Journal Un nouveau logiciel open source pour le criblage "in silico" (chemoinformatique)

Posté par  (site web personnel) . Licence CC By‑SA.
11
19
mai
2014

Chers lecteurs,

Je suis heureux de pouvoir annoncer la première version du logiciel ACPC.

https://github.com/UnixJunkie/ACPC/blob/master/README.md

ACPC est un logiciel open source pour faire du criblage "in silico" ("ligand-based virtual screening", en anglais).
ACPC utilise la fonction d'autocorrelation pour encoder les charges partielles des molécules de façon rotation-translation invariante.
ACPC est écrit en OCaml (http://ocaml.org/) et utilise la librairie Parmap (http://www.dicosmo.org/code/parmap/) pour la parallélisation des calculs sur les machines multicoeurs.
ACPC est assez rapide dans le domaine (…)

Journal Bredele V.3 la classe LaTeX dédiée aux thèses et mémoires en sciences humaines

11
13
mai
2014

Bonjour,

Après presque 4 ans (voir ce journal), Bredele revient en version 3.0 (et on change de crémerie pour aller sur Github).

Pour rappel :

Bredele est une classe LaTeX pour des thèses (ou mémoires) en sciences humaines. Elle est placée sous licence GPL v.3.

Les points forts de BREDELE :

  • Une mise en page de la page de garde, grâce à l'emploi de plusieurs commandes simples à renseigner soi-même,
  • Une mise en page générale obéissant aux pratiques habituellement (…)

So Data! Open Data et science : 2ème édition

Posté par  . Édité par Nÿco, Benoît Sibaud, ZeroHeure, Pierre Jarillon, Florent Zara, palm123 et NeoX. Modéré par ZeroHeure. Licence CC By‑SA.
17
6
mar.
2014
Open Data

Après le succès rencontré l'an passé, SO Data! reprend du service cette année ! Le principe reste le même : une journée de présentations et de discussions autour de l'Open Data dans le milieu scientifique. Les lieux et dates sont inchangées: c'est à l'IGN (Institut Géographique National, Saint-Mandé / Paris) le 14 Mars 2014, les présentations, elles, sont toutes neuves ! Le programme (toujours sujet à modifications) est disponible sur notre site sodata.org.

Logo So Data

L'accès est toujours libre et gratuit, nous vous demandons cependant de vous inscrire sur notre site. S'inscrire à la journée

NdM : l'IGN annonce sur son site poursuivre « sa démarche d'ouverture en diffusant gratuitement un nombre croissant de ses données sous licences Etalab ou APIE et en enrichissant les contenus des services en ligne utilisables gratuitement. » et « référence ses données sous Licence ouverte sur le site data.gouv.fr. » On a pu lire aussi des passes d'armes (1, 2, 3) et des rencontres entre OpenStreetMap France et l'IGN.

L'ouverture des données scientifiques : quid novi ?

Posté par  (site web personnel) . Édité par Benoît Sibaud, palm123 et patrick_g. Modéré par Pierre Jarillon. Licence CC By‑SA.
32
10
déc.
2013
Open Data

J'avais été conviée à la journée d'étude interdisciplinaire de l'ISCC intitulée « Ouverture des données massives scientifiques. Quels risques, quels bénéfices ? », le 6 décembre 2013. Un grand « merci » aux organisateurs et modérateurs de ces échanges, ce fut une journée très réussie et enrichissante. Je suis intervenue lors de la 2e table ronde qui traitait des avantages et dangers d'une telle ouverture ainsi que des nécessités en termes de politiques publiques pour que cette ouverture se fasse. Voici mes notes de préparation dont tous les points ont été abordés.

Lire la suite pour entendre parler des données scientifiques brutes, de non-reproductibilité, de timides avancées, de droit sui generis des bases de données et de licences Creative Commons v4.

Comment les idées du mouvement Open-source peuvent aider à étudier les exoplanètes

60
28
nov.
2013
Science

Hanno Rein est un spécialiste des exoplanètes qui occupe un poste de professeur assistant en astrophysique à l'université de Toronto. Entre 2010 et 2013 il a effectué son post-doctorat à l'Institute for Advanced Study de Princeton et, à cette occasion, il a écrit plusieurs petits articles de vulgarisation sur les exoplanètes.

L'un de ces articles publié par l'IAS s'intitule "How Open-Source Ideas Can Help Us Study Exoplanets" et il m'a semblé qu'il justifiait une traduction pour les lecteurs de LinuxFr.org.

Hanno, après avoir été contacté par courriel, a eu la gentillesse de m'autoriser à publier son article sur le site en le plaçant sous licence CC-BY-SA. Merci à lui.

Plus de détails dans la suite de la dépêche.

Forum général.petites-annonces Magazine Misc: 51 premiers numéros (villeurbanne)

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1
2
nov.
2013

Bonjour,

Je déménage et je vais me débarrasser de mes chers magazines.
Cependant je me suis dis que peut être cela pourrait intéresser certains d'entre vous.
(en particulier MISC, qui parle sécurité informatique)
Ainsi:
- MISC: du numéro 1 au 51 (soit Octobre 2010)
- Sciences & Vie: de janvier 2007 à Décembre 2010
- Courrier international: de fin 2006 à fin Septembre 2013 (ça fait une très grosse pile)

A venir récupérer sur site (flachet/la perraliere à Villeurbanne)
Pour (…)

Dr. Geo 13.10

Posté par  (site web personnel) . Édité par ZeroHeure, Nÿco et Benoît Sibaud. Modéré par claudex. Licence CC By‑SA.
31
28
sept.
2013
Éducation

Dr. Geo 13.10 est un environnement libre multi-plateforme de géométrie intéractive et de programmation. Il s'adresse aux enseignants et élèves pour l'apprentissage de la géométrie. Il permet également de modéliser des situations complexes nécessitant des fonctions et de la programmation.

Ainsi, outre son aspect classique de géométrie interactive, Dr. Geo permet de produire des figures interactives sous forme de scripts Smalltalk. Voir un exemple sur une dépêche précédente.

Dr. Geo mascotte

Il est développé avec le langage Smalltalk et l’environnement Pharo, permettant une complète introspection du code source depuis Dr. Geo lui‐même.

Pour station de travail GNU/Linux, Mac OS X et Windows, il est distribué sous la forme d'une application portable. Il est également disponible pour tablettes Android et iPad.

Dr. Geo est un logiciel bien maintenu qui évolue régulièrement, comme en témoignent les nombreuses dépêches précédentes.

Les journaux LinuxFr.org les mieux notés de l'été 2013

12
19
août
2013
LinuxFr.org

LinuxFr.org propose des dépêches et articles, soumis par tout un chacun, puis revus et corrigés par l'équipe de modération avant publication. C'est la partie la plus visible de LinuxFr.org, ce sont les dépêches qui sont le plus lues et suivies, sur le site, via Atom/RSS, ou bien via partage par messagerie instantanée, par courriel, ou encore via médias sociaux.

Ce que l’on sait moins, c’est que LinuxFr.org vous propose également à tous de tenir vos propres articles directement publiables, sans validation a priori des modérateurs. Ceux-ci s'appellent des journaux. Voici un florilège d'un dizaine de ces journaux parmi les mieux notés par les utilisateurs… qui notent. Lumière sur ceux du 1er juillet au 15 août, abusivement appelé été ici.

Journal Le tourbillon mystérieux des mondiaux de natation

Posté par  (site web personnel) . Licence CC By‑SA.
38
4
août
2013

Une polémique assez étrange est en train de naître au sujet des performances des nageurs lors des mondiaux de natation qui se déroulent à Barcelone. Selon un article publié sur le blog sportif du Monde, un tourbillon créé par les turbines de filtrage procure un avantage à certaines lignes d'eau par rapport aux autres.

En effet certains observateurs attentifs se sont rendus compte que les temps des athlètes nageant dans les lignes d'eau 1, 2, et 3 étaient toujours (…)

Sortie de R version 3.0.0

Posté par  . Édité par alpentux, Nÿco, claudex et Sylvestre Ledru. Modéré par Pierre Jarillon. Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
32
4
avr.
2013
Science

Le projet R annonce la sortie de la version 3.0.0 du logiciel statistique du même nom (pre-release le 7 mars 2013, sortie officielle le 3 avril).

R désigne à la fois un langage de programmation et son interpréteur. Historiquement, R est un dialecte dérivé du langage S, implémenté dans le logiciel propriétaire S-PLUS. L'aventure R a débuté en 1993, mais c'est à partir des années 2000 qu'il a pris une importance majeure dans le paysage des langages destinés aux applications statistiques. R rivalise aujourd'hui avec ses concurrents SAS (Statistical Analysis System), SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), ou STATA ; il est devenu incontournable dans certaines disciplines, notamment la biologie.

Le changement de version majeur (2.15.3 vers 3.0) ne signale pas une transition importante (voir le changelog), mais marque une évolution progressive (la version 2.0 date de 2004). La mise à jour requiert cependant une réinstallation complète.

R fonctionne de manière modulaire, avec un cœur relativement réduit, sur lequel peuvent se greffer des bibliothèques de fonctions fournies sous forme de « paquets ». R doit certainement une partie de son succès à l'activité de sa communauté, puisque plus de 4700 paquets activement maintenus sont disponibles au téléchargement sur le site officiel, sans compter les projets indépendants, comme bioconductor.

R est avant tout destiné au traitement et à l'analyse des données : tests statistiques, data mining, et production de graphiques de qualité (destinés à la publication). Le langage est de plus en plus utilisé pour produire des scripts portables, ou pour réaliser des simulations numériques (MCMC, typiquement). Réputé inefficace en tant que langage interprété, la possibilité de coder les fonctions critiques en C tout en utilisant la syntaxe « haut-niveau » de R ouvre une niche écologique significative pour le développement d'applications statistiques.

Dr. Geo 13.04

Posté par  (site web personnel) . Édité par Benoît Sibaud. Modéré par Benoît Sibaud. Licence CC By‑SA.
28
2
avr.
2013
Éducation

Dr. Geo

Dr. Geo 13.04 est un environnement multiplateforme de géométrie euclidienne interactive et de programmation.

Outre son aspect classique de géométrie interactive, Dr. Geo est scriptable et modifiable depuis lui même.

Il est distribué sous la forme d'une application portable universelle. Les nouvelles fonctions et les bugs corrigés sont listés en seconde partie.

Logo

Forum général.général 2 mars 2013 : AG de Parinux, Install party du Premier Samedi, soirée

Posté par  (site web personnel) . Licence CC By‑SA.
0
13
fév.
2013

L'assemblée générale ordinaire du conseil d'administration de Parinux aura lieu le matin du samedi 2 mars 2013 à la Cité des Sciences et de l'Industrie.
Nous espérons que vous serez nombreux à venir, Parinuxien(ne) ou non.
le montant des adhésions sera dorénavant de dix euros au tarif normal et de cinq euros au tarif réduit.
L'assemblée générale sera suivie du Premier Samedi puis de la soirée des 13 ans de Parinux.
http://www.parinux.org/content/assemblee-generale-2013
Install party du Premier Samedi : http://www.parinux.org/content/premier-samedi-du-2-mars-2013
Soirée (…)

L'astronomie libre sous Linux : le point fin 2012, début 2013

Posté par  (site web personnel) . Édité par baud123, Benoît Sibaud et Nÿco. Modéré par patrick_g. Licence CC By‑SA.
Étiquettes :
68
2
jan.
2013
Science

L'astronomie est un passe-temps vraiment sympathique qui permet de relativiser pas mal et de réfléchir sur notre place dans l'univers. Elle contient un côté poétique intéressant et pourtant, quand on veut commencer à se faire plaisir en prenant des photos d'objets aux dimensions difficilement compréhensibles, on peut se fait peur avec la pauvre logithèque linuxienne. Ceci est la première impression, fausse et c'est l'heure de faire un point et de motiver les utilisateurs.

L'hiver est la saison préférée des astronomes amateurs : si on plie à 22h, on a eu 4 h de nuit. Les nuits de janvier et février sont souvent très claires car très froides !

Un peu de lune, chaîne d'acquisition et traitement 100% Linux

Quelques applications scientifiques sur Android

Posté par  (site web personnel) . Édité par baud123, NeoX, Benoît Sibaud et Pierre Tramal. Modéré par Pierre Jarillon. Licence CC By‑SA.
22
1
jan.
2013
Science

L'avantage des smartphones et tablettes, c'est que l'on peut les avoir sur soi, encore plus que les netbooks. Ci-dessous quelques exemples d'applications en rapport avec les sciences.

Ces applications sont disponibles sur le dépôt f-droid, car elles sont libres.

Scilab version 5.4.0

Posté par  (site web personnel) . Édité par Davy Defaud, baud123, Nÿco, Benoît Sibaud et Benoît. Modéré par patrick_g. Licence CC By‑SA.
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30
15
oct.
2012
Science

Le 1er octobre 2012, la version 5.4.0 de Scilab a été publiée.

Scilab est un logiciel libre et open source de calcul numérique. D’après Wikipédia : « Scilab (prononciation : [sajlab] contraction de Scientific Laboratory en anglais) est un logiciel libre de calcul numérique multi‐plate‐forme fournissant un environnement de calcul pour des applications scientifiques. Il possède un langage de programmation orienté calcul numérique de haut niveau. Il peut être utilisé pour le traitement du signal, l’analyse statistique, le traitement d’images, les simulations de dynamique des fluides, l’optimisation numérique, et la modélisation et simulation de systèmes dynamiques explicites et implicites.
Il est disponible pour Windows, Mac OS X, GNU/Linux et BSD. »

La version 5.4.0 est une évolution majeure de Scilab, à la fois d’un point de vue technique et fonctionnel, mais aussi parce qu’elle a été développée et publiée — pour la première fois — par une société privée, issue de l’Inria et du Consortium Scilab, Scilab Enterprises.