissent le gmodule requis (si j'ai bien compris).

La cauldron doit être un peu trop exotique par rapport à ta machine de dev.
J'ai voulu compiler ironscanner à l'instant depuis les sources git et le
```
source ./activate_test_env.sh

me réclame sane-backends

|Run-time dependency sane-backends found: NO (tried pkgconfig and cmake)

subprojects/libinsane/src/meson.build:60:4: ERROR: Dependency "sane-backends" not found, tried pkgconfig and cmake

A full log can be found at /tmp/test_ironscanner/ironscanner/sub/libinsane/build/meson-logs/meson-log.txt

Or il est déjà installé (version sane-backends-1.0.27-4.mga7.x86_64)

Je suis maudit avec ton soft et mageia, j'avais déjà eu des trucs bizarres la dernière fois.

je veux bien faire le test mais… (sur Mageia Cauldronet avec le binaire Linux)

[16118] LOADER: Running launcher.py
Traceback (most recent call last):
  File "launcher.py", line 6, in <module>
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 983, in _find_and_load
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 967, in _find_and_load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 677, in _load_unlocked
  File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/PyInstaller/loader/pyimod03_importers.py", line 621, in exec_module
  File "ironscanner-2.0-py3.7.egg/ironscanner/main.py", line 20, in <module>
  File "gi/__init__.py", line 129, in require_version
ValueError: Namespace GdkPixbuf not available

j'ai (un peu) cherché et je ne vois pas trop ce qui me manque

Yes, c'est plus lisible
Merci

Je vais pas crier au scandale, c'est l'ordre de grandeur connu pour les long reads, mais bon, la finalité n'est pas la même en général et les erreurs dans la séquence utile sont normalement corrigeables par l'assemblage.

Donc les barcodes customs font galérer un peu.
Dans ce cas, quitte à bricoler, pourquoi ne pas générer pour chacun de tes barcodes customs une liste de séquences dégradées (ou regex un peu sioux si tu restes sur grep ou agrep comme déjà cité) - à toi de fixer d'erreurs max, de les assigner à l'échantillon et de refaire tourner démultiplexeur ou grep en mode strict. Tu devrais ainsi attraper des reads en plus à associer à tes échantillons.
En plus cela te permettra de contrôler que chacun des barcodes avec des erreurs restent bien des identifiants uniques de séquences.

A coté de ça, tu semble trouver que le taux d'erreurs dépasse largement les 10 % : ton séquençage est-il considéré comme de bonne qualité par le séquenceur/ logiciels de qc ?
Si ce n'est pas le cas, c'est peut être normal que tu ais des difficultés à retrouver toutes tes barcodes.

Ah ouais, pas cool si tu as du mal à retrouver tes barcodes.
Tu veux donc démultiplexer tes reads… ma réponse précédente est un peu à coté de la plaque alors :)

Je suis plutôt du coté séquençage court (avec effectivement avec moins d'erreurs - on autorise en général une seule base en simple index) et je n'ai pas d'expérience récente avec les techno long reads. Du coup, pas trop à la page et pas trop sûr de pouvoir t'aider précisément.

D'un point de vue méthodo, je dirais qu'on nettoie les séquences après le démultiplexage : on risque de perdre des index (à moins que ce soit recommandé dans le cas des longs reads). Les outils que tu cites permettent de faire les deux en une seule passe (je connais cutadapt et trimmomatic) mais je ne m'en suis jamais servi pour démultiplexer.

Nanopore ne fournit pas une suite logicielle par défaut pour ses séquenceurs (ou bien ce n'est qu'avec leur partie serveur maison à base de GPU) ?

Par curiosité, je viens de faire un petit tour rapide coté biblio et howto sur le net pour la techno nanopore.

Les recherches renvoient rapidement vers le populaire https://nanoporetech.com/resource-centre/deepbinner-demultiplexing-barcoded-oxford-nanopore-reads-deep-convolutional-neural vendu pour être très sensible -> https://github.com/rrwick/Deepbinner (le readme donne pas mal de pistes notamment en couplant deepbinner avec un second demultiplexeur). Par contre, il a l'air d'être assez lourd à faire tourner et à des prérequis sur les formats d'entrée et les index utilisés.

Il semble aussi avoir plein d'autres softs de demultiplexage pour les nanopore (liste non exhaustive) :

• https://github.com/rrwick/Porechop (même github que le soft précédent), readme super détaillé aussi cf https://github.com/rrwick/Porechop#barcode-demultiplexing sur le % d'identité des index -> perso, je testerais celui là.

• https://github.com/calacademy-research/minibar (seulement pour du double index ?)

L'utilisation ds index customs semblent parfois être un frein pour l'utilisation de certains de ces démultiplexeurs… A voir si c'est le cas dans tes échantillons.

Un tuto de Nanopore cite aussi albacore https://denbi-nanopore-training-course.readthedocs.io/en/latest/basecalling/basecalling.html (mais si j'ai bien compris, il faut le récupérer avec un compte chez Nanopore)

En as-tu essayé certains, as-tu regardé les paramètres (en général, on peut en général augmenter le taux d'erreurs autorisé dans les index) ?

Sinon, d'expérience (et encore une fois surtout en short reads et en séquençage plutôt profond), autoriser trop d'erreurs dans les index n'aide pas forcément pour l'analyse secondaire des séquences.
Si tu restes le plus strict possible, tu as vraiment beaucoup de séquences non reconnues ? Si oui, ce qu'il te reste n'est pas suffisant pour la suite de tes travaux ?.

Par curiosité, quels logiciels bioinfo as-tu essayés pour dire que grep est plus puissant pour faire ce que tu veux ?

A vue de nez, j'aurais rapidement utilisé un outil d'alignement local genre blast, blat et dérivés qui sont optimisés pour la recherche de bouts de séquences par alignement local ou tout autre logiciel implémentant l'algo de Swith et Waterman (qui sera d'ailleurs potentiellement plus précis mais plus lent que les heuristiques de blast ou blat - en passant, l'algo est assez simple à coder si tu veux l'implémenter).

Ils font a peu près ce que te suggèrent d'ailleurs certains posts pour chercher ton motifs et ses approximations sur la base contenant l'ensemble de tes séquences.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Basic_Local_Alignment_Search_Tool
https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)
https://fr.wikipedia.org/wiki/Algorithme_de_Smith-Waterman
https://www.ensembl.org/Help/Faq?id=429
https://sequencebase.com/smith-waterman-vs-blast/

Il faut bien paramétrer le logiciel pour favoriser ce que tu cherches coté motif et nombre d'erreurs autorisées (favoriser/pénaliser les mistmatches, les gaps etc).
Il faudra un peu scripter pour extraire les séquences pertinentes de tes alignements finaux selon le pourcentage de similarité et leur longueur.

Je ne critique pas l'idée de te servir de grep/agrep/awk/sed et consorts, je les utilise pour fouiller des séquences tout les jours mais les logiciels spécialisés sont quand même plus puissants à grande échelle.

y'a pas de Zenith à Fort de France, wikipedia est formel W :)

Super la fiabilité du résultat, on peut voter autant de fois qu'on veut si nettoyage de cookie ou en navigation privée.

Ce questionnaire est une parodie, les questions sont complétement à l'ouest : on te demande d'abord si tu préfèrent heure d'été ou d'hiver pour de faire choisir ensuite UTC+0, +1 ou +2.

On peut donc dire heure d'été en UTC+0, ça invalide les réponses ou ça compte pour les deux camps ?

Pour le chevreuil je sais pas, mais pour les vaches et autres animaux domestiques, les agriculteurs avisés décalent les horaires des quelques minutes les jours entourant la date de changement d'heure pour habituer leur cheptel au lieu d'une transition brutale.

Pour le chat, perso, je pense que ces bestioles ont leur propre fuseau horaire :)

Super

Merci à vous deux

J'utilise smplayer.
Comment utilise-t-on cette fonctionnalité dont j'ignorais l'existence ?
Jusqu'à maintenant, j'ajoute ou enlève des centaines de millisecondes au pifomètre.

Pardon pour le squat de journal, super projet.

C'est vrai quand je vois un sommet de 4000m, j'ai une envie furieuse de prendre les petites routes :-)

C'est pourquoi, ils restent dans les vallées soit des zones géographiques limitées et ça rends de facto les déplacements nécessaires efficaces.

Il y a par exemple beaucoup de chimie

Ah oui, j'avais oublié les bigs pharma dans la liste de mes exemples clichés et j'ajoute les banques, j'ai du faire le tour :)

Ce qu je voulais souligner c'est que les matières premières de l'industrie et l'agro-alimentaire proviennent de l'extérieur du pays.

Je ne dis pas le contraire, je sais que le réseau ferré de Suisse est dense.

Je voulais juste dire que du fait de la taille réduite du pays et sa partie montagneuse (qui est de facto peu dense en terme d'habitants), les déplacements nécessaires par camions d'une gare/aéroport/base logistique vers sa destination finale sont forcément limités géographiquement et donc plus efficaces (même s'il faut faire le tour d'une montage de temps en temps si pas de tunnel).

Bref, la situation de la Suisse versus celles de pays bien plus grands et "moins riches", ce n'est pas le meilleur des comparaison.

Après, je suis d'accord, on se repose trop sur les camions en France.

Si tu as déjà pris l'autoroute en Suisse, tu peux constater quil est possible de ne pas avoir des routes encombrées de camions, et pour autant c'est un pays qui tourne.

Ouais mais la Suisse c'est gros comme l'Aquitaine avec des montagnes dedans, les camions n'ont surtout pas besoin d'avoir de grands axes pour faciliter leur déplacements.

Et à mon avis, le chargement du camion suisse (sauf si c'est des montres ou du chocolat :) ), il a du prendre auparavant des autoroutes allemandes, françaises ou italiennes…

Alors pourquoi seul le VAE se fait-il railler ainsi ? Pourquoi quand je prends la moto sous la pluie on me dit que je suis courageux, mais le VAE un beau jour on me traite de fainéant ?

Et bien prend ton VAE sous la pluie et c'est réglé, CQFD !

Sinon par rapport à TAE, on en est où ? les utilisateurs se font aussi railler par les trottineurs puristes de l'effort sans assistance ?

Effectivement, la majorité vient du cache et des données utilisateurs.

Détails en version 7.6.11.2147…

• Taille d'application : 95.61 Mo
• Données utilisateur : 71.71 Mo
• Cache : 264 Mo
• Total : 432 Mo

La taille de l'appli étant quand même ~15 Mo (+20%) plus volumineuse pour le même téléphone, même OS

Comme ton screenshot montrait une version (7.6.13.2155…) plus à jour, je viens de la récupérer aussi et après installation :

• Taille d'application : 79.25 Mo (pareil)
• Données utilisateur : 69.09 Mo
• Cache : 264 Mo
• Total : 413 Mo

Y'a donc du progrès (quoiqu'il faudrait faire le calcul à chaque maj pour voir dans quel sens ça évolue, je suppose que parfois la taille augmente).
Mais comme quoi il y a de la place pour de l'optimisation et les développeurs semblent le faire.

chez moi : op6 android pie

Stockage interne : 431 Mo
Mémoire : 101 Mo au courts des 3 dernières heures

sans tr

> echo  "the cake is a lie     :)" > HL3.txt
> od -c HL3.txt                             
0000000   t   h   e       c   a   k   e       i   s       a       l   i
0000020   e                       :   )  \n
0000031

Super, merci

Je suis sous cauldron (ce qui déjà peut être une raison) mais il semble me manquer pas mal de lib SDL par rapport à ta liste.

J'ai d'installé :

lib64SDL1.2_0-1.2.15-20.mga7
lib64sdl2.0_0-2.0.8-4.mga7
lib64sdl2.0-devel-2.0.8-4.mga7
lib64SDL_gfx15-2.0.25-5.mga6
lib64SDL_image1.2_0-1.2.12-11.mga7
lib64SDL_sound1.0_1-1.0.3-18.mga7

Pour mono, j'ai autant voir plus.
Je vais voir ça.
Sinon, je vais récupérer le mono sur le site officiel comme suggéré plus haut et voir si ça persiste.

Mais mes erreurs sont du genre :

System.TypeInitializationException: The type initializer for 'System.Console' threw an exception. ---> System.TypeInitializationException: The type initializer for 'System.ConsoleDriver' threw an exception. ---> System.Exception: Magic number is wrong: 542
...
[ERROR] FATAL UNHANDLED EXCEPTION: System.TypeInitializationException: The type initializer for 'System.Console' threw an exception. ---> System.TypeInitializationException: The type initializer for 'System.ConsoleDriver' threw an exception. ---> System.Exception: Magic number is wrong: 542

hum, sous mageia pas moyen… pour les libs hors mono, c'est ok, pour mono pas sûr.
J'ai regardé ce qu'il y a dans le package mono-complete et il n'y a pas tout dans mageia.
J'ai une longue trace d'erreur mono qui ne m'aide absolument pas à savoir ce qui va pas.
J'ai déterré mon compte steam mais c'est que pour windows via la plateforme.
Dommage, le journal avait aiguisé mon appétit

Oui, je viens de lire un article à l'instant sur Linus et sa remise en question et passait par-là pour amender mon commentaire d'un "ou pas" mais tu m'as devancé :)

https://www.cable-box-fibre.com/ ? (recherche rapide)

Plus d'ONT avec la livebox 4 : elle possède un port pour un adaptateur SFP (sauf pour ceux qui en ont déjà un ONT dans le cas d'une migration d'une ancienne génération)

J'ai pas cherché mais il doit en avoir une palanquée des couples master/slave ou des idées approchantes dans le code du noyau ?

Personne n'a encore tenté le coup avec Linus Torvalds ? La réponse en retour risque d'être assez rude.