Le 9 juillet 2010, Microsoft a annoncé la sortie d'une boîte à outils informatiques pour la biologie et plus spécialement pour les analyses de génomes. Une présentation officielle semble également avoir été faite lors de la conférence de la Société Internationale de Bioinformatique (International Society for Computational Biology, ISCB), qui s'est tenue du 9 au 13 juillet 2010 à Boston. Selon la page officielle, la suite logicielle est sous licence dite libre.

Dans la suite de la dépêche, les détails, le diable, toussa.

L'accélérateur de particules LHC (Large Hadron Collider) monte doucement en puissance et les chercheurs du CERN commencent à produire des résultats scientifiques exploitables à partir des premières données.
Sous quelles licences ces articles de recherche sont-ils publiés ? Quelle est la politique officielle du CERN à ce sujet ?

Plus d'infos sur ces questions dans la suite de la dépêche.

Urbi est un framework de développement pour la robotique visant à standardiser et simplifier l'écriture de modules et comportements pour les robots, en les rendant réutilisables et en facilitant l'interaction entre robots hétérogènes.

Il comprend:

• Un modèle de composants C++ avec gestion de dataflow : UObject ;
  
• Un middleware permettant aux composants d'interagir localement ou en réseau ;
  
• Un langage de script parallèle et événementiel, urbiscript, pour orchestrer les interactions entre composants ;
  
• Un environnement d'exécution faisant le lien entre les composants et urbiscript.

Un petit billet pour parler un peu de très récents développements scientifiques dans la recherche sur l'évolution culturelle de l'espèce humaine et les conclusions intéressantes qui en ressortent.
L'essentiel : copier les actions de quelqu'un dans le cadre de la résolution d'un problème est plus efficace que ré-inventer la roue seul dans son coin.

Pymecavideo est un logiciel développé sous python-Qt4 utilisé en cours de Physique (par exemple) qui permet de récupérer les coordonnées d'un ou plusieurs points présents dans les images d'un film.

Ceci permet de récupérer la trajectoire d'un point dans un référentiel ou encore par rapport à un autre point.

Il permet aussi de visualiser rapidement les vitesses des points, soit en vecteurs, soit selon les axes mais surtout - et c'est ce qui le démarque des autres - permet de calculer une vidéo selon l'autre référentiel. Ainsi, on peut "voir" que le mouvement d'une balle lâchée sur un vélo est parabolique dans le référentiel terrestre mais vertical dans le référentiel vélo.

L'ergonomie est - selon les auteurs - simple et un certain nombre d'élèves et de professeurs l'utilisent. Plus on fait de publicité autour, plus il y en aura.

Pymecavideo est principalement développé pour Linux, mais des fois, un binaire existe pour windows.

Sur l'invitation des organisateurs, les deux auteurs, JB BUTET et Georges KHAZNADAR seront présent au salon interTICE le mardi 11 mai de 12h à 14h pour animer un atelier avec huit ordinateurs sous Lucid Lynx avec des professeurs.
Ceci dans le cadre des ateliers "le libre dans l'éducation" d'InterTICE :
InterTICE est un salon dédié au Technologie de l'Information et de la Communication pour l'Education. Si on y côtoie des logiciels privateurs comme final cut pro et du photoshop, on y côtoie aussi des fleurons du libre dans l'éducation comme OOo4Kids présenté juste après nous par Eric BACHARD.
Un peu de visibilité en plus sur les logiciels libres dans l'éducation ne fait pas de mal.

Lundi 29 mars 2010, une brève sur Slashdot annonçait la décision de justice contre la compagnie américaine Myriad Genetics : les brevets qu'elle possède sur deux gènes impliqués dans les cancers du sein sont invalides. Ceci est une nouvelle assez extraordinaire : en dehors des considérations philosophiques et éthiques sur la brevetabilité du vivant, la conclusion du procès est très encourageante. Cette dernière annonce le fait que breveter est un obstacle à l'innovation et la diffusion des connaissances.

L'invalidation des brevets logiciels suivra-t-elle ? Et quand ?

À peine 1 an après la sortie de la version 1.0, Quantum Gis ou QGis, un logiciel libre (sous licence GPL) de Système d'Information Géographique (SIG), sort en version 1.4.0.

Cette version corrige près de 200 bugs et ajoute 30 fonctionnalités supplémentaires. Elle est qualifiée de version de développement. Toutefois, "en développement" est différent de "instable" ! En effet, QGis gère trois niveaux de versions :

• La version LTS (Long Term Support) : version 1.0.2 ;
  
• La version de développement : version 1.4.0 qui corrige les bugs. C'est la version la plus à jour de l'application pour la production ;
  
• L'instantané SVN qui lui est la version "unstable".

Pour votre rapide information, un SIG est un système d'information capable d'organiser et de présenter des données alphanumériques spatialement référencées, ainsi que de produire des plans et des cartes. Pour faire simple, les logiciels de SIG permettent de faire de la géométrie très facilement (en tout cas, plus qu'avec du papier millimétré). Traditionnellement, les données sont organisées en couche d'objets géométriques. Ces couches se gèrent comme des calques dans les logiciels de dessin.

Même s'il existe un SIG libre depuis 1982 (Grass GIS), l'information géographique a depuis longtemps été le fait de sociétés propriétaires. La conséquence immédiate se traduit par une multiplicité de formats de fichiers de données tous plus in-interopérables les uns que les autres. Par bonheur, QGis intègre GDAL/OGR, une bibliothèque de gestion d'une (très) grande majorité de ces formats propriétaires.

En terme de positionnement, QGis est un SIG de type bureautique (orienté utilisateur final et présentation) avec une interface complètement graphique.

Pour terminer, QGis est développé en C++ et utilise la bibliothèque/framework Qt. Son architecture lui permet d'utiliser des extensions codées en Python. Sachez enfin que, pour vous faciliter la vie, l'équipe de développement prend soin d'empaqueter son logiciel pour un grand nombre de systèmes d'exploitations (qu'ils soient libres ou propriétaires) : Slackware, OpenSuse, Ubuntu (Karmic, Jaunty et Intrepid), Debian Lenny (non officiel), Mac OS X, MS Windows.

Fabrice Bellard, bien connu ici pour être entre autre l'auteur de QEMU, vient de battre le record de calcul du nombre de décimales de Pi. Il a calculé environ 2 700 milliards de décimales de ce nombre magique.

La performance vient surtout du matériel utilisé : Fabrice a utilisé un ordinateur de bureau tournant sous Fedora 10, alors que le précédent record, ayant calculé environ 2 577 milliards de décimales, avait utilisé un supercalculateur japonais (113 téraflops en pointe soit la quarante-deuxième position au dernier Top500).

L'UFR d'informatique de l'Université Paris Diderot organise une conférence-débat intitulée "Logiciels libres : un défi scientifique"
animée par Roberto Di Cosmo et Ralf Treinen. Elle aura lieu durant la Fête de la Science, le 20 Novembre 2009, de 14h30 à 15h45 en Amphi 4C de la Halle aux Farines, sur le campus de Paris Diderot.

Roberto Di Cosmo et Ralf Treinen sont tout deux professeurs de l'Université Paris Diderot et participent au projet de recherche européen MANCOOSI, dédié à la gestion des systèmes logiciels complexes que sont les distributions de logiciel libre. Dans cette conférence, destinée à la fois au grand public et à la communauté du libre, sera exposé le fruit de leurs réflexions sur le logiciel libre et sur les nouveaux défis pour la recherche scientifique en informatique posés par son mode de développement et déploiement radicalement différent de celui du logiciel propriétaire.

La version 0.4.0 d'OpenViBE est disponible en téléchargement.
OpenViBE est une plateforme opensource permettant de créer, tester et utiliser des interfaces cerveau ordinateur (Brain-Computer Interfaces, BCI). Plus généralement, OpenViBE peut être utilisé dans diverses applications de neuroscience temps-réel ou de réalité virtuelle ou pour des applications médicales, notamment pour les personnes atteintes de handicaps (rééducation, thérapie, aide, accessibilité).

Un grand merci à Christoph Veigl pour sa contribution rapide et efficace. N'hésitez pas à nous rejoindre et à contribuer (nous cherchons notamment des personnes capables de packager la plateforme sous Linux). !

À partir de cette version, nous avons décidé qu'une nouvelle version d'OpenViBE serait publiée tous les 3 mois. Vous pouvez donc attendre la version 0.5.0 autour de Noël, la 0.6.0 vers la fin mars etc...

Nous attendons vos retours et espérons que vous apprécierez travailler OpenViBE autant que nous !

Celestia est un logiciel multiplate-forme libre (sous licence GPL) qui permet de simuler et d'observer le ciel avec une grande qualité de visualisation.

La version 1.6.0 est sortie il y a quelques jours et c'est une bonne occasion pour faire le point sur le logiciel et pour parler des nouveautés

Presque 10 mois après la version 0.11, QElectroTech sort en version 0.2.
Pour rappel, QElectroTech (ou QET pour faire court) est un logiciel libre permettant de réaliser des schémas électriques.
Il est distribué sous licence GNU/GPL et développé en C++ avec la bibliothèque Qt 4.

Il y a un mois, l'équipe taguait une version bêta et résumait la notion de fichiers projets, principale nouveauté de cette version, ainsi : auparavant, un fichier .qet ne pouvait contenir qu'un schéma. Désormais, il s'agit d'un conteneur pour zéro, un ou n schémas (qui constituent alors des « folios ») accompagnés d'une collection d'éléments électriques embarqués. Ceci améliore grandement la "portabilité" des fichiers, qui peuvent maintenant être ouverts sur n'importe quelle machine, même si celle-ci ne disposait pas de tous les éléments électriques nécessaires.

Le développement va maintenant pouvoir se poursuivre vers la prochaine version majeure de QElectroTech. Celle-ci devrait être axée sur l'amélioration de la gestion des textes et sur l'export au format DXF.

Linux et les Choses a changé de peau. Depuis trois années d'existence, ce petit site sans prétention est toujours là !

Loin d'être exhaustif et ne touchant pas toutes les disciplines en sciences humaines, Linux et les Choses est aussi le reflet de l'expérience personnelle de son auteur et des contributeurs. Il présente à ce jour :

• 100 courtes notices sur différents logiciels libres (on notera le recensement des logiciels consacrés à la bibliographie)
  
• De la documentation pratique, des articles (tribunes) et divers autres documents pour la promotion des logiciels libres.

QElectroTech sort ce week-end en version 0.2 bêta. Pour rappel, QElectroTech (ou QET pour faire court) est un logiciel libre permettant de réaliser des schémas électriques. Il est distribué sous licence GNU/GPL et développé en C++ avec la bibliothèque Qt 4.

La principale nouveauté de cette version par rapport à la 0.11 est la notion de fichiers projets : avant, un fichier .qet ne pouvait contenir qu'un schéma. Désormais, il s'agit d'un conteneur pour zéro, un ou n schémas (qui constituent alors des « folios ») accompagnés d'une collection d'éléments électriques embarqués. Cette dernière nouveauté améliore grandement la "portabilité" des fichiers, qui peuvent maintenant être ouverts sur n'importe quelle machine, même si celle-ci ne disposait pas de tous les éléments électriques nécessaires.

L'ACM (Association for Computing Machinery) a décerné son prix Infosys 2008 à Jon Kleinberg, professeur à l'université de Cornell, spécialiste des réseaux sociaux. C'est l'occasion de revenir sur cette notion au cœur de l'informatique actuelle.

La notion scientifique de réseau social est vraisemblablement due à Stanley Milgram. Pour vérifier une idée évoquée par Frigyes Karinthy dans sa nouvelle Chaînes, il lance une expérience en 1967 : il choisit une "cible" et des personnes de départ, puis il envoie à celles-ci des lettres leur demandant de contacter la cible ou, s'ils ne la connaissent pas, de passer le relais (postal) à la personne de leur entourage la plus susceptible de la connaître. Dans tous les cas, on envoie une carte à Milgram pour lui rendre compte. On peut donc considérer Milgram comme l'inventeur de traceroute, anticipant de vingt ans le programme informatique. Le résultat de cette expérience du petit monde est maintenant connu sous le nom de six degrés de séparation. C'est en effet le nombre moyen d'étapes que les lettres ont mis pour arriver à destination.

Coban est un logiciel libre pour électricien (sous licence CeCILL) qui permet de faciliter les calculs courants et répétitifs de cette profession.

La nouvelle version intègre un module d'estimation de puissance de chauffage à installer dans les locaux tertiaires ou industriels.

Coban est multi plate-forme et fonctionne sous GNU/Linux, Windows et Mac OS.

Après 6 ans de développement, Quantum GIS vient d'atteindre la version 1.0 qui comporte plus de 265 correctifs de bogues et améliorations par rapport à la précédente 0.11.0.

Il s'agit ici d'une version dont le support se fera sur le long terme, c'est à dire que son API sera fixée pour les 2 ans à venir et qu'elle vise à servir de base pour les entreprises et fournisseurs de support. Le développement se poursuit sur la branche instable 1.1.

GnoFract 4D est un logiciel générateur avancé de jolies images appelées Fractales, basé sur Gnome.

GnoFract 4D dessine les ensembles de Mandelbrot, de Julia et beaucoup plus encore, y compris Fractint, UltraFractal et vos propres formules faites sur commande.

Il est facile à utiliser, avec une interface agréable, très rapide, très flexible et propose un rendu en 24 bits.
Bref, un logiciel à connaître, j'ai personnellement été surpris de la galerie et je voulais faire connaître ce très bel outil libre (licence BSD).

Une nouvelle version vient de sortir le 14 décembre 2008 qui est la 3.10 qui corrige quelques bugs.

L'équipe du projet GDAL/OGR est heureuse de vous annoncer la sortie de la version 1.6.0 de GDAL/OGR. Au cours des 11 mois qui ont séparé cette nouvelle version de la version 1.5.0, de nouvelles fonctionnalités ont été ajoutées, sans compter les nombreuses corrections d'anomalies apportées.

GDAL est une bibliothèque libre offrant un modèle unifié de représentation des données raster (réciproquement vecteur) permettant leur utilisation transparente par d'autres logiciels, sans avoir à se soucier des détails d'implémentations des formats lus ou écrits. GDAL est également fourni avec des utilitaires permettant de convertir d'un format vers un autre, de faire des reprojections, des fusions entre données, etc.

Les nouveaux pilotes de formats raster sont BLX Magellan Topo, EIR Erdas Imagine Raw, Oracle GeoRaster, GRIB Driver (intégré à la distribution de base), LCP / FARSITE et Terralib

Les nouveaux pilotes de formats vectoriels sont Geoconcept Export, INGRES RDBMS et XPlane/Flightgear

Voir ci-dessous pour une liste non exhaustive des nouvelles fonctionnalités.

Après quelques retards, dus principalement à un manque de temps pour finaliser la version 3.0 (voir le journal pymecavideo, juste avant la release... ), voici enfin la version 3.0 de pymecavideo.

Pymecavideo est un logiciel libre sous licence GPL 3 écrit en Python, basé sur la bibliothèque Qt4 et FFmpeg. Il permet, à partir d'une vidéo (quelconque) de déterminer les coordonnées des points que l'on peut pointer.

Dans le cadre d'un enseignement de physique, ceci permet d'étudier la relativité des référentiels et de calculer les énergies cinétiques, potentielles. À ce titre, il remplace facilement Avimeca ou regavi, logiciels propriétaires ne tournant que sous Microsoft Windows.

Couplé à un logiciel de visualisation de données, comme Qtiplot, on peut visualiser les vecteurs du mouvements.

Note : pymecavideo est disponible en français, anglais et espagnol.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2008 ont été attribués le 3 octobre dernier. Rappelons qu'ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui ne peuvent pas ou ne doivent pas être reproduits. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d'abord fait rire puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• Nutrition : sonorité de la nourriture ;
  
• Paix : dignité des plantes ;
  
• Archéologie : effets nocifs du tatou sur le contenu des sites de fouilles archéologiques ;
  
• Biologie : comparatif des sauts de puces de chat et de chien ;
  
• Médecine : comparatif des placebos suivant leur prix ;
  
• Sciences cognitives : sortie des labyrinthes par les mycétozoaires ;
  
• Économie : lien entre le montant des pourboires d’une danseuse de danse contact et son cycle d’ovulation ;
  
• Sciences physiques : emmêlement des tas de cheveux, de cordes, etc.
  
• Chimie : le Coca-Cola spermicide efficace ou pas ;
  
• Littérature : exploration narrative de l’expérience de l’indignation au sein des organisations.
  

Ces prix sont évoqués depuis plusieurs années sur LinuxFr.org (2001, 2002, 2004, 2005, 2006, etc.). Et puis ça change des Prix FSF du logiciel libre (Awards for the Advancement of Free Software) (2001 et 2001, 2002, 2005, 2008, etc.) ou plus récemment des Lutèces d'Or, ou même des plus pessimistes Big Brother Awards (2000, 2001 et 2001, 2002, 2003, 2005, 2006, 2007, etc.) ou Darwin Awards.

Coban sort en version 0.8 !

Coban est un logiciel libre publié sous licence GPLv2, orienté "artisan électricien" qui permet de réaliser simplement et rapidement différents calculs courants et répétitifs.

Une sorte de couteau suisse de l'électricité en somme...

Fonctionnalités :

• Calcul de la section d'un câble en fonction du mode de pose et du calibre de son disjoncteur de protection
• Calcul de la chute de tension dans un câble en fonction de l'intensité parcourue, de la distance et du matériau
• Conversions Watts Ampères Chevaux Horse Power
• Conversion AWG mm2
• Vidéosurveillance : Calcul d'une focale et/ou d'un champ de vision
• Calculs de puissances calorifiques (estimation de la puissance nécessaire pour chauffer une pièce d'habitation)
• Sonorisation : calcul du nombre de haut-parleurs et de leur puissance de réglage (ligne 100V)
• Éclairage : calcul du nombre de luminaires nécessaire pour éclairer un local

Cette version met l'accent sur le module de calcul d'éclairage.

Pour information, Coban est écrit en Python avec interface graphique en wxPython pour une bonne intégration avec tous les bureaux (Gnome, KDE...).

Presque six mois après la sortie de la version 0.1, l'équipe du projet QElectroTech sort la version 0.11 ce 31 août. Il s'agit d'une version apportant des corrections de bugs et des fonctionnalités mineures (typiquement : améliorations de l'interface) en attendant la version 0.2.

Pour rappel, QElectroTech, (abrégé QET), est un logiciel libre permettant de réaliser des schémas électriques pour représenter des circuits électriques. Sous licence GNU/GPL, développé en C++ avec la bibliothèque Qt 4, le programme n'est pas encore complet en termes de fonctionnalités mais il poursuit son chemin.

L'IRSTV (Institut de recherche en sciences et techniques de la ville) annonce la sortie de la version 1.2.2 de son Système d'Information Géographique (SIG) open source.
Dénommé OrbisGIS, ce dernier offre les caractéristiques suivantes :

• Visualisation de données vectorielles et matricielles (raster) ;
  
• Cartographie thématique sur des données vectorielles (intervalles, symboles proportionnels...) ;
  
• Interrogation et traitement des données avec un langage SQL spatial.

Développé en Java, il repose sur les bibliothèques Java Topology Suite (licence LGPL) et ImageJ (domaine public).

OrbisGIS est publié sous licence GPLv3.

La version 5.0bêta2 du logiciel de calcul scientifique Scilab est publiée, et enfin sous une licence libre (la CeCill). La version finale 5.0 doit sortir courant juin. Mais on peut désormais intégrer Scilab dans les distributions de logiciels libres sans états-d'âme. On se souvient des nombreux débats parfois houleux ayant opposé les tenants de la communauté du Logiciel Libre aux promoteurs du projet, sur la nature "open source" de ce logiciel, par ailleurs une excellente solution de calcul scientifique, alternative au logiciel propriétaire Matlab, leader du secteur.

L'annonce a été faite lors du 2ème séminaire du Groupe Thématique Logiciel Libre du pôle de compétitivité System@tic.

NdM : nous avons souvent par le passé ajouté des NdM sur les dépêches évoquant Scilab, concernant sa licence. Il nous semble donc adéquat aujourd'hui de nous réjouir de ce passage sous une licence de logiciel libre et remercier l'INRIA d'avoir travaillé à la libération de son logiciel.