VTK est une bibliothèque libre incontournable de la visualisation scientifique, pourtant peu citée sur LinuxFr. Rattrapons le retard !
VTK est en quelque sorte le couteau suisse de la visualisation scientifique. La suite de cet article vous donnera un aperçu de ses domaines d’utilisation en s’appuyant sur de nombreux exemples abondamment illustrés.
L'assistant de preuve Coq, deux fois primé l'année dernière, vient de sortir en version 8.5 bêta. Attendue depuis plus d'un an déjà, on trouvera au menu de cette version un nombre certain de changements en profondeur.
Coq est un assistant de preuve sous licence LGPL 2.1, développé entre autres à l'INRIA. Issu des travaux sur la correspondance de Curry-Howard, Coq peut être vu aussi bien comme un langage de programmation que comme un système de preuves mathématiques. Il est, de fait, employé par les deux communautés. Parmi les développements en Coq, on peut citer par exemple le compilateur C certifié CompCert sur le versant informatique et la preuve du Théorème de Feit et Thompson sur le versant mathématique. Plus récemment, une des failles d'OpenSSL a été découverte grâce à Coq[0] . Il est aussi de plus en plus utilisé comme système interactif pour l'apprentissage de la logique dans l'enseignement supérieur.
On rappellera dans le reste de la dépêche les grands principes qui sous-tendent Coq, ce qu'il est, ce qu'il n'est pas, puis on détaillera les changements introduits dans cette version.
Frances Allen est la première informaticienne à avoir reçu en 2006, la plus haute récompense en informatique, le prix Turing, pour ses travaux sur l’optimisation des compilateurs. Elle vient de décéder, le jour de son anniversaire, à 88 ans. Frances Allen a conçu et écrit des compilateurs indépendants des machines et des langages rendant ainsi possible la création des compilateurs optimisés modernes. Le secteur entier de l’informatique lui doit énormément.
Toute sa longue carrière, 45 ans, s’est exclusivement déroulée chez IBM ou elle est entrée le 15 juillet 1957 pour prendre sa retraite en 2002. Avec elle, c’est un pan important de l’histoire de l’informatique qui disparaît.
Plutôt qu’une banale nécrologie qui va, forcément, faire un peu plagiat, la forme d’une interview imaginaire, donne l’occasion d’aborder l’histoire de l’informatique et des thèmes qui lui étaient chers, principalement la place des femmes en informatique, sujet qu’elle a abondamment abordé dans un discours après la remise de son prix Turing.
Radare2, déjà évoqué sur LinuxFR.org (cf Sortie de radare2 0.9.6), vient de sortir en version 0.9.8. Radare est un cadriciel complet pour jouer avec analyser des fichiers binaires: assembleurs, désassembleurs, moteurs d'analyse, …
Bref, c'est complet et touffu. Et cette nouvelle mouture apporte son lot de bonheur !
Le projet QGIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 2.10 de sa suite logicielle de Système d'Information Géographique (SIG) libre.
QGIS est un SIG convivial distribué sous licence publique générale GNU. C'est un projet officiel de la fondation Open Source Geospatial (OSGeo). Il est disponible sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux, Mac OS X, Windows et Android et intègre de nombreux formats vecteur, raster, base de données et fonctionnalités.
QGIS est développé en C++ avec la bibliothèque Qt (en version 4 pour le moment). Son architecture lui permet également d'utiliser des extensions codées en Python (version 2) et la très grande majorité des classes du cadriciel de QGIS sont disponibles sous Python.
QGIS est une des applications majeures qui utilisent Qt. Actuellement, l'arborescence des sources (tout confondu) occupe près de 350 Mo. Les contributeurs recensés sur GitHub sont au nombre de 159.
Même s'il reste un logiciel libre, QGIS assure en grande partie le financement de son développement via des sponsors divers qui vont d'entreprises ayant besoin de SIG comme des compagnies aériennes à des organisations gouvernementales (y compris le gouvernement français) en passant par des universités et également des particuliers.
Par ailleurs QGIS s'interface avec de nombreux autres logiciels, que ce soit des bases de données spatiales comme PostgreSQL/PostGIS ou Oracle Spatial, mais également avec un grand nombre de logiciels de SIG libres comme GRASS, SAGA ou encore Orfeo.
Dans la suite de la dépêche, un aperçu des nouveautés vous sera présenté plus en détails ainsi qu'une esquisse des développements à venir. Pour le public non averti, la suite de la dépêche offre également un petit focus sur les SIG et sur QGIS…
Note : le nom du projet est bien QGIS en majuscules et non Quantum GIS ou QGis.
La problématique de l'accès aux connaissances scientifiques est voisine des sujets liés au logiciel libre. Dans les deux cas le but est de supprimer des barrières purement artificielles afin de redonner du pouvoir aux utilisateurs.
Les chercheurs revendiquent le libre accès aux articles scientifiques et ils ne supportent plus la mainmise des éditeurs commerciaux qui verrouillent le marché et se comportent en parasites sans apporter de valeur ajoutée.
Le mathématicien Timothy Gowers, professeur à l'université de Cambridge, vient de lancer un appel officiel au boycott à l'encontre de l'éditeur Elsevier.
Est-ce un tournant dans ce combat crucial ?
L'astronomie est un passe-temps vraiment sympathique qui permet de relativiser pas mal et de réfléchir sur notre place dans l'univers. Elle contient un côté poétique intéressant et pourtant, quand on veut commencer à se faire plaisir en prenant des photos d'objets aux dimensions difficilement compréhensibles, on peut se fait peur avec la pauvre logithèque linuxienne. Ceci est la première impression, fausse et c'est l'heure de faire un point et de motiver les utilisateurs.
L'hiver est la saison préférée des astronomes amateurs : si on plie à 22h, on a eu 4 h de nuit. Les nuits de janvier et février sont souvent très claires car très froides !
Le Frido est un livre libre de mathématique libre. L’objectif est de partir de la théorie des ensembles (acceptée avec le lemme de Zorn), et d’aller jusqu’au niveau de début du master en faisant toutes les étapes. Pas pour les enfants.
Le recalage d’images est utilisé dans la communauté de l’analyse d’images médicales depuis très longtemps (Barnea & Silverman, 1972, Ledbetter et al. 1979), on peut même remonter plus loin dans le temps avec les travaux de Sidney Bertram, 1963 en fournissant tous les outils via des descriptions de circuits analogiques (vraiment impressionnant pour l’époque).
En commençant à travailler sur des images issues d’IRM, j’ai été amené à faire une bibliographie sur les outils utilisés dans l’analyse d’images médicales. J’ai constaté que leurs techniques de recalage d’images étaient très similaires à celles utilisées dans les différents domaines de la mécanique. Après beaucoup de bibliographie, je suis parvenu à situer ce qui est fait en mécanique dans les cadres proposés en analyse d’images médicales.
Cette dépêche est l’occasion pour moi de présenter ces techniques dans le détail.
La prochaine dépêche présentera les logiciels utilisés dans les différentes communautés scientifiques.
Le projet QGIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 2.14 de sa suite logicielle de Système d'Information Géographique (SIG) libre.
QGIS est une suite logicielle de traitement de l'information géographique. Elle permet de générer des cartes, d'analyser des données spatiales et de les publier, en ligne ou sur papier. Elle permet également de réaliser de nombreux traitements et algorithmes sur des données spatiales ou d'autres données liées. En d'autres termes, QGIS est un SIG ou Système d'Information Géographique, conçu pour recueillir, stocker, traiter, analyser, gérer et présenter tous les types de données spatiales et géographiques. C'est un projet officiel de la fondation Open Source Geospatial (OSGeo). Il est disponible sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux, Mac OS X, Windows et Android.
La version 2.14 nommée « Essen » en hommage à la ville du même nom, est disponible depuis le 1er Mars 2016. Cette version est une "LTR", Long-Term-Release, et sera supportée pendant un an. Il s'agira de l'avant dernière version de la lignée 2.x, car il a été décidé de conserver une dernière version (2.16) qui sera suivie de la version 3.0. Depuis début avril 2016, une version 2.14.1 a été publiée. Elle corrige certains bugs de jeunesse de la version 2.14.
Dans la suite de la dépêche, un aperçu des nouveautés vous sera présenté plus en détails, ainsi que les plans actuels pour la future version 3. Pour le public non averti, nous vous invitons à lire le début de la dépêche sur la sortie de QGIS 2.10 pour avoir un petit rappel sur les SIG et sur QGIS…
Le célèbre mathématicien créateur du jeu de la vie a été emporté par l’épidémie actuelle. On peut noter toute l’ironie pour l’auteur d’un jeu d’un tel nom, emporté par un contact avec un autre humain, ou peut-être trop de contacts ? Dans le jeu de la vie, une cellule passe de l’état « vivant » (noire) à l’état « mort » (blanc) si elle n’a soit pas assez, soit trop de contacts, avec des cellules vivantes de son voisinage.
Hanno Rein est un spécialiste des exoplanètes qui occupe un poste de professeur assistant en astrophysique à l'université de Toronto. Entre 2010 et 2013 il a effectué son post-doctorat à l'Institute for Advanced Study de Princeton et, à cette occasion, il a écrit plusieurs petits articles de vulgarisation sur les exoplanètes.
L'un de ces articles publié par l'IAS s'intitule "How Open-Source Ideas Can Help Us Study Exoplanets" et il m'a semblé qu'il justifiait une traduction pour les lecteurs de LinuxFr.org.
Hanno, après avoir été contacté par courriel, a eu la gentillesse de m'autoriser à publier son article sur le site en le plaçant sous licence CC-BY-SA. Merci à lui.
Plus de détails dans la suite de la dépêche.
Le projet QGIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 2.16 de sa suite logicielle de Système d’Information Géographique (SIG) libre.
QGIS est une suite logicielle de traitement de l’information géographique. Elle permet de générer des cartes, d’analyser des données spatiales et de les publier en ligne ou sur papier. Elle permet également de réaliser de nombreux traitements et d’appliquer différents algorithmes sur des données spatiales ou d’autres données liées. En d’autres termes, QGIS est un SIG ou Système d’Information Géographique, conçu pour recueillir, stocker, traiter, analyser, gérer et présenter tous les types de données spatiales et géographiques. C’est un projet officiel de la fondation Open Source Geospatial (OSGeo). Il est disponible sur les systèmes d’exploitation GNU/Linux, Mac OS X, Windows et Android.
La version 2.16, nommée Nødebo, en hommage à la ville danoise éponyme, est disponible depuis le 8 juillet 2016 (pour information, les noms des versions de QGIS sont basés sur les noms des villes qui accueillent les rencontres annuelles des développeurs). Cette version est une version dite courante : elle sera supportée pendant quatre mois. La version LTR (Long Term Release : support à long terme) est la version 2.14 qui, à l’occasion de la sortie de la version courante, récupère un ensemble de corrections, intégrées dans la version 2.14.4. Nødebo sera sans doute la dernière version de la lignée 2.x, car le portage vers la version 3.0 avance correctement.
Dans la suite de la dépêche, un aperçu des nouveautés, issues des 2 447 commits depuis la dernière sortie, vous sera présenté plus en détail, ainsi que les plans actuels pour la future version 3. Pour le public non averti, nous vous invitons à lire le début de la dépêche sur la sortie de QGIS 2.10 pour avoir un petit rappel sur les SIG et sur QGIS…
Bonne lecture !
ParaView est un logiciel dédié à la visualisation scientifique de données massives, publié sous licence BSD-3. Voir la dépêche précédente pour une présentation complète.
La version 5.11 vient de sortir avec son lot d’améliorations et de nouvelles fonctionnalités, comme décrites sur le blog de Kitware. Pour une liste exhaustive vous pouvez aussi vous référer aux notes de version.
Cette dépêche propose de présenter quelques nouvelles fonctionnalités et améliorations intéressantes.
Modèle Tux - Linux Penguin by me2space sous licence Creative Commons - Attributionlicense.
Le Frido est un livre de mathématique dont le but est d’aller de la théorie des ensembles (non comprise) jusqu’à finir l’agrégation. Giulietta est une extension qui va de l’agrégation jusqu’à tout ce que je sais en mathématique.
Nous sommes heureux et fiers de vous faire part de la sortie de la version 0.5 d'OpenMOLE (Open MOdeL Experiment).
OpenMOLE est un logiciel pour le calcul scientifique et intensif ! Développé au sein de l'Institut des Systèmes Complexes (Paris), OpenMOLE est le fruit de quatre années de maturation et de confrontation aux problèmes de modélisations de chercheurs issus de nombreux domaines scientifiques (Sciences Humaines, Biologie, Physique, Géographie, Agro-alimentaire…). Il est 100% libre, 100% écrit en Scala.
Il est destiné aux modélisateurs réalisant de vastes explorations sur leurs modèles. Il permet à la fois de générer automatiquement de larges plans d'expériences (plans complets, LHS, Saltelli …) et d'exploiter la puissance d’environnement de calcul massivement parallèle type cluster ou grille de calcul. Le formalisme de workflow permet d'exprimer naturellement des traitements à accomplir en parallèle.
OpenMOLE ne requiert aucune connaissance en informatique distribuée de la part des modélisateurs. Il leur permet pourtant de réduire le temps d’exécution de leurs codes de quelques années à quelques heures.
Inishell est un générateur d’interfaces graphiques sous licence GPLv3 pour la configuration de logiciels utilisant des fichiers de configuration au format INI, écrit en C++ / Qt.
Marion Créhange, née Caen, a « eu la très grande chance […] de vivre la naissance de l’informatique » Elle nous a quitté le 28 mars 2022 à quatre-vingt-quatre ans. Elle était la première personne en France à avoir soutenu une thèse en informatique en 1961. Elle est aussi l’une des toutes premières personnes à avoir enseigné l’informatique d’ailleurs. Elle a effectué toute sa carrière d’enseignante-chercheuse à Nancy. Elle était spécialisée dans les systèmes d’information et pensait que les sciences humaines revêtaient une importance capitale. Cela a marqué toute sa carrière.
Plus qu’une biographie ou une (un peu tardive) nécrologie, cette dépêche est axée sur la place de Marion Créhange dans l’histoire de l’informatique et sur sa vision de cette science qu’elle a contribué à créer et développer.
Peu connue du grand public, et de certains encyclopédistes, Alice Recoque a une influence significative sur l’informatique. Elle vient de s’éteindre à 91 ans.
Elle a effectué ses études d’ingénieur à l’École supérieure de physique et de chimie industrielles de la ville de Paris (ESPCI), 69e promotion (sur la photo de la promotion, elle est au 1er rang à droite avec les quatre autres femmes de la promotion), dont elle est sortie diplômée en 1954.
Elle est l’inventrice de nombreux brevets, elle a, notamment, piloté le projet Mitra 15, un ordinateur à succès, pour se tourner en fin de carrière vers l’intelligence artificielle. Malgré tout cela, sa page Wikipédia a donné lieu à une bataille rangée entre les tenants de sa suppression et celles et ceux qui voulaient la garder.
Pour faire suite à la dépêche sur VTK, voici une présentation de ParaView qui vient de sortir récemment en version 5.9.0.
Basée sur VTK, une bibliothèque libre pour la visualisation scientifique développée par la même société, son architecture est modulaire. Cela permet de développer rapidement des applications métiers dédiées à un domaine particulier. Par exemple ParaVis, le module de post-traitement de SALOME, développé par EDF et le CEA, est une illustration de la réutilisation de ParaView pour un besoin précis. ParaView est donc à la fois un logiciel clef en main pour la visualisation scientifique et un cadriciel d’application (application framework).
Une fois n’est pas coutume, il pleut en Haute‐Garonne ! Alors j’ai tué le temps jetant un œil à Code_Aster, qui est un code de calcul de structure thermomécanique par la méthode des éléments finis isoparamétriques. Il est développé par EDF sous licence GNU GPL v3. Il permet de faire à peu près tout ce qui est imaginable en mécanique, voir à ce propos la plaquette de présentation (PDF).
Ce code de calcul est intégré à la suite de logiciels libres Salomé‐Méca, qui contient un préprocesseur, Code_Aster, et un post‐processeur/visionneur pour voir les résultats. Aujourd’hui, nous allons utiliser le code en version autonome (stand alone) et nous utiliserons notre éditeur de texte préféré, gmsh, astk, puis de nouveau gmsh pour voir les résultats de nos calculs.
Un jeune chercheur tchèque, Zdenek Kalal, a publié récemment sur YouTube une vidéo assez impressionnante démontrant les capacités du programme de reconnaissance visuelle en temps réel qu’il a développé dans le cadre de sa thèse de doctorat soutenue à l’université du Surrey (Grande Bretagne). Depuis janvier 2011, il poursuit ses travaux à l’EPFL avec Vincent Lepetit et Pascal Fua deux professeurs français de l’université suisse.
Un point intéressant dans ce projet, outre les performances apparemment réellement surprenantes, consiste dans le choix de licence de publication. En effet, les sources sont publiées sous licence GPL, et comme Kalal le rappelle sur son site : « cela signifie que toute diffusion d’un projet contenant tout ou partie du code de OpenTLD devra se faire avec les codes sources et sous licence GPL en version 3.0 ou ultérieure. » OpenTLD (Tracking, Learning and Detection) est l’autre nom du logiciel (le nom Predator étant plus « vendeur », peut-on imaginer).
Ce choix est un exemple du fait que les licences libres ne sont pas un obstacle à la commercialisation, puisque sur la même page Kalal propose une version du même logiciel sous une licence différente ; celle-ci autorisant la réutilisation sans imposer la publication du code source. Cette licence est, quant à elle, vendue par Kalal et son université.
Au pays des scientifiques (entreprises & labos), en plus de la « taxe Microsoft » (Windows + MS Office), s’ajoute souvent la « taxe MATLAB » (employé comme grosse calculatrice graphique programmable…). Pourtant, dans ce milieu, les geeks ne sont pas rares. Continuons à porter la bonne parole : il existe des alternatives très valables, à choisir selon ses priorités !
Petit tour des candidats et leurs mises à jour dans la seconde partie de la dépêche.