Tout le monde en parle : dans un article publié il y a quelques jours dans la revue Genome BIology, deux chercheurs de l'Université du Maryland ont créé un programme pouvant identifier 68 mutations associées avec une susceptibilité accrue aux cancers du sein et des ovaires. Jusqu'ici, rien de spectaculaire : il y a un tas de geeks qui écrivent des programmes extras. Celui-ci est tout de même un peu spécial : comme je l'avais relaté il y a quelques mois, la bataille juridique autour des brevets accordés à l'entreprise Myriad Genetics pour la possession et exploitation exclusive des séquences des gènes incriminés fait rage. Voilà que ce programme (libre) présente un do-it-yourself (« faites-le-vous-mêmes ») test génétique et ce, sans avoir peur de brevets.

L'accélérateur de particules LHC (Large Hadron Collider) monte doucement en puissance et les chercheurs du CERN commencent à produire des résultats scientifiques exploitables à partir des premières données.
Sous quelles licences ces articles de recherche sont-ils publiés ? Quelle est la politique officielle du CERN à ce sujet ?

Plus d'infos sur ces questions dans la suite de la dépêche.

L'International Free and Open Source Software Law Review (IFOSS L. Rev.) (revue juridique internationale sur le FLOSS) est une publication collaborative sur le droit/le juridique, autour des questions liées au logiciel libre (droit d'auteur, utilisation des licences, interprétation des licences, standards ouverts, jurisprudence, etc.). Les articles sont en anglais. Certaines sections sont revues par les pairs. La publication est bisannuelle.

L'objectif est de fournir en « open access »/libre accès du contenu pour permettre les échanges de connaissance. Les licences acceptées sont certaines Creative Commons (de préférence avec permission d'oeuvres dérivées, obligatoirement avec permission d'utilisation commerciale), la GNU FDL et le domaine public.

La troisième édition a été publiée le 17 juin 2010. Voir les sommaires des trois premières éditions dans la suite de l'article.

La revue de presse de l'April est régulièrement éditée par les membres de l'association. Elle couvre l'actualité de la presse en ligne, liée au logiciel libre. Il s'agit donc d'une sélection d'articles de presse et non de prises de position de l'association de promotion et de défense du logiciel libre.

Sommaire de la revue de presse de l'April pour la semaine 6

• [Zdnet.fr] Régionales: en Aquitaine, Alain Rousset veut "une société numérique ouverte"
  
• [zdnet.fr] Les changements à la tête de Canonical se précisent
  
• [numerama.com] LOPPSI : l'installation de mouchards chez les suspects est adoptée
  
• [lesoleil.sn] Le Cobess lance « Open access »
  
• [owni.fr] 9 prévisions open source pour l’année 2010
  
• [neteco.com] Linux : nouveau concours de vidéos promotionnelles
  
• [sudouest.com] Vous prendrez bien un logiciel, avec le café
  
• [fluctuat.net] Google et le logiciel libre, début d’une scission ?
  
• [linformaticien.com] Les conséquences du rachat d’On2, créateur d’Ogg Theora, par Google
  
• [framablog.org] Microsoft en Afrique : Un véritable système d'exploitation ?
  
• [ecrans.fr] Ubuntu : OpenOffice viré d’office
  
• [h-online.com] SourceForge turns off "blanket blocking"
  
• [toolinux.com] Libre en Fête 2010 : le printemps sera Libre
  

Sci-Wi est un logiciel qui cherche à libérer l'évaluation scientifique. Son but est de gérer un site web permettant de centraliser des relectures d'articles publiés en ligne, relectures effectuées par des chercheurs mandatés.

Le projet en est à ses tous (tous) débuts, et cherche des contributeurs intéressés. En l'état, quelques parties fonctionnent, mais il reste beaucoup à faire. Cependant, si le concept marche, c'est la gloire (et la domination du monde) assurée.

Sci-Wi est écrit en PHP, utilise le « Zend Framework », MySQL et est sous licence GPL. Aucune démonstration n'est disponible en ligne, il faudra installer Sci-Wi sur votre machine si vous voulez tester.

NdM : le site de démonstration est pour l'instant réservé aux développeurs, n'étant pas encore prêt pour des utilisateurs, même si les illustrations sont déjà toutes trouvées.

L'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) a lancé le 27 avril un espace de stockage, en ligne, dédié aux publications de ses chercheurs.

De par la signature de la Déclaration de Berlin en juillet dernier, l'INRIA soutient sans réserve l'initiative des Archives Ouvertes. L'objectif est de donner l'accès aux publications scientifiques au plus grand nombre de chercheurs du monde entier. Cette base constitue une mémoire, un espace d'échange de connaissances ainsi qu'un outil de travail pour l'Institut.
Celui-ci entend également assurer la valorisation des publications et prépublications des chercheurs (visibilité, attractivité, pérennité, accès) et permettre par exemple la création de tableaux de bord, d'indicateurs, de bibliographies pour l'Institut.

D'un point de vue technique, l'Archive Ouverte de l'INRIA est basée sur la plateforme HAL (Hyper Articles en Ligne), archive ouverte du CCSD (Centre pour la Communication Scientifique Directe du CNRS), développée initialement par et pour les physiciens. L'INRIA collabore actuellement avec le CCSD sur les futures évolutions de HAL.

C'est sous ce titre provocateur que Wiley et Michaels tirent la sonnette d'alarme concernant les logiciels enfermant les données brutes issues d'expérience de biologie dans des formats propriétaires.

Cet article parle surtout des risques liés à l'opacité des formats informatiques en biologie mais la question peut-être posée dans tous les domaines (scientifiques ou non) : est-ce que votre logiciel favori peut vous prendre en otage, vous et vos données ?

Lu sur lemonde.fr :

La PLoS (Public Library of Science) annonce l'arrivée du premier numéro de PLoS Biology pour octobre 2003 et de PLoS Medicine vers la mi 2004.
La PLoS est une organisation à but non lucratif qui entend rivaliser avec les plus grandes références en matière de publication scientifique tout en garantissant la gratuité de l'accès à ses articles (accès direct sur internet et publication papier à prix coûtant) ainsi que la liberté du lecteur de copier, redistribuer, et réutiliser les travaux publiés grâce a la "PLoS Open-Access License".

NdM : la licence "PLoS Open-Access License" (OAL) est ce qui pourrait se décrire comme se rapprochant le plus de la licence BSD (libre non-copyleft). Le texte intégral est le jargon juridique, le lien vers la licence Attribution est déjà plus buvable pour le commun des mortels.