En politique, le populisme, c'est dire au peuple (je hais ce mot valise, c'est qui/quoi le peuple, il y a plein de définitions derrière) ce qu'il veut entendre, principalement à des fins électoralistes ou opportunistes, à grandes envolées émotives, très souvent avec aucune explication de comment réaliser les dites annonces (moyens humaines, financiers etc) ou en promettant ci ou ça. Mais comme dit le dicton, les promesses n'engagent que ceux qui les croient.
Ton œil ouvert, il l'est peut-être, mais sur les sondages (parfois rapportés dans le Monde).
C'est surtout ça qui est reproché au populisme et pour tous les bords politiques.
(Quasi) tous les hommes politiques qui ont des ambitions le sont à un moment ou un autre.
Poste directement le lien vers la propagande de Mélenchon … ah non de l'UPR, pardon.
J'ai dû manquer un truc :) ça gagne de la place (pas besoin de coller ce truc ici à mon avis)
Bref, je sais que les journaux sont là pour tout mais je trouve ce genre de discussion entre convaincus (à 600000 voix près pour certains) qui campent sur leurs positions sans écouter les arguments d'en face, ce n'est pas très intéressant, après je suis pas descendu tout en bas sur journal pour voir si ça s'améliore.
Que cela ne serve à rien, on le saura à terme. Que cela soit dangereux, il a prouvé que non, parce que oui, 2600 cas sans aucun des cas prédits par les médecins médiatisés, cela les discréditent totalement. L'IHU a un tau de mortalité inférieur à 0.4% … Peut être que cela vient du fait qu'ils font des dépistages systématiques sur chaque patient qui est venu et que de ce fait des personnes asymptomatiques sont venues et que des personnes qui seraient restées chez elles sans complications sont également venues, changent un peu les chiffre. Mais tout de même cela devrait questionner !!
Donc oui, cela contribue forcement à diluer le calcul du taux de mortalité par rapport à d'autres départements qui ne font les tests que sur les malades qui arrivent de façon plus traditionnelle dans les services de soin. (et encore, il faut tenir compte que l'estimation des cas positifs de l'IHU est probablement plus importante car il est estimé que 30% des prélèvements sur des porteurs du virus ne contiennent pas de virus il le test donne donc un résultats faussement négatif). Ce biais est par contre valable pour tous les prélèvements nasaux de Paris à Marseille.
De plus, les gens trop atteints arrivent dans les hôpitaux marseillais en ambulance et ne passent pas tous par l'IHU. Il faudrait voir aussi le taux de décès pour tout le département (pas vraiment trouvé malgré quelques recherche recherche).
Et au moins une dizaine de départements ont des taux de mortalité plus faible que les bouches du Rhone sans faire autant de que l'IHU. https://www.liberation.fr/checknews/2020/04/08/est-il-vrai-qu-on-meurt-moins-du-covid-19-a-marseille-que-dans-le-reste-de-la-france_1784568 (pas vraiment trouvé de données plus récentes).
Malheureusement, les vrais taux de mortalité ne seront connus que bien après la crise sanitaire avec les tests sérologiques quoi permettront de savoir quel pourcentage de la population a contracté le virus et a guéri du covid-19 et confronté cela au nombre de décès directement liés au covid-19.
ça questionne, pas de soucis là dessus. Comme dit plus haut, plus autres tests avec un protocole plus sérieux de celui de l'IHU sont en cours (en plus de Discovery, je sais qu'il y a des inclusions pour un test du CHU d'Angers par exemple) pour essayer de prouver si l'hydroxychloroquine a un effet primaire pour le codi-19 (bénéfique ou non) en plus de ceux parfois attendus en secondaires.
Même pas.
Pour une personne qui ressent des symptômes (fièvre, toux, gêne respiratoire, etc) mais qui ne nécessite pas de prise en charge ni d'hospitalisation alors le test de dépistage n'est pas pratiqué.
On lui dit simplement de rester chez elle en s'isolant le plus possible.
Cette personne a très probablement le virus mais elle n’apparaît pas dans les stats.
Je parle d'expérience puisque j'ai un cas dans ma famille. On lui a dit qu'il n'y avait pas besoin de tester et qu'il fallait réserver les tests pour les cas graves.
Exactement et on va encore moins dépister maintenant qu'on en stade 3 : que les cas hospitalisés et les suspicions/cas chez le personnel soignant.
Pas d'idée pour les réglages de nouveau mais rester aux derniers drivers stables de nvidia n'est pas faisable ?
Sinon, si c'est un pc fixe, ajouter une carte pci à pas cher peut être un moyen de contourner le problème.
Ne saisir un énième de numéro de carte bleue avec possiblement une future fuite de données plus tard (je suis conscient que ça peut arriver chez paypal aussi mais ça centralise le problème si ça arrive)
Je te donne une autre vision : mon absentéisme signifie qu'aucun des candidats ne me conviennent et puisque le vote blanc ne me permet pas d'influer sur le résultat et de montrer que je rejette tous les candidats, pourquoi me déplacer si l'on ne veut pas entendre ma voix
Que tu le veuilles ou non, le système de vote actuel demande de FAIRE un choix parmi la liste des candidats qui se présentent, point barre. En faisant ainsi tu ne réponds pas à la question.
C'est la seule et unique question du scrutin. Bien sûr, ce n'est pas parfait. On ne demande pas de voter pour un candidat ou une candidate qui colle parfaitement. Il s'agit de choisir celui ou celle qui fera le mieux (ou le moins pire) l'affaire selon tes critères personnels.
Y voir une autre question, comme exprimer son ras le bol envers le système, les partis politiques, etc ne fait pas parti de la question.
Le vote blanc y a légèrement sa place en hors sujet car veut dire ce que tu exprimes == "je ne veut pas répondre". (on compte au moins les votes blancs même s'ils ne sont pas pris en compte dans le calcul de la représentativité).
L’absentéisme, pour lequel on ne peut pas trancher entre ceux qui suivent la masse, ceux qui s'en foutent ou ceux qui sont contre tout par défaut ou qui avaient piscine ou que sais-je encore, c'est nul et non avenu. Ta vision de TON absentéisme, personne ne peut la connaitre à part toi et elle est probablement différente de celle d'un autre absent du vote.
Si comme tu l'écris, tu fais parti ce ceux qui ne refuse pas la vie politique, bouge toi et va voter (blanc dans ton cas, même si ça compte pas comme tu le dis, ça permet de voir ceux qui se sont déplacés dire je ne veux/peut pas répondre).
Après, faut-il remettre à plat le système de vote actuel par un meilleur, voire virer la fonction de président (cristalliser sur une seule personne toutes les attentes de chacun, c'est évidemment mission impossible), pourquoi pas mais je parie mon bulletin de vote qu'il y aura encore des pas contents.
Une petite question au cas où : il teste bien en filaire ?
Perso, chez moi, le wifi de mon ordi sature à 100 Mb/s (je ne sais plus quelles versions ma carte wifi supporte)
Pour la freebox revolution, il y a un test de bande passante intégré dedans (je ne sais plus quel onglet, je n'en ai plus) et plein de trucs graphiques pour monitorer la bande passante en temps réel.
Non, il ne la perd pas car elle sert aussi pour payer la cantine et ouvrir les portes.
Par contre, les lecteurs manquants et leur gestion aléatoire : t'as bien visé :)
Google news et les pages équivalentes des concurrents ne sont que des pages de référencement dédiées : le principe du web et des moteurs de recherche (contre parfos de la pub).
Certes un peu enrichie mais on n'y apprend rien, en tout cas sans allez sur le site du journal en lien (qui a le choix quoique qu'il en dit et qui ne paye pas le référencement) et qui nous abreuve de sa pub et de son paywall.
C'est donc bien du donnant-donnant.
Et c'est tellement le cas, que les médias sont devenus les rois de la course à l'échalote pour publier des news d'abord et recouper les sources après, quitte à désinformer.
Perso, j'ai mes bookmarks pour les sites que je fréquente régulièrement, éventuellement des flux rss, et pour le reste, je demande aux moteurs de recherche.
et puis ça rend les fusées vintages; cette couleur inox qui brille : un rappel direct à la période de la course au mur du son puis aux missions Mercury avec leurs combinaisons à la Flash Gordon
les gros problème, c'est surtout que les système des urgences en France n'est pas dimensionner pour gérer les cas de médecine générale et que les médecins généralistes actuels ont désormais des horaires de "bureaux" en comparaison avec la génération précédentes. La "spécialité" généraliste est peu attractive désormais chez les futurs médécins.
Noter bien que je comprends qu'eux aussi ils veulent une vie de famille toussa avec des horaires rangés.
Mais cette transition de fonctionnement n'a absolument pas été envisagé pour les politiques de santé diverses (et encore, n'oublions pas le numerus clausus)
On arrive donc à la situation actuelle : des urgences saturées de malades bénins (rhume, grippe, lésions de faible gravité…) et un désert médical qui s'agrandit.
Ce qui laisse huit rescapés, en fait les huit services les plus utilisés actuellement selon Pierre-Yves Gosset : Framadate, Framapad, Framindmap (nouvelle version), Framagenda, Framadrive, Framavox, Framacarte et Framatalk. Rien ne garantit qu’ils seront préservés ad vitam aeternam, mais l’association n’envisage pour l’instant pas leur fermeture.
Info bien retrouvé aussi dans le lien cité ci-dessus
Les seules exceptions à cette façon de faire sont, tout simplement, les services que nous ne fermerons pas (Framadate, les Framapads et MyPads, Framavox, Framagenda, Framatalk, le Framindmap collaboratif, Framacarte), auxquels s’ajoutent ceux que nous déplaçons juste dans notre axe « Culture Libre » (Framagames et Framinetest), ainsi que Framadrive (qui, lui, a très vite atteint la restriction des 5000 comptes que nous nous étions imposés… ce qui va rester ainsi).
C'est bizarre effectivement, je me demandais si ce n'était pas une histoire entre les versions i586 et x64_86 qui coexistent (comme pour le paquet manquant cité dans mon premier post alors que la version 64 bits était bien installé auparavant)
J'ai donc installé le paquet .586 (la version x64_86 était déjà installé, j'avais vérifié avant de poster
L'erreur change mais reste un problème sur un autre module.
Traceback (most recent call last):
File "gi/importer.py", line 138, in load_module
File "gi/module.py", line 265, in get_introspection_module
File "gi/module.py", line 117, in __init__
gi.RepositoryError: Typelib file for namespace 'GModule', version '2.0' not found
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "launcher.py", line 6, in <module>
File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/PyInstaller/loader/pyimod03_importers.py", line 621, in exec_module
File "ironscanner-2.0-py3.7.egg/ironscanner/main.py", line 24, in <module>
File "gi/importer.py", line 140, in load_module
ImportError: Typelib file for namespace 'GModule', version '2.0' not found
[18406] Failed to execute script launcher
Pour info, j'ai les paquets lib64glib2.0_0 et libglib2.0_0 installés (si c'est bien eux qui fournissent le gmodule requis (si j'ai bien compris).
La cauldron doit être un peu trop exotique par rapport à ta machine de dev.
J'ai voulu compiler ironscanner à l'instant depuis les sources git et le
```
source ./activate_test_env.sh
me réclame sane-backends
|Run-time dependency sane-backends found: NO (tried pkgconfig and cmake)
subprojects/libinsane/src/meson.build:60:4: ERROR: Dependency "sane-backends" not found, tried pkgconfig and cmake
A full log can be found at /tmp/test_ironscanner/ironscanner/sub/libinsane/build/meson-logs/meson-log.txt
Or il est déjà installé (version sane-backends-1.0.27-4.mga7.x86_64)
Je suis maudit avec ton soft et mageia, j'avais déjà eu des trucs bizarres la dernière fois.
je veux bien faire le test mais… (sur Mageia Cauldronet avec le binaire Linux)
[16118] LOADER: Running launcher.py
Traceback (most recent call last):
File "launcher.py", line 6, in <module>
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 983, in _find_and_load
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 967, in _find_and_load_unlocked
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 677, in _load_unlocked
File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/PyInstaller/loader/pyimod03_importers.py", line 621, in exec_module
File "ironscanner-2.0-py3.7.egg/ironscanner/main.py", line 20, in <module>
File "gi/__init__.py", line 129, in require_version
ValueError: Namespace GdkPixbuf not available
j'ai (un peu) cherché et je ne vois pas trop ce qui me manque
Je vais pas crier au scandale, c'est l'ordre de grandeur connu pour les long reads, mais bon, la finalité n'est pas la même en général et les erreurs dans la séquence utile sont normalement corrigeables par l'assemblage.
Donc les barcodes customs font galérer un peu.
Dans ce cas, quitte à bricoler, pourquoi ne pas générer pour chacun de tes barcodes customs une liste de séquences dégradées (ou regex un peu sioux si tu restes sur grep ou agrep comme déjà cité) - à toi de fixer d'erreurs max, de les assigner à l'échantillon et de refaire tourner démultiplexeur ou grep en mode strict. Tu devrais ainsi attraper des reads en plus à associer à tes échantillons.
En plus cela te permettra de contrôler que chacun des barcodes avec des erreurs restent bien des identifiants uniques de séquences.
A coté de ça, tu semble trouver que le taux d'erreurs dépasse largement les 10 % : ton séquençage est-il considéré comme de bonne qualité par le séquenceur/ logiciels de qc ?
Si ce n'est pas le cas, c'est peut être normal que tu ais des difficultés à retrouver toutes tes barcodes.
Ah ouais, pas cool si tu as du mal à retrouver tes barcodes.
Tu veux donc démultiplexer tes reads… ma réponse précédente est un peu à coté de la plaque alors :)
Je suis plutôt du coté séquençage court (avec effectivement avec moins d'erreurs - on autorise en général une seule base en simple index) et je n'ai pas d'expérience récente avec les techno long reads. Du coup, pas trop à la page et pas trop sûr de pouvoir t'aider précisément.
D'un point de vue méthodo, je dirais qu'on nettoie les séquences après le démultiplexage : on risque de perdre des index (à moins que ce soit recommandé dans le cas des longs reads). Les outils que tu cites permettent de faire les deux en une seule passe (je connais cutadapt et trimmomatic) mais je ne m'en suis jamais servi pour démultiplexer.
Nanopore ne fournit pas une suite logicielle par défaut pour ses séquenceurs (ou bien ce n'est qu'avec leur partie serveur maison à base de GPU) ?
Par curiosité, je viens de faire un petit tour rapide coté biblio et howto sur le net pour la techno nanopore.
L'utilisation ds index customs semblent parfois être un frein pour l'utilisation de certains de ces démultiplexeurs… A voir si c'est le cas dans tes échantillons.
En as-tu essayé certains, as-tu regardé les paramètres (en général, on peut en général augmenter le taux d'erreurs autorisé dans les index) ?
Sinon, d'expérience (et encore une fois surtout en short reads et en séquençage plutôt profond), autoriser trop d'erreurs dans les index n'aide pas forcément pour l'analyse secondaire des séquences.
Si tu restes le plus strict possible, tu as vraiment beaucoup de séquences non reconnues ? Si oui, ce qu'il te reste n'est pas suffisant pour la suite de tes travaux ?.
Par curiosité, quels logiciels bioinfo as-tu essayés pour dire que grep est plus puissant pour faire ce que tu veux ?
A vue de nez, j'aurais rapidement utilisé un outil d'alignement local genre blast, blat et dérivés qui sont optimisés pour la recherche de bouts de séquences par alignement local ou tout autre logiciel implémentant l'algo de Swith et Waterman (qui sera d'ailleurs potentiellement plus précis mais plus lent que les heuristiques de blast ou blat - en passant, l'algo est assez simple à coder si tu veux l'implémenter).
Ils font a peu près ce que te suggèrent d'ailleurs certains posts pour chercher ton motifs et ses approximations sur la base contenant l'ensemble de tes séquences.
Il faut bien paramétrer le logiciel pour favoriser ce que tu cherches coté motif et nombre d'erreurs autorisées (favoriser/pénaliser les mistmatches, les gaps etc).
Il faudra un peu scripter pour extraire les séquences pertinentes de tes alignements finaux selon le pourcentage de similarité et leur longueur.
Je ne critique pas l'idée de te servir de grep/agrep/awk/sed et consorts, je les utilise pour fouiller des séquences tout les jours mais les logiciels spécialisés sont quand même plus puissants à grande échelle.
[^] # Re: Inefficace ?
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal StopCovid : inefficace, dangereux, totalitaire. Évalué à 4.
En politique, le populisme, c'est dire au peuple (je hais ce mot valise, c'est qui/quoi le peuple, il y a plein de définitions derrière) ce qu'il veut entendre, principalement à des fins électoralistes ou opportunistes, à grandes envolées émotives, très souvent avec aucune explication de comment réaliser les dites annonces (moyens humaines, financiers etc) ou en promettant ci ou ça. Mais comme dit le dicton, les promesses n'engagent que ceux qui les croient.
Ton œil ouvert, il l'est peut-être, mais sur les sondages (parfois rapportés dans le Monde).
C'est surtout ça qui est reproché au populisme et pour tous les bords politiques.
(Quasi) tous les hommes politiques qui ont des ambitions le sont à un moment ou un autre.
[^] # Re: Inefficace ?
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal StopCovid : inefficace, dangereux, totalitaire. Évalué à 5.
Poste directement le lien vers la propagande de
Mélenchon… ah non de l'UPR, pardon.J'ai dû manquer un truc :) ça gagne de la place (pas besoin de coller ce truc ici à mon avis)
https://www.upr.fr/france/proposition-de-resolution-pour-louverture-de-la-procedure-de-destitution-du-president-de-la-republique-en-application-de-larticle-68-de-la-constitution/
Bref, je sais que les journaux sont là pour tout mais je trouve ce genre de discussion entre convaincus (à 600000 voix près pour certains) qui campent sur leurs positions sans écouter les arguments d'en face, ce n'est pas très intéressant, après je suis pas descendu tout en bas sur journal pour voir si ça s'améliore.
[^] # Re: Asymétrie des risques
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Victor Hugo : « Les nains sapent sans bruit le travail des géants ». Évalué à 3.
L'IHU propose les tests à volonté, c'est très bien mais il y a ainsi le fait que ceux qui viennent se faire tester sont des personnes suffisamment "en forme" pour s'y déplacer et attendre en faisant le queue longtemps et à l'extérieur (aux vues des photos prises par les médias : https://www.laprovence.com/actu/en-direct/5941959/coronavirus-limpressionnante-file-dattente-devant-lihu-pour-se-faire-depister-a-marseille.html)
Donc oui, cela contribue forcement à diluer le calcul du taux de mortalité par rapport à d'autres départements qui ne font les tests que sur les malades qui arrivent de façon plus traditionnelle dans les services de soin. (et encore, il faut tenir compte que l'estimation des cas positifs de l'IHU est probablement plus importante car il est estimé que 30% des prélèvements sur des porteurs du virus ne contiennent pas de virus il le test donne donc un résultats faussement négatif). Ce biais est par contre valable pour tous les prélèvements nasaux de Paris à Marseille.
De plus, les gens trop atteints arrivent dans les hôpitaux marseillais en ambulance et ne passent pas tous par l'IHU. Il faudrait voir aussi le taux de décès pour tout le département (pas vraiment trouvé malgré quelques recherche recherche).
Et au moins une dizaine de départements ont des taux de mortalité plus faible que les bouches du Rhone sans faire autant de que l'IHU.
https://www.liberation.fr/checknews/2020/04/08/est-il-vrai-qu-on-meurt-moins-du-covid-19-a-marseille-que-dans-le-reste-de-la-france_1784568 (pas vraiment trouvé de données plus récentes).
Malheureusement, les vrais taux de mortalité ne seront connus que bien après la crise sanitaire avec les tests sérologiques quoi permettront de savoir quel pourcentage de la population a contracté le virus et a guéri du covid-19 et confronté cela au nombre de décès directement liés au covid-19.
ça questionne, pas de soucis là dessus. Comme dit plus haut, plus autres tests avec un protocole plus sérieux de celui de l'IHU sont en cours (en plus de Discovery, je sais qu'il y a des inclusions pour un test du CHU d'Angers par exemple) pour essayer de prouver si l'hydroxychloroquine a un effet primaire pour le codi-19 (bénéfique ou non) en plus de ceux parfois attendus en secondaires.
# un entretien intéressant
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Coronavirus : nombre de porteurs sains. Évalué à 4.
ça ne répond pas aux questions posées coté équations mais j'ai trouvé ça très informatif
https://www.univ-rennes1.fr/actualites/coronavirus-reperes-et-point-sur-les-connaissances-avec-le-pr-matthieu-revest-infectiologue
[^] # Re: Prévalence
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Coronavirus : nombre de porteurs sains. Évalué à 4.
Exactement et on va encore moins dépister maintenant qu'on en stade 3 : que les cas hospitalisés et les suspicions/cas chez le personnel soignant.
# portable ou fixe ?
Posté par littlebreizhman . En réponse au message Dois-je rire ou pleurer à "nouveau"?. Évalué à 5.
Pas d'idée pour les réglages de nouveau mais rester aux derniers drivers stables de nvidia n'est pas faisable ?
Sinon, si c'est un pc fixe, ajouter une carte pci à pas cher peut être un moyen de contourner le problème.
[^] # Re: Question en tant que non-utilisateur de Paypal
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Payement FNAC via Paypal. Évalué à 3. Dernière modification le 20 décembre 2019 à 21:45.
toutes les banques le font, la carte virtuelle à usage unique ? perso, rien vu de tel à la banque des pécores
[^] # Re: Question en tant que non-utilisateur de Paypal
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Payement FNAC via Paypal. Évalué à 5.
Ne saisir un énième de numéro de carte bleue avec possiblement une future fuite de données plus tard (je suis conscient que ça peut arriver chez paypal aussi mais ça centralise le problème si ça arrive)
[^] # Re: linuxfr.gouv.fr
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Le sujet dont tout le monde a envie de parler, mais qu'on n’ose pas.. Évalué à 8.
Que tu le veuilles ou non, le système de vote actuel demande de FAIRE un choix parmi la liste des candidats qui se présentent, point barre. En faisant ainsi tu ne réponds pas à la question.
C'est la seule et unique question du scrutin. Bien sûr, ce n'est pas parfait. On ne demande pas de voter pour un candidat ou une candidate qui colle parfaitement. Il s'agit de choisir celui ou celle qui fera le mieux (ou le moins pire) l'affaire selon tes critères personnels.
Y voir une autre question, comme exprimer son ras le bol envers le système, les partis politiques, etc ne fait pas parti de la question.
Le vote blanc y a légèrement sa place en hors sujet car veut dire ce que tu exprimes == "je ne veut pas répondre". (on compte au moins les votes blancs même s'ils ne sont pas pris en compte dans le calcul de la représentativité).
L’absentéisme, pour lequel on ne peut pas trancher entre ceux qui suivent la masse, ceux qui s'en foutent ou ceux qui sont contre tout par défaut ou qui avaient piscine ou que sais-je encore, c'est nul et non avenu. Ta vision de TON absentéisme, personne ne peut la connaitre à part toi et elle est probablement différente de celle d'un autre absent du vote.
Si comme tu l'écris, tu fais parti ce ceux qui ne refuse pas la vie politique, bouge toi et va voter (blanc dans ton cas, même si ça compte pas comme tu le dis, ça permet de voir ceux qui se sont déplacés dire je ne veux/peut pas répondre).
Après, faut-il remettre à plat le système de vote actuel par un meilleur, voire virer la fonction de président (cristalliser sur une seule personne toutes les attentes de chacun, c'est évidemment mission impossible), pourquoi pas mais je parie mon bulletin de vote qu'il y aura encore des pas contents.
[^] # Re: La comm
Posté par littlebreizhman . En réponse au sondage Doit‑on corriger les raccourcis de langage tels que « Linux » et « Mac » en « GNU/Linux » et « macOS » ?. Évalué à 5. Dernière modification le 23 novembre 2019 à 19:49.
Et vu l'état dans lequel on est en train de la mettre, notre boule de bowling, je pense qu'on aurait les doigts sales et puants :(
# captain obvious
Posté par littlebreizhman . En réponse au message test de vitesse d'une Freebox. Évalué à 1.
Plop
Une petite question au cas où : il teste bien en filaire ?
Perso, chez moi, le wifi de mon ordi sature à 100 Mb/s (je ne sais plus quelles versions ma carte wifi supporte)
Pour la freebox revolution, il y a un test de bande passante intégré dedans (je ne sais plus quel onglet, je n'en ai plus) et plein de trucs graphiques pour monitorer la bande passante en temps réel.
comme vu dans ce post : https://dev.freebox.fr/bugs/task/25727
Pour iperf, je ne sais pas par contre … il faut de plus un client et un serveur, il me semble, non ?
[^] # Re: C'est mieux que dans les hôpitaux
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Médecin, secret médical et TeamViewer. Évalué à 3.
Non, il ne la perd pas car elle sert aussi pour payer la cantine et ouvrir les portes.
Par contre, les lecteurs manquants et leur gestion aléatoire : t'as bien visé :)
# Référencement
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Payez vos journaux. Évalué à 6.
Google news et les pages équivalentes des concurrents ne sont que des pages de référencement dédiées : le principe du web et des moteurs de recherche (contre parfos de la pub).
Certes un peu enrichie mais on n'y apprend rien, en tout cas sans allez sur le site du journal en lien (qui a le choix quoique qu'il en dit et qui ne paye pas le référencement) et qui nous abreuve de sa pub et de son paywall.
C'est donc bien du donnant-donnant.
Et c'est tellement le cas, que les médias sont devenus les rois de la course à l'échalote pour publier des news d'abord et recouper les sources après, quitte à désinformer.
Perso, j'ai mes bookmarks pour les sites que je fréquente régulièrement, éventuellement des flux rss, et pour le reste, je demande aux moteurs de recherche.
# commande rename du paquet util-linux
Posté par littlebreizhman . En réponse au message Renommer tous les fichiers d'un dossier . Évalué à 3. Dernière modification le 18 octobre 2019 à 21:59.
Rename permet (entre autres) de faire ça
http://man7.org/linux/man-pages/man1/rename.1.html
en deux commandes parce que j'ai pas cherché plus
[^] # Re: Pertinent ou non ? :)
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Collapse OS : un système d’exploitation pour rebâtir la civilisation. Évalué à 9.
et puis ça rend les fusées vintages; cette couleur inox qui brille : un rappel direct à la période de la course au mur du son puis aux missions Mercury avec leurs combinaisons à la Flash Gordon
[^] # Re: Pas compris la problématique...
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Aller au travail, quand on n'a plus le choix.. Évalué à 10.
les gros problème, c'est surtout que les système des urgences en France n'est pas dimensionner pour gérer les cas de médecine générale et que les médecins généralistes actuels ont désormais des horaires de "bureaux" en comparaison avec la génération précédentes. La "spécialité" généraliste est peu attractive désormais chez les futurs médécins.
Noter bien que je comprends qu'eux aussi ils veulent une vie de famille toussa avec des horaires rangés.
Mais cette transition de fonctionnement n'a absolument pas été envisagé pour les politiques de santé diverses (et encore, n'oublions pas le numerus clausus)
On arrive donc à la situation actuelle : des urgences saturées de malades bénins (rhume, grippe, lésions de faible gravité…) et un désert médical qui s'agrandit.
[^] # Re: Non ! Ne fermez pas Framindmap !
Posté par littlebreizhman . En réponse au lien Déframasoftisons Internet !. Évalué à 3.
D'après https://www.nextinpact.com/news/108225-deframatisons-internet-framasoft-fermera-progressivement-30-services.htm que j'ai lu plus tôt, il reste ouvert.
Info bien retrouvé aussi dans le lien cité ci-dessus
[^] # Re: Erreur
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Base de données de scanners : besoin de contributeurs (yep, encore). Évalué à 2.
C'est bizarre effectivement, je me demandais si ce n'était pas une histoire entre les versions i586 et x64_86 qui coexistent (comme pour le paquet manquant cité dans mon premier post alors que la version 64 bits était bien installé auparavant)
[^] # Re: Erreur
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Base de données de scanners : besoin de contributeurs (yep, encore). Évalué à 2. Dernière modification le 09 septembre 2019 à 08:18.
L'écosystème des distribs est immense.
Je vais essayer de creuser un peu plus le weekend prochain.
[^] # Re: Erreur
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Base de données de scanners : besoin de contributeurs (yep, encore). Évalué à 5.
J'ai donc installé le paquet .586 (la version x64_86 était déjà installé, j'avais vérifié avant de poster
L'erreur change mais reste un problème sur un autre module.
Pour info, j'ai les paquets lib64glib2.0_0 et libglib2.0_0 installés (si c'est bien eux qui fournissent le gmodule requis (si j'ai bien compris).
La cauldron doit être un peu trop exotique par rapport à ta machine de dev.
J'ai voulu compiler ironscanner à l'instant depuis les sources git et le
```
source ./activate_test_env.sh
me réclame sane-backends
Or il est déjà installé (version sane-backends-1.0.27-4.mga7.x86_64)
Je suis maudit avec ton soft et mageia, j'avais déjà eu des trucs bizarres la dernière fois.
# Erreur
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Base de données de scanners : besoin de contributeurs (yep, encore). Évalué à 3.
je veux bien faire le test mais… (sur Mageia Cauldronet avec le binaire Linux)
j'ai (un peu) cherché et je ne vois pas trop ce qui me manque
[^] # Re: C'est dans l'idée du nouveau design :-)
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal J'aime le Télétype. Évalué à 4. Dernière modification le 25 août 2019 à 19:16.
Yes, c'est plus lisible
Merci
[^] # Re: pas de shell...
Posté par littlebreizhman . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 2.
Je vais pas crier au scandale, c'est l'ordre de grandeur connu pour les long reads, mais bon, la finalité n'est pas la même en général et les erreurs dans la séquence utile sont normalement corrigeables par l'assemblage.
Donc les barcodes customs font galérer un peu.
Dans ce cas, quitte à bricoler, pourquoi ne pas générer pour chacun de tes barcodes customs une liste de séquences dégradées (ou regex un peu sioux si tu restes sur grep ou agrep comme déjà cité) - à toi de fixer d'erreurs max, de les assigner à l'échantillon et de refaire tourner démultiplexeur ou grep en mode strict. Tu devrais ainsi attraper des reads en plus à associer à tes échantillons.
En plus cela te permettra de contrôler que chacun des barcodes avec des erreurs restent bien des identifiants uniques de séquences.
A coté de ça, tu semble trouver que le taux d'erreurs dépasse largement les 10 % : ton séquençage est-il considéré comme de bonne qualité par le séquenceur/ logiciels de qc ?
Si ce n'est pas le cas, c'est peut être normal que tu ais des difficultés à retrouver toutes tes barcodes.
[^] # Re: pas de shell...
Posté par littlebreizhman . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 3.
Ah ouais, pas cool si tu as du mal à retrouver tes barcodes.
Tu veux donc démultiplexer tes reads… ma réponse précédente est un peu à coté de la plaque alors :)
Je suis plutôt du coté séquençage court (avec effectivement avec moins d'erreurs - on autorise en général une seule base en simple index) et je n'ai pas d'expérience récente avec les techno long reads. Du coup, pas trop à la page et pas trop sûr de pouvoir t'aider précisément.
D'un point de vue méthodo, je dirais qu'on nettoie les séquences après le démultiplexage : on risque de perdre des index (à moins que ce soit recommandé dans le cas des longs reads). Les outils que tu cites permettent de faire les deux en une seule passe (je connais cutadapt et trimmomatic) mais je ne m'en suis jamais servi pour démultiplexer.
Nanopore ne fournit pas une suite logicielle par défaut pour ses séquenceurs (ou bien ce n'est qu'avec leur partie serveur maison à base de GPU) ?
Par curiosité, je viens de faire un petit tour rapide coté biblio et howto sur le net pour la techno nanopore.
Les recherches renvoient rapidement vers le populaire https://nanoporetech.com/resource-centre/deepbinner-demultiplexing-barcoded-oxford-nanopore-reads-deep-convolutional-neural vendu pour être très sensible -> https://github.com/rrwick/Deepbinner (le readme donne pas mal de pistes notamment en couplant deepbinner avec un second demultiplexeur). Par contre, il a l'air d'être assez lourd à faire tourner et à des prérequis sur les formats d'entrée et les index utilisés.
Il semble aussi avoir plein d'autres softs de demultiplexage pour les nanopore (liste non exhaustive) :
https://github.com/rrwick/Porechop (même github que le soft précédent), readme super détaillé aussi cf https://github.com/rrwick/Porechop#barcode-demultiplexing sur le % d'identité des index -> perso, je testerais celui là.
https://github.com/calacademy-research/minibar (seulement pour du double index ?)
L'utilisation ds index customs semblent parfois être un frein pour l'utilisation de certains de ces démultiplexeurs… A voir si c'est le cas dans tes échantillons.
Un tuto de Nanopore cite aussi albacore https://denbi-nanopore-training-course.readthedocs.io/en/latest/basecalling/basecalling.html (mais si j'ai bien compris, il faut le récupérer avec un compte chez Nanopore)
En as-tu essayé certains, as-tu regardé les paramètres (en général, on peut en général augmenter le taux d'erreurs autorisé dans les index) ?
Sinon, d'expérience (et encore une fois surtout en short reads et en séquençage plutôt profond), autoriser trop d'erreurs dans les index n'aide pas forcément pour l'analyse secondaire des séquences.
Si tu restes le plus strict possible, tu as vraiment beaucoup de séquences non reconnues ? Si oui, ce qu'il te reste n'est pas suffisant pour la suite de tes travaux ?.
[^] # Re: pas de shell...
Posté par littlebreizhman . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 4.
Par curiosité, quels logiciels bioinfo as-tu essayés pour dire que grep est plus puissant pour faire ce que tu veux ?
A vue de nez, j'aurais rapidement utilisé un outil d'alignement local genre blast, blat et dérivés qui sont optimisés pour la recherche de bouts de séquences par alignement local ou tout autre logiciel implémentant l'algo de Swith et Waterman (qui sera d'ailleurs potentiellement plus précis mais plus lent que les heuristiques de blast ou blat - en passant, l'algo est assez simple à coder si tu veux l'implémenter).
Ils font a peu près ce que te suggèrent d'ailleurs certains posts pour chercher ton motifs et ses approximations sur la base contenant l'ensemble de tes séquences.
https://fr.wikipedia.org/wiki/Basic_Local_Alignment_Search_Tool
https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)
https://fr.wikipedia.org/wiki/Algorithme_de_Smith-Waterman
https://www.ensembl.org/Help/Faq?id=429
https://sequencebase.com/smith-waterman-vs-blast/
Il faut bien paramétrer le logiciel pour favoriser ce que tu cherches coté motif et nombre d'erreurs autorisées (favoriser/pénaliser les mistmatches, les gaps etc).
Il faudra un peu scripter pour extraire les séquences pertinentes de tes alignements finaux selon le pourcentage de similarité et leur longueur.
Je ne critique pas l'idée de te servir de grep/agrep/awk/sed et consorts, je les utilise pour fouiller des séquences tout les jours mais les logiciels spécialisés sont quand même plus puissants à grande échelle.