Pymecavidéo est un logiciel de pointage de vidéo permettant l’analyse mécanique des mouvements. Il peut lire un très grand nombre de formats vidéos (HD compris) sans prérequis de traitements (encodage) le rendant très utile dans le cadre de séances d’analyse mécanique de mouvements.
Il est basé sur Python/Qt4 et OpenCV. Il est sous GPL v3, est multi‐plate‐forme (GNU/Linux et Windows pour le moment. Si un contributeur Mac OS X veut nous rejoindre…).

Nouveautés de cette version :

• encore plus de formats vidéos pris en charge ;
• gestion des vidéos HD (provenant des smartphones par exemple) ;
• amélioration de la détection automatique ;
• compatible ECE (Évaluation des Compétences Expérimentales) ;
• possibilité de faire un pointage sans nécessiter d’échelle préalable (pour l’étude de la relativité des mouvements par exemple)
• enregistrement d’une chronophotographie à partir d’une vidéo.

Et toujours :

• exclusif : possibilité de recréer la trajectoire d’un point dans le référentiel d’un autre point ;
• disponibilité en trois langues (français, anglais et espagnol).

NdM : la dépêche contenant de multiples références au système éducatif français, nous avons ajouté des liens explicatifs pour nos autres lecteurs francophones qui ne seraient pas familiers avec.

Pymecavidéo est un logiciel de pointage de vidéo permettant l’analyse mécanique des mouvements. Il peut lire un très grand nombre de formats vidéos (HD compris) sans prérequis de traitements (encodage), le rendant très utile dans le cadre de séances d’analyse de trajectoires et de mouvements, notamment dans les cours de physique.

Il est basé sur Python3/Qt5 et OpenCV. Il est sous GPL v3, est multi‐plate‐forme (GNU/Linux et Windows pour le moment. Si un contributeur macOS veut nous rejoindre…).

Nouveautés de cette version :

• encore plus de formats vidéos pris en charge ;
• gestion des vidéos HD (provenant des smartphones par exemple) ;
  
• rotation des vidéos possibles (si les élèves ont mis le téléphone horizontal) ;
• amélioration de la détection automatique, surtout au niveau de la vitesse 
• possibilité de faire un pointage sans nécessiter d’échelle préalable (pour l’étude de la relativité du mouvement par exemple) ;
• EXCLU : réalisation de vidéos dans d’autres référentiels (si, dans une vidéo de lâcher de boulet de canon dans un bateau, vous pouvez pointer un point fixe sur le bateau et le boulet et recréer la vidéo du boulet dans le référentiel du bateau) ;
• enregistrement d’une chronophotographie à partir d’une vidéo ;
• enregistrement d’un chronogramme (pas de photos de fond) à partir d’une vidéo ;
• EXCLU : exports en divers formats dont notamment Python « source » et Jupyter Notebook qui permettent une utilisation du langage Python en physique assez facilement.

Le projet R annonce la sortie de la version 3.0.0 du logiciel statistique du même nom (pre-release le 7 mars 2013, sortie officielle le 3 avril).

R désigne à la fois un langage de programmation et son interpréteur. Historiquement, R est un dialecte dérivé du langage S, implémenté dans le logiciel propriétaire S-PLUS. L'aventure R a débuté en 1993, mais c'est à partir des années 2000 qu'il a pris une importance majeure dans le paysage des langages destinés aux applications statistiques. R rivalise aujourd'hui avec ses concurrents SAS (Statistical Analysis System), SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), ou STATA ; il est devenu incontournable dans certaines disciplines, notamment la biologie.

Le changement de version majeur (2.15.3 vers 3.0) ne signale pas une transition importante (voir le changelog), mais marque une évolution progressive (la version 2.0 date de 2004). La mise à jour requiert cependant une réinstallation complète.

R fonctionne de manière modulaire, avec un cœur relativement réduit, sur lequel peuvent se greffer des bibliothèques de fonctions fournies sous forme de « paquets ». R doit certainement une partie de son succès à l'activité de sa communauté, puisque plus de 4700 paquets activement maintenus sont disponibles au téléchargement sur le site officiel, sans compter les projets indépendants, comme bioconductor.

R est avant tout destiné au traitement et à l'analyse des données : tests statistiques, data mining, et production de graphiques de qualité (destinés à la publication). Le langage est de plus en plus utilisé pour produire des scripts portables, ou pour réaliser des simulations numériques (MCMC, typiquement). Réputé inefficace en tant que langage interprété, la possibilité de coder les fonctions critiques en C tout en utilisant la syntaxe « haut-niveau » de R ouvre une niche écologique significative pour le développement d'applications statistiques.

La quatrième Open Access Week, ou semaine de la publication à accès ouvert, a été lancée le lundi 18 octobre. Il s'agit d'une initiative devenue extrêmement populaire en très peu de temps : ce type de diffusion des résultats de la recherche scientifique a réussi à se frayer un chemin, balayant le préjugé que "publier dans un journal Open access est moins prestigieux que les autres". Et cela ne fait que commencer. Voici un petit regard en arrière.

J'ai rédigé via le wiki educalibre de l'April un compte-rendu d'une conférence EDF R&D du 7 juillet dernier « R&D industrielle d'expertise et open source : un avenir commun ? ». On m'a dit que c'était quasi la première fois qu'un industriel (dont le cœur de métier n'est pas l'informatique donc) affirmait ainsi les bénéfices qu'il tirait de l'Open-source. Je me dis que ça pourrait en intéresser quelques-uns, si jamais vous avez d'autres exemples du genre, ça m'intéresse, merci, bon été !

Quelques nouvelles du monde des systèmes d’information géographique (SIG), qui, d’après le Wikipédia francophone « est un système d’information permettant de créer, d’organiser et de présenter des données alphanumériques spatialement référencées, autrement dit, géoréférencées, ainsi que de produire des plans et des cartes ».

Retrouvez dans la seconde partie de la dépêche les annonces des nouvelles versions (Geotools, OSGeo-Live, Mapnik, PostGIS), les services (OpenWeatherMap, OpenSeaMap), les événements (pas de FOSS4G2012, OGRS2012) et les avancées de l’été côté code.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2010 ont été attribués le 30 septembre dernier. Rappelons qu'ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d'abord fait rire puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• Management : de la promotion aléatoire pour gagner en efficacité dans une entreprise
  
• Ingénierie : collecte de mucus et gaz de baleines par hélicoptère
  
• Physique : port de chaussettes sur chaussures pour éviter les chutes sur sol gelé
  
• Biologie : fellation chez les chauves souris
  
• Paix : le juron pour mieux tolérer la douleur
  
• Santé : des microbes dans les poils des scientifiques qui les manipulent
  
• Transport : du fin stratège myxomycète physarum polycephalum pour l'organisation du transport
  
• Économie : Goldman Sachs, AIG, Lehman Brothers, Bear Stearns, Merrill Lynch et Magnetar pour avoir « créé et promu de nouvelles manières d'investir de l'argent en maximisant les gains financiers et en minimisant le risque pour l’économie mondiale, ou une portion de celle-ci »
  
• Médecine : influence des montagnes russes sur l’asthme
  
• Chimie : 3 chercheurs américains et la compagnie pétrolière BP pour avoir montré que l’eau et l’huile sont miscibles
  

Ces prix sont évoqués depuis plusieurs années sur LinuxFr.org (2001, 2002, 2004, 2005, 2006, 2008, etc.). Et puis ça change des Prix FSF du logiciel libre (Awards for the Advancement of Free Software) (2001 et 2001, 2002, 2005, 2008, John Gilmore et Internet Archive en 2009, etc.) ou même des plus pessimistes Big Brother Awards (2000, 2001 et 2001, 2002, 2003, 2005, 2007, 2009, 2010/ etc.) ou Darwin Awards.

GraphStream, la bibliothèque logicielle en Java de manipulation de graphes dynamiques, est disponible en version 1.0, après plusieurs années de développement.

GraphStream est née de la fusion de diverses parties logicielles développées au fil des ans par les membres de l’équipe RI2C (Réseaux d’Interactions et Intelligence Collective) du LITIS, le Laboratoire d’Informatique du Traitement de l’Information et des Systèmes. Ce projet est né du besoin de manipuler, analyser et visualiser la dynamique des réseaux d’interactions. Le but du projet est de fournir une bibliothèque logicielle répondant à ces besoins, sans fournir le logiciel final.

Le 1^er octobre 2012, la version 5.4.0 de Scilab a été publiée.

Scilab est un logiciel libre et open source de calcul numérique. D’après Wikipédia : « Scilab (prononciation : [sajlab] contraction de Scientific Laboratory en anglais) est un logiciel libre de calcul numérique multi‐plate‐forme fournissant un environnement de calcul pour des applications scientifiques. Il possède un langage de programmation orienté calcul numérique de haut niveau. Il peut être utilisé pour le traitement du signal, l’analyse statistique, le traitement d’images, les simulations de dynamique des fluides, l’optimisation numérique, et la modélisation et simulation de systèmes dynamiques explicites et implicites.
Il est disponible pour Windows, Mac OS X, GNU/Linux et BSD. »

La version 5.4.0 est une évolution majeure de Scilab, à la fois d’un point de vue technique et fonctionnel, mais aussi parce qu’elle a été développée et publiée — pour la première fois — par une société privée, issue de l’Inria et du Consortium Scilab, Scilab Enterprises.

Bonjour à tous,

Nous sommes heureux d’annoncer la sortie du Topology ToolKit (TTK), une bibliothèque libre (licence BSD) pour l’analyse topologique de données en visualisation scientifique.
TTK rend l’analyse topologique de données accessible aux utilisateurs finals grâce à des greffons faciles à utiliser pour la plate‐forme de visualisation ParaView. Grâce à ParaView, TTK prend en charge de nombreux formats de fichiers.

Tulip est un logiciel d'édition et de visualisation de graphes assez puissant, très stable et surtout capable de gérer des graphes très volumineux. Sa version 3.4.0 apporte de nombreuses nouveautés, des optimisations, mais elle est surtout l'occasion de faire le point sur ce logiciel un peu méconnu. En effet, certains logiciels plus jeunes et parfois moins puissants sont plus en avant de la scène aujourd'hui.

Pour permettre à Tulip d'obtenir l'attention qu'il mérite, voici une description plus détaillée du logiciel.

Le journal, origine de cette dépêche est paru le huit mars. Il a été écrit pour cette journée internationale des droits des femmes et il a fait l’objet d’une demande de dépêche. La dépêche est abondée d’une partie sur les femmes dans la « Tech » et d’un paragraphe sur les droits familiaux et patrimoniaux oubliés dans le journal. Les liens sont classés.

On y décrit le parcours difficile des femmes de science vers les études, on explique la nécessité des associations scientifiques féminines, on évoque leur position dans la « Tech » et tout ceci se termine par une définition et une histoire du féminisme et des avancées en matière d’égalité en France.

Pour cette journée Ada Lovelace, on vous invite à la conquête de l’espace, une histoire qui n’aurait peut-être pas pu se faire sans les femmes. Pas uniquement parce que ce sont des femmes : les anonymes qui ont tressé les mémoires en tore de ferrite des missions Apollo, ou les plus connues qui ont voyagé dans l’espace. Mais aussi parce qu’elles ont calculé ou codé les explorations spatiales. Et comme c’est un sujet vaste, il s’agit, pour l’instant, de la première partie consacrée à trois femmes afro-américaines qui ont travaillé au NACA puis à la NASA : Dorothy Vaughan (1910 – 2008), Katherine Johnson (1919-2020) et Mary Jackson (1921 – 2005). Les portraits de ces trois femmes sont précédés d’une chronologie de la conquête de l’espace.

Le Deuxième Plan national pour la science ouverte a été publié récemment par le Ministère de la Recherche.

Parmi les quatre axes d’action de ce plan, qui sont par ailleurs tous intéressants, on note en particulier l’axe 3 : « Ouvrir et promouvoir les codes sources produits par la recherche », avec les mesures suivantes :

• valoriser et soutenir la diffusion sous licence libre des codes sources issus de recherches financées sur fonds publics ;
• mettre en valeur la production des codes sources de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation ;
• définir et promouvoir une politique en matière de logiciel libre.

Le document met en particulier en exergue les deux éléments suivants :

• L’ouverture des codes source des logiciels est un enjeu majeur de reproductibilité des résultats scientifiques.
• La diffusion des productions logicielles sous licence libre sera privilégiée.

Fabrice Bellard vient de mettre à jour NumCalc, sa calculatrice scientifique et graphique en ligne, qui utilise maintenant un nouveau code indépendant de QuickJS (je vous renvoie à la dépêche qui abordait cette question).

Le nouveau code est un mix entre Javascript, Python et Julia. Le code Javascript utilise la bibliothèque LibBF (MIT). L'interface a été retravaillée mais reste minimaliste pour être pratique et légère. Elle est devenue responsive et s'affiche très bien sur un mobile. Elle accepte maintenant des entrées en syntaxe Calc et Javascript.

NumCalc est rapide, ça m'a impressionné. La réactivité vient aussi du navigateur et de l'ordinateur puisque tout se passe sur votre poste, rien n'est envoyé au serveur. C'est surtout une sensation. Par exemple l'application Qalculate! me parait moins nerveuse, comme on dit d'une voiture. Bref, NumCalc est agréable.

Les deux précédentes versions sont toujours disponibles.

Narcisse, le logiciel décrit en 2002 sur LinuxFr, a été remis à la disposition des internautes avec de nouvelles cibles récentes (en particulier les Nokia N810 et N900 sous Linux Maemo) et avec quelques améliorations sur l’IHM et la documentation en ligne.

Il est disponible à l’adresse suivante : http://narcisse.nanocloud.org

Narcisse est un logiciel client/serveur conçu pour transformer des fichiers numériques simples (au format ASCII ou binaire) produits par un tableur, un programme ou écrits à la main dans un éditeur de texte, en dessins complexes 2D ou 3D.

Les fichiers de données et beaucoup d’attributs de visualisation (couleurs, taille, point de vue…) peuvent‐être gérés, soit par une interface fenêtrée, soit par programme (Fortran, C ou C++), soit par script au travers d’un réseau.

De nombreux pilotes sont fournis : Postscript, X11, OpenGL, et même SVG !

Le logiciel est disponible en open source sous licence GPL ; des binaires précompilés sont également disponibles pour des systèmes Unix, principalement Linux.

L’auteur du site est l’auteur du logiciel Narcisse.
Un couplage avec Scilab est aussi proposé.

L'équipe ROOT a annoncé la sortie de la version 6.0 le 29 mai dernier. ROOT est un framework d'analyse de données très utilisé dans le domaine de la physique des particules et de la physique nucléaire. Les versions 6.00/01 et 6.00/02 sorties respectivement le 18 juin et le 3 juillet apportent des corrections à cette version 6.0.

Quatre chercheurs ont co-écrit un article analysant la vulgarisation scientifique en français sur Youtube, publié dans Frontiers in Communication en avril 2021.

Tania Louis (« médiatrice scientifique et conceptrice de contenus pédagogiques », docteure en biologie), Pierre Masselot (« BSc MSc PhD Research Fellow in Environmental Epidemiology and Statistics »), Tobias Füchslin (« Senior Researcher and Coordinator at the Swiss Academies of Arts and Sciences ») et Stéphane Debove (« docteur en biologie/psychologie de l’évolution » ou Homo Fabulus) ont « analysé plus de 600 chaînes et 70 000 vidéos de vulgarisation scientifique en français, et complété cette analyse par un sondage auprès de 180 youtubeurs. »

Le 3 avril 2017, l’INRIA et l’UNESCO ont acté une convention autour du projet Software Heritage pour assurer la préservation du patrimoine logiciel. La signature a eu lieu en présence d’Irina Bokova, directrice générale de l’UNESCO, de François Hollande, président de la République française et d’Antoine Petit, président directeur général de l’INRIA.

Software Heritage a pour but de collecter, d’archiver et de rendre disponible les codes sources accessibles publiquement (pas forcément des codes sous licence libre donc, mais notamment tous ceux sous licence libre). La plate‐forme Software Heritage a été lancée en juin 2016 (voir ce journal), après un an et demi de développement. Elle contenait alors 22 millions de logiciels. Les objectifs de préservation et de partage de ce patrimoine logiciel mentionnent les aspects culturel, industriel, éducatif, scientifique et de recherche.

Lors d’une conférence au FOSDEM 2017, en février, il était question de plus de 45 millions de logiciels.

Elle contient désormais 55 millions de projets logiciels, avec plus de trois milliards de fichiers source uniques (notamment les projets Debian et GNU, ainsi que GitHub), ce qui en fait la plus grande archive de code de la planète.

Si les projets hébergés ne sont pas tous libres, l’ensemble du code de l’infrastructure est lui développé sous licence libre, via la forge du projet (une instance de phabricator).

Le projet Quantum GIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 1.7.0 de son logiciel de SIG libre ! L’engouement autour de cet outil ne cesse d’augmenter, ainsi la version précédente 1.6 a été téléchargée 190 000 fois.

Cette version est nommée d’après la ville de Wrocław en Pologne. C’est une manière de remercier le département de climatologie et de protection atmosphérique qui a accueilli notre rencontre de contributeurs en novembre 2010.

Pour rappel, un Système d’Information Géographique (SIG) permet d’éditer et de consulter un ensemble de données dans un espace de coordonnées. Cela va de la simple composition de cartes de randonnées, aux analyses de terrain avancées, telles que l’estimation de la durée d’ensoleillement d’une parcelle ou de l’interpolation d’un horizon géologique.

Comme tous les ans l'Alliance Francophone organise un challenge sur la plateforme BOINC afin de regrouper et rassembler tous les francophones sur un projet unique.

BOINC, pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing est une plateforme libre de calcul distribué en grille ne cessant de croître et de devenir populaire.
Celle-ci permet à de nombreux scientifiques d’avoir accès à une puissance de calcul importante et cela gracieusement.

Celestia est un logiciel multiplate-forme libre (sous licence GPL) qui permet de simuler et d'observer le ciel avec une grande qualité de visualisation.

La version 1.6.0 est sortie il y a quelques jours et c'est une bonne occasion pour faire le point sur le logiciel et pour parler des nouveautés

Un petit billet pour parler un peu de très récents développements scientifiques dans la recherche sur l'évolution culturelle de l'espèce humaine et les conclusions intéressantes qui en ressortent.
L'essentiel : copier les actions de quelqu'un dans le cadre de la résolution d'un problème est plus efficace que ré-inventer la roue seul dans son coin.

Le 9 juillet 2010, Microsoft a annoncé la sortie d'une boîte à outils informatiques pour la biologie et plus spécialement pour les analyses de génomes. Une présentation officielle semble également avoir été faite lors de la conférence de la Société Internationale de Bioinformatique (International Society for Computational Biology, ISCB), qui s'est tenue du 9 au 13 juillet 2010 à Boston. Selon la page officielle, la suite logicielle est sous licence dite libre.

Dans la suite de la dépêche, les détails, le diable, toussa.

La dernière mouture d’OpenMOLE, répondant au doux nom de code Crazy Coconut (version 0.6), est arrivée. Grâce à un mode de développement AGILE, nous vous livrons en effet tous les deux mois les primeurs de la plus célèbre des plates‐formes TAUPE.

Pour rappel OpenMOLE (Open MOdeL Experiment), met à profit les environnements de calcul intensif pour l’expérimentation sur les modèles et permet aux modélisateurs de concevoir des workflows d’étude pour des modèles de simulation. Pour ce faire, l’utilisateur embarque son modèle (en Java / Scala / C / C++ / Fortran / Scilab / GNU Octave / NetLogo…) dans la plate‐forme, puis il conçoit l’étude qu’il souhaite en faire et spécifie l’environnement de calcul auquel il souhaite déléguer la charge de travail.