D'après ce que j'ai entendu c'est uniquement les non stéroïdiens.
Non, c'est tous. Les anti-inflammatoires fonctionnent en éteignant ton système immunitaire. C'est précisément le contraire de ce qui est nécessaire à lutter contre une infection.
Pourquoi on ne parle pas des corticoïdes ? Parce que tu n'es pas censé prendre des corticoïdes pour lutter contre une fièvre, et que si tu as une maladie auto-immune traitée par corticoïdes, il est généralement plus dangereux d'arrêter les corticoïdes et de risquer une flambée de la maladie que de les maintenir.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Je rappelle, à toutes fins utiles, que le masque chirurgical n'a pas d'efficacité en protection du porteur. Si ce type de dispositif peut avoir une efficacité (ce qui reste à prouver par ailleurs), ce serait uniquement pour protéger les autres, si le porteur est lui-même atteint.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Sauf que justement, ceux qui meurent, ce sont précisément les outliers. Par définition, mourir, c'est basculer dans le cas de figure le plus extrême de la mauvaise santé. C'est plus facile si on en est déjà proche. Donc compter le temps de vie moyen restant pour la tranche d'âge n'a aucun sens : si on est mort, c'est (généralement) qu'il nous restait déjà peu de temps à vivre.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Oui mais même comme ça ça coince. Un vieux de 75 ans en bonne santé, sans antécédents et pratiquant régulièrement une activité physique a probablement de meilleures chances de survivre au coronavirus qu'un jeune de 25 ans avec une mucoviscidose (j'ai bien dit "probablement". Je n'ai pas de chiffres et cet exemple est fourni uniquement à titre d'illustration). Donc, à moins que tu aies la granularité suffisante pour remplir des dossiers ultra-détaillés pour chaque décès (ou pour un échantillon tel que les fluctuations d'échantillonnage soient faibles), tu ne peux pas compter en années de vie perdues.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
et même si elle ne vivait que 6 mois, en 6 mois elle pouvait avoir un réel impact (sauver la vie du futur prix nobel de médecine ?)
C'est quoi cette vision utilitariste de Mamie Duchmol ? Même si elle ne peut avoir aucun impact parce qu'elle est, par exemple, cloîtrée dans son lit, il reste du devoir de chacun, médecin ou non, de lui permettre de vivre et de profiter de ces 6 mois sans la juger.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
C'est surtout que "affligeant", étant un jugement de valeur, dépend de l'échelle sur laquelle on mesure. Moi, je peux trouver une copie d'étudiant affligeante. Mais la même copie, sur linuxfr, peut tout à fait démontrer une compréhension assez avancée pour un non-médecin.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Posté par Liorel .
En réponse au journal Des virus et des hommes.
Évalué à 9.
Dernière modification le 11 mars 2020 à 08:10.
On sait tous ce qu'est un argument d'autorité. Ce qu'on essaie de dire, c'est que l'argument d'autorité correspond à une proba a priori d'avoir raison supérieure à celle du random péon. Donc, quand deux personnes sont en désaccord, et que l'une d'elles a un argument d'autorité en sa faveur, je serais enclin à pencher de son côté.
Ça ne remplace pas de peser les arguments de chacun. A priori, quand on est compétent dans un domaine, on est capable d'argumenter. Mais si on n'a pas le temps, ou pas les compétences pour juger soi-même de la pertinence d'un argument, ça fait à peu près le taf.
Donc oui, c'est un argument d'autorité, et en l'absence d'autres éléments, on peut l'accepter. Toutefois, l'argument d'autorité s'efface devant l'analyse fine du discours, et devant l'absence de preuve de l'autorité. A priori, je n'ai aucune raison de croire un random péon sur internet qui affirme être médecin (tout comme tu n'as aucune raison a priori de croire que je le suis, et que tu peux le croire ou non à la lecture de ce que j'ai écrit).
Dans le cas qui nous intéresse, porter un jugement de valeur sur les commentaires en l'assortissant d'un "et je suis médecin" montre surtout une morgue assez remarquable, surtout que c'est assez courant d'avoir des patients qui ne comprennent rien à la médecine et qui ont une vision tout à fait magique de la biologie. Ne pas oublier que diagnostiquer et prescrire ne représente que la moitié du boulot du médecin, et qu'expliquer au patient représente une grosse moitié à lui seul.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Il y a énormément de commentaires dans le précédent sujet, donc ce n'est pas facile à lire, mais j'ai déjà répondu à cette remarque ici. Oui, mesurer le nombre d'années de vie perdues serait une mesure bien plus pertinente, et elle a évidemment déjà été proposée. Elle est, en pratique, totalement irréalisable, et elle est complètement absconse pour 90% de la population. Donc on se rabat sur une métrique bien plus facile à calculer, plus parlante pour la majorité, mais qui a le défaut de prêter le flanc à la critique des 10% restants qui savent faire des maths.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Prenons un exemple : nous sommes face à une hémorragie grave. J'ai une formation de secouriste, pas toi. J'ai 30% de chances de savoir faire les bons gestes, tu as 10%. Nous sommes en désaccord sur le geste à effectuer. Que faire ? Les probas a priori sont :
Proba que j'aie tort et toi aussi : (1-0.3)*(1.0.1) = 0.9*0.7= 0,63
Proba que j'aie raison et pas toi : 0.3*0.9 = 0.27
Proba que tu aies raison et pas moi : 0.7*0.1 = 0.07
Proba que nous ayons tous les deux raison : 0.3*0.1 = 0.03
Mais on conçoit aisément qu'il est impossible que nous ayons tous les deux raison puisque nous sommes en désaccord. On peut donc éliminer la dernière ligne. Par ailleurs, il s'agit d'une hémorragie grave : si on ne fait rien, il est certain que la personne va mourir. Donc autant tenter quelque chose. On peut donc aussi éliminer la première ligne.
Reste :
Proba que mon idée soit meilleure que la tienne sachant qu'il faut en choisir une : 0.27/(0.27 + 0.7) = 0.794
Proba contraire : 0.206
Il est donc préférable, dans une situation où les deux interlocuteurs sont incompétents mais où on est obligé d'en choisir un, de suivre le moins incompétent.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Les commentaires sont ceux qu'on est en droit d'attendre de DLFP. C'est un site d'informatique et de logiciel libre, à la base, pas de médecine. Les intervenants sont en grande majorité informaticiens, généralement ingénieurs. Ils ont leurs préjugés, parfois affligeants, mais généralement, ce qui prévaut sur ce site, c'est l'envie d'apprendre et un goût immodéré pour le débat. Ça débat couramment à n'en plus finir, la moindre incohérence sera impitoyablement traquée.
Dans l'ensemble, les commentaires de ce nourjal sont cohérents avec ceux du site en général, et non, je ne les ai pas trouvé affligeants, en fait, je les trouve plutôt plus intéressants que sur bon nombre de sites d'information.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Alors : ce sont des articles de 2009 portant sur un autre virus (la grippe), qui n'est pas de la famille des coronaviridae.
En fait, il y a 2 actions d'efficacité différente :
La désinfection consiste à tuer (rendre non infectieux) l'agent pathogène ;
La détersion mécanique consiste à retirer l'agent pathogène, indépendamment de sa survie.
Le lavage à l'eau et au savon repose principalement sur la détersion mécanique. Le savon n'est pas toxique pour les bactéries ni les virus. Le gel hydro-alcoolique vise à tuer les pathogènes.
On peut faire une expérience simple : une personne se rend dans le service d'hygiène hospitalière, elle se lave les mains à l'eau + savon, elle les plaque sur une gélose. Le lendemain, elle revient dans le service d'hygiène hospitalière et trouve quelques colonies bactériennes sur la plaque de gélose. Elle se lave alors les mains à la solution hydro-alcoolique et les plaque sur une seconde gélose. Le lendemain, elle revient : il n'y a pas de colonies bactériennes. Pour les virus, c'est plus compliqué à mettre en évidence, car l'ADN ou l'ARN viral reste détectable après un lavage de mains à la solution hydro-alcoolique, qui n'a pas pour but de le détruire (il agit à un autre niveau du virus).
L'idée générale est donc la suivante : il est désormais (2020) admis que, pour les virus enveloppés comme la grippe ou les coronaviridae, le gel fait mieux que l'eau et le savon. Idem pour la grande majorité des bactéries.
Les exceptions à cette règle sont : les virus nus (hépatite A, rhinovirus, poliomyélite) car le gel hydro-alcoolique vise l'enveloppe et… ils n'en ont pas, ainsi que les bactéries capables de former des spores (principalement le genre Clostridium) car les spores sont une forme extrêmement déshydratée capable de résister aux agressions chimiques comme l'alcool.
Les souillures macroscopiques ont aussi pour effet d'empêcher l'alcool de pénétrer la bactérie / le virus (effet biofilm) et il faut alors commencer par retirer la souillure.
Dans ces cas-là, il faut commencer par un lavage à l'eau et au savon afin de retirer mécaniquement les spores, avant de tuer les bactéries restantes à la solution hydro-alcoolique.
Concernant l'effet desséchant de l'alcool sur les mains : comme il a été dit, l'alcool ne retire pas la couche de sébum car il ne fait que s'évaporer. L'alcool ne déshydrate donc pas. Cependant, la pellicule de glycérol peut être désagréable et il a été montré que se laver fréquemment les mains afin de retirer cette pellicule a un effet desséchant. L'infirmière hygiéniste de mon hôpital nous racontait ainsi le conseil qu'elle donne aux personnels qui se plaignent de l'effet desséchant de l'alcool : ne vous lavez plus les mains à l'eau pendant un mois et revenez me voir. Un mois après arrêt du lavage à l'eau, il n'y a plus d'effet desséchant.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
J'avais vu ton commentaire, je n'ai juste pas eu le temps d'y répondre ;).
Je dirais qu'il y a quand même quelques différences fondamentales entre les modèles SIR et le modèle linéaire.
Tout d'abord, le modèle linéaire est avant tout destiné à l'inférence, là où le modèle SIR est destiné à la prédiction.
Le modèle linéaire (et ses généralisations) excelle quand il s'agit de trouver les corrélations entre une (ou plusieurs) variable prédictrice et une variable prédite. Il permet aisément de prendre en compte des facteurs de confusion. Même quand ses hypothèses de bases sont partiellement violées, il est relativement robuste et ses résultats, sans être parfaits, restent bons, et sont quasiment toujours utiles. Par contre, s'agissant de déterminer une valeur plausible pour une variable Y connaissant les prédicteurs X, le modèle linéaire est dépassé par bon nombre d'autres algorithmes en termes d'erreur quadratique moyenne (il conserve cependant un intérêt car il est extrêmement rapide à ajuster et à exécuter).
De plus, le modèle linéaire n'est pas un modèle "représentatif". Il n'est pas basé sur une compréhension même grossière du mécanisme sous-jacent au phénomène expliqué. Pour faire un modèle linéaire, on se contente de faire une somme pondérée des variables explicatrice (plus une constante) et c'est tout.
Le modèle SIR n'a pas pour but de réaliser de l'inférence. Analyser ses coefficients n'apportera rien puisqu'ils doivent même lui être fournis par un autre modèle. Par contre, ses qualités prédictrices restent bonnes même quand ses hypothèses de départ sont violées.
Le modèle SIR est de plus un modèle représentatif : il est basé sur une hypothèse concernant la diffusion de la maladie. Ceci explique qu'il ne soit applicable qu'aux maladies infectieuses. Pour la petite histoire, j'ai dû, au cours de mes études, élaborer un modèle SIR à titre d'exercice pour le chikungunya. Il a fallu me renseigner sur les mécanismes de contamination du moustique, la dynamique des populations de moustiques… Rien de tout ça n'aurait été nécessaire avec un modèle linéaire.
Est-ce que d'autres modèles, plus complexes, type machine learning, ont été testés ? Oui. Ils ont un inconvénient : la plupart des modèles de machine learning sont destinés à prendre en compte des données multidimensionnelles (nombreuses variables par individu), potentiellement hétérogènes, et fiables car récoltées informatiquement. Ici, on est face au cas inverse : les données se limitent à un nombre de contaminations par jour, on a peu de covariables, et elles ne sont de toute façon pas fiables. On est dans un cas où le modèle SIR marche bien, mais où les algos de machine learning sont limités.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
La cour de Cassation n'a rien estimé du tout sur le statut du chauffeur, pour la simple raison que ce n'est pas son rôle.
Ben un peu quand même. La Cour de Cassation juge en droit, non en fait. C'est-à-dire que les faits ne peuvent être contestés devant la Cour de Cassation, mais tous les points de droit peuvent l'être. Les faits (le travail au jour le jour) n'ont jamais été contestés. Par contre, la question de savoir si les chauffeurs Uber sont des salariés déguisés est bien un point de droit. Elle était donc de la compétence de la Cour de Cassation. Qui a effectivement défini le statut du chauffeur, en accord avec la cour d'appel, ce qui n'est pas systématique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Posté par Liorel .
En réponse au journal Des virus et des hommes.
Évalué à 6.
Dernière modification le 04 mars 2020 à 19:18.
Il est supprimé sur le papier, pour la presse. Chaque fac reste libre de fixer ses "capacités de formation" qui correspondent, concrètement, à un nombre de places au concours à l'examen classant.
Le numerus clausus est mort, vive le numerus clausus.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
On suppose que l'évaluation de R0 ne change pas si on détecte des porteurs sains (ça a l'air d'être l'hypothèse prise par le billet, mais j'aurais bien aimé la voir détaillée)
jyes t'a très bien répondu, mais puisque tu m'as invoqué, je vais te répondre, avec un exemple et encore un peu de maths.
Prenons un problème extrêmement simple : tu as un jeu de données sous la forme de 20 couples (X,Y) avec X et Y réels et tu cherches un moyen de prédire Y quand tu connais X. On notera l'erreur de prédiction.
Le modèle le plus simple consiste à écrire et de déterminer le qui minimise la somme des carrés des . On prend généralement comme critère d'optimalité la somme des carrés des erreurs car ça évite de se trimballer des valeurs absolues, ce qui simplifie bien les calculs, et surtout, ça donne les meilleurs résultats empiriquement1. Dans ce modèle, on va aboutir à , où $\bar{x} est la moyenne des X. Autrement dit, je peux faire un modèle très simple où je prédis la moyenne des X quel que soit Y. Ça paraît débile, mais c'est un bon début ! En fait, si X et Y sont indépendantes, c'est même le meilleur modèle.
Mais bon, tu n'iras pas forcément très loin comme ça. Tu peux t'améliorer en prédisant que . Autrement dit, tu supposes une relation linéaire entre X et Y. Là encore, tu prends comme critère d'optimisation la somme des . Tu remarqueras que ta somme des carrés des erreurs est toujours inférieure ou égale à celle que tu avais avec seulement . Les sont appelés paramètres du modèle : il s'agit de valeurs calculées à partir des données pour optimiser un critère qui reflète à quel point le modèle s'ajuste à la réalité.
Et si on continuait ? Après tout, rien ne t'empêche d'écrire . En apparence, tu peux prendre un polynôme de degré quelconque. Tu colleras toujours mieux aux données, tu amélioreras toujours ta somme des carrés des erreurs. Il y a quand même un souci. Si tu recherches le polynôme de degré 21, il y a une infinité de 21-uplets qui sont tous optimaux. En effet, tu n'as que 20 points de données, et il y a une infinité de courbes de degré 21 qui passent par tous. Ton nombre de paramètres ne peut donc pas dépasser ton nombre d'observations.
Soit, me diras-tu, je vais me limiter au polynôme de degré 20. Certainement, celui-ci doit être le meilleur, puisqu'il passe par toutes les observations, et sa somme des carrés des erreurs est de 0.
Et c'est ainsi que tu tombes dans le piège du surapprentissage. Si je te fournis une 21ème observation, il y a de grandes chances que ton modèle me fasse une prédiction pire (en termes d'erreur) que le polynôme de degré 0. Pire encore : si je refais mon étude sur 20 autres personnes, tes 20 paramètres seront totalement différents et tes prédictions n'auront rien à voir ! Alors que le modèle linéaire, lui, sera vraisemblablement peu différent2.
Un modèle avec trop de paramètres est un modèle avec une bonne précision sur les données d'apprentissage (en machine learning) ou d'ajustement (c'est le même mot mais en langage de statisticien), mais qui se plantera sur ses prédictions autres. La solution à ce problème est d'avoir peu de paramètres par rapport au nombre de données.
Dans un modèle SIR, on a besoin de 2 paramètres en tout et pour tout et ils sont très faciles à estimer (en statisticien)/apprendre (en machine learning). Estimer revient à compter le nombre de nouveaux malades chaque jour, à diviser par le nombre de malades de la veille, et à minimiser la somme des carrés des erreurs du logarithme (on fait une moyenne pondérée, mais c'est l'idée). Estimer le taux de guérison revient à calculer l'inverse de la durée moyenne de la maladie. Même avec des données imparfaites, c'est extrêmement robuste. En fait, si la proportion de porteurs asymptomatiques est constante à chaque génération, c'est même indépendant des porteurs asymptomatiques (ce qui répond d'ailleurs à un commentaire de Bruno Michel).
En comparaison, pour des modèles plus complexes, il te faut estimer, au minimum, le nombre d'interactions par individu sur une journée, leur durée, leur importance (c'est pas la même interaction de faire 2h de réunion dans la même pièce ventilée et 10 minutes de judo), donc tu te retrouves avec un modèle qui dépend fortement de données très difficiles à mesurer de façon fiable.
De manière générale, récolter des données médicales coûte de l'argent et du temps. De l'argent, on peut en mettre quand on est face à une épidémie de grande ampleur. Mais le temps… C'est précisément ce qui manque.
Et il y a de très bonnes raisons théoriques pour ça. L'estimateur des moindres carrés est un cas particulier d'estimateur au maximum de vraisemblance quand les erreurs sont normales. Ça parlera à ceux qui travaillent dans le domaine ;). ↩
En fait, avec 20 personnes, même le modèle linéaire simple peut être relativement instable. Par contre, si on refait le même exemple avec 50 personnes, il n'y a plus photo. ↩
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
En plus on a cette histoire de numerus clausus qui a organisé la pénurie de médecins.
Honnêtement, le numerus clausus est un faux problème. Les études médicales, c'est super dur, point. La charge de travail d'un étudiant PACES n'est pas différente de celle d'un étudiante en médecine plus avancé, elle est même probablement inférieure. Si on supprimait le numerus clausus, on augmenterait un peu le nombre de médecins en formation, mais :
Ça ne ferait qu'aggraver la question des lieux de stage : la totalité des hôpitaux parisiens est saturée d'externes (étudiants stagiaires de la quatrième à la sixième année sur le papier, en pratique souvent dès la troisième année), avec parfois plus d'externes que de patients dans le service, ce qui amène à ne même pas avoir un lit attribué à chaque externe ;
On déplacerait les échecs en deuxième année et plus, ce qui n'est souhaitable pour personne. Les études médicales, encore une fois, sont difficiles, avec une masse considérable d'informations peu complexes mais très nombreuses à apprendre en un temps qui semble toujours trop court à l'étudiant mais qu'il est difficile de rallonger.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
Posté par Liorel .
En réponse au journal Des virus et des hommes.
Évalué à 10.
Dernière modification le 03 mars 2020 à 23:12.
Je tiens à préciser que le problème de l'hôpital en France n'est pas dû aux salaires
Il est complètement dû aux salaires. Avoir un poste de praticien hospitalier, c'est se battre pendant des mois contre une administration qui commencera par envisager toutes les autres possibilités, puis contre d'éventuels concurrents, pour au final enchaîner les CDD avant d'être titularisé et toucher moins que dans le privé. Plus personne ne veut faire ça, sauf ceux qui ont vraiment envie d'enseigner et qui n'ont pas d'autre choix que les postes hospitalo-universitaires. Moi-même, j'envisage de partir dans le privé parce que je me fais chier dans mon taf et que quitte à me faire chier, j'y serais payé 1,5 à 2 fois plus. Je suis très loin d'être un cas isolé.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: La médecine dite alternative n'est pas de la médecine
Posté par Liorel . En réponse au journal Covid-19 : une expérience et des remèdes en open source !! à vos forks !. Évalué à 2.
Non, c'est tous. Les anti-inflammatoires fonctionnent en éteignant ton système immunitaire. C'est précisément le contraire de ce qui est nécessaire à lutter contre une infection.
Pourquoi on ne parle pas des corticoïdes ? Parce que tu n'es pas censé prendre des corticoïdes pour lutter contre une fièvre, et que si tu as une maladie auto-immune traitée par corticoïdes, il est généralement plus dangereux d'arrêter les corticoïdes et de risquer une flambée de la maladie que de les maintenir.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
# Ce que j'en pense
Posté par Liorel . En réponse au journal Erreur entrainant des confusion chez certains. Évalué à 6.
Que c'est précisément la raison pour laquelle j'ai consacré tout un paragraphe à l'agent infectieux et à son nom dans mon journal sur le sujet.
Note que Covid-19 est la pathologie et que le virus est SARS-CoV-2.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
# Efficacité
Posté par Liorel . En réponse au journal Une histoire de masques (enfin un tutoriel quoi). Évalué à 6.
Je rappelle, à toutes fins utiles, que le masque chirurgical n'a pas d'efficacité en protection du porteur. Si ce type de dispositif peut avoir une efficacité (ce qui reste à prouver par ailleurs), ce serait uniquement pour protéger les autres, si le porteur est lui-même atteint.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Taux de mortalité du covid
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 4.
Sauf que justement, ceux qui meurent, ce sont précisément les outliers. Par définition, mourir, c'est basculer dans le cas de figure le plus extrême de la mauvaise santé. C'est plus facile si on en est déjà proche. Donc compter le temps de vie moyen restant pour la tranche d'âge n'a aucun sens : si on est mort, c'est (généralement) qu'il nous restait déjà peu de temps à vivre.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Taux de mortalité du covid
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 3.
Oui mais même comme ça ça coince. Un vieux de 75 ans en bonne santé, sans antécédents et pratiquant régulièrement une activité physique a probablement de meilleures chances de survivre au coronavirus qu'un jeune de 25 ans avec une mucoviscidose (j'ai bien dit "probablement". Je n'ai pas de chiffres et cet exemple est fourni uniquement à titre d'illustration). Donc, à moins que tu aies la granularité suffisante pour remplir des dossiers ultra-détaillés pour chaque décès (ou pour un échantillon tel que les fluctuations d'échantillonnage soient faibles), tu ne peux pas compter en années de vie perdues.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Taux de mortalité du covid
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 6.
C'est quoi cette vision utilitariste de Mamie Duchmol ? Même si elle ne peut avoir aucun impact parce qu'elle est, par exemple, cloîtrée dans son lit, il reste du devoir de chacun, médecin ou non, de lui permettre de vivre et de profiter de ces 6 mois sans la juger.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 5.
C'est surtout que "affligeant", étant un jugement de valeur, dépend de l'échelle sur laquelle on mesure. Moi, je peux trouver une copie d'étudiant affligeante. Mais la même copie, sur linuxfr, peut tout à fait démontrer une compréhension assez avancée pour un non-médecin.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Comparaisons
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 4.
Effectivement, mais il n'y a pas d'immunité croisée. Ils sont trop différents.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 9. Dernière modification le 11 mars 2020 à 08:10.
On sait tous ce qu'est un argument d'autorité. Ce qu'on essaie de dire, c'est que l'argument d'autorité correspond à une proba a priori d'avoir raison supérieure à celle du random péon. Donc, quand deux personnes sont en désaccord, et que l'une d'elles a un argument d'autorité en sa faveur, je serais enclin à pencher de son côté.
Ça ne remplace pas de peser les arguments de chacun. A priori, quand on est compétent dans un domaine, on est capable d'argumenter. Mais si on n'a pas le temps, ou pas les compétences pour juger soi-même de la pertinence d'un argument, ça fait à peu près le taf.
Donc oui, c'est un argument d'autorité, et en l'absence d'autres éléments, on peut l'accepter. Toutefois, l'argument d'autorité s'efface devant l'analyse fine du discours, et devant l'absence de preuve de l'autorité. A priori, je n'ai aucune raison de croire un random péon sur internet qui affirme être médecin (tout comme tu n'as aucune raison a priori de croire que je le suis, et que tu peux le croire ou non à la lecture de ce que j'ai écrit).
Dans le cas qui nous intéresse, porter un jugement de valeur sur les commentaires en l'assortissant d'un "et je suis médecin" montre surtout une morgue assez remarquable, surtout que c'est assez courant d'avoir des patients qui ne comprennent rien à la médecine et qui ont une vision tout à fait magique de la biologie. Ne pas oublier que diagnostiquer et prescrire ne représente que la moitié du boulot du médecin, et qu'expliquer au patient représente une grosse moitié à lui seul.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 2.
Mouarf, il y a plein de typos :
Il faut bien évidemment lire :
Proba que j'aie tort et toi aussi : (1 - 0.3) * (1 - 0.1) = 0.9 * 0.7= 0,63
J'ai oublié un 0. La formule correcte est :
0.27/(0.27 + 0.07) = 0.794
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Taux de mortalité du covid
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 4. Dernière modification le 10 mars 2020 à 20:09.
Il y a énormément de commentaires dans le précédent sujet, donc ce n'est pas facile à lire, mais j'ai déjà répondu à cette remarque ici. Oui, mesurer le nombre d'années de vie perdues serait une mesure bien plus pertinente, et elle a évidemment déjà été proposée. Elle est, en pratique, totalement irréalisable, et elle est complètement absconse pour 90% de la population. Donc on se rabat sur une métrique bien plus facile à calculer, plus parlante pour la majorité, mais qui a le défaut de prêter le flanc à la critique des 10% restants qui savent faire des maths.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 7.
Prenons un exemple : nous sommes face à une hémorragie grave. J'ai une formation de secouriste, pas toi. J'ai 30% de chances de savoir faire les bons gestes, tu as 10%. Nous sommes en désaccord sur le geste à effectuer. Que faire ? Les probas a priori sont :
Proba que j'aie tort et toi aussi : (1-0.3)*(1.0.1) = 0.9*0.7= 0,63
Proba que j'aie raison et pas toi : 0.3*0.9 = 0.27
Proba que tu aies raison et pas moi : 0.7*0.1 = 0.07
Proba que nous ayons tous les deux raison : 0.3*0.1 = 0.03
Mais on conçoit aisément qu'il est impossible que nous ayons tous les deux raison puisque nous sommes en désaccord. On peut donc éliminer la dernière ligne. Par ailleurs, il s'agit d'une hémorragie grave : si on ne fait rien, il est certain que la personne va mourir. Donc autant tenter quelque chose. On peut donc aussi éliminer la première ligne.
Reste :
Proba que mon idée soit meilleure que la tienne sachant qu'il faut en choisir une : 0.27/(0.27 + 0.7) = 0.794
Proba contraire : 0.206
Il est donc préférable, dans une situation où les deux interlocuteurs sont incompétents mais où on est obligé d'en choisir un, de suivre le moins incompétent.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bien vu
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Les commentaires sont ceux qu'on est en droit d'attendre de DLFP. C'est un site d'informatique et de logiciel libre, à la base, pas de médecine. Les intervenants sont en grande majorité informaticiens, généralement ingénieurs. Ils ont leurs préjugés, parfois affligeants, mais généralement, ce qui prévaut sur ce site, c'est l'envie d'apprendre et un goût immodéré pour le débat. Ça débat couramment à n'en plus finir, la moindre incohérence sera impitoyablement traquée.
Dans l'ensemble, les commentaires de ce nourjal sont cohérents avec ceux du site en général, et non, je ne les ai pas trouvé affligeants, en fait, je les trouve plutôt plus intéressants que sur bon nombre de sites d'information.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Très bon journal, même si...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 2.
Par "lavage des mains", elle entendait "sur le lieu de travail". Ce qui est tout à fait possible ;)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bis repetita ;)
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 3.
Depuis qu'on dit MLE (Maximum Likelihood Estimation) :p.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Très bon journal, même si...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
Alors : ce sont des articles de 2009 portant sur un autre virus (la grippe), qui n'est pas de la famille des coronaviridae.
En fait, il y a 2 actions d'efficacité différente :
Le lavage à l'eau et au savon repose principalement sur la détersion mécanique. Le savon n'est pas toxique pour les bactéries ni les virus. Le gel hydro-alcoolique vise à tuer les pathogènes.
On peut faire une expérience simple : une personne se rend dans le service d'hygiène hospitalière, elle se lave les mains à l'eau + savon, elle les plaque sur une gélose. Le lendemain, elle revient dans le service d'hygiène hospitalière et trouve quelques colonies bactériennes sur la plaque de gélose. Elle se lave alors les mains à la solution hydro-alcoolique et les plaque sur une seconde gélose. Le lendemain, elle revient : il n'y a pas de colonies bactériennes. Pour les virus, c'est plus compliqué à mettre en évidence, car l'ADN ou l'ARN viral reste détectable après un lavage de mains à la solution hydro-alcoolique, qui n'a pas pour but de le détruire (il agit à un autre niveau du virus).
L'idée générale est donc la suivante : il est désormais (2020) admis que, pour les virus enveloppés comme la grippe ou les coronaviridae, le gel fait mieux que l'eau et le savon. Idem pour la grande majorité des bactéries.
Les exceptions à cette règle sont : les virus nus (hépatite A, rhinovirus, poliomyélite) car le gel hydro-alcoolique vise l'enveloppe et… ils n'en ont pas, ainsi que les bactéries capables de former des spores (principalement le genre Clostridium) car les spores sont une forme extrêmement déshydratée capable de résister aux agressions chimiques comme l'alcool.
Les souillures macroscopiques ont aussi pour effet d'empêcher l'alcool de pénétrer la bactérie / le virus (effet biofilm) et il faut alors commencer par retirer la souillure.
Dans ces cas-là, il faut commencer par un lavage à l'eau et au savon afin de retirer mécaniquement les spores, avant de tuer les bactéries restantes à la solution hydro-alcoolique.
Concernant l'effet desséchant de l'alcool sur les mains : comme il a été dit, l'alcool ne retire pas la couche de sébum car il ne fait que s'évaporer. L'alcool ne déshydrate donc pas. Cependant, la pellicule de glycérol peut être désagréable et il a été montré que se laver fréquemment les mains afin de retirer cette pellicule a un effet desséchant. L'infirmière hygiéniste de mon hôpital nous racontait ainsi le conseil qu'elle donne aux personnels qui se plaignent de l'effet desséchant de l'alcool : ne vous lavez plus les mains à l'eau pendant un mois et revenez me voir. Un mois après arrêt du lavage à l'eau, il n'y a plus d'effet desséchant.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Bis repetita ;)
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus, des hommes, et de la dynamique.. Évalué à 10.
J'avais vu ton commentaire, je n'ai juste pas eu le temps d'y répondre ;).
Je dirais qu'il y a quand même quelques différences fondamentales entre les modèles SIR et le modèle linéaire.
Tout d'abord, le modèle linéaire est avant tout destiné à l'inférence, là où le modèle SIR est destiné à la prédiction.
Le modèle linéaire (et ses généralisations) excelle quand il s'agit de trouver les corrélations entre une (ou plusieurs) variable prédictrice et une variable prédite. Il permet aisément de prendre en compte des facteurs de confusion. Même quand ses hypothèses de bases sont partiellement violées, il est relativement robuste et ses résultats, sans être parfaits, restent bons, et sont quasiment toujours utiles. Par contre, s'agissant de déterminer une valeur plausible pour une variable Y connaissant les prédicteurs X, le modèle linéaire est dépassé par bon nombre d'autres algorithmes en termes d'erreur quadratique moyenne (il conserve cependant un intérêt car il est extrêmement rapide à ajuster et à exécuter).
De plus, le modèle linéaire n'est pas un modèle "représentatif". Il n'est pas basé sur une compréhension même grossière du mécanisme sous-jacent au phénomène expliqué. Pour faire un modèle linéaire, on se contente de faire une somme pondérée des variables explicatrice (plus une constante) et c'est tout.
Le modèle SIR n'a pas pour but de réaliser de l'inférence. Analyser ses coefficients n'apportera rien puisqu'ils doivent même lui être fournis par un autre modèle. Par contre, ses qualités prédictrices restent bonnes même quand ses hypothèses de départ sont violées.
Le modèle SIR est de plus un modèle représentatif : il est basé sur une hypothèse concernant la diffusion de la maladie. Ceci explique qu'il ne soit applicable qu'aux maladies infectieuses. Pour la petite histoire, j'ai dû, au cours de mes études, élaborer un modèle SIR à titre d'exercice pour le chikungunya. Il a fallu me renseigner sur les mécanismes de contamination du moustique, la dynamique des populations de moustiques… Rien de tout ça n'aurait été nécessaire avec un modèle linéaire.
Est-ce que d'autres modèles, plus complexes, type machine learning, ont été testés ? Oui. Ils ont un inconvénient : la plupart des modèles de machine learning sont destinés à prendre en compte des données multidimensionnelles (nombreuses variables par individu), potentiellement hétérogènes, et fiables car récoltées informatiquement. Ici, on est face au cas inverse : les données se limitent à un nombre de contaminations par jour, on a peu de covariables, et elles ne sont de toute façon pas fiables. On est dans un cas où le modèle SIR marche bien, mais où les algos de machine learning sont limités.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Rôle de la cours de Cassation
Posté par Liorel . En réponse au journal Le statut d'indépendant est fictif chez Uber (décision de la cour de cassation). Évalué à 10. Dernière modification le 05 mars 2020 à 08:35.
Ben un peu quand même. La Cour de Cassation juge en droit, non en fait. C'est-à-dire que les faits ne peuvent être contestés devant la Cour de Cassation, mais tous les points de droit peuvent l'être. Les faits (le travail au jour le jour) n'ont jamais été contestés. Par contre, la question de savoir si les chauffeurs Uber sont des salariés déguisés est bien un point de droit. Elle était donc de la compétence de la Cour de Cassation. Qui a effectivement défini le statut du chauffeur, en accord avec la cour d'appel, ce qui n'est pas systématique.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 6. Dernière modification le 04 mars 2020 à 19:18.
Il est supprimé sur le papier, pour la presse. Chaque fac reste libre de fixer ses "capacités de formation" qui correspondent, concrètement, à un nombre de places
au concoursà l'examen classant.Le numerus clausus est mort, vive le numerus clausus.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Porteurs sains
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 2.
Tu as une réponse au sein de ce long post.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Les chiffres et la réalité...
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10.
jyes t'a très bien répondu, mais puisque tu m'as invoqué, je vais te répondre, avec un exemple et encore un peu de maths.
Prenons un problème extrêmement simple : tu as un jeu de données sous la forme de 20 couples (X,Y) avec X et Y réels et tu cherches un moyen de prédire Y quand tu connais X. On notera
l'erreur de prédiction.
Le modèle le plus simple consiste à écrire
et de déterminer le 
qui minimise la somme des carrés des 
. On prend généralement comme critère d'optimalité la somme des carrés des erreurs car ça évite de se trimballer des valeurs absolues, ce qui simplifie bien les calculs, et surtout, ça donne les meilleurs résultats empiriquement1. Dans ce modèle, on va aboutir à 
, où $\bar{x} est la moyenne des X. Autrement dit, je peux faire un modèle très simple où je prédis la moyenne des X quel que soit Y. Ça paraît débile, mais c'est un bon début ! En fait, si X et Y sont indépendantes, c'est même le meilleur modèle.
Mais bon, tu n'iras pas forcément très loin comme ça. Tu peux t'améliorer en prédisant que
. Autrement dit, tu supposes une relation linéaire entre X et Y. Là encore, tu prends comme critère d'optimisation la somme des 
. Tu remarqueras que ta somme des carrés des erreurs est toujours inférieure ou égale à celle que tu avais avec seulement 
. Les 
sont appelés paramètres du modèle : il s'agit de valeurs calculées à partir des données pour optimiser un critère qui reflète à quel point le modèle s'ajuste à la réalité.
Et si on continuait ? Après tout, rien ne t'empêche d'écrire
. En apparence, tu peux prendre un polynôme de degré quelconque. Tu colleras toujours mieux aux données, tu amélioreras toujours ta somme des carrés des erreurs. Il y a quand même un souci. Si tu recherches le polynôme de degré 21, il y a une infinité de 21-uplets 
qui sont tous optimaux. En effet, tu n'as que 20 points de données, et il y a une infinité de courbes de degré 21 qui passent par tous. Ton nombre de paramètres ne peut donc pas dépasser ton nombre d'observations.
Soit, me diras-tu, je vais me limiter au polynôme de degré 20. Certainement, celui-ci doit être le meilleur, puisqu'il passe par toutes les observations, et sa somme des carrés des erreurs est de 0.
Et c'est ainsi que tu tombes dans le piège du surapprentissage. Si je te fournis une 21ème observation, il y a de grandes chances que ton modèle me fasse une prédiction pire (en termes d'erreur) que le polynôme de degré 0. Pire encore : si je refais mon étude sur 20 autres personnes, tes 20 paramètres seront totalement différents et tes prédictions n'auront rien à voir ! Alors que le modèle linéaire, lui, sera vraisemblablement peu différent2.
Un modèle avec trop de paramètres est un modèle avec une bonne précision sur les données d'apprentissage (en machine learning) ou d'ajustement (c'est le même mot mais en langage de statisticien), mais qui se plantera sur ses prédictions autres. La solution à ce problème est d'avoir peu de paramètres par rapport au nombre de données.
Dans un modèle SIR, on a besoin de 2 paramètres en tout et pour tout et ils sont très faciles à estimer (en statisticien)/apprendre (en machine learning). Estimer
revient à compter le nombre de nouveaux malades chaque jour, à diviser par le nombre de malades de la veille, et à minimiser la somme des carrés des erreurs du logarithme (on fait une moyenne pondérée, mais c'est l'idée). Estimer le taux de guérison revient à calculer l'inverse de la durée moyenne de la maladie. Même avec des données imparfaites, c'est extrêmement robuste. En fait, si la proportion de porteurs asymptomatiques est constante à chaque génération, c'est même indépendant des porteurs asymptomatiques (ce qui répond d'ailleurs à un commentaire de Bruno Michel).
En comparaison, pour des modèles plus complexes, il te faut estimer, au minimum, le nombre d'interactions par individu sur une journée, leur durée, leur importance (c'est pas la même interaction de faire 2h de réunion dans la même pièce ventilée et 10 minutes de judo), donc tu te retrouves avec un modèle qui dépend fortement de données très difficiles à mesurer de façon fiable.
De manière générale, récolter des données médicales coûte de l'argent et du temps. De l'argent, on peut en mettre quand on est face à une épidémie de grande ampleur. Mais le temps… C'est précisément ce qui manque.
Et il y a de très bonnes raisons théoriques pour ça. L'estimateur des moindres carrés est un cas particulier d'estimateur au maximum de vraisemblance quand les erreurs sont normales. Ça parlera à ceux qui travaillent dans le domaine ;). ↩
En fait, avec 20 personnes, même le modèle linéaire simple peut être relativement instable. Par contre, si on refait le même exemple avec 50 personnes, il n'y a plus photo. ↩
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 5.
Honnêtement, le numerus clausus est un faux problème. Les études médicales, c'est super dur, point. La charge de travail d'un étudiant PACES n'est pas différente de celle d'un étudiante en médecine plus avancé, elle est même probablement inférieure. Si on supprimait le numerus clausus, on augmenterait un peu le nombre de médecins en formation, mais :
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: petite question
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 10. Dernière modification le 03 mars 2020 à 23:12.
Il est complètement dû aux salaires. Avoir un poste de praticien hospitalier, c'est se battre pendant des mois contre une administration qui commencera par envisager toutes les autres possibilités, puis contre d'éventuels concurrents, pour au final enchaîner les CDD avant d'être titularisé et toucher moins que dans le privé. Plus personne ne veut faire ça, sauf ceux qui ont vraiment envie d'enseigner et qui n'ont pas d'autre choix que les postes hospitalo-universitaires. Moi-même, j'envisage de partir dans le privé parce que je me fais chier dans mon taf et que quitte à me faire chier, j'y serais payé 1,5 à 2 fois plus. Je suis très loin d'être un cas isolé.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Les biologistes sont encore plus mauvais que les informaticiens pour trouver des noms !
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 5.
Randall Munroe t'a obligeamment fourni le XKCD qui va bien ;)
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.
[^] # Re: Du ramdam pour une grippe un peu violente
Posté par Liorel . En réponse au journal Des virus et des hommes. Évalué à 3.
Je renvoie le lecteur non connaisseur à mon commentaire un peu plus bas où j'explique la même chose avec des mots un peu différents.
Ça, ce sont les sources. Le mouton que tu veux est dedans.