Nous allons parler ici des examens par imageries médicales de type scanner ou IRM. Un scanner est une série d’images faites aux rayons X et pour une IRM c’est de la résonance magnétique. Pour une IRM, vous passez dans un énorme aimant extrêmement puissant (attention aux objets métalliques). Quand vous passez l’un de ces examens, vous repartez avec un CD ou DVD que vous donnez à votre médecin ou bien vous avez un code pour aller chercher vos images sur internet. Vous pouvez aussi parfois y accéder avec votre smartphone. Il s’agit le plus souvent d’une série d’images en noir et blanc de type jpeg. Elles sont difficiles à interpréter par des non-spécialistes. C’est là qu’intervient un logiciel dédié. Vous pouvez parfois obtenir la série d’images sous un format dédié, c’est le serveur qui fait la conversion sur demande, par exemple le format DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d’images médicales, ou NIFTI. Gimp peut lire le format DICOM, mais ce n’est pas très pratique.

HCW@Home (Healthcare Worker @Home) est un logiciel opensource (licence GPL-3.0) permettant la gestion des téléconsultations médicales. Doté d’une gamme complète de fonctionnalités, son objectif principal est de permettre aux professionnels de la santé de mener des appels vidéo sans tracas, en envoyant simplement un lien aux patients.

HCW@Home est le fruit d’une collaboration passionnante avec les Hôpitaux Universitaires de Genève, soutenue par la Fondation Privée des HUG, ayant abouti à un logiciel qui a su briller pendant la crise du COVID en permettant des dizaines de milliers de consultations à distance. Dans la continuité de cette réussite, la société Iabsis derrière le développement a choisi de libérer le code source il y a environ un an, ouvrant de nouvelles perspectives pour les esprits créatifs du domaine informatique.

Je suis fier de vous présenter aujourd’hui l’application sanipasse.

Les passes sanitaires

Aujourd’hui, lorsque l’on se fait tester ou vacciner contre le COVID-19, on reçoit une attestation numérique, sous forme d’un QR code, qui prouve que l’on n’est pas contagieux.

Jusqu’à aujourd’hui, la seule application qui permettait de lire ces codes était le fameux TousAntiCovid, qui permet seulement d’importer son certificat sanitaire dans son application, et n’affiche pas la totalité des informations contenues dans le certificat.

L’application officielle de vérification de ces certificats, TousAntiCovid-Vérif est propriétaire, n’est pas publique, et la sécurité de son implémentation ne peut pas être vérifiée. Elle n’est, aujourd’hui, pas disponible aux petits organisateurs d’évènements privés, qui souhaiteraient pouvoir vérifier les certificats de leurs invités.

J’ai donc décidé de créer une nouvelle application, et je l’ai appelée sanipasse.

Libreosteo est une application Web, libre, multi‐plate‐forme, pour les ostéopathes. Cet outil a pour vocation d’accompagner l’ostéopathe dans la gestion de son cabinet : le suivi des patients, la facturation et la comptabilité.

Il est installé principalement en local (en général sous Windows ou macOS), permettant ainsi de l’utiliser sans connexion Internet. D’autres ostéopathes l’installent sur des serveurs sous GNU/Linux ou via une image Docker, permettant ainsi d’y accéder depuis n’importe quel point d’accès à ces serveurs.

La version 0.6 est sortie le 23 octobre 2019. La dernière version stable (0.5.7) était sortie le 7 juin 2017.

GNU Health est un projet de logiciel de Système d'information hospitalier et de dossier médical personnel sous licence GPL-3. Il est écrit principalement en Python en utilisant le Framework Tryton et PostgreSQL comme base de données.

Le projet est dirigé par l'ONG GNU Solidario qui œuvre à fournir santé et éducation aux plus démunis par le biais du logiciel libre. Il a entre autres reçu le prix annuel de la FSF en 2011 pour son impact social.

Cette nouvelle version est compatible avec Tryton 3.8 et donc avec le nouveau client web sao. Elle étend la couverture fonctionnelle grâce à de nouveaux modules et l'amélioration des existants.

Ce jeudi 24 septembre 2015 à 19h se déroulera la 41ème séance montoise des Jeudis du Libre de Belgique.

Le sujet de cette séance : Le logiciel libre pour favoriser l’interopérabilité en milieu hospitalier : l’exemple d’Orthanc en imagerie médicale

Thématique : Santé

Public : Tout public

L’animateur conférencier : Sébastien Jodogne (Orthanc & CHU Liège)

Sébastien Jodogne, le logiciel Orthanc et le CHU de Liège ont été récompensés cette année :

• Prix de la Free Software Foundation
• Agoria eHealth Award

En juillet 2012, le Centre Hospitalier Universitaire de Liège (Belgique) a publié la première version de son projet libre Orthanc. Orthanc est un serveur DICOM qui permet d'améliorer les flux d'imagerie médicale. La version 0.7.1 de ce projet utile aux hôpitaux est disponible depuis aujourd'hui.

Je suis heureux de vous annoncer la sortie de la nouvelle version de la suite suite logicielle médicale libre FreeMedForms incluant l'EMR et l'assistant autonome de prescription. Il s'agit de la version 0.9.0 (qui préfigure ce que sera la v1.0) qui a bénéficié de plusieurs mois de tests et de développements de correctifs.

Quelques nouveautés visibles depuis la v0.8.2 :

• intégration des résultats de biologie transférés avec le protocole HPRIM ;
• liaison possible avec ApiCrypt ;
• exportation des dossiers patients (PDF, HTML) ;
• impression des feuilles de soins papiers et de chèques ;
• amélioration de l'impression pour un rendu plus précis ;
• importation rapide de documents textuels dans le dossier médical (pour des protocoles de soins par exemple) ;
• nouveaux formulaires.

La plus grosse nouveauté depuis les versions bêtas réside dans l'implémentation de tests unitaires au sein du code. Ces tests sont totalement automatisés et servent aux développeurs à vérifier l'efficacité et la véracité du code mis à disposition. Bien évidemment, ces tests ne sont réalisés que sur les versions de développement, pas sur les paquets binaires mis en téléchargement. Ces tests permettent de rassurer les utilisateurs et les développeurs sur la qualité et la fiabilité du code.

GNU Health est un projet de logiciel de Système d'information hospitalier et de dossier médical personnel sous licence GPL-3.
Il est écrit en Python avec le Framework Tryton et utilise PostgreSQL comme base de données.
Le projet est géré par l'ONG GNU Solidario qui œuvre à fournir santé et éducation aux plus démunis par le biais du logiciel libre.

Cette nouvelle version apporte en autre la compatibilité avec Tryton 2.8 (la dernière version stable en date) et un installateur générique indépendant de l'OS.

Comme déjà indiqué précédemment, libHprim est une bibliothèque de lecture de fichiers Hprim santé.

Une nouvelle version vient de sortir. Les nouveautés de cette version par rapport à la version 2.0 concernée par la dernière dépêche sont les suivantes :

• Prise en charge de tous les messages Hprim Santé (exceptés les messages ERR).
• Utilisation d'un ContentHandler Sax pour utiliser une interface normalisée
• Le ContentHandler livré avec libHprim crée un XML plus proche de ce que fait Mirth
• Inclusion dans un dépôt Maven
• Développement d'un analyseur sale permettant de lire même les Hprim mal formés

La suite logicielle médicale libre FreeMedForms, déjà connue de LinuxFr, sera présentée aux RMLL 2013 le jeudi 11 juillet 2013 à Bruxelles (Université Libre de Bruxelles) au cours d'une conférence de vingt minutes et d'un atelier de quarante minutes.
La conférence couvrira le thème de la structuration du dossier médical (sans être trop technique) et sera suivie d'un atelier pratique. Cet atelier sera une excellente occasion pour rencontrer une partie des administrateurs de la suite, de discuter avec eux, et d'approfondir rapidement votre connaissance de FreeMedForms, de proposer des évolutions et/ou de proposer votre aide/soutien/financement.

Pour mémoire, nous avions déjà présenté (en anglais) le moteur d'interactions médicamenteuses lors de l'édition 2011.

Nous espérons vous y retrouver nombreux.

FreeMedForms est une suite logicielle médicale open source GPLv3 basée sur Qt4/5. La suite intègre déjà de nombreuses fonctionnalités. Alors que la version 0.8.4 pointe le bout de son nez, la communauté FreeMedForms a décidé d'ouvrir encore plus les développements.

Pour faciliter l'intégration de nouvelles équipes de développement, nous vous proposons un programme de soutien nommé « Mentoring of the Year ». Ce programme est basé sur le même principe que le « Mentoring of the Month » de Debian Med. Il vous permettra de vous intégrer rapidement dans le cycle de développement, d'obtenir rapidement de l'aide tant informatique que médical et ce dans plusieurs langages et bien d'autres finesses…

Nous devrions pouvoir soutenir deux équipes/projets par an. Les candidatures sont ouvertes !

PS: les mécènes sont les bienvenus aussi ;)

Le projet FreeMedForms est un projet libre et communautaire destiné au monde médical. Il comprend :

• un logiciel de gestion de patients : FreeMedForms EMR,
• un assistant complet de prescription (avec gestion des interactions médicamenteuses, intégré ou non à l'EMR) : FreeDiams,
• un assistant au codage CIM10,
• un agenda multi-utilisateurs,
• un moteur de script pour les formulaires,
• etc.

La version 0.8.2 est sortie aujourd'hui, elle vise à corriger un maximum de dysfonctionnements et à ajouter les fonctionnalités minimales nécessaires en vue d'une sortie prochaine d'une version 1.0.

C’est toujours avec le même plaisir que l’équipe de développement de la suite logicielle médicale libre FreeMedForms est heureuse de vous annoncer la sortie officielle de la nouvelle version stable 0.8.0. Cette version anniversaire (celui de FreeMedForms EMR et de son administrateur principal) apporte deux grandes nouveautés :

• un gestionnaire d’alertes structuré, qui est construit suivant une analyse des publications scientifiques les plus récentes ;
• la possibilité d’utiliser votre webcam pour définir les photos de vos patients. Ceci constitue la première étape d’importation d’images en général.

Notre équipe (NdR : Association pour le développement de la suite logicielle FreeMedForms) de développement vient de mettre à disposition une nouvelle version du projet médical open source FreeMedForms. Cette version corrige l'installation en configuration réseau client/serveur (avec MySQL). Beaucoup d'autres nouvelles fonctionnalités ont été ajoutées depuis notre dernière dépêche. Je vous laisse la joie de les découvrir sur notre site internet.

ps : un joyeux anniversaire à linuxfr.org et longue vie !

L'espérance de vie au Mozambique est de 42 ans. Ce chiffre inquiétant est dû à une combinaison de facteurs essentiellement liés à la santé dont :

• un accès à l'eau potable limité
• une sous-alimentation répandue
• plusieurs épidémies (Sida, dysenterie, choléra)
• des infrastructures de soins défaillantes

Il semble évident que plusieurs de ces facteurs sont liés entre eux, mais aujourd'hui il n'y a pas de système efficace de centralisation des informations de risques et d'état de la santé, ce qui réduit l'efficacité des solutions apportées par les autorités locales et internationales ainsi que par les ONG. Afin répondre à ce besoin, un concours international a été lancé pour la mise en place d'un système d'information de santé au Mozambique, avec une contrainte de taille : celui-ci devra être basé sur un format ouvert et développé avec une « approche open source ».

Quel plaisir d'annoncer une nouvelle version, une fois de plus. Quelques mois seulement après la dernière version stable, notre équipe est heureuse de vous soumettre une version bêta de FreeDiams : la version 0.7.0~beta1.

Pour ceux qui ne le connaissent pas, le projet FreeMedForms est un projet communautaire d'informatique médical libre et opensource (GPLv3) incluant un gestionnaire de dossier patient, un assistant de prescription autonome ainsi que nombreux autres assistants. Le projet FreeMedForms, majoritairement codé en C++/Qt/SQLite/MySQL/XML (un peu de bash), est reconnu par Nokia comme Qt Ambassador.

Au sein de ce logiciel on trouve FreeDiams qui est le plugin d'assistance aux prescriptions médicales (construit comme une application à part entière).

Le projet FreeMedForms est un projet médical communautaire libre. Le projet regroupe plusieurs applications, toutes sont libres et gratuites, distribuées sous licence GPL v3 / LGPL et codées en Qt/C++. Deux de ces applicatifs viennent d’être mis à disposition, ce jour, date d’anniversaire du créateur du projet.

La première application est la toute première version stable de FreeMedForms EMR, un gestionnaire de dossiers patient déjà riche de fonctionnalités : multi‐utilisateur, client‐serveur ou monoposte, multi‐agenda, avec formulaires patient modulables, base de données pharmacologique complète et gestion des interactions médicamenteuses, comptabilité libérale intégrée, etc.. FreeMedForms EMR vous permet déjà de gérer votre base patient librement et gratuitement.

La seconde application est la troisième version majeure de FreeDiams, notre assistant de prescription médicamenteuse. FreeDiams peut maintenant gérer les interactions de prescriptions complexes incluant des thérapeutiques de différents pays au sein de la même prescription (chose qu’aucun autre logiciel ne propose à ce jour). Les médicaments potentiellement inappropriés font aussi leur apparition dans une version expérimentale. Les bases de données thérapeutiques et d’interaction sont bien évidemment mises à jour. FreeDiams est totalement intégré à FreeMedForms EMR et dispose d’une interface solide d’interopérablité.

Le projet a été présenté au FOSDEM 2011, aux RMLL 2011, ainsi qu’à différents congrès médicaux.

NdM : De la part de toute l’équipe de relecture-modération de LinuxFr.org, un joyeux anniversaire à toi Éric !
En outre, je signale à tous ceux qui vont se poser la question « Et la carte vitale ? », qu’Éric y a déjà répondu lors d’une précédente dépêche.

L'équipe de FreeMedForms est heureuse de vous informer de la sortie de FreeDiams 0.5.0 de sa suite logicielle. FreeDiams est un logiciel médical, créé par des médecins/informaticiens, qui permet de rédiger une prescription. Rien de bien nouveau. À l'exception du fait que FreeDiams est l'unique logiciel libre au monde qui à ce jour propose la recherche d'interactions médicamenteuses en open source !

C'est une avancée majeure dans le monde de l'informatique libre médicale. En effet, le nombre d'interactions connues, comme le nombre de médicaments disponible sur le marché, sont de plus en plus nombreux et il devient impossible à un cerveau humain de tout "encaisser". L'outil informatique est ici d'une aide précieuse. D'autant, qu'en plus de gérer les interactions médicament-médicament, FreeDiams commence à s'introduire dans la gestion des interactions médicament-patient (gestion des allergies et intolérances).

Les gros avantages de FreeDiams sont sa gratuité et son ouverture. Il peut être lié à n'importe quel EMR (gestionnaire dossiers patients) grâce à une gestion de fichiers d'échange. GNUmed et MedinTux ont déjà sélectionné FreeDiams comme système expert médicamenteux. Énorme avantage, le moteur d'interaction est internationalisé et disponible d'ores et déjà de façon native avec les bases thérapeutiques des USA, du Canada, de l'Afrique du Sud et de la France. Malheureusement, le moteur de recherche d'interactions médicamenteuses n'est pas encore scientifiquement validé. Certaines interactions ne sont pas encore correctement repérées. Malgré un travail acharné des développeurs. Nous sommes toutefois très optimistes, le projet est encore jeune (2 années seulement).

Plusieurs communautés Open Source ont intégré FreeDiams, c'est le cas de Debian-Med et d'OpenSuse medical. Fedora Medical est en cours. La version 0.5.0 stable a été publiée hier, elle est le fruit de deux années de travail bénévole. La roadmap pour la version 0.6.0 est déjà publiée sur le site internet de FreeMedForms. Avis aux amateurs.

Depuis plusieurs années, la tarification à l'activité dite T2A fait que les hôpitaux sont rémunérés selon la complexité des cas traités. L'évaluation de cette complexité nécessite la transmission de nombreuses informations dans le cadre du Programme de médicalisation des systèmes d'information (PMSI).

Si les formats sont documentés par l'ATIH, peu de solutions libres pour les manipuler existent - pour l'instant, il n'y a que Marthaa, qui consiste à des scripts permettant de charger les fichiers dans une base MySQL.

Voici donc un ensemble de programmes, d'algorithmes et de bases 100% libre, sous licence GPLv3 avec clause Affero, pour pouvoir étudier facilement les données PMSI avec des programmes Perl et éventuellement PostgreSQL

Pour remplacer ces différents scripts, une bibliothèque appelée PerlMSI est en cours de développement. Le but est de la distribuer sur le CPAN (dépôt des modules Perl) dès que trois lacunes majeures actuelles (RSF-ACE, valorisation, SSR) auront été complétées, puis de rajouter une interface graphique Gtk2Perl et des options de transfert et de visualisation des résultats sous le langage statistique R.

Sortie de sesam viewer, un logiciel permettant de visualiser de façon structurée le contenu des fichiers B2 et NOEMIE utilisés par les logiciels de professionnels de santé. Ce programme distribué sous licence GPL tourne bien entendu sous Linux et aussi sous Windows, il utilise GTK. C'est à ma connaissance le seul programme disponible sous Linux à proposer ce service.

La norme B2 permet « de traiter des flux magnétiques en provenance de l'une des professions suivantes (infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, orthophonistes, orthoptistes, pédicures, dispensaires centres de santé, laboratoires, centres thermaux, transports sanitaires, ensemble prescripteur : généralistes, spécialistes, chirurgiens-dentistes, sages-femmes, structures de scanographie, pharmaciens et fournisseurs, cliniques privées et hôpitaux, fournisseurs) à destination d'une CPAM , d'une CMSA , d'un organisme gestionnaire du régime d'Assurance Maladie des Professions Indépendantes, d'un régime spécial membre de l'UNRS »

La norme NOEMIE « définit la norme d'échanges avec les Sections locales mutualistes (S.L.M.), ainsi que les conditions de sa mise en place pratique ».

NdM : ce type de logiciels dans le monde de la santé est particulièrement important pour notre plateforme préférée, l'offre étant rare comme ce journal l'an dernier le faisait remarquer. On peut noter parmi les autres logiciels dans la santé MedinTux ou Debian Med. Voir aussi la partie médecine des prochaines RMLL.

L'objectif de ce site est de permettre à chaque professionnel de Santé d'apporter sa pierre à l'édifice des logiciels libres dans la santé.

Outre les rubriques d'actualités, ce site contient une rubrique 'hôpitaux' où chaque hôpital peut faire un article sur les outils libres qu'il utilise. Si aux EU un tel site existe depuis plusieurs années (linuxmednews), la France n'avait pas jusqu'à ce jour un site de recensement et de collaboration alors que beaucoup de solutions libres commencent à s'installer dans les hôpitaux et cliniques.

Beaucoup se demandent quels programmes peuvent être utile au médecin pour gérer son cabinet, les données confidentielles de ses patients ou tout autre donnée informatisable par des logiciels libre.
Beaucoup d'hôpitaux ou d'institutions, surtout dans le tiers monde, ont besoin de logiciel performant et pas cher, pour consacrer leur maigres moyen sur le matériel.

Bonne nouvelle : il y a des solutions.
Mauvaise nouvelle : rien n'est prêt ;-)