Journal Le bloboscope

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35
16
nov.
2019

Cher Nal',
Si tu t'intéresses à l'actualité scientifique, tu as sans doute déjà entendu parlé du blob. Pourvu de 720 sexes et dépourvu de système nerveux, cette cellule géante est capable de se déplacer et même d'apprendre ! Bref, tu l'auras compris, ce blob est vraiment bizarre ! Si tu veux en savoir plus sur cette bestiole, je te recommande l'excellent livre d'Audrey Dussutour.

Pour l'observer, j'ai mis un point un appareil de très grande sophistication (…)

Forum général.cherche-logiciel Connaissez vous une alternative à Utopia Documents ?

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2
3
sept.
2019

Bonjour à tous,

Je suis à la recherche d'un logiciel qui serait une alternative à Utopia Documents.

Pour ceux qui ne connaissent pas Utopia Documents est un logiciel Libre, qui est un genre liseuse pour article scientifique. Il analyse les articles scientifiques au format PDF donne des compléments d'information à partir de mots clefs trouvés dans l'article. Et permets de lier l'article en cours de lecture avec d'autres articles, sur le PC ou même en ligne. Ce qui est assez (…)

Journal Document de cours : "Python for science"

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40
13
mai
2019

Cher journal, je voudrais te parler aujourd'hui d'un document intitulé "Python for science" (c'est en anglais)
d'une centaine de pages et publié sous licence Creative Common CC-BY-SA qui introduit le langage Python pour une utilisation scientifique plutôt orientée vers traitement de données. Le document est libre et les sources LaTeX et SVG sont hébergées sur gitlab.

Pourquoi ? pour qui ?

Cela fait maintenant quelques années que je pratique Python pour mon boulot. Je m'en sers surtout pour faire (…)

Journal gtk-fortran 19.04 est sorti(e)

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20
26
avr.
2019
Ce journal a été promu en dépêche : Sortie de gtk-fortran 19.04.

Présentation

Lancée début 2011, la librairie gtk-fortran permet de créer des interfaces graphiques GTK dans des programmes en Fortran. Elle est multi-plateforme (Linux, Windows via MSYS2, BSD et macOS) et le projet est publié sous licence GNU GPLv3. Environ 10000 fonctions sont accessibles (GTK, GDK, GdkPixbuf, Cairo, Pango, ATK, GLib, GObject, GIO). En plus de l'aspect interface graphique, gtk-fortran permet également :

  • d'accéder aux fonctions de la GLib,
  • d'accéder aux fonctionnalités de la librairie de tracé scientifique PLplot.

Quelques aspects

(…)

Jugement TGI de Paris du 7 mars 2019 sur le blocage de Sci-Hub/LibGen

47
2
avr.
2019
Justice

Le tribunal de grande instance de Paris a rendu le 7 mars 2019 son jugement sur le blocage de Sci-Hub et LibGen.

Les gros éditeurs scientifiques Elsevier et Springer (environ 300 000 articles, 50 000 ouvrages et 7 000 revues à eux deux) veulent obtenir des quatre plus grands fournisseurs d’accès à Internet (FAI) français un blocage de Sci-Hub et LibGen qui fournissent des dizaines de millions de publications scientifiques, en contournement des abonnements très onéreux des éditeurs.

Ces éditeurs avaient demandé un blocage de cinquante‐sept domaines permettant d’accéder aux deux sites, ils voulaient un blocage par adresse IP, une injonction dynamique pour éviter de repasser devant le juge en cas de miroir, ne pas payer et être notifiés sans rien faire.

Les FAI ne rejetaient pas le principe du blocage mais voulaient en choisir les modalités techniques, voulaient que toute évolution de la demande repasse devant le juge, être notifiés des disparitions de sites par les éditeurs et ne pas payer.

Le jugement (susceptible d’appel) laisse aux FAI le choix de la méthode, leur demande de bloquer ni plus ni moins les cinquante‐sept noms de domaine pour un an, indique qu’un nouveau référé sera nécessaire en cas d’évolution de la demande, laisse le suivi des sites aux éditeurs (même si je ne vois pas pourquoi ils le feraient, vu que ça ne leur coûte rien de laisser le blocage demandé…) et les frais du blocage sont à la charge des FAI (chaque partie payant elle‐même ses frais de justice).

Journal Bon plan pour ne pas finir sobre et inculte

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22
14
avr.
2018

L'évènement ne se déroulant que dans plus d'un mois, je pensais qu'on avait encore du temps pour s'en préoccuper, mais j'ai eu une mauvaise surprise : certaines confs aux thématiques qui m'intéressaient étaient déjà complètes… beau succès pour Pint of Science. Si vous ne connaissez pas le principe, celui-ci est simple : un bar est utilisé comme lieu de conférences scientifiques d'une certaine thématique pendant une soirée, et toute personne inscrite peut assister à la ou les conférences tout (…)

Journal Jean-Claude Ameisen évoque le problème des codes fermés au sénat

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27
13
mar.
2018

Jean-Claude Ameisen a été auditionné devant la commission des affaires sociales, ce 8 mars, en tant que président d'honneur du comité consultatif national d'éthique pour la révision de la loi de bioétique de 2011.

Cette audition est disponible en "replay" sur la chaîne public sénat.

J'en parle ici, car entre 1:12:32 et 1:14:11, Jean-Claude Ameisen évoque les problèmes éthiques liés à l'utilisation d'algorithmes fermés de prise de décision dans des domaines publics comme la justice ou la santé.

(…)

Recalage d’images, PIV et corrélation d’images — Les logiciels

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37
1
oct.
2017
Science

Le recalage d’images est utilisé dans la communauté de l’analyse d’images médicales depuis très longtemps (Barnea & Silverman, 1972, Ledbetter et al. 1979), on peut même remonter plus loin dans le temps avec les travaux de Sidney Bertram, 1963 en fournissant tous les outils via des descriptions de circuits analogiques (vraiment impressionnant pour l’époque).

Cette dépêche fait suite à Recalage d’images, PIV et corrélation d’images — Les bases théoriques. Les bases théoriques ayant été présentées dans la dépêche précédente, le lecteur souhaitant comprendre plus en détail le fonctionnement de ces logiciels pourra s’y référer.

MathMod 6.0 : Introduction du calcul en mode multitâche ou multiprocesseur

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37
11
sept.
2017
Éducation

Je suis heureux d’annoncer la publication de la nouvelle version de MathMod, le logiciel libre de modélisation et de manipulation des objets mathématiques décrits par des équations implicites ou paramétriques.
MathMod permet de manipuler les objets mathématiques 3D et 4D. Il permet aussi de changer leur propriétés visuelles (appliquer des textures 3D, une transparence…), calculer leurs intersections en temps réel et exporter le résultat final sous le format de fichiers OBJ. MathMod est développé avec Qt5/C++, il est disponible pour GNU/Linux, Windows et macOS, sous licence GPL v3.

Cette nouvelle version apporte une amélioration majeure sur la partie du logiciel dédiée au calcul mathématique : la prise en charge du calcul multitâche ou multiprocesseur.

Démonstration de MathMod

Recalage d’images, PIV et corrélation d’images — Les bases théoriques

Posté par  . Édité par ZeroHeure, Davy Defaud, Benoît Sibaud, NeoX et palm123. Modéré par ZeroHeure. Licence CC By‑SA.
62
4
juil.
2017
Science

Le recalage d’images est utilisé dans la communauté de l’analyse d’images médicales depuis très longtemps (Barnea & Silverman, 1972, Ledbetter et al. 1979), on peut même remonter plus loin dans le temps avec les travaux de Sidney Bertram, 1963 en fournissant tous les outils via des descriptions de circuits analogiques (vraiment impressionnant pour l’époque).
En commençant à travailler sur des images issues d’IRM, j’ai été amené à faire une bibliographie sur les outils utilisés dans l’analyse d’images médicales. J’ai constaté que leurs techniques de recalage d’images étaient très similaires à celles utilisées dans les différents domaines de la mécanique. Après beaucoup de bibliographie, je suis parvenu à situer ce qui est fait en mécanique dans les cadres proposés en analyse d’images médicales.

Cette dépêche est l’occasion pour moi de présenter ces techniques dans le détail.


La prochaine dépêche présentera les logiciels utilisés dans les différentes communautés scientifiques.

Journal Pint of science 2017 : c'est la semaine prochaine !

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10
mai
2017

J'aime boire, j'aime apprendre des choses1, donc je suis fan du festival pint of science qui propose tous les ans depuis 2014 de venir écouter des chercheurs et des doctorants dans des bars en buvant un verre. Les thèmes cette année sont :

  • Les merveilles de l’esprit (neurosciences, psychologie et psychiatrie)
  • Des atomes aux galaxies (chimie, physique et astrophysique)
  • Notre corps (sciences du vivant)
  • Planète Terre (sciences de la terre, évolution et zoologie)
  • Star tech (technologie et ordinateurs)
  • (…)

Journal Ce que j'écoute par curiosité

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2
mai
2017

Passant plusieurs heures par semaine dans des trajets piétons et en transports en commun, j'ai pris l'habitude de télécharger des contenus audio répondant à ma curiosité. Je présente dans ce journal ma sélection personnelle en Français pour ceux qui ont les mêmes envies que moi.

Ayant presque épuisé mon stock (j'écoute plus de contenu par semaine que ce qui est produit par les émetteurs ci-dessous, et j'ai bientôt fini d'écouter leurs archives), j'invite chacun à compléter la liste en commentaires !

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Journal pydic, une suite d'outil python pour réaliser de la corrélation d'image locale

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22
14
avr.
2017

Cher journal,
Je t'écris aujourd'hui pour t'annoncer la venue de pydic. pydic, disponible sous licence GPLv3, est une suite d'outil Python permettant de faire de la corrélation d'image locale. Cette suite d'outil, disponible sous la forme d'un unique module pydic.py, s'adresse plus particulièrement aux mécaniciens expérimentateurs qui souhaitent cartographier les déformations au cours d'un essai mécanique comme un essai de flexion, un essai de traction ou que sais-je encore.

Bien qu'en anglais, l'image suivante résume (…)