Lundi 29 mars 2010, une brève sur Slashdot annonçait la décision de justice contre la compagnie américaine Myriad Genetics : les brevets qu'elle possède sur deux gènes impliqués dans les cancers du sein sont invalides. Ceci est une nouvelle assez extraordinaire : en dehors des considérations philosophiques et éthiques sur la brevetabilité du vivant, la conclusion du procès est très encourageante. Cette dernière annonce le fait que breveter est un obstacle à l'innovation et la diffusion des connaissances.

L'invalidation des brevets logiciels suivra-t-elle ? Et quand ?

L'accélérateur de particules LHC (Large Hadron Collider) monte doucement en puissance et les chercheurs du CERN commencent à produire des résultats scientifiques exploitables à partir des premières données.
Sous quelles licences ces articles de recherche sont-ils publiés ? Quelle est la politique officielle du CERN à ce sujet ?

Plus d'infos sur ces questions dans la suite de la dépêche.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2011 ont été attribués le 29 septembre dernier. Rappelons qu’ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d’abord fait rire, puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• physiologie : l’absence de bâillement contagieux chez les tortues charbonnières à pattes rouges ;
• chimie : l’utilisation du wasabi par voie aérienne comme alarme en cas d’urgence ;
• psychologie : le soupir face à des problèmes apparemment insolubles ;
• médecine : l’effet sur la prise de décision d’une envie pressante d’uriner ;
• littérature : la théorie de la procrastination et comment éviter de travailler sur un sujet encore plus important ;
• biologie : les rendez‐vous à caractère sexuel entre certains insectes et certaines bouteilles de bière australienne ;
• physique : la désorientation comparée entre lanceurs de disques et de marteau ;
• paix : la résolution du problème du stationnement illégal de véhicules de luxe par compression par véhicule blindé ;
• sécurité publique : la conduite avec aveuglement intermittent ;
• mathématiques : les prédictions de fin du monde et la prudence en calcul numérique.

Kst est un outil de tracés graphiques et d’analyse de données très rapide et convivial, libre (Qt) et multi‐plate‐forme : Windows, Mac OS X et GNU/Linux. Kst est comparable à LabPlot, Veusz, QtiPlot ou encore SciDAVis.

La version 1, plus maintenue à l’heure actuelle, était une application KDE à laquelle ont contribué des grands noms du projet KDE comme George Staikos, gage d’une bonne qualité de code. Lors du portage en Qt4, les dépendances aux bibliothèques KDE ont été supprimées pour faciliter la distribution sur toutes les plates‐formes.

Des versions de Kst2 stables et pleinement fonctionnelles sont disponibles depuis assez longtemps, mais cet outil reste malheureusement trop peu connu. Pour remédier à cela, des tutoriels vidéo ont été préparés en utilisant la version 2.0.8 sortie en juillet dernier. Ces tutoriels sont disponibles sur la chaîne Kst plot sur YouTube, pour vous faire (re)découvrir les principales fonctionnalités de cet outil.

N. D. M. : l’auteur de la dépêche est l’un des développeurs de Kst, profitez‐en si vous avez des questions !

De nombreux organismes de recherche étudient l’évolution du climat. À partir des conférences en ligne proposées par le Copernicus Climate Change Service (C3S), on va extraire les températures prévues en Europe après 2080, disponibles à travers le programme EURO-CORDEX.

Ci-dessus la variation de la température moyenne observée avec une référence prise sur la période 1951-1980, données NASA/GISS. On observe une nette tendance à la hausse sur les dernières décennies. La régression Lowess lisse le signal afin de mieux distinguer les tendances. On réservera cependant le code source correspondant aux développeurs et aux développeuses aguerris.

Un peu moins d'un an après la dernière version stable de QElectroTech (QET), la version 0.5 est maintenant disponible en téléchargement.

Pour rappel, QElectrotech est un logiciel libre multi‐plate‐forme, permettant de réaliser des schémas de circuits électriques. QET est disponible sous licence GNU GPL. Le développement du logiciel se fait en C++ avec maintenant la bibliothèque Qt 5.

En physique des particules, le modèle standard décrit les différentes particules existantes et leurs interactions (forte, faible et électromagnétique). Wikipédia nous rappelle que :

• la force électromagnétique s'exerce sur les particules de matière électriquement chargées ;
• la force nucléaire faible concerne seulement certains quarks et leptons ;
• la force forte s'exerce entre les quarks et assure la cohérence du noyau. Il existe des particules supports de ces forces et appelées bosons.

Le boson de Higgs est une particule hypothétique, sur laquelle repose la cohérence de ce modèle standard, et notamment le mécanisme de brisure de symétrie de l'interaction électrofaible.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2015 ont été attribués le 17 septembre dernier. Rappelons qu’ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d’abord fait rire, puis réfléchir les gens.

Liste des prix 2015 :

• chimie : une recette pour partiellement dé-bouillir des œufs ;
• physique : le test du principe biologique que quasi tous les mammifères vident leur vessie en 21s (à plus ou moins 13s près) ;
• littérature : le mot « hein ? » (ou son équivalent, huh? en anglais par exemple) existe dans toutes les langues, et on ne sait pas exactement pourquoi ;
• management : beaucoup de décideurs économiques ont développé dans leur enfance une affinité pour la prise de risque, en étant confronté à des catastrophes naturelles n'ayant pas eu de conséquences personnelles pour eux ;
• économie : la police de Bangkok (Thaïlande) pour avoir offert plus d'argent aux policiers qui refusent les pot-de-vins ;
• médecine : les bénéfices ou conséquences biomédicales des baisers intenses (et autres activités interpersonnelles intimes) ;
• mathématiques : l'utilisation de techniques mathématiques pour déterminer si et comment Moulay Ismaïl ben Chérif, sultan du Maroc de 1697 à 1727, aurait engendré 888 enfants ;
• biologie : attacher un bâton lesté à l'arrière des poulets (queue artificielle) les fait marcher de la façon dont on pense que les dinosaures marchaient ;
• diagnostic médical : les appendicites aiguës peuvent être diagnostiquées avec précision via la douleur ressentie par le patient lors du passage sur des dos d'âne ;
• physiologie et entomologie : la création de l'index Schmidt de pénibilité des piqûres d'hyménoptères, en se faisant piquer à 25 endroits différents du corps pour connaître les endroits les moins et les plus douloureux.

Je suis heureux d’annoncer la sortie de la version 11.0 de MathMod (anciennement connu sous le nom K3DSurf), le logiciel libre de modélisation et de manipulation des objets mathématiques décrits par des équations implicites ou paramétriques. Cette version contient le développement le plus excitant depuis le support des processeurs multi-cœurs : compatibilité avec OpenGLES. MathMod peut maintenant tirer pleinement parti des CPU et GPU modernes !

Dans un circuit numérique, il y a toujours une dose d’analogique à l’interface avec le monde extérieur. Les composants discrets, dits actifs, sont à base de transistors et, dans le cadre d’un système numérique, permettent de manipuler la puissance (les signaux forts) ou d’amplifier les signaux faibles des capteurs.

Fondamentalement, il n’y a pas vraiment de différence entre les technologies MOS des microcontrôleurs et celle des transistors de puissance. C’est toujours du MOS. Sauf qu’une des technologies permet de conduire plus de courant, à plus haute tension, tout en dissipant mieux la chaleur.

Un peu plus d’un an après la dernière version stable de QElectroTech (QET), la version 0.8 est maintenant disponible en téléchargement.

QElectroTech est un logiciel libre multi plate-forme, permettant de réaliser des schémas de circuits électriques. QET est disponible sous licence GNU GPL v2. Le développement du logiciel se fait en C++ et Qt5.

Alors, entre la poire et le fromage, au bord de la crise de foie, une idée farfelue a fait son chemin : écrire des histoires scientifiques de l'année :) Bon, étant en thèse de science, ceci explique cela et rend peut-être le fait moins grave. Les images sont de l'excellent site Street Art Utopia.

Si vous avez déjà utilisé GDB et objdump pour analyser des binaires dont vous n'aviez pas les sources, vous avez déjà dû pester. En effet, les outils GNU ne sont pas vraiment fait pour ça. Mais que faire d'autre ? Céder aux sirènes d'IDA Pro ? Que nenni, car voici la nouvelle version de radare2 !

Radare2, c'est un framework complet pour analyser des binaires :

• Multi-architectures : GNU/Linux, Android, *BSD, OSX, iPhoneOS, Windows{32,64} et Solaris
• Multi-platformes : 8051, x86{16,32,64}, dalvik, avr, arc{4,compact}, arm, aarch64, c55x+, java, powerpc, sparc, mips, bf, pe{32,64}, te, [fat]mach0{32,64}, elf{32,64}, bios/uefi, dex and java classes
• Scriptable en : Vala, Go, Python, Guile, Ruby, Perl, Lua, Java, JavaScript, sh, ..
• Un éditeur hexadécimal
• Un (dés)assembleur (récursif !), avec une coloration syntaxique
• Un débogueur natif, mais il est possible d'utiliser GDB en backend, ou un débogueur brainfuck !
• La possibilité d'afficher des données sous de multiples formats: int, float, désassemblé, timestamps, …
• La possibilité de faire des recherches par patterns, des checksums, …
• Un support des disques, processus, fichiers et flux.
• Du binary diffing (comparaison de binaires), que ce soit sous forme traditionnelle, ou sous forme de graphes
• Analyse de code, que ce soit niveau opcodes, blocks, ou fonctions
• Une machine virtuelle basique, permettant d'émuler du code
• Une interface web !

Trois ans après la dernière version stable de QElectroTech (QET), la version 0.3 est maintenant disponible en téléchargement.

Pour rappel, QElectrotech est un logiciel libre multi‐plate‐forme, permettant de réaliser des schémas électriques pour représenter des circuits électriques. Sous licence GNU GPL, développé en C++ avec la bibliothèque Qt 4.

NdM : apparemment, QET est utilisé en France en bac pro filière Électrotechnique.

QGIS est une suite logicielle de traitement de l'information géographique. Elle permet de générer des cartes, d'analyser des données spatiales et de les publier, en ligne ou sur papier. Elle permet également de réaliser de nombreux traitements et algorithmes sur des données spatiales ou d'autres données liées. En d'autres termes, QGIS est un SIG ou Système d'Information Géographique, conçu pour recueillir, stocker, traiter, analyser, gérer et présenter tous les types de données spatiales et géographiques.

La version 2.12 nommée « Lyon » en hommage à la ville du même nom, est disponible depuis le 26 octobre 2015.

Dans la suite de la dépêche, un aperçu des nouveautés vous sera présenté plus en détails ainsi qu'une esquisse des développements à venir. Pour le public non averti, je vous invite à lire le début de la dépêche sur la sortie de QGIS 2.10 pour avoir un petit rappel sur les SIG et sur QGIS…

Un peu moins d’un an après la dernière version stable de QElectroTech (QET), la version 0.7 est maintenant disponible en téléchargement.

QElectroTech est un logiciel libre multi‐plate‐forme, permettant de réaliser des schémas de circuits électriques. QET est disponible sous licence GNU GPL v2. Le développement du logiciel se fait en C++ et Qt5.

Au départ, une nécrologie de Lorinda Cherry qui se fait très très tardive. À l’arrivée une dépêche qui évoque aussi deux de ses contemporaines, Evi Nemeth et Jude Milhon, pour célébrer la journée des femmes en science ou journée Ada Lovelace.

Lorinda Cherry a été membre de l’équipe qui a conçu UNIX, Evi Nemeth a été surnommée la « grand-mère de l’administration de système », quant à Judith Milhon, elle est tout simplement la première hackeuse et l’inventrice du terme « Cypherpunk ».

Le recalage d’images est utilisé dans la communauté de l’analyse d’images médicales depuis très longtemps (Barnea & Silverman, 1972, Ledbetter et al. 1979), on peut même remonter plus loin dans le temps avec les travaux de Sidney Bertram, 1963 en fournissant tous les outils via des descriptions de circuits analogiques (vraiment impressionnant pour l’époque).

Cette dépêche fait suite à Recalage d’images, PIV et corrélation d’images — Les bases théoriques. Les bases théoriques ayant été présentées dans la dépêche précédente, le lecteur souhaitant comprendre plus en détail le fonctionnement de ces logiciels pourra s’y référer.

Pour célébrer le premier anniversaire du site incompact3d.com, faisons une brève plongée dans le code de calcul éponyme sous licence libre (GNU GPL) qui a plus de 15 ans ! Il permet de résoudre les équations de Navier‐Stokes incompressibles en 2D/3D et peut exploiter efficacement plus d’un million de cœurs.

Tulip, le logiciel de visualisation et d’édition de graphes développé par une équipe du LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique), est disponible en version 3.5.0.

Cette version apporte des nouveautés importantes, des améliorations de l’interface graphique et corrige un certain nombre de bogues.

La suite de cette annonce est une traduction de l’annonce officielle.

N. D. M. : Tulip est sous licence LGPL.

L’équipe de développement de GraphStream a publié le 11 novembre 2011 la version 1.1 de sa bibliothèque de manipulation de graphes dynamiques. Cette nouvelle version corrige un grand nombre de bogues présents dans la 1.0 et détectés avec l’aide d’une communauté d’utilisateurs grandissante. Elle apporte aussi son lot de nouveautés, comme l’ajout de nouveaux formats d’entrée, afin de permettre une meilleure interopérabilité des outils de manipulation de graphes ou encore de nouvelles implantations de graphes plus performantes.

GraphStream est une bibliothèque Java développée sous double licence LGPL/CeCILL-C.

Pymecavidéo est un logiciel de pointage de vidéo permettant l’analyse mécanique des mouvements. Il peut lire un très grand nombre de formats vidéos (HD compris) sans prérequis de traitements (encodage) le rendant très utile dans le cadre de séances d’analyse mécanique de mouvements.
Il est basé sur Python/Qt4 et OpenCV. Il est sous GPL v3, est multi‐plate‐forme (GNU/Linux et Windows pour le moment. Si un contributeur Mac OS X veut nous rejoindre…).

Nouveautés de cette version :

• encore plus de formats vidéos pris en charge ;
• gestion des vidéos HD (provenant des smartphones par exemple) ;
• amélioration de la détection automatique ;
• compatible ECE (Évaluation des Compétences Expérimentales) ;
• possibilité de faire un pointage sans nécessiter d’échelle préalable (pour l’étude de la relativité des mouvements par exemple)
• enregistrement d’une chronophotographie à partir d’une vidéo.

Et toujours :

• exclusif : possibilité de recréer la trajectoire d’un point dans le référentiel d’un autre point ;
• disponibilité en trois langues (français, anglais et espagnol).

NdM : la dépêche contenant de multiples références au système éducatif français, nous avons ajouté des liens explicatifs pour nos autres lecteurs francophones qui ne seraient pas familiers avec.

Pymecavidéo est un logiciel de pointage de vidéo permettant l’analyse mécanique des mouvements. Il peut lire un très grand nombre de formats vidéos (HD compris) sans prérequis de traitements (encodage), le rendant très utile dans le cadre de séances d’analyse de trajectoires et de mouvements, notamment dans les cours de physique.

Il est basé sur Python3/Qt5 et OpenCV. Il est sous GPL v3, est multi‐plate‐forme (GNU/Linux et Windows pour le moment. Si un contributeur macOS veut nous rejoindre…).

Nouveautés de cette version :

• encore plus de formats vidéos pris en charge ;
• gestion des vidéos HD (provenant des smartphones par exemple) ;
  
• rotation des vidéos possibles (si les élèves ont mis le téléphone horizontal) ;
• amélioration de la détection automatique, surtout au niveau de la vitesse 
• possibilité de faire un pointage sans nécessiter d’échelle préalable (pour l’étude de la relativité du mouvement par exemple) ;
• EXCLU : réalisation de vidéos dans d’autres référentiels (si, dans une vidéo de lâcher de boulet de canon dans un bateau, vous pouvez pointer un point fixe sur le bateau et le boulet et recréer la vidéo du boulet dans le référentiel du bateau) ;
• enregistrement d’une chronophotographie à partir d’une vidéo ;
• enregistrement d’un chronogramme (pas de photos de fond) à partir d’une vidéo ;
• EXCLU : exports en divers formats dont notamment Python « source » et Jupyter Notebook qui permettent une utilisation du langage Python en physique assez facilement.

Le projet R annonce la sortie de la version 3.0.0 du logiciel statistique du même nom (pre-release le 7 mars 2013, sortie officielle le 3 avril).

R désigne à la fois un langage de programmation et son interpréteur. Historiquement, R est un dialecte dérivé du langage S, implémenté dans le logiciel propriétaire S-PLUS. L'aventure R a débuté en 1993, mais c'est à partir des années 2000 qu'il a pris une importance majeure dans le paysage des langages destinés aux applications statistiques. R rivalise aujourd'hui avec ses concurrents SAS (Statistical Analysis System), SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), ou STATA ; il est devenu incontournable dans certaines disciplines, notamment la biologie.

Le changement de version majeur (2.15.3 vers 3.0) ne signale pas une transition importante (voir le changelog), mais marque une évolution progressive (la version 2.0 date de 2004). La mise à jour requiert cependant une réinstallation complète.

R fonctionne de manière modulaire, avec un cœur relativement réduit, sur lequel peuvent se greffer des bibliothèques de fonctions fournies sous forme de « paquets ». R doit certainement une partie de son succès à l'activité de sa communauté, puisque plus de 4700 paquets activement maintenus sont disponibles au téléchargement sur le site officiel, sans compter les projets indépendants, comme bioconductor.

R est avant tout destiné au traitement et à l'analyse des données : tests statistiques, data mining, et production de graphiques de qualité (destinés à la publication). Le langage est de plus en plus utilisé pour produire des scripts portables, ou pour réaliser des simulations numériques (MCMC, typiquement). Réputé inefficace en tant que langage interprété, la possibilité de coder les fonctions critiques en C tout en utilisant la syntaxe « haut-niveau » de R ouvre une niche écologique significative pour le développement d'applications statistiques.

La quatrième Open Access Week, ou semaine de la publication à accès ouvert, a été lancée le lundi 18 octobre. Il s'agit d'une initiative devenue extrêmement populaire en très peu de temps : ce type de diffusion des résultats de la recherche scientifique a réussi à se frayer un chemin, balayant le préjugé que "publier dans un journal Open access est moins prestigieux que les autres". Et cela ne fait que commencer. Voici un petit regard en arrière.