Petites brèves Ruby : MagLev, entretien avec Camille Roux et SciRuby

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nov.
2011
Ruby

MagLev est une implémentation alternative de Ruby sous licence MIT. Elle se différencie des autres implémentations par son utilisation de GemStone/S qui permet de partager un espace mémoire entre plusieurs processus Ruby.

Camille Roux, un développeur Rails français, a été interviewé par Remix Jobs. Le podcast qui en résulte permet de découvrir Ruby et Rails.

Dans la torpeur de l'été est né le projet SciRuby qui a pour but d'avoir un équivalent des bibliothèques Numpy, Scipy et Matplotlib (toutes codées en Python) en Ruby. Le projet est à ses balbutiements et tout aide sera la bienvenue. Pour le moment, le site du projet est en place et différents dépôts permettent de voir l'évolution des bibliothèques. Pour se faire une meilleure idée des objectifs des promoteurs je vous laisse lire leur entretien (en anglais).

N. D. M. : merci à Nonolapero pour son journal sur SciRuby.

Matplotlib 1.1 et autres outils de visualisation en Python

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nov.
2011
Python

Matplotlib est une bibliothèque en Python très utilisée pour tracer des graphiques en deux et trois dimensions. Le degré de sophistication peut être très élevé mais les choses simples le restent ; pour se donner une idée, il suffit de regarder la galerie d’exemples.
En combinaison avec les bibliothèques scientifiques NumPy ou SciPy et l’interpréteur IPython, nous obtenons un outil de prototypage très pratique.

Matplotlib n’est pas exempte de limitations, pour de grosses séries de données ou des visualisations complexes en trois dimensions. Il faut alors se tourner vers d’autres outils tels que guiqwt ou Mayavi, si l’on veut rester avec des outils en Python.

Journal SciRuby, outils scientifiques en Ruby

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nov.
2011

Dans la torpeur de l'été est né le projet SciRuby qui a pour but d'avoir un équivalent des bibliothèques Numpy, Scipy et Matplotlib (toutes codées en Python) en Ruby. Le projet est à ses balbutiements et tout aide sera la bienvenue.

Pour le moment, le site du projet est en place : http://sciruby.com et différents dépôts permettent de voir l'évolution des bibliothèques. Pour se faire une meilleure idée des objectifs des promoteurs je vous laisse lire leur interview (en anglais) : http://www.floss4science.com/?p=688

Journal Einstein avait finalement raison! (comme toujours)

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oct.
2011

Journal presque bookmark pour vous rassurer sur l'événement qui a fait frétiller tous les scientifiques du monde il y a quelques semaines: des neutrinos plus rapides que la lumière auraient été détectés par les scientifiques du CERN.

Tankey en avait fait un journal, et aujourd'hui, au détour d'internet, j'ai trouvé cet article qui explique les raisons de la tromperie (malencontreuse):
http://www.fellowgeek.com/a-Einstein%E2%80%99s-Theory-Still-Safe.html

Et l'article original:
http://dvice.com/archives/2011/10/speedy-neutrino.php

Pour résumer: les scientifiques se sont servis des signaux GPS pour déterminer, à 20 (…)

Journal Vue de l'esprit ?

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sept.
2011

Bonjour,

Le site de Berkeley vient de publier le résultat de recherches visant à reconstituer les images issues directement du cerveau:

Le site de Berkeley (en anglais)

En résumé, les chercheurs on enregistré l'activité du cortex visuel de volontaires tandis qu'ils (les volontaires) regardaient des video extraites de youtube.

A l'aide d'algorithmes mathématiques ils ont ensuite pu reconstituer une video déjà connue des cobayes et l'afficher (l'exemple sur le site de Berkeley est assez impressionnant)

Le projet pourrait, à terme, (…)

Oscopy 0.70 aka 20110921 disponible

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23
sept.
2011
Technologie

Oscopy est une sorte d’oscilloscope propulsé par IPython. En tant que contribution à la simplification du flot de simulation électronique, il permet de visionner des données et de les post‐traiter (arithmétique, trigonométrique, FFT…). La particularité d’Oscopy est d’assurer automatiquement certaines tâches fastidieuses lors du rechargement des données d’origine (par exemple, après une nouvelle simulation) :

  • la mise à jour des signaux post‐traités en tenant compte des dépendances ;
  • la mise à jour des figures et graphiques.

Oscopy gère la communication avec d’autres programmes, tels que gschem de la suite gEDA, qui peuvent déclencher la relecture des fichiers à distance (D-Bus, etc.). Oscopy est conçu pour être facilement extensible, peu d’effort est nécessaire pour gérer de nouveaux formats de fichiers ou types de graphiques.

La version 0.70 aussi appelée 20110921 se focalise sur la stabilisation et l’amélioration de l’API, ainsi que la documentation.
Oscopy est maintenant propulsé par IPython et présente des améliorations pour le post-traitement et les recalculs automatiques lors de la mise à jour des données.

Le journal des modifications est détaillé dans la seconde partie de la dépêche.

Journal Le bio est comparable au logiciel libre (sciences et avenir)

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7
sept.
2011

Monjour Nal !

Je je prends ma plume numérique aujourd’hui, c'est pour te parler d'un article. Cet article nous ne le connaissons pas, ni vous ni nous (Oh le petit chat). Oups, je divague (vague).

Reprenons.

J'ai acheté le dernier « Sciences et Avenir ». Celui de Septembre 2011, donc.

Je n'achète jamais ce magasine, même s'il a plutôt bonne réputation si j'en juge par les retours que j'ai pu avoir de personnes intéressées par les magasines de ce type (…)

Journal Les élus républicains tuent le successeur de Hubble

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7
juil.
2011

Les États-Unis sont en train de préparer leur nouveau budget fédéral. Pour combler leur déficit abyssal les élus républicains du congrès ont décidé de prendre les choses à bras de corps : baisser les impôts pour les riches et maintenir ou augmenter le budget militaire. Ah, me direz-vous, ça ne contribue pas à la réduction du déficit. Nos élus républicains, fins observateurs s'en sont aussi rendu compte. Ils coupent donc dans le reste, les prestations sociales et la recherche. Plus (…)

Petite actu des outils d’analyse numérique

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16
juin
2011
Science

Au pays des scientifiques (entreprises & labos), en plus de la « taxe Microsoft » (Windows + MS Office), s’ajoute souvent la « taxe MATLAB » (employé comme grosse calculatrice graphique programmable…). Pourtant, dans ce milieu, les geeks ne sont pas rares. Continuons à porter la bonne parole : il existe des alternatives très valables, à choisir selon ses priorités !

Petit tour des candidats et leurs mises à jour dans la seconde partie de la dépêche.

Journal Rumeurs de Higgs

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22
avr.
2011

Deux ans après le précédent journal LinuxFR qui faisait le point sur la chasse au boson de Higgs ou en est la recherche ? Quelles sont les dernières rumeurs du monde de la physique des particules....et surtout qui va gagner la course entre le LHC européen et le Tevatron américain pour trouver cette particule cruciale ?

Tout d'abord il est à noter que le Tevatron semble distancé dans cette compétition. Les problèmes budgétaires de l'état fédéral américain ont conduit à (…)

Journal psycholog(42) = ?

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mar.
2011

Bonjour,

Petit coup de pouce à une amie à moi, étudiante en psychologie.

Pour son mémoire de fin d'année, Mlle s'intéresse aux informaticiens travaillant en open space ou en bureaux traditionnels.

Le questionnaire est un peu long mais c'est pour la Science, d'autant qu'elle offre son corps aux dix premiers qui vont jusqu'au bout ! Je déconne, les réponses sont anonymes, déontologie oblige.

Le questionnaire en question : https://www.kwiksurveys.com/?s=IONJOM_3a7c7c60

Merci pour elle !

Journal Populariser la science informatique

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fév.
2011

Ça fait longtemps, et pour fêter Linuxfr 2.0, un p'tit journal.

Les jeunes fuient les filières scientifiques. Des initiatives se forment pour y remédier en popularisant la science, c'est à dire, entre autres, en la montrant telle qu'elle est, comme quelque chose de vivant et intéressant, plutôt que comme les matières mortes qu'on étudie à l'école. Depuis deux ans, je participe (modestement) au festival d'été organisé par l'association Paris Montagne, festival que je vous recommande si vous avez des (…)

Journal Combien valent les exoplanètes ?

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fév.
2011

Depuis 1995 l'humanité est véritablement entrée dans une nouvelle ère. Alors que, depuis l'aube des temps, nous ne savions pas si d'autres planètes existaient autour des étoiles lointaines, voilà que soudain la première d'entre elle était découverte en orbite autour de 51 Pegasi.

Après 2 500 ans de spéculations nous avions enfin une réponse ! Six siècles après la condamnation à mort de Giordano Bruno nous savions enfin qu'il avait eu raison ! Les exoplanètes existent bel et bien (…)

Les interactions médicamenteuses en toute liberté

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23
nov.
2010
Médecine
L'équipe de FreeMedForms est heureuse de vous informer de la sortie de FreeDiams 0.5.0 de sa suite logicielle. FreeDiams est un logiciel médical, créé par des médecins/informaticiens, qui permet de rédiger une prescription. Rien de bien nouveau. À l'exception du fait que FreeDiams est l'unique logiciel libre au monde qui à ce jour propose la recherche d'interactions médicamenteuses en open source !

C'est une avancée majeure dans le monde de l'informatique libre médicale. En effet, le nombre d'interactions connues, comme le nombre de médicaments disponible sur le marché, sont de plus en plus nombreux et il devient impossible à un cerveau humain de tout "encaisser". L'outil informatique est ici d'une aide précieuse. D'autant, qu'en plus de gérer les interactions médicament-médicament, FreeDiams commence à s'introduire dans la gestion des interactions médicament-patient (gestion des allergies et intolérances).

Les gros avantages de FreeDiams sont sa gratuité et son ouverture. Il peut être lié à n'importe quel EMR (gestionnaire dossiers patients) grâce à une gestion de fichiers d'échange. GNUmed et MedinTux ont déjà sélectionné FreeDiams comme système expert médicamenteux. Énorme avantage, le moteur d'interaction est internationalisé et disponible d'ores et déjà de façon native avec les bases thérapeutiques des USA, du Canada, de l'Afrique du Sud et de la France. Malheureusement, le moteur de recherche d'interactions médicamenteuses n'est pas encore scientifiquement validé. Certaines interactions ne sont pas encore correctement repérées. Malgré un travail acharné des développeurs. Nous sommes toutefois très optimistes, le projet est encore jeune (2 années seulement).

Plusieurs communautés Open Source ont intégré FreeDiams, c'est le cas de Debian-Med et d'OpenSuse medical. Fedora Medical est en cours. La version 0.5.0 stable a été publiée hier, elle est le fruit de deux années de travail bénévole. La roadmap pour la version 0.6.0 est déjà publiée sur le site internet de FreeMedForms. Avis aux amateurs.