Tu n'as rien compris à ce que j'essayais de dire. Il est évident que la science est en permanence en train de changer, ce qui est immuable c'est le contenu d'un article scientifique. Même quand il contient une erreur factuelle (comme une faute de frappe sur le nom d'un auteur), le PDF n'est pas modifié, il est simplement amendé d'un corrigendum. Ce qui est publié est publié, il n'est plus possible de le changer, on ne peut que publier des choses en plus pour corriger, pour discuter, etc. L'auteur peut même répondre aux critiques publiées, mais il n'est JAMAIS autorisé à modifier son article initial.
La seule exception que je connaisse est la rétractation d'un article; dans ce cas l'article publié n'est pas modifié, mais il est réputé non-publié.
Comme l'a très bien expliqué quelqu'un au dessus, l'immuabilité des article est une contrainte technique liée au fait qu'on ne peut référer qu'à une version fixe, qui est celle de la version papier (s'il y en a une, la version électronique fonctionne de la même manière). Quand on dit "X (2008) a montré que bla bla bla", il est totalement inconcevable que le contenu de X (2008) puisse avoir varié d'un seul caractère entre le moment où il a été publié, le moment où il a été cité, et le moment où il est lu. Un DOI correspond à un document unique et immuable par définition.
Après, on est plusieurs à avoir lu cette discussion, et il n'y a que toi qui n'a rien compris. Il est évident que la quasi-totalité des articles publiés perdent de la valeur au cours du temps (si tant est qu'ils en avaient au début) et que leur contenu devient de moins en moins fiable et de plus en plus faux; c'est d'ailleurs pour ça que la plupart des articles cités sont les plus récents, et qu'il est assez rare de citer des vieux articles (qui, pour le coup, sont probablement exceptionnels). La discussion se concentrait sur le fait que pour corriger le contenu d'un article, il est inacceptable de le modifier et de le republier comme si la première version n'avait pas existé; le deuxième article sera un deuxième article, et pas une correction du premier. L'auto-plagiat n'est d'ailleurs pas toléré par les journaux (il est interdit de reprendre même des morceaux de texte de ses articles précédents, j'imagine que la licence CC permet exceptionnellement de faire ça, ce qui semble assez étrange et à mon avis, inacceptable sur le plan de la déontologie (il ne faut pas oublier que les articles sont la base de l'évaluation des scientifiques, la publication du même texte à plusieurs reprise n'a aucun intérêt à part de tricher sur sa propre évaluation.
Si tu veux rédiger un texte scientifique modifiable, tu peux faire un site web, envoyer un truc à Wikipédia, ou participer à un ouvrage qui propose des rééditions à dates régulières, mais un article scientifique ne rentre pas dans ce cadre là.
Bah j'imagine que ça doit dépendre des institutions et du type de travail, mais dans l'ensemble, c'est plutôt non. Typiquement, quand un chercheur écrit un livre, il touche les royalties à son nom, et pas à celui de son institution; quand il écrit un article, ça doit être la même chose, donc les contrats signés doivent être valides.
Comme en France on ne signe pas de contrat de travail avec l'État, il faudrait aller chercher les textes correspondants, on ne signe pas de papier qui stipule clairement le partage de la propriété intellectuelle. J'ai une fois signé un tel contrat avec une université étrangère, et ça donnait carte blanche pour les textes, mais c'était complètement verrouillé pour les brevets et pour les logiciels (par sécurité, j'avais dû ajouter des bouts de code GPL extérieurs non triviaux, pour empêcher la réutilisation mercantile éventuelle de mon code après mon départ.
Donc on est dans une situation un peu ambigüe, je suis presque certains que les textes officiels en France sont bien verrouillés (quelqu'un m'avait déja dit que sur un gros projet logiciel, le CNRS avait bien clairement fait comprendre qu'il était propriétaire du code, alors que pour les petits projets on fait vraiment ce qu'on veut), mais dans les faits il y a une gigantesque tolérance (et de toutes manières, il n'y aurait pas les compétences administratives pour traiter des millions de contrats de cession de droits et de choix de licence tous les ans).
La complexité supplémentaire, c'est que la plupart des articles sont écrits en collaboration, souvent avec des institutions étrangères. Quand l'auteur principale signe le formulaire de cession des droits, en général il doit cocher une case pour confirmer que tous les autres auteurs lui ont donné le droit de céder les droits, ce qui est rarement le cas explicitement. À mon avis, tout ceci fonctionne tacitement. En cas de problème sur le contrat, le papier est probablement retiré du site web et le contrat est annulé, ce qui est une cata pour les auteurs, mais pas pour l'éditeur, puisque ce dernier a vendu son journal. Alors oui, avec un contrat invalidé, on peut mettre son papier sur son site web, mais si le prix est la disparition de la base de donnéés de l'éditeur, ça ne vaut vraiment pas le coup.
Ouais, et c'est surtout totalement illégal, contrairement à ce que tu prétends. Deux clics à partir du portail de Hal permettent d'accéder aux conditions dans lesquels les textes peuvent être déposés, morceaux choisis:
« Le contenu doit être du niveau scientifique requis (cf. plus haut) et ne pas tomber dans l’une des exceptions suivantes :
[...]
b) document pour lequel a été, ou sera signé un contrat/accord de transfert de droits à un éditeur interdisant la mise en ligne du document. Il est suggéré aux auteurs d’éviter autant que possible de signer à l’avenir des accords de transferts de droits interdisant la mise en ligne de leur travail dans des archives ouvertes, »
D'ailleurs, HAL donne de bien mauvais conseils. Il conseille par exemlpe de soumettre à HAL les versions des articles avant de les soumettre, mais ce qu'il ne dit pas, c'est que faire ça exclut de facto la possibilité de soumettre à de nombreuses revues, qui n'acceptent pas de considérer des manuscrits déja publiés on line. Imaginez le drame, vous mettez votre brouillon sur HAL, vous soumettez à un journal qui autorise ça, vous vous faites jeter, vous resoumettez à un autre journal (genre Nature ou Science), vous êtes acceptés et là juste au moment de finaliser la publication, vous devez signer un formulaire sur l'honneur que votre papier n'a pas été publié avant, même sur support électronique. Vous vous jetez sur le site de HAL, et ohhh, les manuscrits déposés le sont définitivement, impossible de revenir en arrière. Adieu le Nature!
Personnellement, je pense ça n'a aucun sens. Le système de publication fermé est assez gênant, non seulement moralement mais aussi en pratique, mais faire n'importe quoi pour le contourner peut vous mettre dans le caca jusqu'au cou, il ne faut pas non plus oublier qu'on doit se comporter en professionnels et que nos petites conneries pseudo-anarchistes peuvent se transformer en gros pépins pour les institutions qui nous payent. On est adultes, on se comporte en adultes; si on veut publier en OA on soumet à des journaux OA, quand on signe un formulaire ou un contrat sur l'honneur on le respecte. À mon avis, il y a des manières beaucoup plus malignes de faire bouger les choses au niveau politique que les petites désobéissances civiles, genre adolescent tout content d'avoir pêté un abribus...
Déja, le formulaire est à signer tel quel. C'est un contrat entre l'éditeur et les auteurs, et à ma connaissance, il n'est pas possible de le modifier. C'est à prendre ou à laisser, si on veut être publié, on le signe, autrement on n'est pas publiés.
Ce contrat prévoit que les auteurs cèdent à l'éditeur la totalité des droits sur le texte de l'article, ainsi que toutes les annexes (figures, matériel supplémentaire, etc). Ce transfert de droit est tout à fait légal, et il existe bien entendu en France. Par exemple, les auteurs d'oeuvres audiovisielles transfèrent leurs droits à la SACEM, qui agit en tant qu'ayant-droit (ayant les droits).
À ma connaissance, les seules différences existantes entre le droit français et le droit anglosaxion dans ce cas sont que 1) en droit français, un tel contrat de cession de droits doit mentionner une date de fin raisonnable (par exemple, 10 ans, au delà desquels l'auteur peut récupérer les droits ou refaire un autre contrat), et 2) en droit français, on ne peut céder que les droits patrimoniaux (faire des pépétes avec l'oeuvre et décider de qui a le droit de la reproduire ou de la modifier), il n'est pas possible de transmettre ses droits moraux (respect de l'oeuvre, respect de la mention de l'auteur, etc).
Le contrat en question est donc attaquable devant un tribunal français sur ces deux points, il peut être déclaré nul faute de date de fin (mais le juge ne va certainement pas vous donner complètement raison si vous attaquez six mois après l'avoir conclu de toutes manières), et vous pourrez contester si l'éditeur empiète sur vos droits moraux (par exemple, republie le texte en le donnant en exemple de propagande nazie, en l'associant à un part politique, ou en changeant le nom de l'auteur). Pour le reste, vous êtes tenu de respecter les termes du contrat.
La plupart de ces contrats mentionnent d'ailleurs votre droit en tant que scientifique à transmettre le pdf sur demande, à en faire des copies pour vos étudiants, etc. Pour le site web, ça va dépendre. Au pire, vous pouvez toujours parier que le journal ne vous attaquera pas pour ça, mais il existe des cas où le journal a contacté le webmaster de l'institution pour retirer les pdf en question, et le journal était parfaitement dans son droit.
Contrairement à ce que prétent baud123, à partir du moment où le contrat est signé, les droits de toute version dérivée (ou précédente) de l'article appartiennent à l'éditeur, et toute la liste de choses citées plus haut sont totalement farfelues, c'est bien le texte qui appartient à l'éditeur et pas seulement la forme, et cette propriété intellectuelle est tout à fait légitime puisque vous l'avez transmise par contrat. Si vous désirez vous en affranchir, il faut faire casser le contrat par un tribunal français, mais si vos pdf sont accessibles des USA, le contrat étant parfaitement valable en droit US, vous pourrez être condamné là-bas.
Cette histoire de transfert est donc très simple. Si vous souhaitez garder vos droits d'auteur sur l'article, publiez dans un journal qui ne les demande pas. Autrement, il faut accepter de les abandonner, et de ne bénéficier que des quelques petites exceptions que l'éditeur vous laisse par tolérance, en regard des pratiques courantes dans le milieu. Franchement, je ne connais pas un seul exemple où un auteur d'article scientifique a été privé par l'éditeur de faire quelque chose de normal avec son article, comme reprendre une figure ou en faire des photocopies. Quand c'est limite, il faut demander l'autorisation, ce qui est un peu contraignant, mais qui est justifié par le fait que l'éditeur prend en charge totalement la diffusion de l'article et la gestion de "vos" droits (en fait, les siens) en cas de plagiat par exemple
Je n'aime pas ce système non plus et quand c'est possible, je préfère publier dans les journaux qui ne l'appliquent pas, mais raconter partout qu'il est possible de faire tous ces trucs (mettre une copie de l'article sur un serveur, tout reprendre sauf la mise en forme etc), et donner des raisons complètement bidon pour se justifier, ce n'est ni très malin ni très constructif. En tout cas, on peut appeler à la désobéissance civile si on veut, mais un tel appel suppose qu'on est au courant que ce qu'on fait est illégal, on ne va pas essayer de faire croire que c'est légal sur la base d'une pseudo réinterprétation libre du code de la propriété intellectuelle...
question : est ce difficile pour un jeune chercheur, ou une jeune équipe inconnue, d'obtenir l'oreille des pairs ?
Franchement? Non, je ne crois pas. Il est simplement beaucoup plus facile de dire "je n'arrive pas à publier parce que les autres sont méchants" que "je n'arrive pas à publier parce que je fais de la merde".
Ceci dit, je suis conscient des limites du système de revue par les pairs, j'ai aussi expérimenté des situations désagréables où on a un fort doute sur les motivations du rejet d'un article. Mais il n'est pas bon non plus d'être trop connu, on a trop d'énnemis. Il n'est pas bon d'avoir trop publié avec X ou Y, il n'est pas bon de s'appeler Chang ou Zwxizcevitch, d'être une femme, d'être trop vieux, trop jeune, pas américain, de ne pas parler anglais dès la petite enfance... mais le monde de la recherche n'est pas un monde de cyniques, quand les travaux sont intéressants, ils sont publiés. Mon expérience, c'est qu'il est nettement plus facile de faire publier un bon papier qu'un mauvais papier, et c'est bien ça qui compte, non?
la qualité de la publication est elle réellement le seul critère ?
Ça reste le critère principal. Les autres critères sont annexes. Et puis, il est normal et naturel de baser en partie les décisions de publications sur des critères annexes. Les journaux scientifiques ont des lignes éditoriales, si le papier en est trop éloigné, il sera rejeté malgré sa qualité. Quand les auteurs sont des gens sérieux, qui ont déja publié des travaux importants, il est tout à fait normal de leur laisser plus le bénéfice du doute qu'à un gusse totalement inconnu. Le but n'est pas d'être égalitaire, on s'en fout de ça. Le but est de publier les travaux importants et de faire avancer la science, pas d'assurer l'équité des carrières.
Sur l'affaire "Bogdanoff", un petit mot quand même.
C'est une histoire assez compliquée, car personne là-dedans ne rentre dans des cases bien définies. Quand un travail scientifique est unanimement rejeté par la communauté, il ne peut pas être seulement médiocre. Tous les jours, des centaines d'articles scientifiques médiocres sont publiés, et on n'en fait pas une affaire d'État. Il y a donc des raisons supplémentaires pour expliquer ce rejet; une des raisons est que non seulement ce problème n'a été possible que parce que les Bogdanoff bénéficiaient d'une certaine notoriété (donc, il y a eu des passe-droit); mais qu'en plus une telle affaire montre à quel point il est possible de mystifier le grand public, grâce à quelques lacunes ou complicités dans le monde académique. Tu es toi-même victime de ça, bien sûr que tu ne peux pas toi-même évaluer la qualité de leur travail, mais le fait même que tu doutes de la version de la communauté scientifique fait froid dans le dos : et s'ils parlaient des OGM? De l'évolution? De l'avortement? Tu te rends compte à quel point il est facile de désorganiser complètement l'information de la société, à quel point l'imposture peut aller loin?
Toute l'ambiguité de l'affaire semble venir du fait que les Bogdanoff eux-mêmes ne sont pas entièrement conscients de leur imposture, ils ne sont pas cyniques à ce point. Ils pensent avoir réalisé un travail scientifique selon leur méthodologie, dans leur petit monde parallèle, et interprètent probablement les réactions outrées comme de la jalousie ou de la haine: c'est ça le plus triste, c'est qu'ils sont de bonne foi! Le problème, c'est qu'ils ne sont pas seulement naïfs, on le voit à la manière dont ils se défendent: ils interviennent dans les forums de discussion sous des identités cachées, inventent des professeurs étrangers qui n'existent pas, citent hors-contexte des déclarations hostiles qu'ils transforment en soutien, etc. Ils se font repérer, c'est atroce, ils se trahissent eux-mêmes dans les discussions, utilisent l'adresse IP de l'institut qu'ils ont crée; bref ils sont maladroits, mais ces pratiques montrent aussi la perversité de leur conception de l'honnêteté. Tu imagines un scientifique intervenir dans un forum de discussion sous une fausse identité, en s'inventant un soutien imaginaire? C'est vraiment délirant, et ça me fait penser que les Bogdanoff ne sont pas seulement victimes, mais aussi coupables, et en tout cas bien conscients de la possibilité de manipuler les gens.
Mais bon, en effet, les plus à blamer, ce n'est pas eux, c'est les personnalités du monde académique qui ont permis cette mascarade. Je sais très bien comment ça marche : c'est une succession de petites entorses, de petits mensonges, de petits arrangements, faits par simple confort. On délivre une autorisation d'inscription en thèse parce qu'on n'ose pas refuser face à l'étudiant, en se disant que ça ne va pas aller bien loin. On autorise une soutenance de thèse en se disant "de toutes manières, aucun jury ne l'acceptera". On accorde la thèse en se disant "de toutes manières, si le directeur de thèse est d'accord, on ne peut pas faire grand chose". On autorise à soumettre un papier en se disant "de toutes manières, jamais il ne sera accepté". Tout se passe comme ça, personne ne fait de grosse faute d'éthique, on se dit qu'il y aura toujours quelqu'un pour prendre ses responsabilités, et on finit par une situation embarrassante, où on n'a plus le choix et la seule manière de se débarrasser du problème est de laisser pisser. C'est vraiment le système académique qui est mis en cause ici, et la lâcheté de ces gens qui cherchent les responsabilités mais qui ne les assument pas.
D'un autre côté, pour les conférences le peer-review est en général tout aussi ridicule; en plus la réputation compte plus que la qualité du travail vu qu'on est invité à écrire quelque chose. Mais au moins ça maintient le côté "communauté", qui est totalement perdu avec l'OA dispersé.
Il y a un problème réel associé au modèle OA, c'est la qualité de la revue par les pairs.
Dans un journal "classique", le nombre de papiers publiés est en général plus ou moins constant (imposé par le format papier du joural). Le journal reçoit un nombre variable de manuscrits tous les mois, et seuls les meilleurs sont publiés. Les critères d'acceptation varient en fonction de la qualité du journal, ce qui revient au même que de dire que les critères dépendent de la qualité et de la quantité de manuscrits reçus.
Pour les journaux OA, la situation est très différente. Les revenus ne dépendent pas de la quantité de journaux vendus, mais directement de la quantité d'articles publiés. Il y a donc une corrélation négative parfaite entre la sévérité des critères et la quantité d'argent qui rentre dans les caisses. Bien sûr, on pourrait se dire que de publier trop de papiers pourris va tendre à faire diminuer à long terme la quantité d'articles soumis, mais c'est partiellement faux (de nombreux chercheurs sont bien contents de pouvoir publier leurs mauvais papiers), et en plus c'est un bénéfice à long terme, qui pèse bien peu par rapport à la nécessité de remplir les caisses à court terme.
Du coup, le système s'est scindé en deux. Il y a quelques revues OA, en général les premières sur le marché (je pense aux PLoS ou à la série des BMC par exemple) qui gardent des critères "traditionnels", et qui survivent grâce à la certitude d'attirer beaucoup de soumissions. Et puis il y a les autres, des milliers de petits journaux online crées par quelques dizaines d'éditeurs (souvent des filiales de gros éditeurs traditionnels créees pour l'occasion), qui innondent le marché d'une offre gigantesque de journaux inconnus. La plupart de ces journaux sont mort-nés, ils disparaissent après avoir publiés deux ou trois papiers, mais certains survivent, vivant justement du marché des papiers difficilement publiables ailleurs. Ces journaux garantissent en général un passage par comité de lecture rapide et "léger" (donc très permissif), de manière à publier la quasi-totalité des manuscrits reçus (bref, une sorte de gagnant-gagnant avec les auteurs).
La toute dernière nouveauté dans ce système est la mise en place par les "gros" OA d'une sorte de "garbage collector", une revue online fourre-tout destinée à ne pas perdre les manuscrits refusés par les quelques journaux sélectifs. Les PLoS One sont probablement le meilleur exemple. Ces éditeurs combinent donc la réputation de leurs gros journaux phares, et les revenus des fourre-tout.
Alors oui, la publication disponible pour tous, c'est bien. Mais au passage, on a aussi créé un monstre, celui de l'ouverture libérale démentielle du marché de la publication scientifique, avec l'apparition d'une concurrence malsaine entre les revues online pour attirer les manuscrits, quelle que soit leur qualité. Du coup, il n'existe virtuellement plus de filtre avant publication (en gros, n'importe qui peut publier n'importe quoi s'il amène le pognon qui va bien), et on voit fleurir des publications "scientifiques" signées par des créationnistes, des raéliens, et toutes sortes d'allumés. Ce n'est pas vraiment nouveau ni uniquement réservé aux journaux OA (cf les papiers des Bogdanoff), mais ça a simplement fait sauter les quelques derniers verrous qui existaient. Maintenant, on ne peut plus juger de la qualité d'un article au fait qu'il ait été publié dans une revue à comité de lecture, et c'est assez grave.
D'ailleurs, dans mon entourage professionnel, je trouve que les gens accordent encore beaucoup plus de confiance aux revues traditionnelles (malgré un facteur d'impact plus faible parfois), et certains chercheurs se refusent simplement à lire et à citer les papiers en OA, en accusant l'OA d'avoir détruit la notion de communauté scientifique.
Non, ça serait très, très, mais très mal vu. Si on doit corriger une erreur dans un de ses propres articles, on peut faire un erratum. Si on améliore la méthode et qu'on a de meilleurs résultats, on publie un deuxième article différent du premier, où on se place dans le contexte de l'amélioration d'une étude existante, avec des résultats qui montrent comment la nouvelle méthode surpasse l'ancienne, etc.
Ne parlons pas de la possibilité de reprendre le travail d'un autre. Il est éthiquement inconcevable de publier un article avec le nom d'un autre auteur, mais en ajoutant son propre nom, sans demander l'avis du premier. Même si c'est légalement possible dans le cadre de la licence CC-BY, c'est à mon avis passible d'une comission de discipline voire d'un licenciement.
La recherche fonctionne sur le principe que ce qui est publié est immuable. On ne modifie jamais un article publié, même s'il contient des erreurs, mais on reconstruit d'autres études pour le critiquer, en le citant. On peut reprendre une table ou une figure déja publiés, mais pas besoin de la licence CC pour le faire, il faut demander l'autorisation à l'éditeur et celle-ci est toujours accordée. Bref, autant il est très important d'avoir les publications en libre accès (sans payer) pour que la connaissance soit disponible le plus largement possible, autant il est totalement inutile d'avoir une licence libre. La CC qui correspondrait le mieux serait la CC-BY- ND.
Moderne ne me parle pas ;-) Disons que ce n'est pas vraiment le terme qui convient
Parce que tu l'utises, mais franchement, quelque chose qui date d'avant la découverte de l'ADN est obsolète en génétique. La preuve, c'est qu'on ne se comprend plus alors qu'on essaye de parler de la même chose.
De même, la "génétique formelle" n'existe pas : la génétique classique, à la limite.
C'est le vocabulaire employé pour la quasi-totalité des cursus universitaires en France. Google le terme si tu as un doute. "classique" est un synonyme, mais de là à nier l'usage de "génétique formelle"...
Non, pas de cassure, mais d'échange. La cassure est une chose, la recombinaison homologue, la conversion, etc. en sont une autre.
STP, fais un effort pour remettre dans le contexte. Il est évident que je parlais de recombinaisons faisant intervenir une cassure, et pas une simple cassure sans échange de matériel génétique.
Déjà, ancienne et moderne pour moi n'ont pas vraiment de sens sans qu'on les définisse.
Mais je passe mon temps à le faire! En génétique formelle (ou classique, ou "ancienne", bref en génétique pré-ADN), "recombinaison" désignait tout type de rééchantillonnage génétique. En génétique post-ADN, "recombinaison" est restreint au rééchantillonnage génétique faisant intervenir une cassure et un raboutage d'une molécule d'ADN, lors d'une méiose ou n'importe quand.
Ce n'est pas pour autant qu'on verra un phénotype à la fin.
Tu peux me reprendre sur mon vocabulaire, mais ce raccourcis-là est quand même pas mal...
la notion de "divergence tout à fait normale" m'échappe.
Je voulais dire "disjonction". Désolé pour le malentendu qui suit.
Ensuite, méfies-toi des mouches, ça cache des surprises
Non mais on peut pinailler sur les détails, ce n'est pas ça que je voulais dire. Ce que je voulais dire c'est que tous les généticiens que je connaissent disent "il n'y a pas de recombinaisons chez la Droso mâle", et c'est tout, et tout le monde comprend "recombinaison"' dans mon sens, et pas dans le tien. Quand toi même dis qu'il y a plus de recombinaisons chez les femmes que chez les hommes, tu parles de recombinaisons selon ma définition, et pas selon la tienne (le taux de rééchantillonnage des locus non-liés sera de 0.5 dans tous les cas). Quand on parle de recombinaisons ectopiques, ou de recombinaison non-homologue, on parle de recombinaison selon ma définition. La recombinase est une enzyme impliquée dans la recombinaison, définition moderne, et pas dans "les recombinaisons", définition ancienne. Tu vois, toi-même utilises systématiquement la définition moderne par défaut, mais tu maintiens l'ambiguité quand tu parles de génétique formelle. Alors je veux bien que des disciplines différentes peuvent avoir des définitions différentes, mais je pense qu'il est nécessaire de constater que la définition de "recombinaison" a glissé, et que ce glissement est irréversible, et sain par dessus tout (car la définition classique est très ambigue sur les mécanismes impliqués -- par nature je dirais, puisqu'elle date d'avant la connaissance desdits mécanismes).
Par ailleurs, il est faux que les procaryotes ont un chromosome
Oui bon d'accord, il y a les plasmides aussi et tout un tas de trucs dans les procaryotes, mais ces chromosomes ne sont pas homologues et leur répartition dans les cellules filles n'a rien à avoir avec une méiose, à ma connaissance. D'ailleurs, pour soutenir mon propos, il ne viendrait à personne l'idée de parler de "recombinaison" pour désigner cette répartition, et ce même s'il en résulte une transmission asymétrique d'un caractère.
Bah j'utilise les définitions modernes, mais c'est vrai que sur Wikipédia je me suis heurté plusieurs fois à des gens qui utilisaient les définitions du début du XXe qui, semble-t-il, sont encore parfois utilisées en génétique formelle. Donc pour moi, le brassage génétique, c'est le rééchantillonnage aléatoire des allèles lors de la méiose, résultant de deux phénomènes : (i) la ségrégation des chromosomes lors de l'anaphase de méiose I, et (ii) les échanges de matériel génétique entre chromatides sœurs juste avant, en métaphase de méiose I si mes souvenirs sont bons.
Pour moi, la recombinaison c'est un phénomène qui fait intervenir une cassure de l'ADN et un raboutage, à l'aide de toute la machinerie enzymatique kivabien. On parle par exemple de recombinaisons homologues ou non-homologues, de recombinaisons ectopiques, etc., tous ces termes décrivent ce phénomène de cassure de l'acide nucléique.
À mes yeux, l'ancienne définition venait de l'époque où on ne connaissait pas la nature du support de l'information génétique, et qu'on décrivait les phénomènes au niveau phénotypique, on parlait de caractères et de phénotypes parentaux et recombinants, par exemple. Une fois les mécanismes génétiques élucidés, il n'y a plus de raison, à mon avis, de continuer à utiliser un vocabulaire obsolète pour désigner deux phénomènes qui, biologiquement, n'ont rien à voir (la disjonction des chromosomes homologues et la recombinaison). On peut d'ailleurs avoir l'un sans l'autre, les procaryotes n'ont pas de chromosomes homologues, et les mâles drosophiles n'ont pas de recombinaison, mais leurs chromosomes divergent tout à fait normalement.
Le brassage chromosomique est la source majeure de brassage génétique et suffit pour produire 2^n gamètes différents (n est le nombre de chromosomes, 22 ou 23 chez l'Homme selon si l'on compte les chromosomes sexuels). Les crossing-overs ne sont qu'un mécanisme supplémentaire qui multiplie un nombre énorme à un nombre énorme, et ne changent pas la donne du problème.
Et de grâce, personne ne dit "enjambement", c'est du niveau de "dévédé" ou de "coup de pied de coin". Si vous voulez un mot français, on peut dire "recombinaisons", mais autrement c'est "crossing-over" et son barbare pluriel lexicalisé "crossing-overs".
Il est voulu par certains opposés à la neutralité du réseau et anxieux de l'espace de liberté qu'est Internet, mais certainement pas par les auteurs du questionnaire, qui ne font que reprendre des lieux communs, mais qui ne comprennent probablement pas assez ce dont ils parlent pour faire de tels amalgames à des fins manipulatoires.
Bon, j'ai répondu au questionnaire pour être gentil, mais c'est de la m*** en branche. Le minimum aurait été de rendre les questions contextuelles en fonction de la réponse à la première question sur le statut (professionnel ou non), parce qu'il faut sauter des questions de manière aléatoire, c'est tellement bien fait qu'on dirait un formulaire des impots.
L'amalgame entre le "piratage" et la pédopornographie est débile.
On demande à des gens qui s'y connaissent un peu de répondre à des questions débiles posées par des amateurs sur des lois créées par des incompétents. Je me demande dans quel monde on vit...
Moi je dirais "cf la difficulté qu'a l'État français à trouver quelque chose contre les SEL". On voit bien que les attaques visent à récupérer les impôts, et pas du tout sur l'existence d'une monnaie d'échange officieuse, qui est tout à fait légale (ce qui est illégal c'est d'émettre des pièces et des billets apparemment). Et pour cause, si ma monnaie d'échange est la patate, l'État ne peut pas interdire les patates, pas plus que les billets de Monopoly, et ne peut empêcher qui que ce soit de payer un bien ou un service en billets de Monopoly. L'État veut juste empocher les impôts et la TVA qui correspondent aux biens et aux services échangés, ce qui est un vrai casse-tête. Pour les services, apparemment, la seule attaque possible est le travail clandestin. Si je fais travailler quelqu'un sans le payer, c'est illégal. Si je le paye et je ne le déclare pas, c'est illégal aussi. Donc dans tous les cas, il faut déclarer l'équivalent en euros du service rendu ; on ne paye pas le service en euros mais on paye les impots correspondant à cette transaction. Pour le troc lui-même, il faut payer la TVA sur les biens échangés. La conversion entre les "piafs", "graines", ou "bitcoins" et les euros est coton, et visiblement le casse-tête judiciaire est bien du côté des pouvoirs publics, et pas forcément des SEL.
Bref, on sent bien la frustration de l'État à ne pas pouvoir intervenir facilement dans de tels cas et l'angoisse un peu floue quant à ce qui se passerait si de tels systèmes se généralisaient, mais en tout cas, jusqu'à preuve du contraire, les SEL ne sont pas illégaux ni les systèmes monétaires officieux.
je m'interroge sur la pertinence d'un modèle sur lequel les hommes s'estimeraient en droit à percevoir quelque chose de la part de ses congénères sans autre justification que sa seule existence.
Il me semble hallucinant que tu te poses une telle question, tellement elle me semble absurde. Bien sûr que tu es en droit de t'attendre à percevoir quelque chose de tes congénères. La redistribution des richesses n'est qu'une version améliorée des contraintes morales et légales qui t'obligent à venir en aide à quelqu'un qui pisse le sang ou qui crève la soif.
Je ne vois vraiment pas ce qui t'empêcherait de faire un système pyramidal sur une monnaie sans valeur. C'est un peu comme si tu disais que les règles du Monopoly étaient illégales.
Quoi qu'il en soit le système n'est pas du tout pyramidal. Un système pyramidal est un système où l'argent apporté par les entrants sert à rémunérer les anciens. Pour les bitcoins, une telle rémunération directe n'existe pas. Le système mis en place serait un peu équivalent à un marchant de légumes qui vend son premier kilo de tomates à un euro, son deuxième à deux euros, etc. jusqu'à epuisement du stock. Les entrants peuvent dégager un bénéfice (leurs bitcoins prennent de la valeur et ils peuvent les revendre plus cher qu'ils ne les ont acheté), mais ces bénéfices sont de même nature que toute spéculation basée sur la rareté.
Je ne sais pas comment les lois des différents pays gèrent le problème des monnaies non-officielles, mais je doute que ça soit aussi simple que "c'est illégal dans pas mal de jurisdictions". À ma connaissance, le troc est parfaitement légal. Les transactions en nature doivent évidemment être comptabilisées en monnaie officielle pour des raisons fiscales, mais ne sont pas illégales. Ainsi, si une entreprise paye ses employés moitié euros moitié bitcoins, ça doit revenir à peu de choses près à un salaire moitié euros, moitié nature (hébergement, nourriture, etc).
Bien que le système financier tente de se verrouiller pour se protéger, il n'en demeure pas moins que les individus sont libres d'échanger des biens avec qui ils veulent selon les modalités qu'ils veulent, à partir du moment où tout le monde est d'accord.
Merci pour la minute Paco Rabanne, vous oubliez aussi les météorites qui vont tomber sur les serveurs et le noyautage des élites par des Wikipédiens néocommunistes. Le fait que les gens qui n'aiment pas Wikipédia soient comme vous me conforte dans la solidité du projet, et le bien-fondé des bannissements; vous n'êtes définitivement pas fait pour participer à Wikipédia.
Ça sent le réchauffé Citizendium. En gros, c'est un projet parrallèle un peu mort-né lancé par Larry Sanger, qui s'était engueulé avec Jimbo Wales. On ne sait pas trop quelle dose de conflit éditorial vs conflit personnel il y avait là-dedans, mais l'idée générale c'est quand même que ce projet devait dans une certaine mesure entrer en compétition avec Wikipédia. Je pense que Sanger, comme beaucoup de gens, est allergique au mode de fonctionnement de Wikipédia parce qu'il pense que les contributeurs devraient être traités différenmment en fonction de leur qualification. Mais le système mis en place (une sorte de peer review avec montrage de patte blanche à l'entrée) ne fonctionne pas vraiment, ça ne correspond pas à la flexibilité qui fait le succès de Wikipédia.
Dans tous les cas, les deux projets sont sous des licences compatibles, et il reste possible d'importer les articles de l'un à l'autre, ce qui après tout n'est pas si mal.
Chacun est libre de raconter et de publier ce qu'il veut. Plus pertinent aurait été un lien vers le blog d'Alithia, qui tente de créer un tel «contre-pouvoir» depuis de nombreuses années. Ces sites sont utiles, ils cristallisent les critiques (et le plus souvent la haine ou les névroses) des contributeurs déçus ou bannis de Wikipédia, libérant le projet principal. Ils ont donc une utilité sociale, bien que leur contenu soit totalement inintéressant ("Wikipédia suinte l'idéologie post communiste", etc).
À noter que ce genre d'«écrits» ne sont pas l'apanage des bloggueurs et d'Internet. Des gens comme Pierre Assouline ou Guillaume Lecointre (que j'estime par ailleurs) se sont aussi laissé entrainer dans de tels pamphlets. Ça me fait un peu penser aux «intellectuels» du XIXe qui s'étaient élevés contre la construction de la Tour Eiffel, l'histoire leur réserve cette petite place anecdotique de ceux qui, pour de bonnes ou de mauvaises raisons, n'ont pas su attraper le train en marche et sont restés sur le quai.
Non non, je confirme, j'ai aussi oublié un mot de passe BIOS sur un portable et ça n'a rien à avoir avec une carte mère standard, le mot de passe est dans une mémoire flash et il n'y a pas de mot de passe constructeur, il faut aller dessouder une puce et la remplacer ou en lire le contenu.
Bah, la machine ne t'appartient pas, je ne vois pas de quel droit tu peux prétendre à une quelconque liberté...
Par contre, apparemment, le mot de passe du BIOS sera le même que le mot de passe root de toutes les machines. Ah ah ah ah, je ne donne pas deux semaines avant que les lycéens ne le connaissent tous.
Bah non c'est pas du latin. L'online etymology dictionary donne l'italien «portafoglio», et le wiktionnaire le donne relié au français «portefeuille». Mais en tout cas c'est bien de l'anglais, et l'utiliser en français est bien un anglicisme.
[^] # Re: demande de précision
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 3.
La seule exception que je connaisse est la rétractation d'un article; dans ce cas l'article publié n'est pas modifié, mais il est réputé non-publié.
Comme l'a très bien expliqué quelqu'un au dessus, l'immuabilité des article est une contrainte technique liée au fait qu'on ne peut référer qu'à une version fixe, qui est celle de la version papier (s'il y en a une, la version électronique fonctionne de la même manière). Quand on dit "X (2008) a montré que bla bla bla", il est totalement inconcevable que le contenu de X (2008) puisse avoir varié d'un seul caractère entre le moment où il a été publié, le moment où il a été cité, et le moment où il est lu. Un DOI correspond à un document unique et immuable par définition.
Après, on est plusieurs à avoir lu cette discussion, et il n'y a que toi qui n'a rien compris. Il est évident que la quasi-totalité des articles publiés perdent de la valeur au cours du temps (si tant est qu'ils en avaient au début) et que leur contenu devient de moins en moins fiable et de plus en plus faux; c'est d'ailleurs pour ça que la plupart des articles cités sont les plus récents, et qu'il est assez rare de citer des vieux articles (qui, pour le coup, sont probablement exceptionnels). La discussion se concentrait sur le fait que pour corriger le contenu d'un article, il est inacceptable de le modifier et de le republier comme si la première version n'avait pas existé; le deuxième article sera un deuxième article, et pas une correction du premier. L'auto-plagiat n'est d'ailleurs pas toléré par les journaux (il est interdit de reprendre même des morceaux de texte de ses articles précédents, j'imagine que la licence CC permet exceptionnellement de faire ça, ce qui semble assez étrange et à mon avis, inacceptable sur le plan de la déontologie (il ne faut pas oublier que les articles sont la base de l'évaluation des scientifiques, la publication du même texte à plusieurs reprise n'a aucun intérêt à part de tricher sur sa propre évaluation.
Si tu veux rédiger un texte scientifique modifiable, tu peux faire un site web, envoyer un truc à Wikipédia, ou participer à un ouvrage qui propose des rééditions à dates régulières, mais un article scientifique ne rentre pas dans ce cadre là.
[^] # Re: se passer des journaux en open access
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 2.
Comme en France on ne signe pas de contrat de travail avec l'État, il faudrait aller chercher les textes correspondants, on ne signe pas de papier qui stipule clairement le partage de la propriété intellectuelle. J'ai une fois signé un tel contrat avec une université étrangère, et ça donnait carte blanche pour les textes, mais c'était complètement verrouillé pour les brevets et pour les logiciels (par sécurité, j'avais dû ajouter des bouts de code GPL extérieurs non triviaux, pour empêcher la réutilisation mercantile éventuelle de mon code après mon départ.
Donc on est dans une situation un peu ambigüe, je suis presque certains que les textes officiels en France sont bien verrouillés (quelqu'un m'avait déja dit que sur un gros projet logiciel, le CNRS avait bien clairement fait comprendre qu'il était propriétaire du code, alors que pour les petits projets on fait vraiment ce qu'on veut), mais dans les faits il y a une gigantesque tolérance (et de toutes manières, il n'y aurait pas les compétences administratives pour traiter des millions de contrats de cession de droits et de choix de licence tous les ans).
La complexité supplémentaire, c'est que la plupart des articles sont écrits en collaboration, souvent avec des institutions étrangères. Quand l'auteur principale signe le formulaire de cession des droits, en général il doit cocher une case pour confirmer que tous les autres auteurs lui ont donné le droit de céder les droits, ce qui est rarement le cas explicitement. À mon avis, tout ceci fonctionne tacitement. En cas de problème sur le contrat, le papier est probablement retiré du site web et le contrat est annulé, ce qui est une cata pour les auteurs, mais pas pour l'éditeur, puisque ce dernier a vendu son journal. Alors oui, avec un contrat invalidé, on peut mettre son papier sur son site web, mais si le prix est la disparition de la base de donnéés de l'éditeur, ça ne vaut vraiment pas le coup.
[^] # Re: se passer des journaux en open access
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 4.
« Le contenu doit être du niveau scientifique requis (cf. plus haut) et ne pas tomber dans l’une des exceptions suivantes :
[...]
b) document pour lequel a été, ou sera signé un contrat/accord de transfert de droits à un éditeur interdisant la mise en ligne du document. Il est suggéré aux auteurs d’éviter autant que possible de signer à l’avenir des accords de transferts de droits interdisant la mise en ligne de leur travail dans des archives ouvertes, »
D'ailleurs, HAL donne de bien mauvais conseils. Il conseille par exemlpe de soumettre à HAL les versions des articles avant de les soumettre, mais ce qu'il ne dit pas, c'est que faire ça exclut de facto la possibilité de soumettre à de nombreuses revues, qui n'acceptent pas de considérer des manuscrits déja publiés on line. Imaginez le drame, vous mettez votre brouillon sur HAL, vous soumettez à un journal qui autorise ça, vous vous faites jeter, vous resoumettez à un autre journal (genre Nature ou Science), vous êtes acceptés et là juste au moment de finaliser la publication, vous devez signer un formulaire sur l'honneur que votre papier n'a pas été publié avant, même sur support électronique. Vous vous jetez sur le site de HAL, et ohhh, les manuscrits déposés le sont définitivement, impossible de revenir en arrière. Adieu le Nature!
Personnellement, je pense ça n'a aucun sens. Le système de publication fermé est assez gênant, non seulement moralement mais aussi en pratique, mais faire n'importe quoi pour le contourner peut vous mettre dans le caca jusqu'au cou, il ne faut pas non plus oublier qu'on doit se comporter en professionnels et que nos petites conneries pseudo-anarchistes peuvent se transformer en gros pépins pour les institutions qui nous payent. On est adultes, on se comporte en adultes; si on veut publier en OA on soumet à des journaux OA, quand on signe un formulaire ou un contrat sur l'honneur on le respecte. À mon avis, il y a des manières beaucoup plus malignes de faire bouger les choses au niveau politique que les petites désobéissances civiles, genre adolescent tout content d'avoir pêté un abribus...
[^] # Re: se passer des journaux en open access
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 7.
Déja, le formulaire est à signer tel quel. C'est un contrat entre l'éditeur et les auteurs, et à ma connaissance, il n'est pas possible de le modifier. C'est à prendre ou à laisser, si on veut être publié, on le signe, autrement on n'est pas publiés.
Ce contrat prévoit que les auteurs cèdent à l'éditeur la totalité des droits sur le texte de l'article, ainsi que toutes les annexes (figures, matériel supplémentaire, etc). Ce transfert de droit est tout à fait légal, et il existe bien entendu en France. Par exemple, les auteurs d'oeuvres audiovisielles transfèrent leurs droits à la SACEM, qui agit en tant qu'ayant-droit (ayant les droits).
À ma connaissance, les seules différences existantes entre le droit français et le droit anglosaxion dans ce cas sont que 1) en droit français, un tel contrat de cession de droits doit mentionner une date de fin raisonnable (par exemple, 10 ans, au delà desquels l'auteur peut récupérer les droits ou refaire un autre contrat), et 2) en droit français, on ne peut céder que les droits patrimoniaux (faire des pépétes avec l'oeuvre et décider de qui a le droit de la reproduire ou de la modifier), il n'est pas possible de transmettre ses droits moraux (respect de l'oeuvre, respect de la mention de l'auteur, etc).
Le contrat en question est donc attaquable devant un tribunal français sur ces deux points, il peut être déclaré nul faute de date de fin (mais le juge ne va certainement pas vous donner complètement raison si vous attaquez six mois après l'avoir conclu de toutes manières), et vous pourrez contester si l'éditeur empiète sur vos droits moraux (par exemple, republie le texte en le donnant en exemple de propagande nazie, en l'associant à un part politique, ou en changeant le nom de l'auteur). Pour le reste, vous êtes tenu de respecter les termes du contrat.
La plupart de ces contrats mentionnent d'ailleurs votre droit en tant que scientifique à transmettre le pdf sur demande, à en faire des copies pour vos étudiants, etc. Pour le site web, ça va dépendre. Au pire, vous pouvez toujours parier que le journal ne vous attaquera pas pour ça, mais il existe des cas où le journal a contacté le webmaster de l'institution pour retirer les pdf en question, et le journal était parfaitement dans son droit.
Contrairement à ce que prétent baud123, à partir du moment où le contrat est signé, les droits de toute version dérivée (ou précédente) de l'article appartiennent à l'éditeur, et toute la liste de choses citées plus haut sont totalement farfelues, c'est bien le texte qui appartient à l'éditeur et pas seulement la forme, et cette propriété intellectuelle est tout à fait légitime puisque vous l'avez transmise par contrat. Si vous désirez vous en affranchir, il faut faire casser le contrat par un tribunal français, mais si vos pdf sont accessibles des USA, le contrat étant parfaitement valable en droit US, vous pourrez être condamné là-bas.
Cette histoire de transfert est donc très simple. Si vous souhaitez garder vos droits d'auteur sur l'article, publiez dans un journal qui ne les demande pas. Autrement, il faut accepter de les abandonner, et de ne bénéficier que des quelques petites exceptions que l'éditeur vous laisse par tolérance, en regard des pratiques courantes dans le milieu. Franchement, je ne connais pas un seul exemple où un auteur d'article scientifique a été privé par l'éditeur de faire quelque chose de normal avec son article, comme reprendre une figure ou en faire des photocopies. Quand c'est limite, il faut demander l'autorisation, ce qui est un peu contraignant, mais qui est justifié par le fait que l'éditeur prend en charge totalement la diffusion de l'article et la gestion de "vos" droits (en fait, les siens) en cas de plagiat par exemple
Je n'aime pas ce système non plus et quand c'est possible, je préfère publier dans les journaux qui ne l'appliquent pas, mais raconter partout qu'il est possible de faire tous ces trucs (mettre une copie de l'article sur un serveur, tout reprendre sauf la mise en forme etc), et donner des raisons complètement bidon pour se justifier, ce n'est ni très malin ni très constructif. En tout cas, on peut appeler à la désobéissance civile si on veut, mais un tel appel suppose qu'on est au courant que ce qu'on fait est illégal, on ne va pas essayer de faire croire que c'est légal sur la base d'une pseudo réinterprétation libre du code de la propriété intellectuelle...
[^] # Re: Peer review
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 5.
Franchement? Non, je ne crois pas. Il est simplement beaucoup plus facile de dire "je n'arrive pas à publier parce que les autres sont méchants" que "je n'arrive pas à publier parce que je fais de la merde".
Ceci dit, je suis conscient des limites du système de revue par les pairs, j'ai aussi expérimenté des situations désagréables où on a un fort doute sur les motivations du rejet d'un article. Mais il n'est pas bon non plus d'être trop connu, on a trop d'énnemis. Il n'est pas bon d'avoir trop publié avec X ou Y, il n'est pas bon de s'appeler Chang ou Zwxizcevitch, d'être une femme, d'être trop vieux, trop jeune, pas américain, de ne pas parler anglais dès la petite enfance... mais le monde de la recherche n'est pas un monde de cyniques, quand les travaux sont intéressants, ils sont publiés. Mon expérience, c'est qu'il est nettement plus facile de faire publier un bon papier qu'un mauvais papier, et c'est bien ça qui compte, non?
la qualité de la publication est elle réellement le seul critère ?
Ça reste le critère principal. Les autres critères sont annexes. Et puis, il est normal et naturel de baser en partie les décisions de publications sur des critères annexes. Les journaux scientifiques ont des lignes éditoriales, si le papier en est trop éloigné, il sera rejeté malgré sa qualité. Quand les auteurs sont des gens sérieux, qui ont déja publié des travaux importants, il est tout à fait normal de leur laisser plus le bénéfice du doute qu'à un gusse totalement inconnu. Le but n'est pas d'être égalitaire, on s'en fout de ça. Le but est de publier les travaux importants et de faire avancer la science, pas d'assurer l'équité des carrières.
[^] # Re: Peer review
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 8.
C'est une histoire assez compliquée, car personne là-dedans ne rentre dans des cases bien définies. Quand un travail scientifique est unanimement rejeté par la communauté, il ne peut pas être seulement médiocre. Tous les jours, des centaines d'articles scientifiques médiocres sont publiés, et on n'en fait pas une affaire d'État. Il y a donc des raisons supplémentaires pour expliquer ce rejet; une des raisons est que non seulement ce problème n'a été possible que parce que les Bogdanoff bénéficiaient d'une certaine notoriété (donc, il y a eu des passe-droit); mais qu'en plus une telle affaire montre à quel point il est possible de mystifier le grand public, grâce à quelques lacunes ou complicités dans le monde académique. Tu es toi-même victime de ça, bien sûr que tu ne peux pas toi-même évaluer la qualité de leur travail, mais le fait même que tu doutes de la version de la communauté scientifique fait froid dans le dos : et s'ils parlaient des OGM? De l'évolution? De l'avortement? Tu te rends compte à quel point il est facile de désorganiser complètement l'information de la société, à quel point l'imposture peut aller loin?
Toute l'ambiguité de l'affaire semble venir du fait que les Bogdanoff eux-mêmes ne sont pas entièrement conscients de leur imposture, ils ne sont pas cyniques à ce point. Ils pensent avoir réalisé un travail scientifique selon leur méthodologie, dans leur petit monde parallèle, et interprètent probablement les réactions outrées comme de la jalousie ou de la haine: c'est ça le plus triste, c'est qu'ils sont de bonne foi! Le problème, c'est qu'ils ne sont pas seulement naïfs, on le voit à la manière dont ils se défendent: ils interviennent dans les forums de discussion sous des identités cachées, inventent des professeurs étrangers qui n'existent pas, citent hors-contexte des déclarations hostiles qu'ils transforment en soutien, etc. Ils se font repérer, c'est atroce, ils se trahissent eux-mêmes dans les discussions, utilisent l'adresse IP de l'institut qu'ils ont crée; bref ils sont maladroits, mais ces pratiques montrent aussi la perversité de leur conception de l'honnêteté. Tu imagines un scientifique intervenir dans un forum de discussion sous une fausse identité, en s'inventant un soutien imaginaire? C'est vraiment délirant, et ça me fait penser que les Bogdanoff ne sont pas seulement victimes, mais aussi coupables, et en tout cas bien conscients de la possibilité de manipuler les gens.
Mais bon, en effet, les plus à blamer, ce n'est pas eux, c'est les personnalités du monde académique qui ont permis cette mascarade. Je sais très bien comment ça marche : c'est une succession de petites entorses, de petits mensonges, de petits arrangements, faits par simple confort. On délivre une autorisation d'inscription en thèse parce qu'on n'ose pas refuser face à l'étudiant, en se disant que ça ne va pas aller bien loin. On autorise une soutenance de thèse en se disant "de toutes manières, aucun jury ne l'acceptera". On accorde la thèse en se disant "de toutes manières, si le directeur de thèse est d'accord, on ne peut pas faire grand chose". On autorise à soumettre un papier en se disant "de toutes manières, jamais il ne sera accepté". Tout se passe comme ça, personne ne fait de grosse faute d'éthique, on se dit qu'il y aura toujours quelqu'un pour prendre ses responsabilités, et on finit par une situation embarrassante, où on n'a plus le choix et la seule manière de se débarrasser du problème est de laisser pisser. C'est vraiment le système académique qui est mis en cause ici, et la lâcheté de ces gens qui cherchent les responsabilités mais qui ne les assument pas.
[^] # Re: Peer review
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 2.
# Peer review
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 9.
Dans un journal "classique", le nombre de papiers publiés est en général plus ou moins constant (imposé par le format papier du joural). Le journal reçoit un nombre variable de manuscrits tous les mois, et seuls les meilleurs sont publiés. Les critères d'acceptation varient en fonction de la qualité du journal, ce qui revient au même que de dire que les critères dépendent de la qualité et de la quantité de manuscrits reçus.
Pour les journaux OA, la situation est très différente. Les revenus ne dépendent pas de la quantité de journaux vendus, mais directement de la quantité d'articles publiés. Il y a donc une corrélation négative parfaite entre la sévérité des critères et la quantité d'argent qui rentre dans les caisses. Bien sûr, on pourrait se dire que de publier trop de papiers pourris va tendre à faire diminuer à long terme la quantité d'articles soumis, mais c'est partiellement faux (de nombreux chercheurs sont bien contents de pouvoir publier leurs mauvais papiers), et en plus c'est un bénéfice à long terme, qui pèse bien peu par rapport à la nécessité de remplir les caisses à court terme.
Du coup, le système s'est scindé en deux. Il y a quelques revues OA, en général les premières sur le marché (je pense aux PLoS ou à la série des BMC par exemple) qui gardent des critères "traditionnels", et qui survivent grâce à la certitude d'attirer beaucoup de soumissions. Et puis il y a les autres, des milliers de petits journaux online crées par quelques dizaines d'éditeurs (souvent des filiales de gros éditeurs traditionnels créees pour l'occasion), qui innondent le marché d'une offre gigantesque de journaux inconnus. La plupart de ces journaux sont mort-nés, ils disparaissent après avoir publiés deux ou trois papiers, mais certains survivent, vivant justement du marché des papiers difficilement publiables ailleurs. Ces journaux garantissent en général un passage par comité de lecture rapide et "léger" (donc très permissif), de manière à publier la quasi-totalité des manuscrits reçus (bref, une sorte de gagnant-gagnant avec les auteurs).
La toute dernière nouveauté dans ce système est la mise en place par les "gros" OA d'une sorte de "garbage collector", une revue online fourre-tout destinée à ne pas perdre les manuscrits refusés par les quelques journaux sélectifs. Les PLoS One sont probablement le meilleur exemple. Ces éditeurs combinent donc la réputation de leurs gros journaux phares, et les revenus des fourre-tout.
Alors oui, la publication disponible pour tous, c'est bien. Mais au passage, on a aussi créé un monstre, celui de l'ouverture libérale démentielle du marché de la publication scientifique, avec l'apparition d'une concurrence malsaine entre les revues online pour attirer les manuscrits, quelle que soit leur qualité. Du coup, il n'existe virtuellement plus de filtre avant publication (en gros, n'importe qui peut publier n'importe quoi s'il amène le pognon qui va bien), et on voit fleurir des publications "scientifiques" signées par des créationnistes, des raéliens, et toutes sortes d'allumés. Ce n'est pas vraiment nouveau ni uniquement réservé aux journaux OA (cf les papiers des Bogdanoff), mais ça a simplement fait sauter les quelques derniers verrous qui existaient. Maintenant, on ne peut plus juger de la qualité d'un article au fait qu'il ait été publié dans une revue à comité de lecture, et c'est assez grave.
D'ailleurs, dans mon entourage professionnel, je trouve que les gens accordent encore beaucoup plus de confiance aux revues traditionnelles (malgré un facteur d'impact plus faible parfois), et certains chercheurs se refusent simplement à lire et à citer les papiers en OA, en accusant l'OA d'avoir détruit la notion de communauté scientifique.
[^] # Re: demande de précision
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous. Évalué à 7.
Ne parlons pas de la possibilité de reprendre le travail d'un autre. Il est éthiquement inconcevable de publier un article avec le nom d'un autre auteur, mais en ajoutant son propre nom, sans demander l'avis du premier. Même si c'est légalement possible dans le cadre de la licence CC-BY, c'est à mon avis passible d'une comission de discipline voire d'un licenciement.
La recherche fonctionne sur le principe que ce qui est publié est immuable. On ne modifie jamais un article publié, même s'il contient des erreurs, mais on reconstruit d'autres études pour le critiquer, en le citant. On peut reprendre une table ou une figure déja publiés, mais pas besoin de la licence CC pour le faire, il faut demander l'autorisation à l'éditeur et celle-ci est toujours accordée. Bref, autant il est très important d'avoir les publications en libre accès (sans payer) pour que la connaissance soit disponible le plus largement possible, autant il est totalement inutile d'avoir une licence libre. La CC qui correspondrait le mieux serait la CC-BY- ND.
[^] # Re: "de pouvoir juste recouper les données d'un monsieur et une dame...
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Du droit de bidouiller : un test génétique fait fi des brevets sur les gènes. Évalué à 4.
Parce que tu l'utises, mais franchement, quelque chose qui date d'avant la découverte de l'ADN est obsolète en génétique. La preuve, c'est qu'on ne se comprend plus alors qu'on essaye de parler de la même chose.
De même, la "génétique formelle" n'existe pas : la génétique classique, à la limite.
C'est le vocabulaire employé pour la quasi-totalité des cursus universitaires en France. Google le terme si tu as un doute. "classique" est un synonyme, mais de là à nier l'usage de "génétique formelle"...
Non, pas de cassure, mais d'échange. La cassure est une chose, la recombinaison homologue, la conversion, etc. en sont une autre.
STP, fais un effort pour remettre dans le contexte. Il est évident que je parlais de recombinaisons faisant intervenir une cassure, et pas une simple cassure sans échange de matériel génétique.
Déjà, ancienne et moderne pour moi n'ont pas vraiment de sens sans qu'on les définisse.
Mais je passe mon temps à le faire! En génétique formelle (ou classique, ou "ancienne", bref en génétique pré-ADN), "recombinaison" désignait tout type de rééchantillonnage génétique. En génétique post-ADN, "recombinaison" est restreint au rééchantillonnage génétique faisant intervenir une cassure et un raboutage d'une molécule d'ADN, lors d'une méiose ou n'importe quand.
Ce n'est pas pour autant qu'on verra un phénotype à la fin.
Tu peux me reprendre sur mon vocabulaire, mais ce raccourcis-là est quand même pas mal...
la notion de "divergence tout à fait normale" m'échappe.
Je voulais dire "disjonction". Désolé pour le malentendu qui suit.
Ensuite, méfies-toi des mouches, ça cache des surprises
Non mais on peut pinailler sur les détails, ce n'est pas ça que je voulais dire. Ce que je voulais dire c'est que tous les généticiens que je connaissent disent "il n'y a pas de recombinaisons chez la Droso mâle", et c'est tout, et tout le monde comprend "recombinaison"' dans mon sens, et pas dans le tien. Quand toi même dis qu'il y a plus de recombinaisons chez les femmes que chez les hommes, tu parles de recombinaisons selon ma définition, et pas selon la tienne (le taux de rééchantillonnage des locus non-liés sera de 0.5 dans tous les cas). Quand on parle de recombinaisons ectopiques, ou de recombinaison non-homologue, on parle de recombinaison selon ma définition. La recombinase est une enzyme impliquée dans la recombinaison, définition moderne, et pas dans "les recombinaisons", définition ancienne. Tu vois, toi-même utilises systématiquement la définition moderne par défaut, mais tu maintiens l'ambiguité quand tu parles de génétique formelle. Alors je veux bien que des disciplines différentes peuvent avoir des définitions différentes, mais je pense qu'il est nécessaire de constater que la définition de "recombinaison" a glissé, et que ce glissement est irréversible, et sain par dessus tout (car la définition classique est très ambigue sur les mécanismes impliqués -- par nature je dirais, puisqu'elle date d'avant la connaissance desdits mécanismes).
Par ailleurs, il est faux que les procaryotes ont un chromosome
Oui bon d'accord, il y a les plasmides aussi et tout un tas de trucs dans les procaryotes, mais ces chromosomes ne sont pas homologues et leur répartition dans les cellules filles n'a rien à avoir avec une méiose, à ma connaissance. D'ailleurs, pour soutenir mon propos, il ne viendrait à personne l'idée de parler de "recombinaison" pour désigner cette répartition, et ce même s'il en résulte une transmission asymétrique d'un caractère.
[^] # Re: "de pouvoir juste recouper les données d'un monsieur et une dame...
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Du droit de bidouiller : un test génétique fait fi des brevets sur les gènes. Évalué à 4.
Pour moi, la recombinaison c'est un phénomène qui fait intervenir une cassure de l'ADN et un raboutage, à l'aide de toute la machinerie enzymatique kivabien. On parle par exemple de recombinaisons homologues ou non-homologues, de recombinaisons ectopiques, etc., tous ces termes décrivent ce phénomène de cassure de l'acide nucléique.
À mes yeux, l'ancienne définition venait de l'époque où on ne connaissait pas la nature du support de l'information génétique, et qu'on décrivait les phénomènes au niveau phénotypique, on parlait de caractères et de phénotypes parentaux et recombinants, par exemple. Une fois les mécanismes génétiques élucidés, il n'y a plus de raison, à mon avis, de continuer à utiliser un vocabulaire obsolète pour désigner deux phénomènes qui, biologiquement, n'ont rien à voir (la disjonction des chromosomes homologues et la recombinaison). On peut d'ailleurs avoir l'un sans l'autre, les procaryotes n'ont pas de chromosomes homologues, et les mâles drosophiles n'ont pas de recombinaison, mais leurs chromosomes divergent tout à fait normalement.
[^] # Re: "de pouvoir juste recouper les données d'un monsieur et une dame...
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Du droit de bidouiller : un test génétique fait fi des brevets sur les gènes. Évalué à 4.
Et de grâce, personne ne dit "enjambement", c'est du niveau de "dévédé" ou de "coup de pied de coin". Si vous voulez un mot français, on peut dire "recombinaisons", mais autrement c'est "crossing-over" et son barbare pluriel lexicalisé "crossing-overs".
[^] # Re: Vendredi en avance ?
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Cyberlog-corp lance une enquête sur les lois HADOPI. Évalué à 6.
[^] # Re: Vendredi en avance ?
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Cyberlog-corp lance une enquête sur les lois HADOPI. Évalué à 10.
L'amalgame entre le "piratage" et la pédopornographie est débile.
On demande à des gens qui s'y connaissent un peu de répondre à des questions débiles posées par des amateurs sur des lois créées par des incompétents. Je me demande dans quel monde on vit...
[^] # Re: Légalité
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Connaissez-vous les bitcoins ?. Évalué à 3.
[^] # Re: Beaucoup de bruit pour peu de bitcoins
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Connaissez-vous les bitcoins ?. Évalué à 4.
Moi je dirais "cf la difficulté qu'a l'État français à trouver quelque chose contre les SEL". On voit bien que les attaques visent à récupérer les impôts, et pas du tout sur l'existence d'une monnaie d'échange officieuse, qui est tout à fait légale (ce qui est illégal c'est d'émettre des pièces et des billets apparemment). Et pour cause, si ma monnaie d'échange est la patate, l'État ne peut pas interdire les patates, pas plus que les billets de Monopoly, et ne peut empêcher qui que ce soit de payer un bien ou un service en billets de Monopoly. L'État veut juste empocher les impôts et la TVA qui correspondent aux biens et aux services échangés, ce qui est un vrai casse-tête. Pour les services, apparemment, la seule attaque possible est le travail clandestin. Si je fais travailler quelqu'un sans le payer, c'est illégal. Si je le paye et je ne le déclare pas, c'est illégal aussi. Donc dans tous les cas, il faut déclarer l'équivalent en euros du service rendu ; on ne paye pas le service en euros mais on paye les impots correspondant à cette transaction. Pour le troc lui-même, il faut payer la TVA sur les biens échangés. La conversion entre les "piafs", "graines", ou "bitcoins" et les euros est coton, et visiblement le casse-tête judiciaire est bien du côté des pouvoirs publics, et pas forcément des SEL.
Bref, on sent bien la frustration de l'État à ne pas pouvoir intervenir facilement dans de tels cas et l'angoisse un peu floue quant à ce qui se passerait si de tels systèmes se généralisaient, mais en tout cas, jusqu'à preuve du contraire, les SEL ne sont pas illégaux ni les systèmes monétaires officieux.
[^] # Re: Dividende universel
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Connaissez-vous les bitcoins ?. Évalué à 4.
Il me semble hallucinant que tu te poses une telle question, tellement elle me semble absurde. Bien sûr que tu es en droit de t'attendre à percevoir quelque chose de tes congénères. La redistribution des richesses n'est qu'une version améliorée des contraintes morales et légales qui t'obligent à venir en aide à quelqu'un qui pisse le sang ou qui crève la soif.
[^] # Re: Beaucoup de bruit pour peu de bitcoins
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Connaissez-vous les bitcoins ?. Évalué à -1.
Quoi qu'il en soit le système n'est pas du tout pyramidal. Un système pyramidal est un système où l'argent apporté par les entrants sert à rémunérer les anciens. Pour les bitcoins, une telle rémunération directe n'existe pas. Le système mis en place serait un peu équivalent à un marchant de légumes qui vend son premier kilo de tomates à un euro, son deuxième à deux euros, etc. jusqu'à epuisement du stock. Les entrants peuvent dégager un bénéfice (leurs bitcoins prennent de la valeur et ils peuvent les revendre plus cher qu'ils ne les ont acheté), mais ces bénéfices sont de même nature que toute spéculation basée sur la rareté.
Je ne sais pas comment les lois des différents pays gèrent le problème des monnaies non-officielles, mais je doute que ça soit aussi simple que "c'est illégal dans pas mal de jurisdictions". À ma connaissance, le troc est parfaitement légal. Les transactions en nature doivent évidemment être comptabilisées en monnaie officielle pour des raisons fiscales, mais ne sont pas illégales. Ainsi, si une entreprise paye ses employés moitié euros moitié bitcoins, ça doit revenir à peu de choses près à un salaire moitié euros, moitié nature (hébergement, nourriture, etc).
Bien que le système financier tente de se verrouiller pour se protéger, il n'en demeure pas moins que les individus sont libres d'échanger des biens avec qui ils veulent selon les modalités qu'ils veulent, à partir du moment où tout le monde est d'accord.
[^] # Re: Wikibuster
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Wikipédia : un million d'articles en français. Évalué à 0.
[^] # Re: Wikibuster
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Wikipédia : un million d'articles en français. Évalué à 0.
[^] # Re: En parlant de Wikipedia, voir aussi Citizendium
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Wikipédia : un million d'articles en français. Évalué à 4.
Dans tous les cas, les deux projets sont sous des licences compatibles, et il reste possible d'importer les articles de l'un à l'autre, ce qui après tout n'est pas si mal.
[^] # Re: Wikibuster
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Wikipédia : un million d'articles en français. Évalué à 0.
À noter que ce genre d'«écrits» ne sont pas l'apanage des bloggueurs et d'Internet. Des gens comme Pierre Assouline ou Guillaume Lecointre (que j'estime par ailleurs) se sont aussi laissé entrainer dans de tels pamphlets. Ça me fait un peu penser aux «intellectuels» du XIXe qui s'étaient élevés contre la construction de la Tour Eiffel, l'histoire leur réserve cette petite place anecdotique de ceux qui, pour de bonnes ou de mauvaises raisons, n'ont pas su attraper le train en marche et sont restés sur le quai.
[^] # Re: Vive la France !
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Un portable Linux pour tous les lycéens Réunionnais. Évalué à 2.
[^] # Re: Tatouage ?
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Un portable Linux pour tous les lycéens Réunionnais. Évalué à 6.
Par contre, apparemment, le mot de passe du BIOS sera le même que le mot de passe root de toutes les machines. Ah ah ah ah, je ne donne pas deux semaines avant que les lycéens ne le connaissent tous.
[^] # Re: Traduction
Posté par arnaudus . En réponse à la dépêche Brevets logiciels Oracle/Google : est-ce enfin la guerre nucléaire ?. Évalué à 2.