L'équipe de FreeMedForms est heureuse de vous informer de la sortie de FreeDiams 0.5.0 de sa suite logicielle. FreeDiams est un logiciel médical, créé par des médecins/informaticiens, qui permet de rédiger une prescription. Rien de bien nouveau. À l'exception du fait que FreeDiams est l'unique logiciel libre au monde qui à ce jour propose la recherche d'interactions médicamenteuses en open source !

C'est une avancée majeure dans le monde de l'informatique libre médicale. En effet, le nombre d'interactions connues, comme le nombre de médicaments disponible sur le marché, sont de plus en plus nombreux et il devient impossible à un cerveau humain de tout "encaisser". L'outil informatique est ici d'une aide précieuse. D'autant, qu'en plus de gérer les interactions médicament-médicament, FreeDiams commence à s'introduire dans la gestion des interactions médicament-patient (gestion des allergies et intolérances).

Les gros avantages de FreeDiams sont sa gratuité et son ouverture. Il peut être lié à n'importe quel EMR (gestionnaire dossiers patients) grâce à une gestion de fichiers d'échange. GNUmed et MedinTux ont déjà sélectionné FreeDiams comme système expert médicamenteux. Énorme avantage, le moteur d'interaction est internationalisé et disponible d'ores et déjà de façon native avec les bases thérapeutiques des USA, du Canada, de l'Afrique du Sud et de la France. Malheureusement, le moteur de recherche d'interactions médicamenteuses n'est pas encore scientifiquement validé. Certaines interactions ne sont pas encore correctement repérées. Malgré un travail acharné des développeurs. Nous sommes toutefois très optimistes, le projet est encore jeune (2 années seulement).

Plusieurs communautés Open Source ont intégré FreeDiams, c'est le cas de Debian-Med et d'OpenSuse medical. Fedora Medical est en cours. La version 0.5.0 stable a été publiée hier, elle est le fruit de deux années de travail bénévole. La roadmap pour la version 0.6.0 est déjà publiée sur le site internet de FreeMedForms. Avis aux amateurs.

La quatrième Open Access Week, ou semaine de la publication à accès ouvert, a été lancée le lundi 18 octobre. Il s'agit d'une initiative devenue extrêmement populaire en très peu de temps : ce type de diffusion des résultats de la recherche scientifique a réussi à se frayer un chemin, balayant le préjugé que "publier dans un journal Open access est moins prestigieux que les autres". Et cela ne fait que commencer. Voici un petit regard en arrière.

Tout le monde en parle : dans un article publié il y a quelques jours dans la revue Genome BIology, deux chercheurs de l'Université du Maryland ont créé un programme pouvant identifier 68 mutations associées avec une susceptibilité accrue aux cancers du sein et des ovaires. Jusqu'ici, rien de spectaculaire : il y a un tas de geeks qui écrivent des programmes extras. Celui-ci est tout de même un peu spécial : comme je l'avais relaté il y a quelques mois, la bataille juridique autour des brevets accordés à l'entreprise Myriad Genetics pour la possession et exploitation exclusive des séquences des gènes incriminés fait rage. Voilà que ce programme (libre) présente un do-it-yourself (« faites-le-vous-mêmes ») test génétique et ce, sans avoir peur de brevets.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2010 ont été attribués le 30 septembre dernier. Rappelons qu'ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d'abord fait rire puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• Management : de la promotion aléatoire pour gagner en efficacité dans une entreprise
  
• Ingénierie : collecte de mucus et gaz de baleines par hélicoptère
  
• Physique : port de chaussettes sur chaussures pour éviter les chutes sur sol gelé
  
• Biologie : fellation chez les chauves souris
  
• Paix : le juron pour mieux tolérer la douleur
  
• Santé : des microbes dans les poils des scientifiques qui les manipulent
  
• Transport : du fin stratège myxomycète physarum polycephalum pour l'organisation du transport
  
• Économie : Goldman Sachs, AIG, Lehman Brothers, Bear Stearns, Merrill Lynch et Magnetar pour avoir « créé et promu de nouvelles manières d'investir de l'argent en maximisant les gains financiers et en minimisant le risque pour l’économie mondiale, ou une portion de celle-ci »
  
• Médecine : influence des montagnes russes sur l’asthme
  
• Chimie : 3 chercheurs américains et la compagnie pétrolière BP pour avoir montré que l’eau et l’huile sont miscibles
  

Ces prix sont évoqués depuis plusieurs années sur LinuxFr.org (2001, 2002, 2004, 2005, 2006, 2008, etc.). Et puis ça change des Prix FSF du logiciel libre (Awards for the Advancement of Free Software) (2001 et 2001, 2002, 2005, 2008, John Gilmore et Internet Archive en 2009, etc.) ou même des plus pessimistes Big Brother Awards (2000, 2001 et 2001, 2002, 2003, 2005, 2007, 2009, 2010/ etc.) ou Darwin Awards.

L'accélérateur de particules LHC (Large Hadron Collider) monte doucement en puissance et les chercheurs du CERN commencent à produire des résultats scientifiques exploitables à partir des premières données.
Sous quelles licences ces articles de recherche sont-ils publiés ? Quelle est la politique officielle du CERN à ce sujet ?

Plus d'infos sur ces questions dans la suite de la dépêche.

À 69 ans, la professeure Barbara Liskov du MIT remporte la plus prestigieuse des récompenses en informatique. Largement considéré comme équivalent à un prix Nobel, le prix Turing est décerné chaque année par l'Association for Computing Machinery à une ou plusieurs personnes dont les contributions à l'informatique sont particulièrement brillantes.

Comme beaucoup de chercheurs de premier plan, Barbara Liskov a contribué à plusieurs domaines de l'informatique, principalement :

• les langages de programmation, en particulier avec le support de la programmation répartie ;
  
• la théorie des types, où elle a défini une nouvelle notion de type dérivé (T est un type dérivé de S si toute propriété prouvable sur les objets de S est prouvable sur les objets de T) ;
  
• les bases de données, en particulier orientées objet ;
  
• l'algorithmique répartie avec tolérance aux défaillances, et en particulier les plus difficiles de toutes ces défaillances : les processus byzantins.

NdM: Un grand merci à oyp pour le journal à l'origine de la dépêche.

L'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) a lancé le 27 avril un espace de stockage, en ligne, dédié aux publications de ses chercheurs.

De par la signature de la Déclaration de Berlin en juillet dernier, l'INRIA soutient sans réserve l'initiative des Archives Ouvertes. L'objectif est de donner l'accès aux publications scientifiques au plus grand nombre de chercheurs du monde entier. Cette base constitue une mémoire, un espace d'échange de connaissances ainsi qu'un outil de travail pour l'Institut.
Celui-ci entend également assurer la valorisation des publications et prépublications des chercheurs (visibilité, attractivité, pérennité, accès) et permettre par exemple la création de tableaux de bord, d'indicateurs, de bibliographies pour l'Institut.

D'un point de vue technique, l'Archive Ouverte de l'INRIA est basée sur la plateforme HAL (Hyper Articles en Ligne), archive ouverte du CCSD (Centre pour la Communication Scientifique Directe du CNRS), développée initialement par et pour les physiciens. L'INRIA collabore actuellement avec le CCSD sur les futures évolutions de HAL.

L'université Strasbourg-I Louis-Pasteur propose un site internet intitulé Libersciences.net. C'est un "laboratoire virtuel" de promotion des logiciels libres pour l'enseignement des sciences.

Les logiciels sont classés par niveau d'enseignement (primaire, collège, lycée, supérieur) et par discipline (mathématiques, physique, chimie, sciences de la vie et de la Terre/astronomie, ...) avec à chaque fois un forum dédié.

L'objectif de Libersciences est surtout de faire émerger et remonter des usages pédagogiques. Les internautes sont invités à contribuer aux contenus.