Depuis 2007, l'agrégation de Mathématiques se fait sur des machines tournant sous GNU/Linux. Peu de changements cette année pour l'agrégation externe, les logiciels proposés sont toujours Scilab, Octave (via Qtoctave), R, Maxima (via Wxmaxima), Giac/Xcas, PARI/GP, Axiom, GAP, ainsi que des compilateurs Java, C, Ocaml et Camllight. Un absent notable : Sage, qui devrait être proposé d'ici peu. Des logiciels propriétaires sont disponibles (Maple, Mathematica, Mupad en version 2.5 et Matlab). Sauf imprévu, l'environnement proposé est Fluxbox et le système une Debian Lenny.
Pour la deuxième année consécutive, l'agrégation interne propose aux candidats la possibilité d'utiliser l'informatique à l'un des oraux. Le support est cette fois directement ClefAgreg dans une version dédiée à cette épreuve (ClefAgrInt).