La quatrième Open Access Week, ou semaine de la publication à accès ouvert, a été lancée le lundi 18 octobre. Il s'agit d'une initiative devenue extrêmement populaire en très peu de temps : ce type de diffusion des résultats de la recherche scientifique a réussi à se frayer un chemin, balayant le préjugé que "publier dans un journal Open access est moins prestigieux que les autres". Et cela ne fait que commencer. Voici un petit regard en arrière.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2010 ont été attribués le 30 septembre dernier. Rappelons qu'ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d'abord fait rire puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• Management : de la promotion aléatoire pour gagner en efficacité dans une entreprise
  
• Ingénierie : collecte de mucus et gaz de baleines par hélicoptère
  
• Physique : port de chaussettes sur chaussures pour éviter les chutes sur sol gelé
  
• Biologie : fellation chez les chauves souris
  
• Paix : le juron pour mieux tolérer la douleur
  
• Santé : des microbes dans les poils des scientifiques qui les manipulent
  
• Transport : du fin stratège myxomycète physarum polycephalum pour l'organisation du transport
  
• Économie : Goldman Sachs, AIG, Lehman Brothers, Bear Stearns, Merrill Lynch et Magnetar pour avoir « créé et promu de nouvelles manières d'investir de l'argent en maximisant les gains financiers et en minimisant le risque pour l’économie mondiale, ou une portion de celle-ci »
  
• Médecine : influence des montagnes russes sur l’asthme
  
• Chimie : 3 chercheurs américains et la compagnie pétrolière BP pour avoir montré que l’eau et l’huile sont miscibles
  

Ces prix sont évoqués depuis plusieurs années sur LinuxFr.org (2001, 2002, 2004, 2005, 2006, 2008, etc.). Et puis ça change des Prix FSF du logiciel libre (Awards for the Advancement of Free Software) (2001 et 2001, 2002, 2005, 2008, John Gilmore et Internet Archive en 2009, etc.) ou même des plus pessimistes Big Brother Awards (2000, 2001 et 2001, 2002, 2003, 2005, 2007, 2009, 2010/ etc.) ou Darwin Awards.

L'équipe de FreeMedForms est heureuse de vous informer de la sortie de FreeDiams 0.5.0 de sa suite logicielle. FreeDiams est un logiciel médical, créé par des médecins/informaticiens, qui permet de rédiger une prescription. Rien de bien nouveau. À l'exception du fait que FreeDiams est l'unique logiciel libre au monde qui à ce jour propose la recherche d'interactions médicamenteuses en open source !

C'est une avancée majeure dans le monde de l'informatique libre médicale. En effet, le nombre d'interactions connues, comme le nombre de médicaments disponible sur le marché, sont de plus en plus nombreux et il devient impossible à un cerveau humain de tout "encaisser". L'outil informatique est ici d'une aide précieuse. D'autant, qu'en plus de gérer les interactions médicament-médicament, FreeDiams commence à s'introduire dans la gestion des interactions médicament-patient (gestion des allergies et intolérances).

Les gros avantages de FreeDiams sont sa gratuité et son ouverture. Il peut être lié à n'importe quel EMR (gestionnaire dossiers patients) grâce à une gestion de fichiers d'échange. GNUmed et MedinTux ont déjà sélectionné FreeDiams comme système expert médicamenteux. Énorme avantage, le moteur d'interaction est internationalisé et disponible d'ores et déjà de façon native avec les bases thérapeutiques des USA, du Canada, de l'Afrique du Sud et de la France. Malheureusement, le moteur de recherche d'interactions médicamenteuses n'est pas encore scientifiquement validé. Certaines interactions ne sont pas encore correctement repérées. Malgré un travail acharné des développeurs. Nous sommes toutefois très optimistes, le projet est encore jeune (2 années seulement).

Plusieurs communautés Open Source ont intégré FreeDiams, c'est le cas de Debian-Med et d'OpenSuse medical. Fedora Medical est en cours. La version 0.5.0 stable a été publiée hier, elle est le fruit de deux années de travail bénévole. La roadmap pour la version 0.6.0 est déjà publiée sur le site internet de FreeMedForms. Avis aux amateurs.

Matplotlib est une bibliothèque en Python très utilisée pour tracer des graphiques en deux et trois dimensions. Le degré de sophistication peut être très élevé mais les choses simples le restent ; pour se donner une idée, il suffit de regarder la galerie d’exemples.
En combinaison avec les bibliothèques scientifiques NumPy ou SciPy et l’interpréteur IPython, nous obtenons un outil de prototypage très pratique.

Matplotlib n’est pas exempte de limitations, pour de grosses séries de données ou des visualisations complexes en trois dimensions. Il faut alors se tourner vers d’autres outils tels que guiqwt ou Mayavi, si l’on veut rester avec des outils en Python.

TilEm est mort, vive TilEm2

Benjamin Moody (floppus maximus) et moi-même Thibault Duponchelle (contra-sh) sommes fiers de vous annoncer la publication de TilEm2.

Vous ne connaissez probablement pas TilEm "1" qui est un vieil émulateur qui a été écrit par Julien Solignac "x1cygnus" puis amélioré et maintenu par Benjamin Moody.
TilEm est un émulateur de calculatrices z80 (de TI73 à TI86 en incluant la TI81).
Tout comme les autres émulateurs, il est nécessaire de se procurer une "ROM" évidemment.
La version 1 de TilEm était disponible pour Linux, Windows et Mac.

TilEm2 est d'ores et déjà disponible pour Linux et Windows (et devrait fonctionner sur Mac OS X mais il n'a pas été testé).

Have fun with TilEm2 !!!

MathMod est un logiciel de dessin de formules mathématiques, qu'elles soient sous forme implicite ou paramétrique (de dimension 3 ou 4).
La version 3.1 apporte de nouvelles fonctionnalités, principalement au niveau de l’utilisation des textures 3D et des effets de turbulences : les textures 3D permettent de définir des palettes de couleurs en utilisant des équations mathématiques, alors que les effets de turbulence déforment les résultats de ces équations, ce qui leur donne un aspect plus naturel et moins monotone.

Oscopy est une sorte d’oscilloscope propulsé par IPython. En tant que contribution à la simplification du flot de simulation électronique, il permet de visionner des données et de les post‐traiter (arithmétique, trigonométrique, FFT…). La particularité d’Oscopy est d’assurer automatiquement certaines tâches fastidieuses lors du rechargement des données d’origine (par exemple, après une nouvelle simulation) :

• la mise à jour des signaux post‐traités en tenant compte des dépendances ;
• la mise à jour des figures et graphiques.

Oscopy gère la communication avec d’autres programmes, tels que gschem de la suite gEDA, qui peuvent déclencher la relecture des fichiers à distance (D-Bus, etc.). Oscopy est conçu pour être facilement extensible, peu d’effort est nécessaire pour gérer de nouveaux formats de fichiers ou types de graphiques.

La version 0.70 aussi appelée 20110921 se focalise sur la stabilisation et l’amélioration de l’API, ainsi que la documentation.
Oscopy est maintenant propulsé par IPython et présente des améliorations pour le post-traitement et les recalculs automatiques lors de la mise à jour des données.

Le journal des modifications est détaillé dans la seconde partie de la dépêche.